282 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1266 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_1266  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  100 
 
 
230 aa  424  1e-118  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0887109 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1152  hypothetical protein  56.7 
 
 
246 aa  219  1.9999999999999999e-56  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.920301 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2111  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  63.04 
 
 
242 aa  219  3e-56  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0840  hypothetical protein  51.79 
 
 
248 aa  187  9e-47  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.240115  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3251  protein of unknown function DUF558  53.33 
 
 
244 aa  187  1e-46  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.131486  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2291  hypothetical protein  54.46 
 
 
243 aa  178  7e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0703  protein of unknown function DUF558  49.33 
 
 
245 aa  173  1.9999999999999998e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3834  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  49.56 
 
 
244 aa  162  5.0000000000000005e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00075899 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1905  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  50.45 
 
 
246 aa  162  5.0000000000000005e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.208469  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3454  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  50 
 
 
244 aa  161  8.000000000000001e-39  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.118235 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2190  protein of unknown function DUF558  46.29 
 
 
256 aa  157  1e-37  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7056  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  48.44 
 
 
247 aa  157  1e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.772012  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1243  protein of unknown function DUF558  45.33 
 
 
244 aa  152  5e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.291917  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13450  conserved hypothetical protein TIGR00046  43.67 
 
 
257 aa  150  1e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.959245  normal  0.237333 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1573  protein of unknown function DUF558  45.61 
 
 
259 aa  146  3e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.475919  normal  0.0145737 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2234  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40.27 
 
 
258 aa  144  1e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00121971  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1971  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40.44 
 
 
257 aa  139  3.9999999999999997e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000062031 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0785  hypothetical protein  46.09 
 
 
250 aa  138  7e-32  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.626283  normal  0.0546627 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1548  protein of unknown function DUF558  39.3 
 
 
257 aa  137  1e-31  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3835  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.23 
 
 
246 aa  137  2e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12397  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  43.53 
 
 
262 aa  134  8e-31  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000494529  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2703  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.85 
 
 
251 aa  134  9e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.553721 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3458  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40.61 
 
 
248 aa  132  6.999999999999999e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.40759  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3521  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40.61 
 
 
248 aa  132  6.999999999999999e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.270155 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11710  conserved hypothetical protein TIGR00046  40.79 
 
 
253 aa  130  1.0000000000000001e-29  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.444183  normal  0.98437 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3469  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  40.61 
 
 
248 aa  131  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00733732 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2208  protein of unknown function DUF558  45.85 
 
 
252 aa  129  3e-29  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.332319  hitchhiker  0.00486279 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17280  conserved hypothetical protein TIGR00046  41.48 
 
 
262 aa  129  4.0000000000000003e-29  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2764  protein of unknown function DUF558  40.97 
 
 
252 aa  126  3e-28  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.162938  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13560  conserved hypothetical protein TIGR00046  44.74 
 
 
243 aa  125  7e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.470335 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12350  conserved hypothetical protein TIGR00046  42.22 
 
 
253 aa  121  9.999999999999999e-27  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0978369  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0866  RNA methyltransferase, RsmE family  34.63 
 
 
265 aa  120  9.999999999999999e-27  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1645  protein of unknown function DUF558  41.83 
 
 
255 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3161  protein of unknown function DUF558  39.74 
 
 
249 aa  118  7.999999999999999e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0757532  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0598  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.03 
 
 
265 aa  113  2.0000000000000002e-24  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.70785  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0587  hypothetical protein  32.43 
 
 
246 aa  105  6e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.256095  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4289  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.5 
 
 
246 aa  100  2e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00156993  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3218  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.52 
 
 
257 aa  99  5e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000318733  hitchhiker  0.0000151601 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1646  protein of unknown function DUF558  36.48 
 
 
291 aa  99  5e-20  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.600892  hitchhiker  0.00800846 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3387  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.47 
 
 
263 aa  99  6e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0765647  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1319  hypothetical protein  29.07 
 
 
247 aa  97.1  2e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.681076  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07670  conserved hypothetical protein TIGR00046  32.47 
 
 
260 aa  95.5  7e-19  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.437211 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2493  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.7 
 
 
247 aa  93.2  3e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0419762  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12770  conserved hypothetical protein TIGR00046  27.88 
 
 
249 aa  92  6e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000425435  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2054  hypothetical protein  35.87 
 
 
249 aa  91.3  1e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2303  hypothetical protein  29.6 
 
 
246 aa  90.5  2e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2283  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.39 
 
 
250 aa  90.5  2e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0446  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.62 
 
 
260 aa  87.4  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2434  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.36 
 
 
249 aa  87.4  2e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000454475  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3079  hypothetical protein  30.36 
 
 
244 aa  87  2e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1145  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.32 
 
 
253 aa  85.9  5e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0610  protein of unknown function DUF558  33.33 
 
 
251 aa  85.9  5e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3037  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.77 
 
 
249 aa  85.5  7e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000274607  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1998  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.95 
 
 
250 aa  85.5  7e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3110  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.58 
 
 
247 aa  84.7  0.000000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00328118  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03190  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.18 
 
 
239 aa  84.7  0.000000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4859  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.34 
 
 
239 aa  83.6  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.771335  normal  0.0487283 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0268  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.11 
 
 
246 aa  84.3  0.000000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.104604 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4985  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.34 
 
 
239 aa  83.6  0.000000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0719  hypothetical protein  33.95 
 
 
246 aa  83.6  0.000000000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000868128  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.2 
 
 
244 aa  83.2  0.000000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2076  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  25.89 
 
 
245 aa  82.4  0.000000000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1549  hypothetical protein  30.49 
 
 
259 aa  82.4  0.000000000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4594  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.25 
 
 
235 aa  82  0.000000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.246782  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5035  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.88 
 
 
239 aa  82  0.000000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1795  protein of unknown function DUF558  29.3 
 
 
245 aa  81.3  0.00000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2370  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.18 
 
 
248 aa  81.3  0.00000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00405719  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0519  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.7 
 
 
240 aa  80.1  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2983  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.42 
 
 
247 aa  80.9  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1575  hypothetical protein  25.56 
 
 
248 aa  80.1  0.00000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0110049  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0420  protein of unknown function DUF558  31.56 
 
 
244 aa  80.1  0.00000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05450  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.28 
 
 
240 aa  79.3  0.00000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.689901  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1288  hypothetical protein  27.56 
 
 
242 aa  79  0.00000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.690176  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0479  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.95 
 
 
239 aa  78.2  0.00000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1285  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.33 
 
 
243 aa  77.8  0.0000000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1332  protein of unknown function DUF558  23.32 
 
 
246 aa  78.2  0.0000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000369372  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0049  hypothetical protein  33.04 
 
 
242 aa  77.4  0.0000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2251  hypothetical protein  26.57 
 
 
245 aa  77  0.0000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00851758  unclonable  0.000000139128 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01646  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.22 
 
 
244 aa  76.6  0.0000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1500  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.12 
 
 
246 aa  76.3  0.0000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0500353  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2601  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.75 
 
 
251 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00264444 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5076  conserved hypothetical protein TIGR00046  29.03 
 
 
239 aa  75.9  0.0000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1823  hypothetical protein  27.57 
 
 
245 aa  75.5  0.0000000000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.432103  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5288  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.49 
 
 
239 aa  75.1  0.0000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1669  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.32 
 
 
250 aa  75.1  0.0000000000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1635  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  24.32 
 
 
250 aa  75.1  0.0000000000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.404818  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0412  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.84 
 
 
241 aa  75.1  0.0000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0097  protein of unknown function DUF558  36.36 
 
 
250 aa  74.7  0.000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1016  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.1 
 
 
258 aa  74.3  0.000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2013  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28 
 
 
245 aa  74.3  0.000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.551557 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0453  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.57 
 
 
239 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.64 
 
 
249 aa  73.9  0.000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00520295  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1186  protein of unknown function DUF558  26.38 
 
 
240 aa  73.6  0.000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0115216 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2843  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.13 
 
 
249 aa  72.8  0.000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0201  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.48 
 
 
247 aa  72.8  0.000000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0247  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.39 
 
 
240 aa  72.8  0.000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.148044  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0561  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.94 
 
 
251 aa  72  0.000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.535784  normal  0.280221 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3332  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.2 
 
 
243 aa  72  0.000000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000119246  normal  0.831105 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3719  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.37 
 
 
255 aa  71.6  0.000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.155936 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0690  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.2 
 
 
243 aa  71.6  0.000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000126975  normal  0.647464 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>