More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_1549 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007498  Pcar_1549  hypothetical protein  100 
 
 
259 aa  526  1e-149  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3218  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.6 
 
 
257 aa  139  6e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000318733  hitchhiker  0.0000151601 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1795  protein of unknown function DUF558  41.76 
 
 
245 aa  132  3.9999999999999996e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1319  hypothetical protein  35.07 
 
 
247 aa  127  1.0000000000000001e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.681076  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2076  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.08 
 
 
245 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0610  protein of unknown function DUF558  34.47 
 
 
251 aa  120  9.999999999999999e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3079  hypothetical protein  32.02 
 
 
244 aa  121  9.999999999999999e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2303  hypothetical protein  37.07 
 
 
246 aa  119  6e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3387  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.77 
 
 
263 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0765647  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0361  hypothetical protein  32.39 
 
 
248 aa  117  1.9999999999999998e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0811383  normal  0.947003 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12770  conserved hypothetical protein TIGR00046  34.48 
 
 
249 aa  114  1.0000000000000001e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000425435  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.09 
 
 
244 aa  114  2.0000000000000002e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2136  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.32 
 
 
257 aa  113  3e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0581453 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2283  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.04 
 
 
250 aa  113  3e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1998  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.48 
 
 
250 aa  112  5e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.24 
 
 
246 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1575  hypothetical protein  29.49 
 
 
248 aa  111  1.0000000000000001e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0110049  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2493  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.74 
 
 
247 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0419762  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2394  protein of unknown function DUF558  35.87 
 
 
255 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.691799  normal  0.564861 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3038  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  39.41 
 
 
260 aa  110  3e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3110  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.62 
 
 
247 aa  110  3e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00328118  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2960  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.58 
 
 
248 aa  109  3e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000379617  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  34.88 
 
 
244 aa  108  6e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0240  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.95 
 
 
246 aa  108  9.000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000270837  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1732  hypothetical protein  28.76 
 
 
245 aa  108  1e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.127797  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2865  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.31 
 
 
244 aa  105  8e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3004  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.31 
 
 
244 aa  104  2e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3334  hypothetical protein  31.47 
 
 
242 aa  103  2e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0392  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.14 
 
 
255 aa  103  3e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.14 
 
 
255 aa  103  3e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2843  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.71 
 
 
249 aa  103  3e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3313  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.14 
 
 
255 aa  103  3e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0587  hypothetical protein  31.39 
 
 
246 aa  103  3e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.256095  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3472  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.14 
 
 
255 aa  103  3e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4289  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.54 
 
 
246 aa  103  3e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00156993  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1252  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.14 
 
 
255 aa  103  3e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.495973  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3435  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.47 
 
 
255 aa  102  4e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1722  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  41.21 
 
 
251 aa  102  4e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3470  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.47 
 
 
255 aa  102  5e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2370  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.04 
 
 
248 aa  102  7e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00405719  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0152  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.17 
 
 
255 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0635  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.17 
 
 
255 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3719  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.47 
 
 
255 aa  100  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.155936 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03291  hypothetical protein  30.77 
 
 
242 aa  100  2e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1461  protein of unknown function DUF558  36.26 
 
 
245 aa  100  2e-20  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.7294  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0467  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.48 
 
 
241 aa  100  3e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1332  protein of unknown function DUF558  28.83 
 
 
246 aa  99.8  4e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000369372  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3944  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.74 
 
 
247 aa  99.4  5e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0602  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.06 
 
 
255 aa  99  7e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.982117 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2434  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.77 
 
 
249 aa  98.6  8e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000454475  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2013  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.48 
 
 
245 aa  97.8  1e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.551557 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1192  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.13 
 
 
256 aa  98.2  1e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0247  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.49 
 
 
240 aa  98.6  1e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.148044  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0446  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.5 
 
 
260 aa  97.4  2e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2983  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.58 
 
 
247 aa  97.4  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0268  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.4 
 
 
246 aa  97.4  2e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.104604 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2054  hypothetical protein  32.06 
 
 
249 aa  96.3  4e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1186  protein of unknown function DUF558  33.16 
 
 
240 aa  96.7  4e-19  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0115216 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0201  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.29 
 
 
247 aa  95.9  5e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1016  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.96 
 
 
258 aa  95.9  5e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3251  protein of unknown function DUF558  30.33 
 
 
244 aa  94.7  1e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.131486  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0995  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.49 
 
 
249 aa  94.7  1e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3037  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.26 
 
 
249 aa  94  2e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000274607  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.13 
 
 
244 aa  94.4  2e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0559  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.36 
 
 
255 aa  94  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.43555 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0143  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.71 
 
 
242 aa  94.4  2e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0257  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.01 
 
 
240 aa  93.6  3e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.58191  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0561  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.33 
 
 
251 aa  93.6  3e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.535784  normal  0.280221 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1572  hypothetical protein  32.88 
 
 
227 aa  93.2  3e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000828981  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0268  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.01 
 
 
240 aa  93.2  4e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0317407  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0549  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.97 
 
 
243 aa  93.2  4e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0226  hypothetical protein  27.78 
 
 
253 aa  92.4  6e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0719  hypothetical protein  30.9 
 
 
246 aa  92.4  6e-18  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000868128  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0535  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.36 
 
 
255 aa  92.4  6e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.42 
 
 
249 aa  91.3  1e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00520295  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2190  protein of unknown function DUF558  31.02 
 
 
256 aa  91.7  1e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2592  protein of unknown function DUF558  27.92 
 
 
249 aa  91.7  1e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2751  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.28 
 
 
254 aa  91.3  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.732304 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1587  hypothetical protein  30.32 
 
 
232 aa  90.9  2e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.721814  normal  0.561066 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0806  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.84 
 
 
249 aa  90.5  2e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000483246  decreased coverage  9.34554e-23 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03572  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.97 
 
 
243 aa  90.9  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002463  ribosomal RNA small subunit methyltransferase E  28.7 
 
 
243 aa  90.9  2e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4859  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.81 
 
 
239 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.771335  normal  0.0487283 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0049  hypothetical protein  29.06 
 
 
242 aa  90.1  3e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0337  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.6 
 
 
247 aa  90.5  3e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3002  protein of unknown function DUF558  27.92 
 
 
249 aa  90.1  3e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3394  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.99 
 
 
251 aa  89.7  4e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000275016  hitchhiker  0.00394981 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4430  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.84 
 
 
249 aa  89.7  4e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00143526  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1513  hypothetical protein  28.78 
 
 
242 aa  89.7  4e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.680118  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.33 
 
 
244 aa  89.7  4e-17  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3444  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.29 
 
 
243 aa  89.7  4e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000682278  hitchhiker  0.00874586 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4985  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30 
 
 
239 aa  89.4  5e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4392  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.26 
 
 
249 aa  89.4  5e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0158003  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4210  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.26 
 
 
249 aa  89.4  5e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0876638  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4048  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.26 
 
 
249 aa  89.4  5e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.702448  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl303  hypothetical protein  29.67 
 
 
238 aa  89.4  5e-17  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  7.40714e-31  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4058  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.26 
 
 
249 aa  89.4  5e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0577638  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2601  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.83 
 
 
251 aa  89.4  5e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00264444 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4536  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.26 
 
 
249 aa  89.4  5e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4333  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.26 
 
 
249 aa  89.4  5e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.98604e-48 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>