More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0434 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0434  3-dehydroquinate synthase  100 
 
 		 356 aa  705    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1664  3-dehydroquinate synthase  78.59 
 
 		 364 aa  523  1e-147  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.825748  normal  0.49413 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1253  3-dehydroquinate synthase  69.23 
 
 		 353 aa  454  1.0000000000000001e-126  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000152397 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3296  3-dehydroquinate synthase  69.23 
 
 		 349 aa  441  1e-123  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.126555  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1717  3-dehydroquinate synthase  43.27 
 
 		 354 aa  231  1e-59  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2208  3-dehydroquinate synthase  39.5 
 
 		 358 aa  209  5e-53  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.349975  normal  0.441501 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2009  3-dehydroquinate synthase  38.73 
 
 		 363 aa  207  2e-52  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000160945 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0659  3-dehydroquinate synthase  39.73 
 
 		 360 aa  207  2e-52  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1074  3-dehydroquinate synthase  34.29 
 
 		 344 aa  207  3e-52  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0781  3-dehydroquinate synthase  40 
 
 		 351 aa  206  4e-52  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.514562  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2951  3-dehydroquinate synthase  40.42 
 
 		 358 aa  206  7e-52  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00000482896  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6533  3-dehydroquinate synthase  39.89 
 
 		 358 aa  205  9e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.121796  hitchhiker  0.00769266 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1088  3-dehydroquinate synthase  39.66 
 
 		 351 aa  204  1e-51  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7572  3-dehydroquinate synthase  40.27 
 
 		 382 aa  204  1e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.498964 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1026  3-dehydroquinate synthase  39.31 
 
 		 351 aa  204  2e-51  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.57507  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12558  3-dehydroquinate synthase  44.11 
 
 		 362 aa  203  3e-51  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000000354876  normal  0.184174 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4296  3-dehydroquinate synthase  42.6 
 
 		 371 aa  202  8e-51  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.67949  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0214  3-dehydroquinate synthase  36.54 
 
 		 358 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0019522  hitchhiker  0.0093174 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17870  3-dehydroquinate synthase  45.59 
 
 		 395 aa  201  9.999999999999999e-51  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.092005  normal  0.568716 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1092  3-dehydroquinate synthase  39.66 
 
 		 368 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0087  3-dehydroquinate synthase  36.84 
 
 		 345 aa  201  1.9999999999999998e-50  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0387598  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0854  3-dehydroquinate synthase  38.44 
 
 		 346 aa  200  3e-50  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00901382  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2327  3-dehydroquinate synthase  42.07 
 
 		 368 aa  200  3.9999999999999996e-50  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0204602  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0533  3-dehydroquinate synthase  39.89 
 
 		 382 aa  200  3.9999999999999996e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.630888 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0473  3-dehydroquinate synthase  35.31 
 
 		 354 aa  199  5e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.068114  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2025  3-dehydroquinate synthase  40 
 
 		 362 aa  199  6e-50  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0881  3-dehydroquinate synthase  38.29 
 
 		 364 aa  199  7e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.100912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0733  3-dehydroquinate synthase  38.29 
 
 		 364 aa  199  7e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0978  3-dehydroquinate synthase  40.23 
 
 		 360 aa  198  1.0000000000000001e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.105687  normal  0.163627 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3247  3-dehydroquinate synthase  38.64 
 
 		 368 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2969  3-dehydroquinate synthase  38.64 
 
 		 368 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.351532  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0380  3-dehydroquinate synthase  36.01 
 
 		 560 aa  197  2.0000000000000003e-49  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0388  3-dehydroquinate synthase  39.89 
 
 		 365 aa  197  3e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2390  3-dehydroquinate synthase  36.83 
 
 		 370 aa  196  4.0000000000000005e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0396  3-dehydroquinate synthase  39.85 
 
 		 383 aa  196  6e-49  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.553566 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0682  3-dehydroquinate synthase  31.56 
 
 		 363 aa  196  6e-49  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.833789  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2900  3-dehydroquinate synthase  38.64 
 
 		 368 aa  196  6e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.146748 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0995  3-dehydroquinate synthase  36.36 
 
 		 369 aa  195  8.000000000000001e-49  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3065  3-dehydroquinate synthase  37.33 
 
 		 375 aa  195  9e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.497615  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00027  3-dehydroquinate synthase  34.26 
 
 		 366 aa  195  1e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2616  3-dehydroquinate synthase  42.56 
 
 		 371 aa  195  1e-48  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1265  3-dehydroquinate synthase  38.38 
 
 		 348 aa  194  2e-48  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0491  3-dehydroquinate synthase  39.63 
 
 		 383 aa  194  2e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5179  3-dehydroquinate synthase  33.98 
 
 		 364 aa  194  2e-48  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.981519  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1334  3-dehydroquinate synthase  42.29 
 
 		 380 aa  193  3e-48  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.904489 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2205  3-dehydroquinate synthase  36.06 
 
 		 366 aa  194  3e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000150156  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0878  3-dehydroquinate synthase  40.52 
 
 		 366 aa  193  3e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.365925 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15460  3-dehydroquinate synthase  41.44 
 
 		 368 aa  193  4e-48  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.47126  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0287  3-dehydroquinate synthase  34.48 
 
 		 359 aa  193  4e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5078  3-dehydroquinate synthase  39.71 
 
 		 365 aa  193  5e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2494  3-dehydroquinate synthase  39.32 
 
 		 363 aa  193  5e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3697  3-dehydroquinate synthase  35.34 
 
 		 359 aa  192  6e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0194599  normal  0.984962 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2414  3-dehydroquinate synthase  37.69 
 
 		 365 aa  192  6e-48  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0964  3-dehydroquinate synthase  35.54 
 
 		 369 aa  192  7e-48  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0525  3-dehydroquinate synthase  40.92 
 
 		 368 aa  192  7e-48  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0467  3-dehydroquinate synthase  34.01 
 
 		 359 aa  192  9e-48  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0121882  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0248  3-dehydroquinate synthase  35.5 
 
 		 359 aa  192  9e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000249526  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0696  3-dehydroquinate synthase  35.86 
 
 		 352 aa  192  1e-47  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.701677  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12560  3-dehydroquinate synthase  41.06 
 
 		 593 aa  191  1e-47  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.100875  normal  0.530039 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0504  3-dehydroquinate synthase  39.36 
 
 		 381 aa  191  1e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4951  3-dehydroquinate synthase  39.42 
 
 		 365 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3893  3-dehydroquinate synthase  35.34 
 
 		 359 aa  191  1e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000115633  normal  0.386529 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0164  3-dehydroquinate synthase  34.18 
 
 		 356 aa  191  1e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.300731  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07371  3-dehydroquinate synthase  30.66 
 
 		 363 aa  191  2e-47  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5775  3-dehydroquinate synthase  37.64 
 
 		 368 aa  191  2e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0444  3-dehydroquinate synthase  34.1 
 
 		 359 aa  191  2e-47  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0095589  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0665  3-dehydroquinate synthase  33.62 
 
 		 355 aa  191  2e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.0000291417  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5128  3-dehydroquinate synthase  39.07 
 
 		 376 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1701  3-dehydroquinate synthase  39.33 
 
 		 371 aa  191  2e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.16166  normal  0.109076 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0611  bifunctional shikimate kinase/3-dehydroquinate synthase  37.5 
 
 		 540 aa  191  2e-47  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.488786  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1854  3-dehydroquinate synthase  31.68 
 
 		 359 aa  190  2.9999999999999997e-47  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0869188  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0614  3-dehydroquinate synthase  37.5 
 
 		 370 aa  190  2.9999999999999997e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5126  3-dehydroquinate synthase  38.2 
 
 		 367 aa  190  4e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1717  3-dehydroquinate synthase  39.26 
 
 		 372 aa  190  4e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.9764 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3151  3-dehydroquinate synthase  41.42 
 
 		 353 aa  189  5e-47  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07351  3-dehydroquinate synthase  30.39 
 
 		 363 aa  189  5e-47  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.374407  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2685  3-dehydroquinate synthase  36.06 
 
 		 362 aa  189  5e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0391774 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0778  3-dehydroquinate synthase  34.26 
 
 		 363 aa  189  5e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.173055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66600  3-dehydroquinate synthase  37.64 
 
 		 368 aa  189  5e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3597  3-dehydroquinate synthase  36.65 
 
 		 361 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00180341  hitchhiker  0.0000000386379 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5574  3-dehydroquinate synthase  38.83 
 
 		 372 aa  189  7e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.751857  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0536  3-dehydroquinate synthase  40.22 
 
 		 382 aa  189  7e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002328  3-dehydroquinate synthase  34.89 
 
 		 366 aa  189  8e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000221553  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3023  3-dehydroquinate synthase  38.02 
 
 		 358 aa  189  8e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0293  3-dehydroquinate synthase  40.23 
 
 		 382 aa  189  8e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.448053 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0239  3-dehydroquinate synthase  34.75 
 
 		 359 aa  189  9e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000355339  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_410  3-dehydroquinate synthase  33.53 
 
 		 359 aa  189  9e-47  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.246623  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3705  3-dehydroquinate synthase  35.14 
 
 		 359 aa  189  9e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000820021  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2647  3-dehydroquinate synthase  40.73 
 
 		 359 aa  188  1e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.261476  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0268  3-dehydroquinate synthase  36.72 
 
 		 374 aa  188  2e-46  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.230389 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0360  3-dehydroquinate synthase  37.22 
 
 		 361 aa  187  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.173183  normal  0.0544969 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0376  3-dehydroquinate synthase  32.96 
 
 		 358 aa  187  2e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00801427  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0529  3-dehydroquinate synthase  36.53 
 
 		 366 aa  188  2e-46  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2021  3-dehydroquinate synthase  39.17 
 
 		 370 aa  187  2e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.990757  normal  0.0317478 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0411  3-dehydroquinate synthase  37.46 
 
 		 366 aa  187  3e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0359503  normal  0.217295 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4116  3-dehydroquinate synthase  36.57 
 
 		 368 aa  187  3e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000102611 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0679  3-dehydroquinate synthase  37.83 
 
 		 372 aa  187  3e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.241981 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  37.64 
 
 		 593 aa  187  3e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3129  3-dehydroquinate synthase  35.54 
 
 		 368 aa  187  4e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1423  3-dehydroquinate synthase  33.99 
 
 		 356 aa  186  4e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000905299  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>