More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_1717 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_1717  3-dehydroquinate synthase  100 
 
 		 372 aa  738    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.9764 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1608  3-dehydroquinate synthase  64.09 
 
 		 383 aa  453  1.0000000000000001e-126  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.511347 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2487  3-dehydroquinate synthase  63.59 
 
 		 370 aa  446  1.0000000000000001e-124  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.13771  normal  0.0143197 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1432  3-dehydroquinate synthase  62.53 
 
 		 373 aa  446  1.0000000000000001e-124  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.68619  normal  0.103295 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2818  3-dehydroquinate synthase  63.01 
 
 		 370 aa  436  1e-121  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1528  3-dehydroquinate synthase  62.47 
 
 		 370 aa  437  1e-121  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0261057  normal  0.35523 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1478  3-dehydroquinate synthase  63.01 
 
 		 370 aa  437  1e-121  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.389848  normal  0.464781 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  62.3 
 
 		 594 aa  432  1e-120  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1283  3-dehydroquinate synthase  62.47 
 
 		 367 aa  432  1e-120  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.637861  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3595  3-dehydroquinate synthase  60.98 
 
 		 376 aa  430  1e-119  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3888  3-dehydroquinate synthase  61.04 
 
 		 376 aa  426  1e-118  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0114459  decreased coverage  0.00292677 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2564  3-dehydroquinate synthase  60.49 
 
 		 380 aa  412  1e-114  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.443147 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3741  3-dehydroquinate synthase  61.77 
 
 		 385 aa  408  1e-113  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0504  3-dehydroquinate synthase  60.93 
 
 		 381 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4051  3-dehydroquinate synthase  59.73 
 
 		 381 aa  405  1.0000000000000001e-112  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3065  3-dehydroquinate synthase  58.36 
 
 		 375 aa  401  1e-111  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.497615  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0721  3-dehydroquinate synthase  59.89 
 
 		 369 aa  400  9.999999999999999e-111  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.879879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  57.46 
 
 		 593 aa  395  1e-109  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7572  3-dehydroquinate synthase  59.29 
 
 		 382 aa  396  1e-109  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.498964 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2318  3-dehydroquinate synthase  60.28 
 
 		 615 aa  391  1e-108  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0070259 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1131  3-dehydroquinate synthase  59.73 
 
 		 370 aa  389  1e-107  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.547485  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0536  3-dehydroquinate synthase  60.16 
 
 		 382 aa  387  1e-106  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0533  3-dehydroquinate synthase  57.92 
 
 		 382 aa  386  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.630888 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0910  3-dehydroquinate synthase  57.38 
 
 		 378 aa  384  1e-105  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0293  3-dehydroquinate synthase  59.5 
 
 		 382 aa  384  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.448053 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0491  3-dehydroquinate synthase  61.16 
 
 		 383 aa  382  1e-105  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1950  3-dehydroquinate synthase  57.58 
 
 		 378 aa  378  1e-104  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2028  3-dehydroquinate synthase  57.58 
 
 		 378 aa  378  1e-104  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.583475  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0396  3-dehydroquinate synthase  58.93 
 
 		 383 aa  378  1e-104  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.553566 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1899  3-dehydroquinate synthase  57.18 
 
 		 369 aa  379  1e-104  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.867319  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  59.46 
 
 		 579 aa  377  1e-103  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1641  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  60.05 
 
 		 604 aa  375  1e-103  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2169  3-dehydroquinate synthase  58.9 
 
 		 371 aa  376  1e-103  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.105456 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1800  3-dehydroquinate synthase  56.28 
 
 		 368 aa  373  1e-102  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1923  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  60.05 
 
 		 579 aa  374  1e-102  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0886542 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0007  3-dehydroquinate synthase  57.46 
 
 		 369 aa  369  1e-101  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.313295  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  55.52 
 
 		 591 aa  365  1e-100  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0680  3-dehydroquinate synthase  60.56 
 
 		 379 aa  358  8e-98  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.311145 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0037  3-dehydroquinate synthase  51.89 
 
 		 377 aa  355  1e-96  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0315  3-dehydroquinate synthase  53.04 
 
 		 359 aa  342  5.999999999999999e-93  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0328402 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3030  3-dehydroquinate synthase  52.19 
 
 		 361 aa  342  5.999999999999999e-93  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.213133  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2455  3-dehydroquinate synthase  51.24 
 
 		 361 aa  333  3e-90  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0307726  normal  0.543805 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0268  3-dehydroquinate synthase  51.23 
 
 		 374 aa  332  6e-90  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.230389 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  50.27 
 
 		 552 aa  325  7e-88  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2274  3-dehydroquinate synthase  52.16 
 
 		 367 aa  323  2e-87  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.492898  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3129  3-dehydroquinate synthase  50.14 
 
 		 368 aa  319  5e-86  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4112  3-dehydroquinate synthase  47.38 
 
 		 358 aa  311  1e-83  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000335612  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2205  3-dehydroquinate synthase  47.46 
 
 		 366 aa  311  1e-83  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000150156  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4083  3-dehydroquinate synthase  47.25 
 
 		 358 aa  311  2e-83  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000010907  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4201  3-dehydroquinate synthase  47.25 
 
 		 358 aa  310  2.9999999999999997e-83  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000411195  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4002  3-dehydroquinate synthase  47.25 
 
 		 358 aa  309  4e-83  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000746069  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0881  3-dehydroquinate synthase  48.21 
 
 		 364 aa  309  5.9999999999999995e-83  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.100912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0733  3-dehydroquinate synthase  48.21 
 
 		 364 aa  309  5.9999999999999995e-83  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3107  3-dehydroquinate synthase  48.78 
 
 		 370 aa  308  8e-83  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.117886 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3490  3-dehydroquinate synthase  50.14 
 
 		 359 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2685  3-dehydroquinate synthase  47.51 
 
 		 362 aa  307  2.0000000000000002e-82  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0391774 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3705  3-dehydroquinate synthase  46.56 
 
 		 359 aa  306  3e-82  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000820021  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0832  3-dehydroquinate synthase  47.31 
 
 		 365 aa  306  5.0000000000000004e-82  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.162832  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3367  3-dehydroquinate synthase  45.33 
 
 		 359 aa  305  9.000000000000001e-82  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0475831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0248  3-dehydroquinate synthase  45.3 
 
 		 359 aa  305  1.0000000000000001e-81  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000249526  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0321  3-dehydroquinate synthase  50.14 
 
 		 359 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.599528 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2793  3-dehydroquinate synthase  49.59 
 
 		 363 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3697  3-dehydroquinate synthase  45.3 
 
 		 359 aa  304  2.0000000000000002e-81  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0194599  normal  0.984962 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002328  3-dehydroquinate synthase  45.9 
 
 		 366 aa  303  3.0000000000000004e-81  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000221553  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3247  3-dehydroquinate synthase  49.3 
 
 		 368 aa  303  3.0000000000000004e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0287  3-dehydroquinate synthase  45.03 
 
 		 359 aa  303  4.0000000000000003e-81  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0312  3-dehydroquinate synthase  50.14 
 
 		 359 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.567961  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3893  3-dehydroquinate synthase  45.86 
 
 		 359 aa  303  4.0000000000000003e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000115633  normal  0.386529 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5128  3-dehydroquinate synthase  48.62 
 
 		 376 aa  302  5.000000000000001e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0239  3-dehydroquinate synthase  48.86 
 
 		 359 aa  303  5.000000000000001e-81  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000355339  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0341  3-dehydroquinate synthase  46.28 
 
 		 358 aa  302  6.000000000000001e-81  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2714  3-dehydroquinate synthase  49.57 
 
 		 359 aa  302  6.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0871906  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0393  3-dehydroquinate synthase  49.57 
 
 		 359 aa  302  6.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4951  3-dehydroquinate synthase  48.62 
 
 		 365 aa  302  7.000000000000001e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4604  3-dehydroquinate synthase  48.28 
 
 		 366 aa  302  7.000000000000001e-81  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000760296  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0548  3-dehydroquinate synthase  47.98 
 
 		 367 aa  302  7.000000000000001e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0372  3-dehydroquinate synthase  49.29 
 
 		 359 aa  302  8.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0411  3-dehydroquinate synthase  49.45 
 
 		 366 aa  301  9e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0359503  normal  0.217295 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5078  3-dehydroquinate synthase  48.34 
 
 		 365 aa  301  1e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5126  3-dehydroquinate synthase  49.17 
 
 		 367 aa  301  1e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0840  3-dehydroquinate synthase  51.29 
 
 		 360 aa  301  1e-80  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0216  3-dehydroquinate synthase  49.72 
 
 		 364 aa  300  2e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.411301  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1003  3-dehydroquinate synthase  48.62 
 
 		 376 aa  300  2e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2025  3-dehydroquinate synthase  48.86 
 
 		 362 aa  300  3e-80  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0214  3-dehydroquinate synthase  45.18 
 
 		 358 aa  300  3e-80  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0019522  hitchhiker  0.0093174 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3266  3-dehydroquinate synthase  49.03 
 
 		 368 aa  300  3e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.966202  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00027  3-dehydroquinate synthase  46.35 
 
 		 366 aa  300  3e-80  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0388  3-dehydroquinate synthase  48.07 
 
 		 365 aa  300  3e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0704  3-dehydroquinate synthase  47.55 
 
 		 367 aa  300  4e-80  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0735  3-dehydroquinate synthase  47.55 
 
 		 367 aa  299  4e-80  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.116609  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0331  3-dehydroquinate synthase  49.17 
 
 		 359 aa  299  5e-80  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.274632  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1877  3-dehydroquinate synthase  47.52 
 
 		 388 aa  299  6e-80  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.384735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2167  3-dehydroquinate synthase  46.65 
 
 		 369 aa  299  6e-80  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.563786  normal  0.738414 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5775  3-dehydroquinate synthase  46.87 
 
 		 368 aa  298  9e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0703  3-dehydroquinate synthase  48.87 
 
 		 366 aa  298  1e-79  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66600  3-dehydroquinate synthase  46.83 
 
 		 368 aa  298  1e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2969  3-dehydroquinate synthase  48.48 
 
 		 368 aa  297  2e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.351532  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0296  3-dehydroquinate synthase  50.71 
 
 		 359 aa  297  2e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2660  3-dehydroquinate synthase  46.78 
 
 		 362 aa  297  2e-79  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000170461 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2136  3-dehydroquinate synthase  46.9 
 
 		 358 aa  296  3e-79  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.122395  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>