More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17029_1478 on replicon NC_009049
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_1528  3-dehydroquinate synthase  92.16 
 
 		 370 aa  669    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0261057  normal  0.35523 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2818  3-dehydroquinate synthase  99.46 
 
 		 370 aa  722    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1478  3-dehydroquinate synthase  100 
 
 		 370 aa  726    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.389848  normal  0.464781 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1432  3-dehydroquinate synthase  76.99 
 
 		 373 aa  552  1e-156  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.68619  normal  0.103295 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2487  3-dehydroquinate synthase  75.54 
 
 		 370 aa  550  1e-155  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.13771  normal  0.0143197 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1608  3-dehydroquinate synthase  76.32 
 
 		 383 aa  547  1e-155  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.511347 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1283  3-dehydroquinate synthase  72.73 
 
 		 367 aa  522  1e-147  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.637861  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1717  3-dehydroquinate synthase  63.01 
 
 		 372 aa  437  1e-121  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.9764 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3888  3-dehydroquinate synthase  57.49 
 
 		 376 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0114459  decreased coverage  0.00292677 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3595  3-dehydroquinate synthase  58.63 
 
 		 376 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  58.47 
 
 		 594 aa  398  9.999999999999999e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2564  3-dehydroquinate synthase  56.79 
 
 		 380 aa  397  1e-109  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.443147 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4051  3-dehydroquinate synthase  55.92 
 
 		 381 aa  390  1e-107  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3065  3-dehydroquinate synthase  55.62 
 
 		 375 aa  381  1e-105  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.497615  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7572  3-dehydroquinate synthase  56.91 
 
 		 382 aa  381  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.498964 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3741  3-dehydroquinate synthase  60.29 
 
 		 385 aa  379  1e-104  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2028  3-dehydroquinate synthase  56.32 
 
 		 378 aa  373  1e-102  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.583475  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1950  3-dehydroquinate synthase  56.32 
 
 		 378 aa  373  1e-102  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  54.82 
 
 		 593 aa  371  1e-102  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1131  3-dehydroquinate synthase  55.19 
 
 		 370 aa  369  1e-101  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.547485  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0504  3-dehydroquinate synthase  55.43 
 
 		 381 aa  366  1e-100  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0910  3-dehydroquinate synthase  53.93 
 
 		 378 aa  365  1e-100  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1800  3-dehydroquinate synthase  55.07 
 
 		 368 aa  365  1e-100  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2169  3-dehydroquinate synthase  55.77 
 
 		 371 aa  366  1e-100  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.105456 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  58.1 
 
 		 579 aa  361  1e-98  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1899  3-dehydroquinate synthase  54.64 
 
 		 369 aa  359  4e-98  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.867319  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0533  3-dehydroquinate synthase  52.85 
 
 		 382 aa  357  9.999999999999999e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.630888 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0721  3-dehydroquinate synthase  54.7 
 
 		 369 aa  353  2e-96  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.879879  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1923  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  56.6 
 
 		 579 aa  353  2.9999999999999997e-96  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0886542 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1641  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  56.6 
 
 		 604 aa  353  4e-96  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0491  3-dehydroquinate synthase  56.68 
 
 		 383 aa  351  1e-95  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0536  3-dehydroquinate synthase  55.43 
 
 		 382 aa  350  3e-95  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2318  3-dehydroquinate synthase  55.65 
 
 		 615 aa  348  1e-94  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0070259 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0037  3-dehydroquinate synthase  47.47 
 
 		 377 aa  348  1e-94  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0007  3-dehydroquinate synthase  54.02 
 
 		 369 aa  347  2e-94  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.313295  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0293  3-dehydroquinate synthase  53.89 
 
 		 382 aa  343  2e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.448053 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0396  3-dehydroquinate synthase  54.84 
 
 		 383 aa  340  2.9999999999999998e-92  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.553566 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  52.69 
 
 		 591 aa  335  5.999999999999999e-91  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0680  3-dehydroquinate synthase  56.44 
 
 		 379 aa  328  6e-89  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.311145 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2455  3-dehydroquinate synthase  49.73 
 
 		 361 aa  319  5e-86  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0307726  normal  0.543805 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0315  3-dehydroquinate synthase  49.17 
 
 		 359 aa  317  1e-85  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0328402 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  49.17 
 
 		 552 aa  299  4e-80  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2274  3-dehydroquinate synthase  49.57 
 
 		 367 aa  299  6e-80  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.492898  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0268  3-dehydroquinate synthase  49.14 
 
 		 374 aa  297  2e-79  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.230389 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3030  3-dehydroquinate synthase  48.86 
 
 		 361 aa  297  2e-79  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.213133  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0703  3-dehydroquinate synthase  46.78 
 
 		 366 aa  296  3e-79  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5126  3-dehydroquinate synthase  48.36 
 
 		 367 aa  295  6e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2969  3-dehydroquinate synthase  47.55 
 
 		 368 aa  294  2e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.351532  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0239  3-dehydroquinate synthase  45.3 
 
 		 359 aa  292  7e-78  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000355339  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0733  3-dehydroquinate synthase  46.37 
 
 		 364 aa  291  1e-77  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0881  3-dehydroquinate synthase  46.37 
 
 		 364 aa  291  1e-77  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.100912  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00027  3-dehydroquinate synthase  44.51 
 
 		 366 aa  291  2e-77  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2136  3-dehydroquinate synthase  45.33 
 
 		 358 aa  290  3e-77  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.122395  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002328  3-dehydroquinate synthase  45.45 
 
 		 366 aa  290  3e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000221553  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3247  3-dehydroquinate synthase  46.3 
 
 		 368 aa  290  4e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2319  3-dehydroquinate synthase  46.88 
 
 		 369 aa  289  5.0000000000000004e-77  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.245464  normal  0.624104 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5078  3-dehydroquinate synthase  46.83 
 
 		 365 aa  288  1e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4951  3-dehydroquinate synthase  46.83 
 
 		 365 aa  288  1e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0388  3-dehydroquinate synthase  46.41 
 
 		 365 aa  288  1e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3266  3-dehydroquinate synthase  46.01 
 
 		 368 aa  288  1e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.966202  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1114  3-dehydroquinate synthase  44.94 
 
 		 362 aa  288  1e-76  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0407056  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0214  3-dehydroquinate synthase  43.24 
 
 		 358 aa  287  2e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0019522  hitchhiker  0.0093174 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5128  3-dehydroquinate synthase  46.56 
 
 		 376 aa  287  2e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2685  3-dehydroquinate synthase  45.13 
 
 		 362 aa  287  2.9999999999999996e-76  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0391774 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4264  3-dehydroquinate synthase  43.09 
 
 		 358 aa  286  4e-76  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00482631  normal  0.106006 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0411  3-dehydroquinate synthase  47.66 
 
 		 366 aa  286  4e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0359503  normal  0.217295 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2900  3-dehydroquinate synthase  46.2 
 
 		 368 aa  286  5e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.146748 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3705  3-dehydroquinate synthase  43.9 
 
 		 359 aa  285  8e-76  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000820021  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0832  3-dehydroquinate synthase  45.48 
 
 		 365 aa  285  8e-76  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.162832  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0287  3-dehydroquinate synthase  44.35 
 
 		 359 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0548  3-dehydroquinate synthase  46.93 
 
 		 367 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0840  3-dehydroquinate synthase  49.72 
 
 		 360 aa  285  1.0000000000000001e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4002  3-dehydroquinate synthase  43.17 
 
 		 358 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000746069  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4201  3-dehydroquinate synthase  43.17 
 
 		 358 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000411195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4083  3-dehydroquinate synthase  43.17 
 
 		 358 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000010907  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0341  3-dehydroquinate synthase  44.35 
 
 		 358 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0216  3-dehydroquinate synthase  48.71 
 
 		 364 aa  283  3.0000000000000004e-75  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.411301  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0248  3-dehydroquinate synthase  43.05 
 
 		 359 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000249526  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4112  3-dehydroquinate synthase  43.17 
 
 		 358 aa  283  4.0000000000000003e-75  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000335612  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3697  3-dehydroquinate synthase  43.79 
 
 		 359 aa  283  4.0000000000000003e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0194599  normal  0.984962 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3893  3-dehydroquinate synthase  43.79 
 
 		 359 aa  283  4.0000000000000003e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000115633  normal  0.386529 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66600  3-dehydroquinate synthase  45.56 
 
 		 368 aa  281  1e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4116  3-dehydroquinate synthase  44.23 
 
 		 368 aa  280  2e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000102611 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3367  3-dehydroquinate synthase  44.86 
 
 		 359 aa  280  2e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0475831  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00509  3-dehydroquinate synthase  44.26 
 
 		 350 aa  280  3e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0026349  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2793  3-dehydroquinate synthase  46.37 
 
 		 363 aa  280  3e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0409  3-dehydroquinate synthase  47.54 
 
 		 367 aa  280  4e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5775  3-dehydroquinate synthase  45.56 
 
 		 368 aa  279  5e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2205  3-dehydroquinate synthase  44.23 
 
 		 366 aa  279  6e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000150156  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0085  3-dehydroquinate synthase  42.94 
 
 		 361 aa  279  7e-74  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00165571 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3683  3-dehydroquinate synthase  45.48 
 
 		 362 aa  278  1e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0345563  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3490  3-dehydroquinate synthase  47.11 
 
 		 359 aa  278  1e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0321  3-dehydroquinate synthase  47.4 
 
 		 359 aa  277  2e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.599528 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3129  3-dehydroquinate synthase  44.35 
 
 		 368 aa  277  2e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2660  3-dehydroquinate synthase  44.67 
 
 		 362 aa  276  4e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000170461 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0312  3-dehydroquinate synthase  47.4 
 
 		 359 aa  276  4e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.567961  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3758  3-dehydroquinate synthase  45.21 
 
 		 362 aa  276  5e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0998523  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3854  3-dehydroquinate synthase  45.21 
 
 		 362 aa  276  5e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00247011  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3685  3-dehydroquinate synthase  45.21 
 
 		 362 aa  276  5e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000289356  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3792  3-dehydroquinate synthase  45.21 
 
 		 362 aa  276  5e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0348959  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>