More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3247 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2900  3-dehydroquinate synthase  95.92 
 
 
368 aa  711    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.146748 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2969  3-dehydroquinate synthase  90.49 
 
 
368 aa  674    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.351532  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3247  3-dehydroquinate synthase  100 
 
 
368 aa  743    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3266  3-dehydroquinate synthase  82.34 
 
 
368 aa  622  1e-177  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.966202  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3129  3-dehydroquinate synthase  80.98 
 
 
368 aa  618  1e-176  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2793  3-dehydroquinate synthase  73.45 
 
 
363 aa  525  1e-148  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3597  3-dehydroquinate synthase  72.35 
 
 
361 aa  524  1e-147  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00180341  hitchhiker  0.0000000386379 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0360  3-dehydroquinate synthase  72.35 
 
 
361 aa  523  1e-147  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.173183  normal  0.0544969 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3490  3-dehydroquinate synthase  71.47 
 
 
359 aa  511  1e-144  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0372  3-dehydroquinate synthase  71.47 
 
 
359 aa  509  1e-143  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0321  3-dehydroquinate synthase  71.47 
 
 
359 aa  509  1e-143  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.599528 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2714  3-dehydroquinate synthase  71.19 
 
 
359 aa  509  1e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0871906  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0393  3-dehydroquinate synthase  71.19 
 
 
359 aa  509  1e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0312  3-dehydroquinate synthase  71.19 
 
 
359 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.567961  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3023  3-dehydroquinate synthase  71.67 
 
 
358 aa  503  1e-141  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0296  3-dehydroquinate synthase  71.91 
 
 
359 aa  502  1e-141  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3757  3-dehydroquinate synthase  70.9 
 
 
359 aa  500  1e-140  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2746  3-dehydroquinate synthase  70.9 
 
 
359 aa  500  1e-140  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3728  3-dehydroquinate synthase  70.9 
 
 
359 aa  500  1e-140  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.278518  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3699  3-dehydroquinate synthase  70.9 
 
 
359 aa  500  1e-140  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00532697  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2796  3-dehydroquinate synthase  70.9 
 
 
359 aa  500  1e-140  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1758  3-dehydroquinate synthase  70.9 
 
 
359 aa  500  1e-140  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3207  3-dehydroquinate synthase  70.9 
 
 
359 aa  500  1e-140  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0892348  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0085  3-dehydroquinate synthase  61.86 
 
 
361 aa  467  9.999999999999999e-131  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00165571 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0088  3-dehydroquinate synthase  62.43 
 
 
361 aa  460  9.999999999999999e-129  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.627876  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3107  3-dehydroquinate synthase  65.62 
 
 
370 aa  456  1e-127  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.117886 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0315  3-dehydroquinate synthase  62.98 
 
 
359 aa  452  1.0000000000000001e-126  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0328402 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1146  3-dehydroquinate synthase  63.82 
 
 
370 aa  435  1e-121  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5574  3-dehydroquinate synthase  60.96 
 
 
372 aa  432  1e-120  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.751857  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2926  3-dehydroquinate synthase  62.08 
 
 
368 aa  431  1e-119  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0704  3-dehydroquinate synthase  61.17 
 
 
367 aa  426  1e-118  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0735  3-dehydroquinate synthase  61.17 
 
 
367 aa  426  1e-118  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.116609  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5078  3-dehydroquinate synthase  59.62 
 
 
365 aa  422  1e-117  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0679  3-dehydroquinate synthase  60 
 
 
372 aa  422  1e-117  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.241981 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1003  3-dehydroquinate synthase  61.69 
 
 
376 aa  424  1e-117  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4951  3-dehydroquinate synthase  59.35 
 
 
365 aa  420  1e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0548  3-dehydroquinate synthase  60.22 
 
 
367 aa  419  1e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5128  3-dehydroquinate synthase  59.73 
 
 
376 aa  419  1e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2455  3-dehydroquinate synthase  60.29 
 
 
361 aa  418  1e-116  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0307726  normal  0.543805 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0388  3-dehydroquinate synthase  60.11 
 
 
365 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0787  3-dehydroquinate synthase  59.72 
 
 
388 aa  417  9.999999999999999e-116  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3400  3-dehydroquinate synthase  60.85 
 
 
373 aa  413  1e-114  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5775  3-dehydroquinate synthase  59.56 
 
 
368 aa  410  1e-113  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66600  3-dehydroquinate synthase  59.28 
 
 
368 aa  409  1e-113  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5126  3-dehydroquinate synthase  57.98 
 
 
367 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2136  3-dehydroquinate synthase  56.67 
 
 
358 aa  406  1.0000000000000001e-112  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.122395  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0832  3-dehydroquinate synthase  60.62 
 
 
365 aa  407  1.0000000000000001e-112  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.162832  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3030  3-dehydroquinate synthase  60.5 
 
 
361 aa  404  1e-111  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.213133  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0840  3-dehydroquinate synthase  62.28 
 
 
360 aa  403  1e-111  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0411  3-dehydroquinate synthase  59.94 
 
 
366 aa  402  1e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0359503  normal  0.217295 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2685  3-dehydroquinate synthase  58.71 
 
 
362 aa  402  1e-111  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0391774 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2279  3-dehydroquinate synthase  58.97 
 
 
373 aa  400  9.999999999999999e-111  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3367  3-dehydroquinate synthase  56.53 
 
 
359 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0475831  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0216  3-dehydroquinate synthase  58.99 
 
 
364 aa  396  1e-109  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.411301  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0703  3-dehydroquinate synthase  55.37 
 
 
366 aa  396  1e-109  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0287  3-dehydroquinate synthase  55.06 
 
 
359 aa  392  1e-108  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0409  3-dehydroquinate synthase  57.7 
 
 
367 aa  392  1e-108  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3697  3-dehydroquinate synthase  55.34 
 
 
359 aa  394  1e-108  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0194599  normal  0.984962 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0248  3-dehydroquinate synthase  57.1 
 
 
359 aa  393  1e-108  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000249526  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0376  3-dehydroquinate synthase  53.76 
 
 
358 aa  394  1e-108  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00801427  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3893  3-dehydroquinate synthase  55.34 
 
 
359 aa  393  1e-108  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000115633  normal  0.386529 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3705  3-dehydroquinate synthase  56.6 
 
 
359 aa  390  1e-107  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000820021  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4116  3-dehydroquinate synthase  56.94 
 
 
368 aa  391  1e-107  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000102611 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0733  3-dehydroquinate synthase  55.21 
 
 
364 aa  388  1e-107  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0881  3-dehydroquinate synthase  55.21 
 
 
364 aa  388  1e-107  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.100912  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4112  3-dehydroquinate synthase  57.18 
 
 
358 aa  386  1e-106  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000335612  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0214  3-dehydroquinate synthase  53.89 
 
 
358 aa  385  1e-106  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0019522  hitchhiker  0.0093174 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4083  3-dehydroquinate synthase  56.89 
 
 
358 aa  384  1e-106  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000010907  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4201  3-dehydroquinate synthase  57.18 
 
 
358 aa  387  1e-106  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000411195  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4002  3-dehydroquinate synthase  57.18 
 
 
358 aa  386  1e-106  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000746069  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0016  3-dehydroquinate synthase  58.66 
 
 
373 aa  384  1e-105  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.691661  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45240  3-dehydroquinate synthase  58.71 
 
 
367 aa  382  1e-105  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0239  3-dehydroquinate synthase  56.51 
 
 
359 aa  380  1e-104  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000355339  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0331  3-dehydroquinate synthase  57.14 
 
 
359 aa  375  1e-103  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.274632  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00509  3-dehydroquinate synthase  57.06 
 
 
350 aa  377  1e-103  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0026349  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4604  3-dehydroquinate synthase  55.39 
 
 
366 aa  375  1e-103  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000760296  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0473  3-dehydroquinate synthase  53.08 
 
 
354 aa  372  1e-102  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.068114  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0253  3-dehydroquinate synthase  57.83 
 
 
359 aa  373  1e-102  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0341  3-dehydroquinate synthase  53.46 
 
 
358 aa  373  1e-102  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0268  3-dehydroquinate synthase  53.5 
 
 
374 aa  373  1e-102  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.230389 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0164  3-dehydroquinate synthase  52.81 
 
 
356 aa  372  1e-102  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.300731  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3683  3-dehydroquinate synthase  56.4 
 
 
362 aa  369  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0345563  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1877  3-dehydroquinate synthase  54.44 
 
 
388 aa  370  1e-101  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.384735  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1114  3-dehydroquinate synthase  52.29 
 
 
362 aa  369  1e-101  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0407056  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3854  3-dehydroquinate synthase  56.4 
 
 
362 aa  367  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00247011  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3792  3-dehydroquinate synthase  56.4 
 
 
362 aa  367  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0348959  normal 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_38791  predicted protein  53.78 
 
 
368 aa  368  1e-100  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0409062  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2167  3-dehydroquinate synthase  53.89 
 
 
369 aa  367  1e-100  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.563786  normal  0.738414 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3758  3-dehydroquinate synthase  56.4 
 
 
362 aa  367  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0998523  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0665  3-dehydroquinate synthase  51.97 
 
 
355 aa  365  1e-100  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.0000291417  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2762  3-dehydroquinate synthase  55.83 
 
 
364 aa  367  1e-100  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.998331 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3685  3-dehydroquinate synthase  56.4 
 
 
362 aa  367  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000289356  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4264  3-dehydroquinate synthase  52.35 
 
 
358 aa  364  2e-99  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00482631  normal  0.106006 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0339  3-dehydroquinate synthase  53.37 
 
 
361 aa  362  4e-99  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0401  3-dehydroquinate synthase  54.47 
 
 
366 aa  361  1e-98  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00294823 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002328  3-dehydroquinate synthase  51.59 
 
 
366 aa  360  3e-98  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000221553  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0262  3-dehydroquinate synthase  52.76 
 
 
357 aa  358  6e-98  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00142699  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0261  3-dehydroquinate synthase  55.36 
 
 
361 aa  357  1.9999999999999998e-97  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0707014  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2205  3-dehydroquinate synthase  53.14 
 
 
366 aa  355  5.999999999999999e-97  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000150156  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00027  3-dehydroquinate synthase  51.3 
 
 
366 aa  354  2e-96  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>