More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1283 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1283  3-dehydroquinate synthase  100 
 
 		 367 aa  725    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.637861  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1478  3-dehydroquinate synthase  72.73 
 
 		 370 aa  522  1e-147  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.389848  normal  0.464781 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2818  3-dehydroquinate synthase  72.45 
 
 		 370 aa  519  1e-146  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1528  3-dehydroquinate synthase  71.86 
 
 		 370 aa  513  1e-144  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0261057  normal  0.35523 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2487  3-dehydroquinate synthase  72.75 
 
 		 370 aa  505  9.999999999999999e-143  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.13771  normal  0.0143197 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1432  3-dehydroquinate synthase  72.18 
 
 		 373 aa  503  1e-141  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.68619  normal  0.103295 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1608  3-dehydroquinate synthase  70.25 
 
 		 383 aa  484  1e-136  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.511347 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1717  3-dehydroquinate synthase  62.47 
 
 		 372 aa  432  1e-120  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.9764 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  59.34 
 
 		 594 aa  406  1.0000000000000001e-112  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3595  3-dehydroquinate synthase  60.45 
 
 		 376 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7572  3-dehydroquinate synthase  59.67 
 
 		 382 aa  405  1.0000000000000001e-112  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.498964 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3888  3-dehydroquinate synthase  59.32 
 
 		 376 aa  404  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0114459  decreased coverage  0.00292677 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0504  3-dehydroquinate synthase  59.5 
 
 		 381 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1131  3-dehydroquinate synthase  59.07 
 
 		 370 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.547485  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4051  3-dehydroquinate synthase  60 
 
 		 381 aa  397  1e-109  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1641  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  61.94 
 
 		 604 aa  391  1e-108  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0533  3-dehydroquinate synthase  57.38 
 
 		 382 aa  394  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.630888 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1923  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  61.94 
 
 		 579 aa  391  1e-108  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0886542 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2564  3-dehydroquinate synthase  60.11 
 
 		 380 aa  390  1e-107  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.443147 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0491  3-dehydroquinate synthase  60.27 
 
 		 383 aa  388  1e-107  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3065  3-dehydroquinate synthase  58.4 
 
 		 375 aa  388  1e-107  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.497615  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0536  3-dehydroquinate synthase  58.52 
 
 		 382 aa  386  1e-106  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  60.5 
 
 		 579 aa  385  1e-106  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1950  3-dehydroquinate synthase  57.73 
 
 		 378 aa  381  1e-105  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2028  3-dehydroquinate synthase  57.73 
 
 		 378 aa  381  1e-105  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.583475  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0293  3-dehydroquinate synthase  57.81 
 
 		 382 aa  382  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.448053 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2169  3-dehydroquinate synthase  57.85 
 
 		 371 aa  383  1e-105  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.105456 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0396  3-dehydroquinate synthase  59.02 
 
 		 383 aa  380  1e-104  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.553566 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0910  3-dehydroquinate synthase  56.46 
 
 		 378 aa  372  1e-102  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0680  3-dehydroquinate synthase  58.81 
 
 		 379 aa  364  1e-99  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.311145 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2318  3-dehydroquinate synthase  57.38 
 
 		 615 aa  358  6e-98  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0070259 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  53.54 
 
 		 593 aa  357  1.9999999999999998e-97  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1899  3-dehydroquinate synthase  56.42 
 
 		 369 aa  355  7.999999999999999e-97  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.867319  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0007  3-dehydroquinate synthase  55.07 
 
 		 369 aa  355  8.999999999999999e-97  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.313295  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0721  3-dehydroquinate synthase  55.07 
 
 		 369 aa  353  2e-96  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.879879  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0037  3-dehydroquinate synthase  51.67 
 
 		 377 aa  345  5e-94  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1800  3-dehydroquinate synthase  54.65 
 
 		 368 aa  344  2e-93  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  54.11 
 
 		 591 aa  342  5.999999999999999e-93  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3741  3-dehydroquinate synthase  54.67 
 
 		 385 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2455  3-dehydroquinate synthase  51.78 
 
 		 361 aa  328  1.0000000000000001e-88  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0307726  normal  0.543805 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  50.55 
 
 		 552 aa  317  2e-85  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2274  3-dehydroquinate synthase  51.98 
 
 		 367 aa  312  4.999999999999999e-84  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.492898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0881  3-dehydroquinate synthase  48.61 
 
 		 364 aa  305  6e-82  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.100912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0733  3-dehydroquinate synthase  48.61 
 
 		 364 aa  305  6e-82  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0315  3-dehydroquinate synthase  50 
 
 		 359 aa  305  9.000000000000001e-82  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0328402 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2136  3-dehydroquinate synthase  47.27 
 
 		 358 aa  304  1.0000000000000001e-81  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.122395  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0214  3-dehydroquinate synthase  46.74 
 
 		 358 aa  303  3.0000000000000004e-81  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0019522  hitchhiker  0.0093174 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0703  3-dehydroquinate synthase  46.88 
 
 		 366 aa  303  4.0000000000000003e-81  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3107  3-dehydroquinate synthase  48.63 
 
 		 370 aa  302  5.000000000000001e-81  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.117886 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3030  3-dehydroquinate synthase  49.45 
 
 		 361 aa  302  6.000000000000001e-81  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.213133  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4112  3-dehydroquinate synthase  47.08 
 
 		 358 aa  300  3e-80  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000335612  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2969  3-dehydroquinate synthase  49.02 
 
 		 368 aa  299  5e-80  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.351532  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4002  3-dehydroquinate synthase  46.8 
 
 		 358 aa  297  2e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000746069  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0239  3-dehydroquinate synthase  46.39 
 
 		 359 aa  297  2e-79  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000355339  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2685  3-dehydroquinate synthase  47.12 
 
 		 362 aa  297  2e-79  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0391774 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4201  3-dehydroquinate synthase  46.8 
 
 		 358 aa  297  2e-79  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000411195  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2900  3-dehydroquinate synthase  47.93 
 
 		 368 aa  296  3e-79  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.146748 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0268  3-dehydroquinate synthase  50.82 
 
 		 374 aa  296  3e-79  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.230389 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3893  3-dehydroquinate synthase  46.39 
 
 		 359 aa  296  3e-79  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000115633  normal  0.386529 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0248  3-dehydroquinate synthase  46.11 
 
 		 359 aa  296  4e-79  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000249526  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4083  3-dehydroquinate synthase  46.52 
 
 		 358 aa  295  6e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000010907  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3697  3-dehydroquinate synthase  46.11 
 
 		 359 aa  295  6e-79  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0194599  normal  0.984962 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0287  3-dehydroquinate synthase  45.83 
 
 		 359 aa  294  1e-78  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4264  3-dehydroquinate synthase  45.96 
 
 		 358 aa  295  1e-78  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00482631  normal  0.106006 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2762  3-dehydroquinate synthase  51.11 
 
 		 364 aa  295  1e-78  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.998331 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0312  3-dehydroquinate synthase  46.43 
 
 		 359 aa  293  2e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.567961  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3247  3-dehydroquinate synthase  48.18 
 
 		 368 aa  293  4e-78  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0321  3-dehydroquinate synthase  46.43 
 
 		 359 aa  292  5e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.599528 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3490  3-dehydroquinate synthase  47.11 
 
 		 359 aa  292  6e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3266  3-dehydroquinate synthase  48.33 
 
 		 368 aa  292  6e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.966202  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0372  3-dehydroquinate synthase  46.43 
 
 		 359 aa  292  8e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66600  3-dehydroquinate synthase  50 
 
 		 368 aa  292  8e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0548  3-dehydroquinate synthase  50 
 
 		 367 aa  291  1e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0216  3-dehydroquinate synthase  49.15 
 
 		 364 aa  291  1e-77  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.411301  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2714  3-dehydroquinate synthase  46.15 
 
 		 359 aa  291  1e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0871906  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0341  3-dehydroquinate synthase  46.67 
 
 		 358 aa  291  1e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0393  3-dehydroquinate synthase  46.15 
 
 		 359 aa  291  1e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3129  3-dehydroquinate synthase  46.83 
 
 		 368 aa  291  2e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0388  3-dehydroquinate synthase  47.66 
 
 		 365 aa  290  2e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1758  3-dehydroquinate synthase  45.88 
 
 		 359 aa  290  3e-77  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5126  3-dehydroquinate synthase  47.51 
 
 		 367 aa  290  3e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2746  3-dehydroquinate synthase  45.88 
 
 		 359 aa  290  3e-77  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3207  3-dehydroquinate synthase  45.88 
 
 		 359 aa  290  3e-77  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0892348  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3728  3-dehydroquinate synthase  45.88 
 
 		 359 aa  290  3e-77  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.278518  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2796  3-dehydroquinate synthase  45.88 
 
 		 359 aa  290  3e-77  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3699  3-dehydroquinate synthase  45.88 
 
 		 359 aa  290  3e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00532697  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3757  3-dehydroquinate synthase  45.88 
 
 		 359 aa  290  3e-77  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5128  3-dehydroquinate synthase  47.93 
 
 		 376 aa  290  4e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4951  3-dehydroquinate synthase  47.93 
 
 		 365 aa  290  4e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5078  3-dehydroquinate synthase  47.93 
 
 		 365 aa  289  6e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3705  3-dehydroquinate synthase  45.83 
 
 		 359 aa  288  1e-76  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000820021  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5775  3-dehydroquinate synthase  49.71 
 
 		 368 aa  286  5.999999999999999e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0840  3-dehydroquinate synthase  49.86 
 
 		 360 aa  285  9e-76  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3367  3-dehydroquinate synthase  45.3 
 
 		 359 aa  285  9e-76  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0475831  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2793  3-dehydroquinate synthase  46.01 
 
 		 363 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2205  3-dehydroquinate synthase  44.41 
 
 		 366 aa  284  2.0000000000000002e-75  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000150156  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3400  3-dehydroquinate synthase  47.08 
 
 		 373 aa  284  2.0000000000000002e-75  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0164  3-dehydroquinate synthase  44.66 
 
 		 356 aa  284  2.0000000000000002e-75  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.300731  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00509  3-dehydroquinate synthase  45.53 
 
 		 350 aa  283  3.0000000000000004e-75  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0026349  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5574  3-dehydroquinate synthase  47.65 
 
 		 372 aa  282  7.000000000000001e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.751857  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>