More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_4051 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_4051  3-dehydroquinate synthase  100 
 
 		 381 aa  768    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3595  3-dehydroquinate synthase  78.86 
 
 		 376 aa  603  1.0000000000000001e-171  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3888  3-dehydroquinate synthase  79.29 
 
 		 376 aa  604  1.0000000000000001e-171  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0114459  decreased coverage  0.00292677 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2564  3-dehydroquinate synthase  77.51 
 
 		 380 aa  589  1e-167  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.443147 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3065  3-dehydroquinate synthase  68.96 
 
 		 375 aa  501  1e-141  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.497615  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2028  3-dehydroquinate synthase  67.49 
 
 		 378 aa  475  1e-133  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.583475  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1950  3-dehydroquinate synthase  67.49 
 
 		 378 aa  475  1e-133  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0910  3-dehydroquinate synthase  66.67 
 
 		 378 aa  472  1e-132  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1432  3-dehydroquinate synthase  61.04 
 
 		 373 aa  434  1e-120  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.68619  normal  0.103295 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2169  3-dehydroquinate synthase  60.65 
 
 		 371 aa  429  1e-119  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.105456 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1131  3-dehydroquinate synthase  59.35 
 
 		 370 aa  424  1e-117  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.547485  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0680  3-dehydroquinate synthase  62.53 
 
 		 379 aa  410  1e-113  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.311145 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0037  3-dehydroquinate synthase  56.22 
 
 		 377 aa  409  1e-113  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1717  3-dehydroquinate synthase  59.73 
 
 		 372 aa  405  1.0000000000000001e-112  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.9764 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  60.16 
 
 		 579 aa  404  1e-111  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1923  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  59.84 
 
 		 579 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0886542 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0504  3-dehydroquinate synthase  57.22 
 
 		 381 aa  397  1e-109  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  58.56 
 
 		 594 aa  395  1e-109  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7572  3-dehydroquinate synthase  57.34 
 
 		 382 aa  396  1e-109  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.498964 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0533  3-dehydroquinate synthase  57.49 
 
 		 382 aa  396  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.630888 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1641  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  59.84 
 
 		 604 aa  398  1e-109  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2318  3-dehydroquinate synthase  60.06 
 
 		 615 aa  397  1e-109  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0070259 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1608  3-dehydroquinate synthase  55.53 
 
 		 383 aa  397  1e-109  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.511347 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1283  3-dehydroquinate synthase  60 
 
 		 367 aa  397  1e-109  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.637861  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2487  3-dehydroquinate synthase  57.92 
 
 		 370 aa  392  1e-108  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.13771  normal  0.0143197 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  55.49 
 
 		 593 aa  389  1e-107  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2818  3-dehydroquinate synthase  55.92 
 
 		 370 aa  390  1e-107  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1478  3-dehydroquinate synthase  55.92 
 
 		 370 aa  390  1e-107  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.389848  normal  0.464781 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0536  3-dehydroquinate synthase  56.95 
 
 		 382 aa  384  1e-105  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0293  3-dehydroquinate synthase  57.22 
 
 		 382 aa  384  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.448053 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1528  3-dehydroquinate synthase  54.27 
 
 		 370 aa  374  1e-102  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0261057  normal  0.35523 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0491  3-dehydroquinate synthase  57.49 
 
 		 383 aa  370  1e-101  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0396  3-dehydroquinate synthase  56.3 
 
 		 383 aa  367  1e-100  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.553566 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3741  3-dehydroquinate synthase  56.11 
 
 		 385 aa  361  1e-98  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1899  3-dehydroquinate synthase  55.06 
 
 		 369 aa  352  7e-96  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.867319  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1800  3-dehydroquinate synthase  52.76 
 
 		 368 aa  333  3e-90  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0007  3-dehydroquinate synthase  52.34 
 
 		 369 aa  328  1.0000000000000001e-88  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.313295  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0721  3-dehydroquinate synthase  51.67 
 
 		 369 aa  323  4e-87  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.879879  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  47.12 
 
 		 591 aa  305  9.000000000000001e-82  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0881  3-dehydroquinate synthase  46.01 
 
 		 364 aa  300  3e-80  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.100912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0733  3-dehydroquinate synthase  46.01 
 
 		 364 aa  300  3e-80  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0548  3-dehydroquinate synthase  50.57 
 
 		 367 aa  299  5e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3030  3-dehydroquinate synthase  49.71 
 
 		 361 aa  298  1e-79  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.213133  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0315  3-dehydroquinate synthase  47.65 
 
 		 359 aa  297  2e-79  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0328402 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0703  3-dehydroquinate synthase  47.51 
 
 		 366 aa  296  4e-79  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0388  3-dehydroquinate synthase  50.71 
 
 		 365 aa  296  4e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  45.8 
 
 		 552 aa  294  2e-78  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2136  3-dehydroquinate synthase  45.28 
 
 		 358 aa  292  5e-78  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.122395  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5775  3-dehydroquinate synthase  49.15 
 
 		 368 aa  291  1e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2455  3-dehydroquinate synthase  48.29 
 
 		 361 aa  291  2e-77  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0307726  normal  0.543805 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1021  3-dehydroquinate synthase  41.94 
 
 		 359 aa  291  2e-77  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66600  3-dehydroquinate synthase  48.02 
 
 		 368 aa  290  3e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5301  3-dehydroquinate synthase  44.54 
 
 		 367 aa  290  4e-77  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1114  3-dehydroquinate synthase  45.94 
 
 		 362 aa  289  6e-77  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0407056  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2274  3-dehydroquinate synthase  47.38 
 
 		 367 aa  289  6e-77  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.492898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5128  3-dehydroquinate synthase  50 
 
 		 376 aa  289  7e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4951  3-dehydroquinate synthase  49.86 
 
 		 365 aa  288  8e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5078  3-dehydroquinate synthase  49.86 
 
 		 365 aa  288  1e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5126  3-dehydroquinate synthase  48.75 
 
 		 367 aa  288  1e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0268  3-dehydroquinate synthase  46.3 
 
 		 374 aa  288  1e-76  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.230389 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2279  3-dehydroquinate synthase  46.01 
 
 		 373 aa  287  2e-76  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06120  3-dehydroquinate synthase  46.81 
 
 		 365 aa  284  2.0000000000000002e-75  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2205  3-dehydroquinate synthase  46.69 
 
 		 366 aa  283  4.0000000000000003e-75  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000150156  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0832  3-dehydroquinate synthase  44.69 
 
 		 365 aa  283  4.0000000000000003e-75  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.162832  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00027  3-dehydroquinate synthase  45.92 
 
 		 366 aa  282  6.000000000000001e-75  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4222  3-dehydroquinate synthase  43.61 
 
 		 366 aa  282  6.000000000000001e-75  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.950152 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4183  3-dehydroquinate synthase  43.61 
 
 		 366 aa  282  6.000000000000001e-75  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0411  3-dehydroquinate synthase  50.28 
 
 		 366 aa  281  1e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0359503  normal  0.217295 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0214  3-dehydroquinate synthase  46.54 
 
 		 358 aa  281  1e-74  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0019522  hitchhiker  0.0093174 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0473  3-dehydroquinate synthase  46.33 
 
 		 354 aa  281  2e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.068114  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0339  3-dehydroquinate synthase  45.75 
 
 		 361 aa  281  2e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0216  3-dehydroquinate synthase  45.43 
 
 		 364 aa  280  3e-74  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.411301  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2685  3-dehydroquinate synthase  46.15 
 
 		 362 aa  280  3e-74  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0391774 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2660  3-dehydroquinate synthase  46.94 
 
 		 362 aa  280  3e-74  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000170461 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1556  3-dehydroquinate synthase  46.94 
 
 		 362 aa  280  4e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2167  3-dehydroquinate synthase  46.51 
 
 		 369 aa  280  4e-74  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.563786  normal  0.738414 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3893  3-dehydroquinate synthase  45.2 
 
 		 359 aa  280  4e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000115633  normal  0.386529 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4386  3-dehydroquinate synthase  43.41 
 
 		 363 aa  278  1e-73  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00709401 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3697  3-dehydroquinate synthase  44.92 
 
 		 359 aa  278  1e-73  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0194599  normal  0.984962 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0659  3-dehydroquinate synthase  45.45 
 
 		 360 aa  278  1e-73  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3129  3-dehydroquinate synthase  45.45 
 
 		 368 aa  278  2e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2793  3-dehydroquinate synthase  46.67 
 
 		 363 aa  277  3e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0409  3-dehydroquinate synthase  48.47 
 
 		 367 aa  277  3e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0321  3-dehydroquinate synthase  46.43 
 
 		 359 aa  276  3e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.599528 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4116  3-dehydroquinate synthase  43.78 
 
 		 368 aa  277  3e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000102611 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3490  3-dehydroquinate synthase  46.11 
 
 		 359 aa  276  4e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0529  3-dehydroquinate synthase  42.54 
 
 		 366 aa  276  4e-73  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002328  3-dehydroquinate synthase  45.89 
 
 		 366 aa  276  5e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000221553  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0401  3-dehydroquinate synthase  45.32 
 
 		 366 aa  275  7e-73  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00294823 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2257  3-dehydroquinate synthase  47.86 
 
 		 354 aa  275  8e-73  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2025  3-dehydroquinate synthase  46.09 
 
 		 362 aa  275  1.0000000000000001e-72  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0287  3-dehydroquinate synthase  44.63 
 
 		 359 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3705  3-dehydroquinate synthase  45.48 
 
 		 359 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000820021  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0525  3-dehydroquinate synthase  45.21 
 
 		 368 aa  274  2.0000000000000002e-72  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2762  3-dehydroquinate synthase  47.16 
 
 		 364 aa  273  2.0000000000000002e-72  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.998331 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0312  3-dehydroquinate synthase  46.15 
 
 		 359 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.567961  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0085  3-dehydroquinate synthase  43.44 
 
 		 361 aa  273  3e-72  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00165571 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1592  3-dehydroquinate synthase  45.1 
 
 		 359 aa  272  5.000000000000001e-72  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3367  3-dehydroquinate synthase  44.38 
 
 		 359 aa  273  5.000000000000001e-72  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0475831  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5179  3-dehydroquinate synthase  40.82 
 
 		 364 aa  272  6e-72  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.981519  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>