More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0007 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_0007  3-dehydroquinate synthase  100 
 
 		 369 aa  737    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.313295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1800  3-dehydroquinate synthase  64.92 
 
 		 368 aa  459  9.999999999999999e-129  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1899  3-dehydroquinate synthase  63.36 
 
 		 369 aa  445  1.0000000000000001e-124  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.867319  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1717  3-dehydroquinate synthase  57.46 
 
 		 372 aa  369  1e-101  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.9764 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3741  3-dehydroquinate synthase  59.56 
 
 		 385 aa  364  1e-99  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  54.67 
 
 		 591 aa  364  1e-99  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2487  3-dehydroquinate synthase  55.96 
 
 		 370 aa  363  3e-99  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.13771  normal  0.0143197 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0721  3-dehydroquinate synthase  56.32 
 
 		 369 aa  360  2e-98  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.879879  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7572  3-dehydroquinate synthase  54.2 
 
 		 382 aa  356  3.9999999999999996e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.498964 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1283  3-dehydroquinate synthase  55.07 
 
 		 367 aa  355  8.999999999999999e-97  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.637861  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0504  3-dehydroquinate synthase  53.83 
 
 		 381 aa  352  5.9999999999999994e-96  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1608  3-dehydroquinate synthase  53.57 
 
 		 383 aa  351  8.999999999999999e-96  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.511347 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0536  3-dehydroquinate synthase  54.64 
 
 		 382 aa  351  1e-95  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1131  3-dehydroquinate synthase  55.46 
 
 		 370 aa  350  2e-95  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.547485  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2169  3-dehydroquinate synthase  55.46 
 
 		 371 aa  350  3e-95  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.105456 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0293  3-dehydroquinate synthase  53.55 
 
 		 382 aa  348  1e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.448053 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1478  3-dehydroquinate synthase  54.02 
 
 		 370 aa  347  2e-94  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.389848  normal  0.464781 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1432  3-dehydroquinate synthase  54.83 
 
 		 373 aa  346  4e-94  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.68619  normal  0.103295 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1528  3-dehydroquinate synthase  54.7 
 
 		 370 aa  345  8e-94  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0261057  normal  0.35523 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2318  3-dehydroquinate synthase  54.95 
 
 		 615 aa  345  1e-93  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0070259 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3065  3-dehydroquinate synthase  54.55 
 
 		 375 aa  344  1e-93  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.497615  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2818  3-dehydroquinate synthase  53.74 
 
 		 370 aa  344  2e-93  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2564  3-dehydroquinate synthase  52.76 
 
 		 380 aa  343  2.9999999999999997e-93  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.443147 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  52.75 
 
 		 593 aa  342  5.999999999999999e-93  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3595  3-dehydroquinate synthase  54.42 
 
 		 376 aa  340  2e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3888  3-dehydroquinate synthase  53.87 
 
 		 376 aa  340  2.9999999999999998e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0114459  decreased coverage  0.00292677 
 
 
-
 
NC_004310  BR2028  3-dehydroquinate synthase  54.99 
 
 		 378 aa  338  9.999999999999999e-92  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.583475  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1950  3-dehydroquinate synthase  54.99 
 
 		 378 aa  338  9.999999999999999e-92  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0910  3-dehydroquinate synthase  54.74 
 
 		 378 aa  337  1.9999999999999998e-91  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  53.59 
 
 		 594 aa  337  1.9999999999999998e-91  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1641  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  56.27 
 
 		 604 aa  337  2.9999999999999997e-91  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1923  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  55.99 
 
 		 579 aa  335  7.999999999999999e-91  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0886542 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0533  3-dehydroquinate synthase  52.19 
 
 		 382 aa  335  7.999999999999999e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.630888 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  52.75 
 
 		 552 aa  331  1e-89  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0680  3-dehydroquinate synthase  56.49 
 
 		 379 aa  329  5.0000000000000004e-89  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.311145 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  55.71 
 
 		 579 aa  328  8e-89  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4051  3-dehydroquinate synthase  52.34 
 
 		 381 aa  328  1.0000000000000001e-88  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2274  3-dehydroquinate synthase  51.78 
 
 		 367 aa  324  2e-87  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.492898  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0396  3-dehydroquinate synthase  52.46 
 
 		 383 aa  315  6e-85  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.553566 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0315  3-dehydroquinate synthase  51.94 
 
 		 359 aa  315  9e-85  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0328402 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0491  3-dehydroquinate synthase  52.45 
 
 		 383 aa  314  1.9999999999999998e-84  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0037  3-dehydroquinate synthase  47.33 
 
 		 377 aa  303  2.0000000000000002e-81  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3030  3-dehydroquinate synthase  50.97 
 
 		 361 aa  302  5.000000000000001e-81  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.213133  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0665  3-dehydroquinate synthase  47.37 
 
 		 355 aa  300  2e-80  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.0000291417  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2969  3-dehydroquinate synthase  49.71 
 
 		 368 aa  294  1e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.351532  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0881  3-dehydroquinate synthase  48.75 
 
 		 364 aa  293  3e-78  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.100912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2455  3-dehydroquinate synthase  49.72 
 
 		 361 aa  293  3e-78  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0307726  normal  0.543805 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0733  3-dehydroquinate synthase  48.75 
 
 		 364 aa  293  3e-78  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0388  3-dehydroquinate synthase  48.09 
 
 		 365 aa  293  3e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3247  3-dehydroquinate synthase  48.85 
 
 		 368 aa  291  1e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0216  3-dehydroquinate synthase  50.87 
 
 		 364 aa  291  1e-77  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.411301  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2900  3-dehydroquinate synthase  48.56 
 
 		 368 aa  289  4e-77  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.146748 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0703  3-dehydroquinate synthase  48.12 
 
 		 366 aa  289  5.0000000000000004e-77  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2660  3-dehydroquinate synthase  47.32 
 
 		 362 aa  288  7e-77  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000170461 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1556  3-dehydroquinate synthase  47.32 
 
 		 362 aa  289  7e-77  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4951  3-dehydroquinate synthase  48.09 
 
 		 365 aa  288  9e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5078  3-dehydroquinate synthase  48.09 
 
 		 365 aa  288  1e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2762  3-dehydroquinate synthase  50.14 
 
 		 364 aa  287  2e-76  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.998331 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0548  3-dehydroquinate synthase  47.55 
 
 		 367 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5126  3-dehydroquinate synthase  46.99 
 
 		 367 aa  286  4e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5128  3-dehydroquinate synthase  47.81 
 
 		 376 aa  286  4e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1021  3-dehydroquinate synthase  44.17 
 
 		 359 aa  286  5e-76  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0085  3-dehydroquinate synthase  46.24 
 
 		 361 aa  284  1.0000000000000001e-75  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00165571 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3697  3-dehydroquinate synthase  44.85 
 
 		 359 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0194599  normal  0.984962 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0248  3-dehydroquinate synthase  44.85 
 
 		 359 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000249526  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3893  3-dehydroquinate synthase  45.13 
 
 		 359 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000115633  normal  0.386529 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0473  3-dehydroquinate synthase  45.93 
 
 		 354 aa  282  6.000000000000001e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.068114  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00509  3-dehydroquinate synthase  48.72 
 
 		 350 aa  282  8.000000000000001e-75  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0026349  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3129  3-dehydroquinate synthase  47.41 
 
 		 368 aa  281  9e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3107  3-dehydroquinate synthase  48.58 
 
 		 370 aa  280  2e-74  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.117886 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3854  3-dehydroquinate synthase  47.67 
 
 		 362 aa  280  2e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00247011  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3683  3-dehydroquinate synthase  47.67 
 
 		 362 aa  280  2e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0345563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4604  3-dehydroquinate synthase  47.23 
 
 		 366 aa  281  2e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000760296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3792  3-dehydroquinate synthase  47.67 
 
 		 362 aa  280  2e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0348959  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3758  3-dehydroquinate synthase  47.67 
 
 		 362 aa  280  2e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0998523  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3367  3-dehydroquinate synthase  47.28 
 
 		 359 aa  280  2e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0475831  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3685  3-dehydroquinate synthase  47.67 
 
 		 362 aa  280  2e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000289356  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0268  3-dehydroquinate synthase  48.63 
 
 		 374 aa  279  5e-74  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.230389 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3965  3-dehydroquinate synthase  48.55 
 
 		 362 aa  278  7e-74  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000154886  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0226  3-dehydroquinate synthase  48.55 
 
 		 362 aa  278  7e-74  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000635548  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3726  3-dehydroquinate synthase  48.55 
 
 		 362 aa  278  7e-74  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000354309  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0376  3-dehydroquinate synthase  45.76 
 
 		 358 aa  278  9e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00801427  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2205  3-dehydroquinate synthase  44.51 
 
 		 366 aa  278  1e-73  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000150156  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3705  3-dehydroquinate synthase  44.29 
 
 		 359 aa  278  1e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000820021  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3266  3-dehydroquinate synthase  47.41 
 
 		 368 aa  278  1e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.966202  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0088  3-dehydroquinate synthase  46.59 
 
 		 361 aa  278  1e-73  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.627876  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3490  3-dehydroquinate synthase  47.89 
 
 		 359 aa  278  2e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0339  3-dehydroquinate synthase  47.09 
 
 		 361 aa  277  2e-73  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4083  3-dehydroquinate synthase  44.57 
 
 		 358 aa  277  2e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000010907  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0704  3-dehydroquinate synthase  48.57 
 
 		 367 aa  276  4e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00027  3-dehydroquinate synthase  45.38 
 
 		 366 aa  276  4e-73  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0735  3-dehydroquinate synthase  48.57 
 
 		 367 aa  276  5e-73  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.116609  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2714  3-dehydroquinate synthase  46.58 
 
 		 359 aa  276  5e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0871906  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0393  3-dehydroquinate synthase  46.58 
 
 		 359 aa  276  5e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4201  3-dehydroquinate synthase  44.57 
 
 		 358 aa  276  6e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000411195  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002328  3-dehydroquinate synthase  45.09 
 
 		 366 aa  275  7e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000221553  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4002  3-dehydroquinate synthase  44.57 
 
 		 358 aa  275  7e-73  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000746069  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0372  3-dehydroquinate synthase  46.58 
 
 		 359 aa  275  7e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0312  3-dehydroquinate synthase  46.58 
 
 		 359 aa  275  9e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.567961  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4112  3-dehydroquinate synthase  44.57 
 
 		 358 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000335612  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>