More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1556 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_2660  3-dehydroquinate synthase  97.51 
 
 		 362 aa  715    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000170461 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1556  3-dehydroquinate synthase  100 
 
 		 362 aa  729    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1820  3-dehydroquinate synthase  63.23 
 
 		 360 aa  456  1e-127  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.774122  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0978  3-dehydroquinate synthase  62.01 
 
 		 360 aa  449  1e-125  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.105687  normal  0.163627 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2025  3-dehydroquinate synthase  60.22 
 
 		 362 aa  444  1.0000000000000001e-124  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1592  3-dehydroquinate synthase  57.82 
 
 		 359 aa  389  1e-107  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2027  3-dehydroquinate synthase  56.98 
 
 		 359 aa  389  1e-107  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0123  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2455  3-dehydroquinate synthase  53.67 
 
 		 361 aa  361  1e-98  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0307726  normal  0.543805 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0315  3-dehydroquinate synthase  55.03 
 
 		 359 aa  360  2e-98  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0328402 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3023  3-dehydroquinate synthase  53.87 
 
 		 358 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1021  3-dehydroquinate synthase  52.82 
 
 		 359 aa  355  5e-97  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2746  3-dehydroquinate synthase  54.55 
 
 		 359 aa  355  8.999999999999999e-97  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3207  3-dehydroquinate synthase  54.55 
 
 		 359 aa  355  8.999999999999999e-97  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0892348  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3728  3-dehydroquinate synthase  54.55 
 
 		 359 aa  355  8.999999999999999e-97  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.278518  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1758  3-dehydroquinate synthase  54.55 
 
 		 359 aa  355  8.999999999999999e-97  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3757  3-dehydroquinate synthase  54.55 
 
 		 359 aa  355  8.999999999999999e-97  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2796  3-dehydroquinate synthase  54.55 
 
 		 359 aa  355  8.999999999999999e-97  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0312  3-dehydroquinate synthase  52.98 
 
 		 359 aa  355  8.999999999999999e-97  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.567961  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3699  3-dehydroquinate synthase  54.55 
 
 		 359 aa  355  8.999999999999999e-97  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00532697  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0321  3-dehydroquinate synthase  52.98 
 
 		 359 aa  353  2e-96  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.599528 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2714  3-dehydroquinate synthase  53.03 
 
 		 359 aa  354  2e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0871906  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0372  3-dehydroquinate synthase  52.73 
 
 		 359 aa  353  2e-96  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0393  3-dehydroquinate synthase  53.03 
 
 		 359 aa  354  2e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0548  3-dehydroquinate synthase  55.46 
 
 		 367 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3490  3-dehydroquinate synthase  53.33 
 
 		 359 aa  352  8e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3030  3-dehydroquinate synthase  53.98 
 
 		 361 aa  348  7e-95  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.213133  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3400  3-dehydroquinate synthase  52.74 
 
 		 373 aa  348  9e-95  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0360  3-dehydroquinate synthase  51.01 
 
 		 361 aa  348  1e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.173183  normal  0.0544969 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0388  3-dehydroquinate synthase  54.28 
 
 		 365 aa  347  2e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0703  3-dehydroquinate synthase  51.82 
 
 		 366 aa  347  2e-94  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5078  3-dehydroquinate synthase  54.28 
 
 		 365 aa  346  3e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4951  3-dehydroquinate synthase  54.28 
 
 		 365 aa  345  5e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5128  3-dehydroquinate synthase  54.28 
 
 		 376 aa  345  5e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0268  3-dehydroquinate synthase  52.11 
 
 		 374 aa  344  1e-93  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.230389 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2793  3-dehydroquinate synthase  50.72 
 
 		 363 aa  344  1e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3597  3-dehydroquinate synthase  50.43 
 
 		 361 aa  344  1e-93  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00180341  hitchhiker  0.0000000386379 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2279  3-dehydroquinate synthase  53.57 
 
 		 373 aa  343  2e-93  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3107  3-dehydroquinate synthase  51.3 
 
 		 370 aa  343  4e-93  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.117886 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0085  3-dehydroquinate synthase  49.28 
 
 		 361 aa  342  4e-93  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00165571 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5126  3-dehydroquinate synthase  53.35 
 
 		 367 aa  341  1e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0296  3-dehydroquinate synthase  53.27 
 
 		 359 aa  340  2e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0409  3-dehydroquinate synthase  54.68 
 
 		 367 aa  340  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3129  3-dehydroquinate synthase  51.14 
 
 		 368 aa  339  5e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2319  3-dehydroquinate synthase  53.76 
 
 		 369 aa  339  5e-92  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.245464  normal  0.624104 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0216  3-dehydroquinate synthase  54.41 
 
 		 364 aa  336  2.9999999999999997e-91  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.411301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0088  3-dehydroquinate synthase  49.29 
 
 		 361 aa  335  7.999999999999999e-91  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.627876  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1146  3-dehydroquinate synthase  53.61 
 
 		 370 aa  334  1e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0411  3-dehydroquinate synthase  54.98 
 
 		 366 aa  334  1e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0359503  normal  0.217295 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2762  3-dehydroquinate synthase  52.78 
 
 		 364 aa  331  9e-90  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.998331 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3266  3-dehydroquinate synthase  50.43 
 
 		 368 aa  330  2e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.966202  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0401  3-dehydroquinate synthase  52.33 
 
 		 366 aa  330  3e-89  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00294823 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5574  3-dehydroquinate synthase  49.43 
 
 		 372 aa  329  4e-89  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.751857  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66600  3-dehydroquinate synthase  51.93 
 
 		 368 aa  329  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45240  3-dehydroquinate synthase  57.01 
 
 		 367 aa  328  9e-89  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0787  3-dehydroquinate synthase  50.15 
 
 		 388 aa  327  2.0000000000000001e-88  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00027  3-dehydroquinate synthase  49.27 
 
 		 366 aa  326  3e-88  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0704  3-dehydroquinate synthase  49.57 
 
 		 367 aa  326  4.0000000000000003e-88  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0735  3-dehydroquinate synthase  49.57 
 
 		 367 aa  326  4.0000000000000003e-88  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.116609  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2132  3-dehydroquinate synthase  50.44 
 
 		 362 aa  325  5e-88  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0679  3-dehydroquinate synthase  49.27 
 
 		 372 aa  325  5e-88  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.241981 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0832  3-dehydroquinate synthase  51.75 
 
 		 365 aa  324  1e-87  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.162832  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0239  3-dehydroquinate synthase  50.15 
 
 		 359 aa  323  3e-87  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000355339  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2136  3-dehydroquinate synthase  50.15 
 
 		 358 aa  323  3e-87  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.122395  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0529  3-dehydroquinate synthase  49.26 
 
 		 366 aa  323  3e-87  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5775  3-dehydroquinate synthase  51.93 
 
 		 368 aa  322  5e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2257  3-dehydroquinate synthase  53.89 
 
 		 354 aa  322  7e-87  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2900  3-dehydroquinate synthase  49.7 
 
 		 368 aa  322  8e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.146748 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3247  3-dehydroquinate synthase  49.7 
 
 		 368 aa  321  9.999999999999999e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0659  3-dehydroquinate synthase  50.28 
 
 		 360 aa  321  9.999999999999999e-87  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1003  3-dehydroquinate synthase  50.58 
 
 		 376 aa  321  9.999999999999999e-87  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_38791  predicted protein  52.07 
 
 		 368 aa  321  1.9999999999999998e-86  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0409062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4116  3-dehydroquinate synthase  49.55 
 
 		 368 aa  319  3.9999999999999996e-86  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000102611 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2926  3-dehydroquinate synthase  48.54 
 
 		 368 aa  319  3.9999999999999996e-86  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3367  3-dehydroquinate synthase  48.45 
 
 		 359 aa  320  3.9999999999999996e-86  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0475831  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3683  3-dehydroquinate synthase  50.44 
 
 		 362 aa  319  6e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0345563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07351  3-dehydroquinate synthase  46.53 
 
 		 363 aa  318  7.999999999999999e-86  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.374407  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002328  3-dehydroquinate synthase  48.98 
 
 		 366 aa  318  7.999999999999999e-86  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000221553  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3758  3-dehydroquinate synthase  50.44 
 
 		 362 aa  318  1e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0998523  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3685  3-dehydroquinate synthase  50.44 
 
 		 362 aa  318  1e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000289356  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1877  3-dehydroquinate synthase  50.67 
 
 		 388 aa  318  1e-85  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.384735  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3854  3-dehydroquinate synthase  50.44 
 
 		 362 aa  318  1e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00247011  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3792  3-dehydroquinate synthase  50.44 
 
 		 362 aa  318  1e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0348959  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07371  3-dehydroquinate synthase  46.53 
 
 		 363 aa  317  2e-85  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2167  3-dehydroquinate synthase  51.67 
 
 		 369 aa  317  2e-85  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.563786  normal  0.738414 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0214  3-dehydroquinate synthase  49.56 
 
 		 358 aa  317  3e-85  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0019522  hitchhiker  0.0093174 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2969  3-dehydroquinate synthase  48.31 
 
 		 368 aa  316  4e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.351532  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4604  3-dehydroquinate synthase  49.85 
 
 		 366 aa  315  5e-85  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000760296  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0339  3-dehydroquinate synthase  48.4 
 
 		 361 aa  315  7e-85  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0665  3-dehydroquinate synthase  48.37 
 
 		 355 aa  315  9.999999999999999e-85  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.0000291417  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00509  3-dehydroquinate synthase  48.65 
 
 		 350 aa  314  1.9999999999999998e-84  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0026349  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5301  3-dehydroquinate synthase  46.47 
 
 		 367 aa  313  1.9999999999999998e-84  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2685  3-dehydroquinate synthase  47.9 
 
 		 362 aa  314  1.9999999999999998e-84  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0391774 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_07551  3-dehydroquinate synthase  44.93 
 
 		 363 aa  314  1.9999999999999998e-84  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0881  3-dehydroquinate synthase  49.55 
 
 		 364 aa  312  4.999999999999999e-84  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.100912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0733  3-dehydroquinate synthase  49.55 
 
 		 364 aa  312  4.999999999999999e-84  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0682  3-dehydroquinate synthase  45.66 
 
 		 363 aa  311  1e-83  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.833789  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2205  3-dehydroquinate synthase  47.79 
 
 		 366 aa  311  1e-83  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000150156  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0525  3-dehydroquinate synthase  50.29 
 
 		 368 aa  310  2e-83  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4386  3-dehydroquinate synthase  48.67 
 
 		 363 aa  310  2.9999999999999997e-83  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00709401 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1114  3-dehydroquinate synthase  48.84 
 
 		 362 aa  309  5e-83  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0407056  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>