More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3741 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A3741  3-dehydroquinate synthase  100 
 
 
385 aa  750    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1717  3-dehydroquinate synthase  61.77 
 
 
372 aa  422  1e-117  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.9764 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1608  3-dehydroquinate synthase  57.6 
 
 
383 aa  398  1e-109  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.511347 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1478  3-dehydroquinate synthase  59.94 
 
 
370 aa  385  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.389848  normal  0.464781 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2818  3-dehydroquinate synthase  59.94 
 
 
370 aa  386  1e-106  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3595  3-dehydroquinate synthase  57.88 
 
 
376 aa  384  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3065  3-dehydroquinate synthase  56.99 
 
 
375 aa  381  1e-105  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.497615  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3888  3-dehydroquinate synthase  56.91 
 
 
376 aa  382  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0114459  decreased coverage  0.00292677 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2564  3-dehydroquinate synthase  55.88 
 
 
380 aa  381  1e-104  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.443147 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1432  3-dehydroquinate synthase  56.75 
 
 
373 aa  380  1e-104  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.68619  normal  0.103295 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1800  3-dehydroquinate synthase  58.13 
 
 
368 aa  376  1e-103  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0007  3-dehydroquinate synthase  59.56 
 
 
369 aa  378  1e-103  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.313295  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1528  3-dehydroquinate synthase  56.44 
 
 
370 aa  375  1e-103  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0261057  normal  0.35523 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4051  3-dehydroquinate synthase  54.45 
 
 
381 aa  376  1e-103  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2487  3-dehydroquinate synthase  55.43 
 
 
370 aa  372  1e-102  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.13771  normal  0.0143197 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7572  3-dehydroquinate synthase  55.19 
 
 
382 aa  370  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.498964 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  54.74 
 
 
593 aa  366  1e-100  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0504  3-dehydroquinate synthase  53.8 
 
 
381 aa  366  1e-100  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0536  3-dehydroquinate synthase  55.8 
 
 
382 aa  364  2e-99  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0293  3-dehydroquinate synthase  54.72 
 
 
382 aa  360  3e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.448053 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1131  3-dehydroquinate synthase  58.6 
 
 
370 aa  359  5e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.547485  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  53.51 
 
 
552 aa  356  3.9999999999999996e-97  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1899  3-dehydroquinate synthase  55.1 
 
 
369 aa  354  1e-96  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.867319  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2169  3-dehydroquinate synthase  58.31 
 
 
371 aa  354  2e-96  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.105456 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3030  3-dehydroquinate synthase  54.97 
 
 
361 aa  353  2.9999999999999997e-96  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.213133  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0910  3-dehydroquinate synthase  54.16 
 
 
378 aa  352  5.9999999999999994e-96  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  53.8 
 
 
594 aa  352  7e-96  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0721  3-dehydroquinate synthase  54.7 
 
 
369 aa  351  1e-95  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.879879  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  53.06 
 
 
591 aa  351  2e-95  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0315  3-dehydroquinate synthase  57.02 
 
 
359 aa  348  8e-95  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0328402 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2318  3-dehydroquinate synthase  55.62 
 
 
615 aa  347  2e-94  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0070259 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2455  3-dehydroquinate synthase  54.14 
 
 
361 aa  347  2e-94  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0307726  normal  0.543805 
 
 
-
 
NC_004310  BR2028  3-dehydroquinate synthase  52.73 
 
 
378 aa  345  8.999999999999999e-94  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.583475  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1950  3-dehydroquinate synthase  52.73 
 
 
378 aa  345  8.999999999999999e-94  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1283  3-dehydroquinate synthase  54.67 
 
 
367 aa  345  1e-93  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.637861  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0533  3-dehydroquinate synthase  53.14 
 
 
382 aa  343  2.9999999999999997e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.630888 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0733  3-dehydroquinate synthase  51.93 
 
 
364 aa  342  5.999999999999999e-93  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0881  3-dehydroquinate synthase  51.93 
 
 
364 aa  342  5.999999999999999e-93  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.100912  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0396  3-dehydroquinate synthase  54.08 
 
 
383 aa  339  5e-92  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.553566 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0216  3-dehydroquinate synthase  54.79 
 
 
364 aa  335  9e-91  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.411301  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2793  3-dehydroquinate synthase  53.57 
 
 
363 aa  332  7.000000000000001e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0491  3-dehydroquinate synthase  53.78 
 
 
383 aa  331  1e-89  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3490  3-dehydroquinate synthase  53.61 
 
 
359 aa  329  6e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0312  3-dehydroquinate synthase  53.61 
 
 
359 aa  328  9e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.567961  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0703  3-dehydroquinate synthase  52.51 
 
 
366 aa  328  1.0000000000000001e-88  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1641  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  54.59 
 
 
604 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0037  3-dehydroquinate synthase  47.31 
 
 
377 aa  327  2.0000000000000001e-88  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0321  3-dehydroquinate synthase  53.33 
 
 
359 aa  327  3e-88  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.599528 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1923  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  54.62 
 
 
579 aa  326  4.0000000000000003e-88  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0886542 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3367  3-dehydroquinate synthase  49.31 
 
 
359 aa  325  8.000000000000001e-88  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0475831  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0372  3-dehydroquinate synthase  53.06 
 
 
359 aa  324  1e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0360  3-dehydroquinate synthase  52.75 
 
 
361 aa  325  1e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.173183  normal  0.0544969 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0840  3-dehydroquinate synthase  55.24 
 
 
360 aa  325  1e-87  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0268  3-dehydroquinate synthase  51.22 
 
 
374 aa  324  2e-87  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.230389 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2714  3-dehydroquinate synthase  52.78 
 
 
359 aa  324  2e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0871906  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0393  3-dehydroquinate synthase  52.78 
 
 
359 aa  324  2e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0680  3-dehydroquinate synthase  56.23 
 
 
379 aa  323  3e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.311145 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3597  3-dehydroquinate synthase  52.46 
 
 
361 aa  323  3e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00180341  hitchhiker  0.0000000386379 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5078  3-dehydroquinate synthase  52.75 
 
 
365 aa  322  6e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  54.93 
 
 
579 aa  322  6e-87  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2762  3-dehydroquinate synthase  53.85 
 
 
364 aa  322  7e-87  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.998331 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5775  3-dehydroquinate synthase  52.76 
 
 
368 aa  322  8e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5128  3-dehydroquinate synthase  52.75 
 
 
376 aa  322  9.000000000000001e-87  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4951  3-dehydroquinate synthase  52.75 
 
 
365 aa  321  9.999999999999999e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0548  3-dehydroquinate synthase  53.3 
 
 
367 aa  321  9.999999999999999e-87  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3699  3-dehydroquinate synthase  53.04 
 
 
359 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00532697  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5126  3-dehydroquinate synthase  51.89 
 
 
367 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1758  3-dehydroquinate synthase  53.04 
 
 
359 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2746  3-dehydroquinate synthase  53.04 
 
 
359 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3757  3-dehydroquinate synthase  53.04 
 
 
359 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3207  3-dehydroquinate synthase  53.04 
 
 
359 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0892348  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3728  3-dehydroquinate synthase  53.04 
 
 
359 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.278518  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0296  3-dehydroquinate synthase  54.44 
 
 
359 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2796  3-dehydroquinate synthase  53.04 
 
 
359 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0388  3-dehydroquinate synthase  51.48 
 
 
365 aa  320  3e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0085  3-dehydroquinate synthase  48.08 
 
 
361 aa  320  3.9999999999999996e-86  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00165571 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3023  3-dehydroquinate synthase  52.49 
 
 
358 aa  319  5e-86  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2900  3-dehydroquinate synthase  51.66 
 
 
368 aa  319  7e-86  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.146748 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3266  3-dehydroquinate synthase  51.37 
 
 
368 aa  317  2e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.966202  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66600  3-dehydroquinate synthase  52.21 
 
 
368 aa  317  2e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1003  3-dehydroquinate synthase  52.2 
 
 
376 aa  317  2e-85  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2279  3-dehydroquinate synthase  49.08 
 
 
373 aa  316  4e-85  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2274  3-dehydroquinate synthase  51.11 
 
 
367 aa  315  8e-85  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.492898  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3129  3-dehydroquinate synthase  50.82 
 
 
368 aa  315  9e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3247  3-dehydroquinate synthase  51.66 
 
 
368 aa  315  9.999999999999999e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0214  3-dehydroquinate synthase  48.57 
 
 
358 aa  315  9.999999999999999e-85  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0019522  hitchhiker  0.0093174 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1556  3-dehydroquinate synthase  49.3 
 
 
362 aa  315  9.999999999999999e-85  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2685  3-dehydroquinate synthase  49.45 
 
 
362 aa  314  1.9999999999999998e-84  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0391774 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2969  3-dehydroquinate synthase  51.38 
 
 
368 aa  313  2.9999999999999996e-84  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.351532  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3683  3-dehydroquinate synthase  52.17 
 
 
362 aa  313  3.9999999999999997e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0345563  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2660  3-dehydroquinate synthase  48.74 
 
 
362 aa  312  7.999999999999999e-84  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000170461 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0832  3-dehydroquinate synthase  50.41 
 
 
365 aa  311  7.999999999999999e-84  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.162832  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2136  3-dehydroquinate synthase  48.42 
 
 
358 aa  311  2e-83  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.122395  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0088  3-dehydroquinate synthase  48.35 
 
 
361 aa  310  2.9999999999999997e-83  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.627876  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0253  3-dehydroquinate synthase  50.96 
 
 
359 aa  310  2.9999999999999997e-83  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3107  3-dehydroquinate synthase  50.14 
 
 
370 aa  309  4e-83  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.117886 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3685  3-dehydroquinate synthase  51.88 
 
 
362 aa  309  4e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000289356  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3854  3-dehydroquinate synthase  51.88 
 
 
362 aa  309  4e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00247011  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3792  3-dehydroquinate synthase  51.88 
 
 
362 aa  309  4e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0348959  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3758  3-dehydroquinate synthase  51.88 
 
 
362 aa  309  4e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0998523  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>