More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0293 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0536  3-dehydroquinate synthase  93.72 
 
 		 382 aa  695    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0533  3-dehydroquinate synthase  86.81 
 
 		 382 aa  655    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.630888 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0293  3-dehydroquinate synthase  100 
 
 		 382 aa  759    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.448053 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0504  3-dehydroquinate synthase  85.83 
 
 		 381 aa  671    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7572  3-dehydroquinate synthase  82.37 
 
 		 382 aa  621  1e-177  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.498964 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0491  3-dehydroquinate synthase  78.48 
 
 		 383 aa  580  1e-164  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0396  3-dehydroquinate synthase  77.69 
 
 		 383 aa  573  1.0000000000000001e-162  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.553566 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  62.19 
 
 		 594 aa  425  1e-118  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1131  3-dehydroquinate synthase  62.03 
 
 		 370 aa  424  1e-117  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.547485  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3065  3-dehydroquinate synthase  61.64 
 
 		 375 aa  421  1e-116  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.497615  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2169  3-dehydroquinate synthase  60.43 
 
 		 371 aa  413  1e-114  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.105456 
 
 
-
 
NC_004310  BR2028  3-dehydroquinate synthase  59.69 
 
 		 378 aa  411  1e-113  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.583475  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2564  3-dehydroquinate synthase  57.22 
 
 		 380 aa  408  1e-113  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.443147 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1950  3-dehydroquinate synthase  59.69 
 
 		 378 aa  411  1e-113  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3888  3-dehydroquinate synthase  57.87 
 
 		 376 aa  409  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0114459  decreased coverage  0.00292677 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3595  3-dehydroquinate synthase  58.13 
 
 		 376 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1717  3-dehydroquinate synthase  60.06 
 
 		 372 aa  400  9.999999999999999e-111  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.9764 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0910  3-dehydroquinate synthase  58.31 
 
 		 378 aa  401  9.999999999999999e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4051  3-dehydroquinate synthase  57.22 
 
 		 381 aa  392  1e-108  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2318  3-dehydroquinate synthase  58.58 
 
 		 615 aa  394  1e-108  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0070259 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1283  3-dehydroquinate synthase  58.36 
 
 		 367 aa  394  1e-108  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.637861  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1923  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  61.83 
 
 		 579 aa  389  1e-107  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0886542 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  57.77 
 
 		 593 aa  390  1e-107  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1641  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  61.83 
 
 		 604 aa  389  1e-107  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  61.02 
 
 		 579 aa  384  1e-105  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2487  3-dehydroquinate synthase  56.91 
 
 		 370 aa  382  1e-105  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.13771  normal  0.0143197 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0680  3-dehydroquinate synthase  61.46 
 
 		 379 aa  380  1e-104  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.311145 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1608  3-dehydroquinate synthase  56.98 
 
 		 383 aa  373  1e-102  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.511347 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1432  3-dehydroquinate synthase  56.37 
 
 		 373 aa  371  1e-101  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.68619  normal  0.103295 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1478  3-dehydroquinate synthase  53.89 
 
 		 370 aa  358  9.999999999999999e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.389848  normal  0.464781 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3741  3-dehydroquinate synthase  54.6 
 
 		 385 aa  356  3.9999999999999996e-97  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1528  3-dehydroquinate synthase  54.03 
 
 		 370 aa  356  5e-97  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0261057  normal  0.35523 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2818  3-dehydroquinate synthase  53.62 
 
 		 370 aa  355  5.999999999999999e-97  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1899  3-dehydroquinate synthase  52.7 
 
 		 369 aa  351  1e-95  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.867319  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0007  3-dehydroquinate synthase  53.55 
 
 		 369 aa  350  2e-95  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.313295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1800  3-dehydroquinate synthase  53.83 
 
 		 368 aa  347  2e-94  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0037  3-dehydroquinate synthase  50.8 
 
 		 377 aa  346  4e-94  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0721  3-dehydroquinate synthase  52.32 
 
 		 369 aa  340  2.9999999999999998e-92  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.879879  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  49.59 
 
 		 591 aa  318  1e-85  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  49.73 
 
 		 552 aa  308  9e-83  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3030  3-dehydroquinate synthase  48.6 
 
 		 361 aa  304  2.0000000000000002e-81  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.213133  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2274  3-dehydroquinate synthase  47.97 
 
 		 367 aa  296  3e-79  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.492898  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0703  3-dehydroquinate synthase  47.8 
 
 		 366 aa  296  5e-79  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0315  3-dehydroquinate synthase  48.06 
 
 		 359 aa  295  1e-78  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0328402 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2455  3-dehydroquinate synthase  46.85 
 
 		 361 aa  293  3e-78  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0307726  normal  0.543805 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3107  3-dehydroquinate synthase  46.32 
 
 		 370 aa  293  4e-78  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.117886 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1114  3-dehydroquinate synthase  44.51 
 
 		 362 aa  292  7e-78  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0407056  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3037  3-dehydroquinate synthase  49.74 
 
 		 370 aa  290  2e-77  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0216  3-dehydroquinate synthase  46.41 
 
 		 364 aa  287  2.9999999999999996e-76  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.411301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0239  3-dehydroquinate synthase  46.2 
 
 		 359 aa  287  2.9999999999999996e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000355339  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0214  3-dehydroquinate synthase  43.01 
 
 		 358 aa  286  2.9999999999999996e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0019522  hitchhiker  0.0093174 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0733  3-dehydroquinate synthase  45.88 
 
 		 364 aa  283  4.0000000000000003e-75  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0881  3-dehydroquinate synthase  45.88 
 
 		 364 aa  283  4.0000000000000003e-75  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.100912  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2796  3-dehydroquinate synthase  46.67 
 
 		 359 aa  280  4e-74  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3699  3-dehydroquinate synthase  46.67 
 
 		 359 aa  280  4e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00532697  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2746  3-dehydroquinate synthase  46.67 
 
 		 359 aa  280  4e-74  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1758  3-dehydroquinate synthase  46.67 
 
 		 359 aa  280  4e-74  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3728  3-dehydroquinate synthase  46.67 
 
 		 359 aa  280  4e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.278518  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3757  3-dehydroquinate synthase  46.67 
 
 		 359 aa  280  4e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3207  3-dehydroquinate synthase  46.67 
 
 		 359 aa  280  4e-74  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0892348  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1003  3-dehydroquinate synthase  45.57 
 
 		 376 aa  279  5e-74  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0665  3-dehydroquinate synthase  43.56 
 
 		 355 aa  277  2e-73  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.0000291417  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2762  3-dehydroquinate synthase  47.49 
 
 		 364 aa  277  2e-73  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.998331 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0341  3-dehydroquinate synthase  42.42 
 
 		 358 aa  276  3e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2900  3-dehydroquinate synthase  47.03 
 
 		 368 aa  276  3e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.146748 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0268  3-dehydroquinate synthase  44.62 
 
 		 374 aa  276  5e-73  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.230389 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2279  3-dehydroquinate synthase  44.54 
 
 		 373 aa  276  6e-73  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2319  3-dehydroquinate synthase  45.41 
 
 		 369 aa  275  7e-73  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.245464  normal  0.624104 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4112  3-dehydroquinate synthase  43.5 
 
 		 358 aa  275  8e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000335612  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3400  3-dehydroquinate synthase  45.08 
 
 		 373 aa  275  9e-73  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0088  3-dehydroquinate synthase  42.74 
 
 		 361 aa  275  9e-73  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.627876  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2025  3-dehydroquinate synthase  46.99 
 
 		 362 aa  275  1.0000000000000001e-72  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2136  3-dehydroquinate synthase  43.22 
 
 		 358 aa  275  1.0000000000000001e-72  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.122395  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0287  3-dehydroquinate synthase  42.03 
 
 		 359 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0401  3-dehydroquinate synthase  44.51 
 
 		 366 aa  274  2.0000000000000002e-72  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00294823 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02181  3-dehydroquinate synthase  48.43 
 
 		 370 aa  274  2.0000000000000002e-72  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4083  3-dehydroquinate synthase  43.22 
 
 		 358 aa  273  2.0000000000000002e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000010907  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0360  3-dehydroquinate synthase  46.2 
 
 		 361 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.173183  normal  0.0544969 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4264  3-dehydroquinate synthase  42.94 
 
 		 358 aa  273  3e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00482631  normal  0.106006 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3893  3-dehydroquinate synthase  42.58 
 
 		 359 aa  273  3e-72  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000115633  normal  0.386529 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1021  3-dehydroquinate synthase  41.53 
 
 		 359 aa  273  4.0000000000000004e-72  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0085  3-dehydroquinate synthase  43.34 
 
 		 361 aa  273  4.0000000000000004e-72  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00165571 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4201  3-dehydroquinate synthase  43.22 
 
 		 358 aa  273  4.0000000000000004e-72  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000411195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3705  3-dehydroquinate synthase  42.58 
 
 		 359 aa  272  6e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000820021  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3023  3-dehydroquinate synthase  45.83 
 
 		 358 aa  272  6e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2257  3-dehydroquinate synthase  47.95 
 
 		 354 aa  272  7e-72  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3697  3-dehydroquinate synthase  43.5 
 
 		 359 aa  272  7e-72  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0194599  normal  0.984962 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4002  3-dehydroquinate synthase  43.22 
 
 		 358 aa  272  7e-72  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000746069  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3490  3-dehydroquinate synthase  46.46 
 
 		 359 aa  272  8.000000000000001e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0248  3-dehydroquinate synthase  42.31 
 
 		 359 aa  272  9e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000249526  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3129  3-dehydroquinate synthase  44.82 
 
 		 368 aa  271  1e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3597  3-dehydroquinate synthase  45.48 
 
 		 361 aa  271  2e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00180341  hitchhiker  0.0000000386379 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0548  3-dehydroquinate synthase  46.61 
 
 		 367 aa  271  2e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3247  3-dehydroquinate synthase  45.48 
 
 		 368 aa  271  2e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2714  3-dehydroquinate synthase  46.46 
 
 		 359 aa  271  2e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0871906  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_5008  3-dehydroquinate synthase  41.98 
 
 		 363 aa  270  2e-71  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0393  3-dehydroquinate synthase  46.46 
 
 		 359 aa  271  2e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0372  3-dehydroquinate synthase  46.18 
 
 		 359 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2167  3-dehydroquinate synthase  42.22 
 
 		 369 aa  270  2.9999999999999997e-71  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.563786  normal  0.738414 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0735  3-dehydroquinate synthase  45.51 
 
 		 367 aa  270  4e-71  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.116609  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>