More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_2169 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_1131  3-dehydroquinate synthase  89.43 
 
 		 370 aa  650    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.547485  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2169  3-dehydroquinate synthase  100 
 
 		 371 aa  731    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.105456 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1641  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  79.89 
 
 		 604 aa  551  1e-156  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1923  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  79.62 
 
 		 579 aa  550  1e-155  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0886542 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  79.56 
 
 		 579 aa  549  1e-155  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0680  3-dehydroquinate synthase  75.6 
 
 		 379 aa  516  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.311145 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3888  3-dehydroquinate synthase  61.68 
 
 		 376 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0114459  decreased coverage  0.00292677 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3595  3-dehydroquinate synthase  61.96 
 
 		 376 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2564  3-dehydroquinate synthase  61.52 
 
 		 380 aa  431  1e-120  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.443147 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4051  3-dehydroquinate synthase  60.65 
 
 		 381 aa  429  1e-119  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2318  3-dehydroquinate synthase  65.76 
 
 		 615 aa  427  1e-118  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0070259 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7572  3-dehydroquinate synthase  61.02 
 
 		 382 aa  421  1e-117  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.498964 
 
 
-
 
NC_004310  BR2028  3-dehydroquinate synthase  60 
 
 		 378 aa  416  9.999999999999999e-116  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.583475  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  59.84 
 
 		 593 aa  416  9.999999999999999e-116  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3065  3-dehydroquinate synthase  61.43 
 
 		 375 aa  417  9.999999999999999e-116  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.497615  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1950  3-dehydroquinate synthase  60 
 
 		 378 aa  416  9.999999999999999e-116  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0504  3-dehydroquinate synthase  59.36 
 
 		 381 aa  412  1e-114  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  63.29 
 
 		 594 aa  412  1e-114  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0533  3-dehydroquinate synthase  59.09 
 
 		 382 aa  408  1e-113  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.630888 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0536  3-dehydroquinate synthase  60.16 
 
 		 382 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0293  3-dehydroquinate synthase  60.43 
 
 		 382 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.448053 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0910  3-dehydroquinate synthase  59.47 
 
 		 378 aa  407  1.0000000000000001e-112  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0396  3-dehydroquinate synthase  60.43 
 
 		 383 aa  388  1e-107  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.553566 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1432  3-dehydroquinate synthase  58.58 
 
 		 373 aa  389  1e-107  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.68619  normal  0.103295 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0491  3-dehydroquinate synthase  59.36 
 
 		 383 aa  382  1e-105  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1283  3-dehydroquinate synthase  57.85 
 
 		 367 aa  383  1e-105  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.637861  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1717  3-dehydroquinate synthase  58.9 
 
 		 372 aa  376  1e-103  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.9764 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1608  3-dehydroquinate synthase  57.81 
 
 		 383 aa  373  1e-102  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.511347 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1478  3-dehydroquinate synthase  55.77 
 
 		 370 aa  366  1e-100  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.389848  normal  0.464781 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2818  3-dehydroquinate synthase  55.77 
 
 		 370 aa  367  1e-100  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2487  3-dehydroquinate synthase  55.43 
 
 		 370 aa  368  1e-100  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.13771  normal  0.0143197 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0037  3-dehydroquinate synthase  51.48 
 
 		 377 aa  363  2e-99  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1528  3-dehydroquinate synthase  54.12 
 
 		 370 aa  351  1e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0261057  normal  0.35523 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0007  3-dehydroquinate synthase  55.46 
 
 		 369 aa  350  3e-95  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.313295  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1899  3-dehydroquinate synthase  54.04 
 
 		 369 aa  347  2e-94  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.867319  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3741  3-dehydroquinate synthase  58.31 
 
 		 385 aa  344  1e-93  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  53.78 
 
 		 591 aa  331  1e-89  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1800  3-dehydroquinate synthase  52.65 
 
 		 368 aa  329  4e-89  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0721  3-dehydroquinate synthase  52.23 
 
 		 369 aa  322  6e-87  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.879879  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2274  3-dehydroquinate synthase  52.51 
 
 		 367 aa  312  6.999999999999999e-84  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.492898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  51.9 
 
 		 552 aa  307  2.0000000000000002e-82  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2455  3-dehydroquinate synthase  47.66 
 
 		 361 aa  296  5e-79  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0307726  normal  0.543805 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1556  3-dehydroquinate synthase  50 
 
 		 362 aa  295  6e-79  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2660  3-dehydroquinate synthase  49.71 
 
 		 362 aa  294  2e-78  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000170461 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0703  3-dehydroquinate synthase  48.02 
 
 		 366 aa  293  5e-78  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1021  3-dehydroquinate synthase  46.11 
 
 		 359 aa  289  4e-77  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3030  3-dehydroquinate synthase  48.45 
 
 		 361 aa  289  6e-77  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.213133  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0268  3-dehydroquinate synthase  48.2 
 
 		 374 aa  288  9e-77  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.230389 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2762  3-dehydroquinate synthase  49.58 
 
 		 364 aa  284  2.0000000000000002e-75  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.998331 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0659  3-dehydroquinate synthase  50 
 
 		 360 aa  282  5.000000000000001e-75  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5775  3-dehydroquinate synthase  47.5 
 
 		 368 aa  282  6.000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5126  3-dehydroquinate synthase  47.14 
 
 		 367 aa  281  9e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0253  3-dehydroquinate synthase  49.01 
 
 		 359 aa  281  1e-74  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0733  3-dehydroquinate synthase  46.24 
 
 		 364 aa  281  2e-74  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0881  3-dehydroquinate synthase  46.24 
 
 		 364 aa  281  2e-74  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.100912  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0548  3-dehydroquinate synthase  48.86 
 
 		 367 aa  280  2e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66600  3-dehydroquinate synthase  47.22 
 
 		 368 aa  281  2e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2027  3-dehydroquinate synthase  48.83 
 
 		 359 aa  280  3e-74  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0123  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0388  3-dehydroquinate synthase  46.47 
 
 		 365 aa  279  7e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5179  3-dehydroquinate synthase  42.2 
 
 		 364 aa  278  9e-74  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.981519  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1592  3-dehydroquinate synthase  47.65 
 
 		 359 aa  278  1e-73  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0610  3-dehydroquinate synthase  46.83 
 
 		 370 aa  277  2e-73  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5301  3-dehydroquinate synthase  42.51 
 
 		 367 aa  277  2e-73  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2685  3-dehydroquinate synthase  45.22 
 
 		 362 aa  276  3e-73  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0391774 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0691  3-dehydroquinate synthase  46.3 
 
 		 370 aa  275  1.0000000000000001e-72  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2025  3-dehydroquinate synthase  48.71 
 
 		 362 aa  274  2.0000000000000002e-72  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0409  3-dehydroquinate synthase  47.14 
 
 		 367 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1114  3-dehydroquinate synthase  44.86 
 
 		 362 aa  274  2.0000000000000002e-72  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0407056  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0315  3-dehydroquinate synthase  47.03 
 
 		 359 aa  273  3e-72  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0328402 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5128  3-dehydroquinate synthase  46.2 
 
 		 376 aa  273  3e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2319  3-dehydroquinate synthase  46.22 
 
 		 369 aa  273  3e-72  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.245464  normal  0.624104 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4951  3-dehydroquinate synthase  46.2 
 
 		 365 aa  273  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0832  3-dehydroquinate synthase  45.58 
 
 		 365 aa  273  5.000000000000001e-72  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.162832  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5078  3-dehydroquinate synthase  46.2 
 
 		 365 aa  272  6e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3107  3-dehydroquinate synthase  47.88 
 
 		 370 aa  272  8.000000000000001e-72  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.117886 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4222  3-dehydroquinate synthase  38.56 
 
 		 366 aa  270  2.9999999999999997e-71  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.950152 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4183  3-dehydroquinate synthase  38.56 
 
 		 366 aa  270  2.9999999999999997e-71  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1820  3-dehydroquinate synthase  46.39 
 
 		 360 aa  270  4e-71  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.774122  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2257  3-dehydroquinate synthase  48.9 
 
 		 354 aa  270  4e-71  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00027  3-dehydroquinate synthase  45.45 
 
 		 366 aa  269  5e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2136  3-dehydroquinate synthase  43.43 
 
 		 358 aa  269  5.9999999999999995e-71  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.122395  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2205  3-dehydroquinate synthase  45.58 
 
 		 366 aa  268  2e-70  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000150156  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0778  3-dehydroquinate synthase  42.23 
 
 		 363 aa  267  2e-70  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.173055  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2167  3-dehydroquinate synthase  46.81 
 
 		 369 aa  267  2.9999999999999995e-70  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.563786  normal  0.738414 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2714  3-dehydroquinate synthase  46.17 
 
 		 359 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0871906  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0393  3-dehydroquinate synthase  46.17 
 
 		 359 aa  266  2.9999999999999995e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3597  3-dehydroquinate synthase  45.56 
 
 		 361 aa  266  4e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00180341  hitchhiker  0.0000000386379 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0411  3-dehydroquinate synthase  46.05 
 
 		 366 aa  266  4e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0359503  normal  0.217295 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4116  3-dehydroquinate synthase  44.57 
 
 		 368 aa  266  4e-70  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000102611 
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_20809  3-dehydroquinate synthase  43.32 
 
 		 431 aa  266  5e-70  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0372  3-dehydroquinate synthase  45.9 
 
 		 359 aa  266  5e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002328  3-dehydroquinate synthase  45.16 
 
 		 366 aa  265  8.999999999999999e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000221553  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2969  3-dehydroquinate synthase  46.76 
 
 		 368 aa  265  8.999999999999999e-70  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.351532  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3490  3-dehydroquinate synthase  46.46 
 
 		 359 aa  265  1e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0312  3-dehydroquinate synthase  45.63 
 
 		 359 aa  265  1e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.567961  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0321  3-dehydroquinate synthase  45.63 
 
 		 359 aa  264  2e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.599528 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0331  3-dehydroquinate synthase  47.46 
 
 		 359 aa  264  2e-69  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.274632  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0085  3-dehydroquinate synthase  43.25 
 
 		 361 aa  264  2e-69  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00165571 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02181  3-dehydroquinate synthase  46.92 
 
 		 370 aa  264  2e-69  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1877  3-dehydroquinate synthase  43.71 
 
 		 388 aa  263  3e-69  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.384735  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>