More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0380 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0380  3-dehydroquinate synthase  100 
 
 		 560 aa  1161    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0611  bifunctional shikimate kinase/3-dehydroquinate synthase  66.31 
 
 		 540 aa  734    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.488786  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1695  3-dehydroquinate synthase  44.58 
 
 		 577 aa  444  1e-123  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.981168  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3142  3-dehydroquinate synthase  39.38 
 
 		 519 aa  356  6.999999999999999e-97  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.953836  hitchhiker  0.00997966 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2009  3-dehydroquinate synthase  49.46 
 
 		 363 aa  344  2e-93  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000160945 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1835  3-dehydroquinate synthase  50.28 
 
 		 373 aa  336  5.999999999999999e-91  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.233017  normal  0.221025 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2390  3-dehydroquinate synthase  47.81 
 
 		 370 aa  335  1e-90  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2208  3-dehydroquinate synthase  49.2 
 
 		 358 aa  332  8e-90  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.349975  normal  0.441501 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2951  3-dehydroquinate synthase  48.37 
 
 		 358 aa  332  9e-90  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00000482896  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17870  3-dehydroquinate synthase  50.7 
 
 		 395 aa  332  1e-89  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.092005  normal  0.568716 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1092  3-dehydroquinate synthase  48.2 
 
 		 368 aa  330  3e-89  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12560  3-dehydroquinate synthase  39.37 
 
 		 593 aa  329  6e-89  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.100875  normal  0.530039 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2021  3-dehydroquinate synthase  47.07 
 
 		 370 aa  325  1e-87  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.990757  normal  0.0317478 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1334  3-dehydroquinate synthase  48.77 
 
 		 380 aa  322  9.999999999999999e-87  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.904489 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2272  3-dehydroquinate synthase  48.12 
 
 		 363 aa  322  1.9999999999999998e-86  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.474615  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6533  3-dehydroquinate synthase  46.7 
 
 		 358 aa  319  1e-85  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.121796  hitchhiker  0.00769266 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2327  3-dehydroquinate synthase  48.34 
 
 		 368 aa  314  2.9999999999999996e-84  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0204602  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15460  3-dehydroquinate synthase  46.41 
 
 		 368 aa  312  1e-83  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.47126  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2616  3-dehydroquinate synthase  47.59 
 
 		 371 aa  312  1e-83  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3013  3-dehydroquinate synthase  47.45 
 
 		 366 aa  310  2.9999999999999997e-83  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0840262 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12660  3-dehydroquinate synthase  48.61 
 
 		 389 aa  309  9e-83  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.3799  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12558  3-dehydroquinate synthase  49.57 
 
 		 362 aa  305  2.0000000000000002e-81  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000000354876  normal  0.184174 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2414  3-dehydroquinate synthase  46.68 
 
 		 365 aa  304  3.0000000000000004e-81  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5253  3-dehydroquinate synthase  50.29 
 
 		 368 aa  303  5.000000000000001e-81  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.528317  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1840  3-dehydroquinate synthase  46.95 
 
 		 357 aa  302  1e-80  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.766033  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4296  3-dehydroquinate synthase  45.75 
 
 		 371 aa  297  4e-79  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.67949  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3756  3-dehydroquinate synthase  47.11 
 
 		 359 aa  292  1e-77  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.209272 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2647  3-dehydroquinate synthase  46.43 
 
 		 359 aa  291  2e-77  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.261476  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1847  3-dehydroquinate synthase  45.62 
 
 		 357 aa  291  3e-77  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1701  3-dehydroquinate synthase  42.93 
 
 		 371 aa  290  4e-77  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.16166  normal  0.109076 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2395  3-dehydroquinate synthase  50 
 
 		 360 aa  290  5.0000000000000004e-77  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0139628  normal  0.226874 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2354  3-dehydroquinate synthase  50 
 
 		 360 aa  290  5.0000000000000004e-77  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2401  3-dehydroquinate synthase  50 
 
 		 360 aa  290  5.0000000000000004e-77  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0377427 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3207  3-dehydroquinate synthase  43.9 
 
 		 362 aa  290  6e-77  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0774582  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0878  3-dehydroquinate synthase  49.03 
 
 		 366 aa  285  2.0000000000000002e-75  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.365925 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1307  3-dehydroquinate synthase  47.62 
 
 		 361 aa  281  2e-74  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0261081 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15030  3-dehydroquinate synthase  43.97 
 
 		 360 aa  280  6e-74  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  decreased coverage  0.0034705  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3151  3-dehydroquinate synthase  49.86 
 
 		 353 aa  277  4e-73  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0266  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  32.5 
 
 		 539 aa  242  1e-62  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  34.11 
 
 		 552 aa  233  8.000000000000001e-60  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  33.39 
 
 		 579 aa  232  1e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  32.25 
 
 		 591 aa  231  2e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  31.14 
 
 		 593 aa  231  4e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1923  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  33.75 
 
 		 579 aa  228  2e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0886542 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1641  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  33.39 
 
 		 604 aa  228  2e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2025  3-dehydroquinate synthase  40.11 
 
 		 362 aa  218  2e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0778  3-dehydroquinate synthase  37.32 
 
 		 363 aa  218  2.9999999999999998e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.173055  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2548  3-dehydroquinate synthase  44.26 
 
 		 370 aa  214  1.9999999999999998e-54  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4183  3-dehydroquinate synthase  37.19 
 
 		 366 aa  213  5.999999999999999e-54  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4222  3-dehydroquinate synthase  37.19 
 
 		 366 aa  213  5.999999999999999e-54  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.950152 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5179  3-dehydroquinate synthase  34.39 
 
 		 364 aa  212  1e-53  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.981519  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0690  3-dehydroquinate synthase  37.09 
 
 		 355 aa  212  1e-53  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  31.02 
 
 		 594 aa  212  2e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0116  3-dehydroquinate synthase  36.24 
 
 		 368 aa  211  3e-53  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1450  3-dehydroquinate synthase  38.42 
 
 		 371 aa  211  3e-53  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.0689798 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1556  3-dehydroquinate synthase  35.75 
 
 		 362 aa  210  4e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1592  3-dehydroquinate synthase  42 
 
 		 359 aa  210  6e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2660  3-dehydroquinate synthase  35.22 
 
 		 362 aa  207  4e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000170461 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0682  3-dehydroquinate synthase  35.94 
 
 		 363 aa  207  4e-52  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.833789  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1732  3-dehydroquinate synthase  38.07 
 
 		 368 aa  207  4e-52  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.0986933 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1920  3-dehydroquinate synthase  36.26 
 
 		 356 aa  207  4e-52  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.378131  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07421  3-dehydroquinate synthase  35.97 
 
 		 368 aa  207  5e-52  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00250573 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1854  3-dehydroquinate synthase  37.87 
 
 		 359 aa  207  6e-52  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0869188  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5574  3-dehydroquinate synthase  40.38 
 
 		 372 aa  206  1e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.751857  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1562  3-dehydroquinate synthase  38.9 
 
 		 385 aa  205  2e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.171072  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0704  3-dehydroquinate synthase  36.64 
 
 		 367 aa  205  2e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0735  3-dehydroquinate synthase  36.64 
 
 		 367 aa  204  2e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.116609  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5301  3-dehydroquinate synthase  35.44 
 
 		 367 aa  204  3e-51  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3553  3-dehydroquinate synthase  35.04 
 
 		 369 aa  204  3e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.286464  normal  0.763035 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15571  3-dehydroquinate synthase  39.89 
 
 		 372 aa  203  5e-51  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.341963 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4545  3-dehydroquinate synthase  38.19 
 
 		 352 aa  203  6e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1423  3-dehydroquinate synthase  36.34 
 
 		 356 aa  202  9e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000905299  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0525  3-dehydroquinate synthase  35.25 
 
 		 368 aa  202  9.999999999999999e-51  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2926  3-dehydroquinate synthase  38.46 
 
 		 368 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_07351  3-dehydroquinate synthase  35.07 
 
 		 363 aa  201  1.9999999999999998e-50  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.374407  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2027  3-dehydroquinate synthase  38.92 
 
 		 359 aa  202  1.9999999999999998e-50  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0123  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4386  3-dehydroquinate synthase  34.97 
 
 		 363 aa  201  3e-50  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00709401 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07971  3-dehydroquinate synthase  35.23 
 
 		 370 aa  201  3e-50  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.277449  hitchhiker  0.00421114 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0315  3-dehydroquinate synthase  37.02 
 
 		 359 aa  200  5e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0328402 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0978  3-dehydroquinate synthase  37.57 
 
 		 360 aa  200  5e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.105687  normal  0.163627 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_07371  3-dehydroquinate synthase  35.07 
 
 		 363 aa  200  6e-50  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1003  3-dehydroquinate synthase  41.31 
 
 		 376 aa  200  7e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0085  3-dehydroquinate synthase  39.22 
 
 		 361 aa  198  2.0000000000000003e-49  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00165571 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_5008  3-dehydroquinate synthase  35.79 
 
 		 363 aa  198  2.0000000000000003e-49  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0610  3-dehydroquinate synthase  38.72 
 
 		 370 aa  199  2.0000000000000003e-49  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1673  3-dehydroquinate synthase  38.63 
 
 		 363 aa  198  2.0000000000000003e-49  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.333487  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1050  3-dehydroquinate synthase  37.43 
 
 		 377 aa  198  3e-49  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0440827  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3107  3-dehydroquinate synthase  36.26 
 
 		 370 aa  197  3e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.117886 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0434  3-dehydroquinate synthase  36.01 
 
 		 356 aa  197  4.0000000000000005e-49  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0691  3-dehydroquinate synthase  38.44 
 
 		 370 aa  197  4.0000000000000005e-49  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3367  3-dehydroquinate synthase  35.76 
 
 		 359 aa  197  5.000000000000001e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0475831  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1378  3-dehydroquinate synthase  38.05 
 
 		 355 aa  196  6e-49  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.835193  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2424  3-dehydroquinate synthase  32.85 
 
 		 354 aa  196  7e-49  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2455  3-dehydroquinate synthase  37.36 
 
 		 361 aa  196  8.000000000000001e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0307726  normal  0.543805 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3400  3-dehydroquinate synthase  36.01 
 
 		 373 aa  196  8.000000000000001e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3705  3-dehydroquinate synthase  39.73 
 
 		 359 aa  195  1e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000820021  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2762  3-dehydroquinate synthase  39.09 
 
 		 364 aa  196  1e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.998331 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0331  3-dehydroquinate synthase  39.12 
 
 		 359 aa  195  2e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.274632  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0339  3-dehydroquinate synthase  36.49 
 
 		 361 aa  195  2e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3683  3-dehydroquinate synthase  36.36 
 
 		 362 aa  195  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0345563  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>