More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_410 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002936  DET0467  3-dehydroquinate synthase  95.54 
 
 
359 aa  699    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0121882  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0444  3-dehydroquinate synthase  90.25 
 
 
359 aa  678    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0095589  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_410  3-dehydroquinate synthase  100 
 
 
359 aa  726    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.246623  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1021  3-dehydroquinate synthase  41.5 
 
 
359 aa  301  1e-80  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3597  3-dehydroquinate synthase  44.06 
 
 
361 aa  296  4e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00180341  hitchhiker  0.0000000386379 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0360  3-dehydroquinate synthase  43.19 
 
 
361 aa  289  6e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.173183  normal  0.0544969 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1758  3-dehydroquinate synthase  42.86 
 
 
359 aa  287  2e-76  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2746  3-dehydroquinate synthase  42.86 
 
 
359 aa  287  2e-76  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3207  3-dehydroquinate synthase  42.86 
 
 
359 aa  287  2e-76  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0892348  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3699  3-dehydroquinate synthase  42.86 
 
 
359 aa  287  2e-76  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00532697  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3728  3-dehydroquinate synthase  42.86 
 
 
359 aa  287  2e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.278518  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2796  3-dehydroquinate synthase  42.86 
 
 
359 aa  287  2e-76  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3757  3-dehydroquinate synthase  42.86 
 
 
359 aa  287  2e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3490  3-dehydroquinate synthase  42.9 
 
 
359 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3367  3-dehydroquinate synthase  45.67 
 
 
359 aa  286  4e-76  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0475831  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2714  3-dehydroquinate synthase  42.32 
 
 
359 aa  286  5e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0871906  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0393  3-dehydroquinate synthase  42.32 
 
 
359 aa  286  5e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0372  3-dehydroquinate synthase  42.03 
 
 
359 aa  285  8e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0315  3-dehydroquinate synthase  42.37 
 
 
359 aa  285  9e-76  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0328402 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0321  3-dehydroquinate synthase  42.32 
 
 
359 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.599528 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0312  3-dehydroquinate synthase  42.03 
 
 
359 aa  282  8.000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.567961  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2793  3-dehydroquinate synthase  42.27 
 
 
363 aa  281  1e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3023  3-dehydroquinate synthase  42.52 
 
 
358 aa  281  1e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0659  3-dehydroquinate synthase  44.69 
 
 
360 aa  281  1e-74  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2279  3-dehydroquinate synthase  42.9 
 
 
373 aa  279  6e-74  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3129  3-dehydroquinate synthase  42.27 
 
 
368 aa  279  7e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0703  3-dehydroquinate synthase  40.33 
 
 
366 aa  278  1e-73  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0331  3-dehydroquinate synthase  44.87 
 
 
359 aa  277  2e-73  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.274632  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5301  3-dehydroquinate synthase  41.36 
 
 
367 aa  275  7e-73  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2685  3-dehydroquinate synthase  42.41 
 
 
362 aa  275  9e-73  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0391774 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0341  3-dehydroquinate synthase  42.61 
 
 
358 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0214  3-dehydroquinate synthase  41.94 
 
 
358 aa  274  1.0000000000000001e-72  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0019522  hitchhiker  0.0093174 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3697  3-dehydroquinate synthase  42.18 
 
 
359 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0194599  normal  0.984962 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1146  3-dehydroquinate synthase  41.72 
 
 
370 aa  274  2.0000000000000002e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3893  3-dehydroquinate synthase  42.46 
 
 
359 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000115633  normal  0.386529 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0296  3-dehydroquinate synthase  42.9 
 
 
359 aa  273  3e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3705  3-dehydroquinate synthase  43.75 
 
 
359 aa  273  3e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000820021  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4222  3-dehydroquinate synthase  40.92 
 
 
366 aa  273  3e-72  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.950152 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4183  3-dehydroquinate synthase  40.92 
 
 
366 aa  273  3e-72  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3247  3-dehydroquinate synthase  41.11 
 
 
368 aa  273  4.0000000000000004e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0268  3-dehydroquinate synthase  42.98 
 
 
374 aa  273  4.0000000000000004e-72  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.230389 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1202  3-dehydroquinate synthase  42.98 
 
 
366 aa  273  4.0000000000000004e-72  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0248  3-dehydroquinate synthase  41.9 
 
 
359 aa  273  5.000000000000001e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000249526  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0376  3-dehydroquinate synthase  41.67 
 
 
358 aa  272  6e-72  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00801427  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2900  3-dehydroquinate synthase  41.11 
 
 
368 aa  271  1e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.146748 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0287  3-dehydroquinate synthase  43.28 
 
 
359 aa  271  1e-71  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0704  3-dehydroquinate synthase  40.92 
 
 
367 aa  271  1e-71  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4112  3-dehydroquinate synthase  41.67 
 
 
358 aa  271  1e-71  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000335612  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0735  3-dehydroquinate synthase  40.92 
 
 
367 aa  271  1e-71  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.116609  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4083  3-dehydroquinate synthase  41.67 
 
 
358 aa  271  2e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000010907  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4201  3-dehydroquinate synthase  41.67 
 
 
358 aa  270  2e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000411195  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4386  3-dehydroquinate synthase  40.67 
 
 
363 aa  270  2e-71  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00709401 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4002  3-dehydroquinate synthase  41.67 
 
 
358 aa  270  4e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000746069  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0164  3-dehydroquinate synthase  43.58 
 
 
356 aa  270  4e-71  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.300731  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2969  3-dehydroquinate synthase  40.23 
 
 
368 aa  268  7e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.351532  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0216  3-dehydroquinate synthase  41.57 
 
 
364 aa  268  8.999999999999999e-71  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.411301  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2762  3-dehydroquinate synthase  43.25 
 
 
364 aa  268  1e-70  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.998331 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0239  3-dehydroquinate synthase  42.3 
 
 
359 aa  268  1e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000355339  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0679  3-dehydroquinate synthase  41.23 
 
 
372 aa  267  2e-70  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.241981 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1717  3-dehydroquinate synthase  39.56 
 
 
372 aa  267  2e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.9764 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1003  3-dehydroquinate synthase  39.94 
 
 
376 aa  266  4e-70  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2027  3-dehydroquinate synthase  41.11 
 
 
359 aa  265  1e-69  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0123  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1556  3-dehydroquinate synthase  40.96 
 
 
362 aa  263  3e-69  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0388  3-dehydroquinate synthase  40.35 
 
 
365 aa  263  4.999999999999999e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0529  3-dehydroquinate synthase  37.5 
 
 
366 aa  262  6e-69  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1820  3-dehydroquinate synthase  39.83 
 
 
360 aa  262  8e-69  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.774122  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5078  3-dehydroquinate synthase  40.63 
 
 
365 aa  262  8.999999999999999e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5128  3-dehydroquinate synthase  40.63 
 
 
376 aa  261  1e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0262  3-dehydroquinate synthase  42.74 
 
 
357 aa  261  1e-68  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00142699  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2167  3-dehydroquinate synthase  40.29 
 
 
369 aa  261  1e-68  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.563786  normal  0.738414 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3266  3-dehydroquinate synthase  40.82 
 
 
368 aa  261  1e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.966202  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4951  3-dehydroquinate synthase  40.63 
 
 
365 aa  261  2e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002328  3-dehydroquinate synthase  43.2 
 
 
366 aa  261  2e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000221553  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0778  3-dehydroquinate synthase  38.1 
 
 
363 aa  261  2e-68  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.173055  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0473  3-dehydroquinate synthase  41.74 
 
 
354 aa  260  3e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.068114  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0881  3-dehydroquinate synthase  41.74 
 
 
364 aa  260  3e-68  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.100912  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0525  3-dehydroquinate synthase  41.43 
 
 
368 aa  260  3e-68  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0401  3-dehydroquinate synthase  39.53 
 
 
366 aa  260  3e-68  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00294823 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0733  3-dehydroquinate synthase  41.74 
 
 
364 aa  260  3e-68  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2660  3-dehydroquinate synthase  40.96 
 
 
362 aa  259  4e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000170461 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0786  3-dehydroquinate synthase  37.35 
 
 
360 aa  259  4e-68  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0410044  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3030  3-dehydroquinate synthase  40.52 
 
 
361 aa  259  6e-68  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.213133  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1241  3-dehydroquinate synthase  40.76 
 
 
361 aa  258  8e-68  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00027  3-dehydroquinate synthase  42.9 
 
 
366 aa  258  9e-68  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5179  3-dehydroquinate synthase  38.06 
 
 
364 aa  258  1e-67  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.981519  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5574  3-dehydroquinate synthase  40.29 
 
 
372 aa  258  1e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.751857  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4264  3-dehydroquinate synthase  40.87 
 
 
358 aa  258  1e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00482631  normal  0.106006 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1592  3-dehydroquinate synthase  40.24 
 
 
359 aa  257  2e-67  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2025  3-dehydroquinate synthase  39.22 
 
 
362 aa  257  2e-67  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0964  3-dehydroquinate synthase  41.11 
 
 
369 aa  257  2e-67  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3400  3-dehydroquinate synthase  40.47 
 
 
373 aa  257  2e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0665  3-dehydroquinate synthase  40.28 
 
 
355 aa  257  2e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.0000291417  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0995  3-dehydroquinate synthase  41.67 
 
 
369 aa  256  3e-67  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1423  3-dehydroquinate synthase  39.22 
 
 
356 aa  257  3e-67  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000905299  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1114  3-dehydroquinate synthase  43.1 
 
 
362 aa  257  3e-67  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0407056  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2132  3-dehydroquinate synthase  41.45 
 
 
362 aa  256  4e-67  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3553  3-dehydroquinate synthase  38.36 
 
 
369 aa  256  4e-67  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.286464  normal  0.763035 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0085  3-dehydroquinate synthase  37.08 
 
 
361 aa  255  8e-67  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00165571 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1432  3-dehydroquinate synthase  38.02 
 
 
373 aa  255  8e-67  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.68619  normal  0.103295 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1877  3-dehydroquinate synthase  40.28 
 
 
388 aa  254  2.0000000000000002e-66  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.384735  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>