More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_3296 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_3296  3-dehydroquinate synthase  100 
 
 		 349 aa  682    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.126555  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1253  3-dehydroquinate synthase  71.64 
 
 		 353 aa  457  1e-127  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000152397 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0434  3-dehydroquinate synthase  69.23 
 
 		 356 aa  441  1e-123  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1664  3-dehydroquinate synthase  66.76 
 
 		 364 aa  419  1e-116  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.825748  normal  0.49413 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1717  3-dehydroquinate synthase  49.67 
 
 		 354 aa  241  9e-63  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2009  3-dehydroquinate synthase  40.41 
 
 		 363 aa  219  3.9999999999999997e-56  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000160945 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2025  3-dehydroquinate synthase  42.2 
 
 		 362 aa  216  4e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2390  3-dehydroquinate synthase  39.58 
 
 		 370 aa  212  5.999999999999999e-54  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2021  3-dehydroquinate synthase  43.4 
 
 		 370 aa  211  1e-53  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.990757  normal  0.0317478 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6533  3-dehydroquinate synthase  43.21 
 
 		 358 aa  211  2e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.121796  hitchhiker  0.00769266 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2414  3-dehydroquinate synthase  41.85 
 
 		 365 aa  211  2e-53  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2208  3-dehydroquinate synthase  43.81 
 
 		 358 aa  209  6e-53  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.349975  normal  0.441501 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0978  3-dehydroquinate synthase  40.59 
 
 		 360 aa  209  8e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.105687  normal  0.163627 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17870  3-dehydroquinate synthase  41.44 
 
 		 395 aa  208  1e-52  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.092005  normal  0.568716 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7572  3-dehydroquinate synthase  40.73 
 
 		 382 aa  206  4e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.498964 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2455  3-dehydroquinate synthase  38.27 
 
 		 361 aa  206  5e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0307726  normal  0.543805 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00027  3-dehydroquinate synthase  36.97 
 
 		 366 aa  206  6e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0659  3-dehydroquinate synthase  40.93 
 
 		 360 aa  205  8e-52  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2205  3-dehydroquinate synthase  37.25 
 
 		 366 aa  204  1e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000150156  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0781  3-dehydroquinate synthase  34.93 
 
 		 351 aa  205  1e-51  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.514562  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002328  3-dehydroquinate synthase  36.69 
 
 		 366 aa  204  2e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000221553  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2951  3-dehydroquinate synthase  43.07 
 
 		 358 aa  204  3e-51  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00000482896  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3697  3-dehydroquinate synthase  35.87 
 
 		 359 aa  203  3e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0194599  normal  0.984962 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0248  3-dehydroquinate synthase  36.17 
 
 		 359 aa  203  3e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000249526  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0473  3-dehydroquinate synthase  36.15 
 
 		 354 aa  203  4e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.068114  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3030  3-dehydroquinate synthase  39.37 
 
 		 361 aa  203  4e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.213133  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4296  3-dehydroquinate synthase  43.34 
 
 		 371 aa  203  4e-51  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.67949  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3893  3-dehydroquinate synthase  36.17 
 
 		 359 aa  202  7e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000115633  normal  0.386529 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0704  3-dehydroquinate synthase  39.4 
 
 		 367 aa  201  9.999999999999999e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1003  3-dehydroquinate synthase  40.79 
 
 		 376 aa  202  9.999999999999999e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0778  3-dehydroquinate synthase  37.47 
 
 		 363 aa  202  9.999999999999999e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.173055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0735  3-dehydroquinate synthase  39.4 
 
 		 367 aa  201  1.9999999999999998e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.116609  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0679  3-dehydroquinate synthase  40.75 
 
 		 372 aa  201  1.9999999999999998e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.241981 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0525  3-dehydroquinate synthase  46.55 
 
 		 368 aa  200  1.9999999999999998e-50  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1695  3-dehydroquinate synthase  39.4 
 
 		 577 aa  201  1.9999999999999998e-50  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.981168  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0268  3-dehydroquinate synthase  38.9 
 
 		 374 aa  200  3e-50  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.230389 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0611  bifunctional shikimate kinase/3-dehydroquinate synthase  40.48 
 
 		 540 aa  200  3e-50  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.488786  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1092  3-dehydroquinate synthase  41.18 
 
 		 368 aa  199  3.9999999999999996e-50  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1026  3-dehydroquinate synthase  34.18 
 
 		 351 aa  200  3.9999999999999996e-50  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.57507  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1283  3-dehydroquinate synthase  41.48 
 
 		 367 aa  199  3.9999999999999996e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.637861  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3705  3-dehydroquinate synthase  36.59 
 
 		 359 aa  199  5e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000820021  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0331  3-dehydroquinate synthase  41.62 
 
 		 359 aa  199  6e-50  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.274632  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0287  3-dehydroquinate synthase  35.37 
 
 		 359 aa  199  7.999999999999999e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0239  3-dehydroquinate synthase  34.36 
 
 		 359 aa  199  9e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000355339  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0614  3-dehydroquinate synthase  39.64 
 
 		 370 aa  198  1.0000000000000001e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1334  3-dehydroquinate synthase  43.54 
 
 		 380 aa  198  1.0000000000000001e-49  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.904489 
 
 
-
 
NC_002936  DET0467  3-dehydroquinate synthase  36.04 
 
 		 359 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0121882  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1088  3-dehydroquinate synthase  34.18 
 
 		 351 aa  197  2.0000000000000003e-49  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0341  3-dehydroquinate synthase  36.28 
 
 		 358 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00509  3-dehydroquinate synthase  36.69 
 
 		 350 aa  197  2.0000000000000003e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0026349  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4201  3-dehydroquinate synthase  36.28 
 
 		 358 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000411195  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4002  3-dehydroquinate synthase  36.28 
 
 		 358 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000746069  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0376  3-dehydroquinate synthase  33.7 
 
 		 358 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00801427  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0087  3-dehydroquinate synthase  33.91 
 
 		 345 aa  197  3e-49  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0387598  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1701  3-dehydroquinate synthase  41.57 
 
 		 371 aa  197  3e-49  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.16166  normal  0.109076 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4083  3-dehydroquinate synthase  36.28 
 
 		 358 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000010907  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5126  3-dehydroquinate synthase  39.34 
 
 		 367 aa  196  6e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2564  3-dehydroquinate synthase  39.23 
 
 		 380 aa  196  6e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.443147 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2900  3-dehydroquinate synthase  38.74 
 
 		 368 aa  196  6e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.146748 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0787  3-dehydroquinate synthase  40.21 
 
 		 388 aa  196  6e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4112  3-dehydroquinate synthase  36.28 
 
 		 358 aa  196  6e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000335612  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0214  3-dehydroquinate synthase  34.07 
 
 		 358 aa  196  6e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0019522  hitchhiker  0.0093174 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0444  3-dehydroquinate synthase  36.04 
 
 		 359 aa  195  8.000000000000001e-49  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0095589  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4264  3-dehydroquinate synthase  36.14 
 
 		 358 aa  195  9e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00482631  normal  0.106006 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3595  3-dehydroquinate synthase  39.51 
 
 		 376 aa  194  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0315  3-dehydroquinate synthase  38.15 
 
 		 359 aa  195  1e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0328402 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3247  3-dehydroquinate synthase  38.33 
 
 		 368 aa  195  1e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2272  3-dehydroquinate synthase  39.69 
 
 		 363 aa  195  1e-48  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.474615  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0881  3-dehydroquinate synthase  39.4 
 
 		 364 aa  193  3e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.100912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0733  3-dehydroquinate synthase  39.4 
 
 		 364 aa  193  3e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12660  3-dehydroquinate synthase  41.61 
 
 		 389 aa  193  3e-48  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.3799  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2685  3-dehydroquinate synthase  36.87 
 
 		 362 aa  193  3e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0391774 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5574  3-dehydroquinate synthase  38.81 
 
 		 372 aa  193  4e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.751857  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4051  3-dehydroquinate synthase  38.89 
 
 		 381 aa  192  5e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0721  3-dehydroquinate synthase  38.94 
 
 		 369 aa  192  6e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.879879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0409  3-dehydroquinate synthase  39.76 
 
 		 367 aa  192  6e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0216  3-dehydroquinate synthase  39.83 
 
 		 364 aa  192  7e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.411301  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0854  3-dehydroquinate synthase  36.99 
 
 		 346 aa  192  7e-48  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00901382  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3367  3-dehydroquinate synthase  34.23 
 
 		 359 aa  192  7e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0475831  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2969  3-dehydroquinate synthase  38.87 
 
 		 368 aa  192  1e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.351532  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0504  3-dehydroquinate synthase  38.76 
 
 		 381 aa  192  1e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0533  3-dehydroquinate synthase  39.27 
 
 		 382 aa  191  1e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.630888 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02181  3-dehydroquinate synthase  42.45 
 
 		 370 aa  191  1e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1021  3-dehydroquinate synthase  35.29 
 
 		 359 aa  192  1e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5301  3-dehydroquinate synthase  35.1 
 
 		 367 aa  190  2e-47  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0665  3-dehydroquinate synthase  33.81 
 
 		 355 aa  191  2e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.0000291417  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0832  3-dehydroquinate synthase  37 
 
 		 365 aa  190  2.9999999999999997e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.162832  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1717  3-dehydroquinate synthase  39.5 
 
 		 372 aa  190  2.9999999999999997e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.9764 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_410  3-dehydroquinate synthase  35.31 
 
 		 359 aa  190  2.9999999999999997e-47  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.246623  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0380  3-dehydroquinate synthase  37.03 
 
 		 560 aa  190  2.9999999999999997e-47  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2027  3-dehydroquinate synthase  39.14 
 
 		 359 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0123  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1556  3-dehydroquinate synthase  37.72 
 
 		 362 aa  190  2.9999999999999997e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0396  3-dehydroquinate synthase  41.37 
 
 		 383 aa  190  4e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.553566 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0696  3-dehydroquinate synthase  34.9 
 
 		 352 aa  189  4e-47  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.701677  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2660  3-dehydroquinate synthase  37.5 
 
 		 362 aa  189  4e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000170461 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3013  3-dehydroquinate synthase  39.94 
 
 		 366 aa  189  5e-47  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0840262 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2762  3-dehydroquinate synthase  39.94 
 
 		 364 aa  189  5e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.998331 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12558  3-dehydroquinate synthase  42.86 
 
 		 362 aa  189  5.999999999999999e-47  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000000354876  normal  0.184174 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0548  3-dehydroquinate synthase  38.81 
 
 		 367 aa  189  8e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0262  3-dehydroquinate synthase  34.83 
 
 		 357 aa  188  1e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00142699  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>