More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_1395 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011769  DvMF_1395  tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 		 277 aa  554  1e-157  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2073  tRNA pseudouridine synthase A  56.94 
 
 		 297 aa  313  1.9999999999999998e-84  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0650804 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2707  tRNA pseudouridine synthase A  56.03 
 
 		 278 aa  268  5.9999999999999995e-71  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.580118  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2251  tRNA pseudouridine synthase A  50.9 
 
 		 246 aa  250  2e-65  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.218051  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2111  tRNA pseudouridine synthase A  48.38 
 
 		 254 aa  240  2e-62  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.110217 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0696  tRNA pseudouridine synthase A  48.01 
 
 		 259 aa  236  3e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.214001  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0139  tRNA pseudouridine synthase A  38.41 
 
 		 258 aa  172  6.999999999999999e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2883  tRNA pseudouridine synthase A  38.63 
 
 		 270 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0101662  normal  0.88579 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0142  tRNA pseudouridine synthase A  35.25 
 
 		 247 aa  167  2e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629315  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0466  tRNA pseudouridine synthase A  40.88 
 
 		 252 aa  167  2e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000184743  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0173  tRNA pseudouridine synthase A  34.89 
 
 		 252 aa  166  4e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000175513  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0136  tRNA pseudouridine synthase A  34.89 
 
 		 247 aa  166  5e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000296429  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0407  tRNA pseudouridine synthase A  33.21 
 
 		 245 aa  165  6.9999999999999995e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0137  tRNA pseudouridine synthase A  34.53 
 
 		 252 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0142  tRNA pseudouridine synthase A  34.89 
 
 		 247 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000419417  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0137  tRNA pseudouridine synthase A  34.89 
 
 		 247 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139661  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0135  tRNA pseudouridine synthase A  34.89 
 
 		 247 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000154872  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6844  tRNA pseudouridine synthase A  38.57 
 
 		 270 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000523123  normal  0.307747 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0155  tRNA pseudouridine synthase A  34.89 
 
 		 252 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.18067e-36 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0142  tRNA pseudouridine synthase A  34.89 
 
 		 247 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000771013  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0421  tRNA pseudouridine synthase A  32.13 
 
 		 260 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000000417493  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0163  tRNA pseudouridine synthase A  34.53 
 
 		 252 aa  162  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000189836  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0937  tRNA pseudouridine synthase ACD  37.63 
 
 		 244 aa  163  4.0000000000000004e-39  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5163  tRNA pseudouridine synthase A  34.17 
 
 		 252 aa  162  6e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000000176686  hitchhiker  0.0000000000431811 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1060  tRNA pseudouridine synthase A  32.37 
 
 		 248 aa  160  2e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1248  tRNA pseudouridine synthase A  32.37 
 
 		 248 aa  159  3e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0401  tRNA pseudouridine synthase A  31.77 
 
 		 245 aa  159  5e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0473  tRNA pseudouridine synthase A  31.77 
 
 		 245 aa  159  5e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0143  tRNA pseudouridine synthase A  36.46 
 
 		 248 aa  158  8e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000160558  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0462  tRNA pseudouridine synthase A  32.13 
 
 		 245 aa  158  1e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0543  tRNA pseudouridine synthase A  32.13 
 
 		 245 aa  157  1e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000330857  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0487  tRNA pseudouridine synthase A  32.13 
 
 		 245 aa  158  1e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0956  tRNA pseudouridine synthase A  34.66 
 
 		 261 aa  158  1e-37  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0850507  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2426  tRNA pseudouridine synthase A  38.35 
 
 		 246 aa  158  1e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000220887  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01500  pseudouridylate synthase I  37.14 
 
 		 246 aa  157  1e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  8.6087e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02450  pseudouridylate synthase I  37.14 
 
 		 246 aa  157  1e-37  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000086341  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1055  tRNA pseudouridine synthase A  34.66 
 
 		 261 aa  158  1e-37  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.859222  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4372  tRNA pseudouridine synthase A  37.86 
 
 		 267 aa  157  1e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4830  tRNA pseudouridine synthase A  31.77 
 
 		 245 aa  157  1e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0152439  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0492  tRNA pseudouridine synthase A  32.13 
 
 		 245 aa  157  1e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.138657  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0543  tRNA pseudouridine synthase A  32.13 
 
 		 245 aa  157  2e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.432297  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2680  tRNA pseudouridine synthase A  33.33 
 
 		 244 aa  157  2e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000443367  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2365  tRNA pseudouridine synthase A  33.33 
 
 		 244 aa  157  3e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000187105  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1218  tRNA pseudouridine synthase ACD  36.2 
 
 		 245 aa  156  4e-37  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000567145  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0405  tRNA pseudouridine synthase A  31.77 
 
 		 245 aa  155  6e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00300726  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1161  tRNA pseudouridine synthase A  36.1 
 
 		 271 aa  155  6e-37  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0226119  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1494  tRNA pseudouridine synthase A  39.13 
 
 		 259 aa  155  6e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.643957  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2246  tRNA pseudouridine synthase A  32.12 
 
 		 267 aa  155  8e-37  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.0000000374145  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1237  tRNA pseudouridine synthase ACD  35.84 
 
 		 245 aa  155  8e-37  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0714167  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2287  tRNA pseudouridine synthase A  32.12 
 
 		 267 aa  155  8e-37  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0252642  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2939  tRNA pseudouridine synthase A  34.63 
 
 		 244 aa  155  1e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0527  tRNA pseudouridine synthase A  35.74 
 
 		 271 aa  154  1e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1856  tRNA pseudouridine synthase A  35.74 
 
 		 271 aa  154  1e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0227794  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2497  tRNA pseudouridine synthase A  36.82 
 
 		 271 aa  153  2e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1723  tRNA pseudouridine synthase A  35.64 
 
 		 270 aa  152  5e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0771  tRNA pseudouridine synthase A  35.64 
 
 		 270 aa  152  5e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2447  tRNA pseudouridine synthase A  35.64 
 
 		 270 aa  152  5e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.808323  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0677  tRNA pseudouridine synthase A  35.64 
 
 		 270 aa  152  5e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.873291  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1647  tRNA pseudouridine synthase A  35.64 
 
 		 270 aa  152  5e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2309  tRNA pseudouridine synthase A  35.64 
 
 		 270 aa  152  5e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0622933  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0165  tRNA pseudouridine synthase A  34.77 
 
 		 248 aa  152  5e-36  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0793  tRNA pseudouridine synthase A  33.21 
 
 		 245 aa  152  5.9999999999999996e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000229391  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0900  tRNA pseudouridine synthase A  34.17 
 
 		 244 aa  152  7e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000106944  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3064  tRNA pseudouridine synthase A  39.29 
 
 		 265 aa  152  7e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1452  tRNA pseudouridine synthase A  33.93 
 
 		 256 aa  151  1e-35  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000896278  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1417  tRNA pseudouridine synthase A  37.5 
 
 		 270 aa  150  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1048  tRNA pseudouridine synthase A  35.13 
 
 		 244 aa  150  2e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000774285  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1560  tRNA pseudouridine synthase A  36.82 
 
 		 302 aa  150  3e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.949883  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1652  tRNA pseudouridine synthase A  35.14 
 
 		 261 aa  150  3e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0520  tRNA pseudouridine synthase A  35.14 
 
 		 264 aa  149  5e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1685  tRNA pseudouridine synthase A  34.17 
 
 		 244 aa  149  5e-35  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5241  tRNA pseudouridine synthase A  36.76 
 
 		 282 aa  149  5e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3634  tRNA pseudouridine synthase A  34.05 
 
 		 245 aa  149  6e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.13903  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1700  tRNA pseudouridine synthase A  35.38 
 
 		 261 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.125972 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4870  tRNA pseudouridine synthase A  37.94 
 
 		 272 aa  147  1.0000000000000001e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.440295 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0228  tRNA pseudouridine synthase A  32.51 
 
 		 255 aa  147  2.0000000000000003e-34  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2098  tRNA pseudouridine synthase A  34.62 
 
 		 270 aa  147  2.0000000000000003e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.831526 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1800  tRNA pseudouridine synthase A  32.85 
 
 		 267 aa  146  3e-34  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3851  tRNA pseudouridine synthase A  38.18 
 
 		 270 aa  146  3e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.845811 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0100  tRNA pseudouridine synthase A  34.05 
 
 		 258 aa  146  4.0000000000000006e-34  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03101  tRNA pseudouridine synthase A  33.45 
 
 		 264 aa  146  4.0000000000000006e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2306  tRNA pseudouridine synthase A  35.14 
 
 		 261 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0438465  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0255  tRNA pseudouridine synthase A  35.82 
 
 		 247 aa  146  4.0000000000000006e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000251416  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2150  tRNA pseudouridine synthase A  35.38 
 
 		 261 aa  145  5e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00702762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3044  tRNA pseudouridine synthase A  35.93 
 
 		 264 aa  145  6e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3346  tRNA pseudouridine synthase A  38.18 
 
 		 270 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.291019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1666  tRNA pseudouridine synthase A  37.18 
 
 		 261 aa  145  8.000000000000001e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0056205  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0868  tRNA pseudouridine synthase A  36.13 
 
 		 262 aa  145  9e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00469579  hitchhiker  0.00315924 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1790  tRNA pseudouridine synthase A  35.38 
 
 		 260 aa  145  9e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1251  tRNA pseudouridine synthase A  35.84 
 
 		 259 aa  145  9e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.124214  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1604  tRNA pseudouridine synthase A  34.91 
 
 		 263 aa  145  9e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2071  tRNA pseudouridine synthase A  35.38 
 
 		 271 aa  145  1e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.179151  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0686  tRNA pseudouridine synthase ACD  34.04 
 
 		 246 aa  144  1e-33  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000903127  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2308  tRNA pseudouridine synthase A  37.72 
 
 		 273 aa  144  1e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.742773  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1729  tRNA pseudouridine synthase A  35.38 
 
 		 271 aa  145  1e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0992895  hitchhiker  0.00555362 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4624  tRNA pseudouridine synthase A  38.18 
 
 		 270 aa  144  1e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.886734  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1901  tRNA pseudouridine synthase A  37.14 
 
 		 252 aa  144  2e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.48254e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3350  tRNA pseudouridine synthase A  35 
 
 		 247 aa  143  3e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0985621 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0255  tRNA pseudouridine synthase A  36.59 
 
 		 250 aa  143  3e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00104612  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1217  tRNA pseudouridine synthase A  38.24 
 
 		 278 aa  143  3e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0106552 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>