296 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_0618 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009943  Dole_0618  putative phytochrome sensor protein  100 
 
 		 615 aa  1242    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1341  putative phytochrome sensor protein  48.31 
 
 		 612 aa  510  1e-143  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2400  GAF domain-containing protein  39.19 
 
 		 628 aa  410  1e-113  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2359  putative phytochrome sensor protein  38.75 
 
 		 627 aa  404  1e-111  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2177  GAF domain-containing protein  38.03 
 
 		 611 aa  360  4e-98  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.266529 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0926  GAF domain-containing protein  37.05 
 
 		 614 aa  358  9.999999999999999e-98  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3236  GAF domain-containing protein  32.53 
 
 		 578 aa  280  6e-74  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.604941 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1408  membrane-fusion protein-like  30.04 
 
 		 631 aa  226  1e-57  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.382309  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2199  membrane-fusion protein-like protein  28.77 
 
 		 619 aa  167  4e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.291447 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1440  secretion protein HlyD  35.14 
 
 		 376 aa  68.6  0.0000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30 
 
 		 383 aa  67.4  0.0000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2261  secretion protein HlyD family protein  28.21 
 
 		 408 aa  66.6  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0232169  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1036  RND family efflux transporter MFP subunit  29.29 
 
 		 354 aa  65.5  0.000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1203  RND family efflux transporter MFP subunit  33.81 
 
 		 621 aa  63.9  0.000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3073  hypothetical protein  26.52 
 
 		 448 aa  63.5  0.000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.880129  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2583  secretion protein HlyD family protein  27.35 
 
 		 437 aa  62.4  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.860708  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0161  RND family efflux transporter MFP subunit  29.54 
 
 		 380 aa  62.8  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0371  hypothetical protein  24.8 
 
 		 457 aa  61.6  0.00000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.294814  normal  0.553229 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1862  hypothetical protein  25.42 
 
 		 865 aa  60.8  0.00000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1836  hypothetical protein  25.42 
 
 		 865 aa  60.8  0.00000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00705  cation efflux system protein  30.09 
 
 		 371 aa  60.5  0.00000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.333087  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  30.5 
 
 		 349 aa  59.7  0.0000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3140  secretion protein HlyD  30 
 
 		 360 aa  60.1  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.203317  normal  0.359518 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1177  RND family efflux transporter MFP subunit  29.61 
 
 		 417 aa  59.3  0.0000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3169  RND family efflux transporter MFP subunit  26.69 
 
 		 369 aa  58.9  0.0000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000222351  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  27 
 
 		 365 aa  58.2  0.0000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2132  HlyD family secretion protein  28.08 
 
 		 360 aa  57.8  0.0000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.732379  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02540  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.21 
 
 		 481 aa  57  0.0000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0229793  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4169  secretion protein HlyD family protein  34.09 
 
 		 477 aa  56.6  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00575947  hitchhiker  0.00428587 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3170  RND family efflux transporter MFP subunit  26.32 
 
 		 369 aa  56.6  0.000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000721535  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  26.29 
 
 		 340 aa  56.6  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1201  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.32 
 
 		 369 aa  56.6  0.000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000118856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0299  hypothetical protein  21.89 
 
 		 450 aa  56.2  0.000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.251177  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4297  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.08 
 
 		 397 aa  55.8  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.430357  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3700  secretion protein HlyD  29.15 
 
 		 381 aa  55.8  0.000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2055  hypothetical protein  23.71 
 
 		 442 aa  56.2  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0528  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  25.11 
 
 		 390 aa  56.2  0.000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.178429 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1675  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.88 
 
 		 608 aa  56.2  0.000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2786  RND family efflux transporter MFP subunit  28.37 
 
 		 372 aa  55.5  0.000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000125206  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1695  secretion protein HlyD  25.42 
 
 		 360 aa  55.5  0.000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3313  RND family efflux transporter MFP subunit  28.05 
 
 		 369 aa  55.5  0.000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000984298  normal  0.15916 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3495  RND family efflux transporter MFP subunit  26.15 
 
 		 365 aa  55.5  0.000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1999  RND family efflux transporter MFP subunit  26.46 
 
 		 390 aa  55.1  0.000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00132105  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0067  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.27 
 
 		 453 aa  54.7  0.000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12131  membrane fusion protein  25 
 
 		 356 aa  54.7  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.502636 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6340  secretion protein HlyD  30.71 
 
 		 369 aa  54.7  0.000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900675  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0568  hypothetical protein  29.1 
 
 		 442 aa  54.7  0.000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  30.71 
 
 		 369 aa  54.7  0.000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357806  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1752  RND family efflux transporter MFP subunit  30.71 
 
 		 369 aa  54.3  0.000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0319  RND family efflux transporter MFP subunit  30.47 
 
 		 417 aa  54.3  0.000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.12 
 
 		 388 aa  54.3  0.000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0389  hypothetical protein  29.31 
 
 		 439 aa  54.3  0.000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.478293  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3663  hypothetical protein  23.12 
 
 		 343 aa  54.3  0.000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01077  HlyD family secretion protein  24.03 
 
 		 376 aa  54.3  0.000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2426  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.88 
 
 		 365 aa  53.9  0.000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.54628  hitchhiker  0.0000000883837 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0527  RND family efflux transporter MFP subunit  27.84 
 
 		 376 aa  53.9  0.000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2064  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.1 
 
 		 365 aa  53.9  0.000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1580  RND family efflux transporter MFP subunit  27.27 
 
 		 365 aa  53.9  0.000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.186167  normal  0.460313 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4857  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.75 
 
 		 384 aa  53.9  0.000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.491578 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1951  hypothetical protein  22.94 
 
 		 1097 aa  53.9  0.000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00270024  hitchhiker  0.000836755 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4067  RND family efflux transporter MFP subunit  32.79 
 
 		 621 aa  53.1  0.00001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6771  HlyD family type I secretion membrane fusion protein  25.67 
 
 		 475 aa  53.5  0.00001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4226  RND family efflux transporter MFP subunit  29.37 
 
 		 426 aa  53.1  0.00001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.499264  normal  0.926991 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2759  hypothetical protein  22.83 
 
 		 681 aa  53.5  0.00001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.172121  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3889  RND family efflux transporter MFP subunit  29.19 
 
 		 364 aa  53.5  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3679  RND family efflux transporter MFP subunit  28.1 
 
 		 365 aa  53.5  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2298  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.99 
 
 		 663 aa  53.1  0.00001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0080  RND family efflux transporter MFP subunit  25.64 
 
 		 414 aa  53.1  0.00001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.95759  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0618  RND family efflux transporter MFP subunit  28.87 
 
 		 387 aa  53.5  0.00001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8250  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.07 
 
 		 368 aa  53.1  0.00001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.673804  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0473  hypothetical protein  28.68 
 
 		 442 aa  53.1  0.00001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.796891  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4302  secretion protein HlyD family protein  34.15 
 
 		 477 aa  52.8  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.358477  normal  0.503977 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1830  RND family efflux transporter MFP subunit  23.28 
 
 		 359 aa  52.8  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.495597  normal  0.102007 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  25.55 
 
 		 361 aa  52.4  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3185  secretion protein HlyD  29.52 
 
 		 446 aa  52.8  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0767  RND family efflux transporter MFP subunit  28.23 
 
 		 372 aa  52.8  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00075698  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2275  RND family efflux transporter MFP subunit  22.84 
 
 		 354 aa  52.8  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0060878  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1765  secretion protein HlyD family protein  30.59 
 
 		 541 aa  52.8  0.00002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.186436  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3968  hypothetical protein  30.71 
 
 		 727 aa  52  0.00003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0475594  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5035  HlyD family secretion protein  29.92 
 
 		 396 aa  52  0.00003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.611497 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1650  secretion protein HlyD  27.59 
 
 		 397 aa  52.4  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4709  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.05 
 
 		 383 aa  52  0.00003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6178  RND family efflux transporter MFP subunit  28.91 
 
 		 367 aa  52  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.19288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  25.55 
 
 		 369 aa  52.4  0.00003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0621  secretion protein HlyD  35.4 
 
 		 710 aa  51.6  0.00004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.749458  normal  0.582939 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1288  RND family efflux transporter MFP subunit  30.4 
 
 		 365 aa  51.6  0.00004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2437  Type I secretion membrane fusion protein, HlyD  26.01 
 
 		 428 aa  52  0.00004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2229  RND family efflux transporter MFP subunit  24.77 
 
 		 405 aa  51.6  0.00004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2973  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.74 
 
 		 448 aa  51.2  0.00005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3650  secretion protein HlyD  28.47 
 
 		 397 aa  51.2  0.00005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.521212 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0487  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.32 
 
 		 360 aa  51.2  0.00005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2381  RND family efflux transporter MFP subunit  22.54 
 
 		 357 aa  51.2  0.00005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2624  RND family efflux transporter MFP subunit  27.59 
 
 		 357 aa  51.6  0.00005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1580  RND family efflux transporter MFP subunit  26.73 
 
 		 365 aa  51.2  0.00006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.610408  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0870  acriflavin resistance periplasmic protein  23.26 
 
 		 351 aa  50.8  0.00006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3406  secretion protein HlyD family protein  30.91 
 
 		 358 aa  51.2  0.00006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1496  RND family efflux transporter MFP subunit  26.73 
 
 		 365 aa  51.2  0.00006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0078  RND family efflux transporter MFP subunit  26.73 
 
 		 365 aa  50.8  0.00007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0480  RND family efflux transporter MFP subunit  31.09 
 
 		 363 aa  50.8  0.00007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0383  RND family efflux transporter MFP subunit  26.73 
 
 		 365 aa  50.8  0.00007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>