More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_2197 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_2197  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 282 aa  582  1.0000000000000001e-165  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7131  transcriptional regulator, AraC family  43.84 
 
 		 283 aa  250  2e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 289 aa  144  1e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  36.92 
 
 		 307 aa  144  1e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  33.73 
 
 		 290 aa  136  3.0000000000000003e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 286 aa  130  2.0000000000000002e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  30.8 
 
 		 290 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  28.28 
 
 		 295 aa  119  7e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1456  transcriptional regulator, AraC family  29.57 
 
 		 271 aa  113  4.0000000000000004e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.724936  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1738  transcriptional regulator, AraC family  31.18 
 
 		 283 aa  110  3e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3787  transcriptional regulator, AraC family  30.04 
 
 		 287 aa  110  3e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0471905 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0805  AraC family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 305 aa  106  5e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2752  transcriptional regulator, AraC family  27.6 
 
 		 294 aa  105  8e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612701  hitchhiker  0.00970108 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5626  transcriptional regulator, AraC family  28.52 
 
 		 285 aa  105  9e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.808973  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 293 aa  103  2e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1497  transcriptional regulator, AraC family  31.25 
 
 		 285 aa  104  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.909298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  30.2 
 
 		 307 aa  104  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  27.43 
 
 		 294 aa  103  3e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.108721 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2965  transcriptional regulator, AraC family  29.55 
 
 		 274 aa  102  8e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000197043  hitchhiker  0.00000564139 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2146  transcriptional regulator, AraC family  29.08 
 
 		 286 aa  101  1e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00502673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2992  helix-turn-helix domain-containing protein  28.24 
 
 		 266 aa  101  1e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0239813  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 295 aa  101  1e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1116  transcriptional regulator, AraC family  32.26 
 
 		 289 aa  100  3e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899816  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  29.8 
 
 		 296 aa  99.4  6e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  27.24 
 
 		 294 aa  98.2  1e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1401  transcriptional regulator, AraC family  30.71 
 
 		 280 aa  97.8  2e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0891461  normal  0.79487 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1765  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 292 aa  97.4  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  29.8 
 
 		 299 aa  95.1  1e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1351  transcriptional regulator, AraC family  28.3 
 
 		 284 aa  93.6  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1346  transcriptional regulator, AraC family  27.13 
 
 		 310 aa  94  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1416  AraC family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 281 aa  93.6  3e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00434606  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7190  transcriptional regulator, AraC family  25.35 
 
 		 305 aa  93.6  4e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5452  transcriptional regulator, AraC family  29.88 
 
 		 280 aa  93.2  4e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.662844  normal  0.250366 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4241  transcriptional regulator, AraC family  48.04 
 
 		 331 aa  92.8  6e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.495489  normal  0.82932 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6108  transcriptional regulator, AraC family  28.41 
 
 		 294 aa  92.4  8e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5673  transcriptional regulator, AraC family  30.23 
 
 		 287 aa  92  9e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.48691 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2958  transcriptional regulator, AraC family  28.16 
 
 		 297 aa  92  9e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000611309 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3797  transcriptional regulator, AraC family  29.3 
 
 		 293 aa  91.7  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00910315  normal  0.099485 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1434  transcriptional regulator, AraC family  28.46 
 
 		 304 aa  91.7  1e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.872144  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  27.49 
 
 		 295 aa  90.9  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6092  AraC family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 310 aa  90.9  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.391074  normal  0.394917 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  24.51 
 
 		 311 aa  89.7  5e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2211  transcriptional regulator, AraC family  27.88 
 
 		 293 aa  89.4  6e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00143892 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2728  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 315 aa  89.4  7e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.197653  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2749  AraC family transcriptional regulator  43.81 
 
 		 290 aa  89.4  7e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981488  normal  0.351056 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4892  transcriptional regulator, AraC family  37.93 
 
 		 299 aa  89  9e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.838106  normal  0.621301 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4620  transcriptional regulator, AraC family  24.58 
 
 		 293 aa  88.2  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.142844 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  27.72 
 
 		 295 aa  88.6  1e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  28.52 
 
 		 289 aa  88.6  1e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  28.17 
 
 		 278 aa  87.8  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3892  AraC family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 293 aa  87.4  2e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  29.69 
 
 		 288 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1608  transcriptional regulator, AraC family  29.51 
 
 		 279 aa  87.8  2e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.322364  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3538  AraC family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 292 aa  87  3e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.847123  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  27.24 
 
 		 297 aa  87  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14410  Transcriptional regulator PobR (AraC family)  30.04 
 
 		 303 aa  87  3e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2607  helix-turn-helix domain-containing protein  42.86 
 
 		 290 aa  87  3e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.634815 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2236  AraC family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 292 aa  86.3  5e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2696  AraC family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 297 aa  86.3  6e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.246426 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  27.41 
 
 		 290 aa  85.9  7e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3260  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 294 aa  85.9  7e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3242  helix-turn-helix domain-containing protein  24.51 
 
 		 276 aa  85.9  8e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2097  hypothetical protein  25.98 
 
 		 298 aa  85.5  9e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.154487  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1426  transcriptional regulator, AraC family  27.2 
 
 		 292 aa  85.1  0.000000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.065785  normal  0.0210351 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3495  AraC family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 316 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.816152 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6334  AraC family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 301 aa  84.7  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.186192  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5055  transcriptional regulator AraC family  43 
 
 		 299 aa  84.7  0.000000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.702992  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4330  transcriptional regulator, AraC family  26.42 
 
 		 305 aa  84.3  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0359782 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4655  AraC family transcriptional regulator  24 
 
 		 291 aa  84  0.000000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.70214  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3756  transcriptional regulator, AraC family  24.74 
 
 		 285 aa  84  0.000000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.295664  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0580  transcriptional regulator, AraC family  25.09 
 
 		 280 aa  83.6  0.000000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4803  transcriptional regulator, AraC family  36.55 
 
 		 299 aa  83.6  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.413232 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2709  AraC family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 305 aa  83.2  0.000000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.796012 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3709  AraC family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 296 aa  83.2  0.000000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.680131 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4577  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  28.68 
 
 		 296 aa  83.2  0.000000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2435  AraC family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 281 aa  82.8  0.000000000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.996011  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2782  transcriptional regulator, AraC family  26.38 
 
 		 293 aa  82.8  0.000000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0157891 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1199  AraC family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 310 aa  82.8  0.000000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1203  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  28.47 
 
 		 298 aa  82.4  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.375104 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1183  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  28.47 
 
 		 298 aa  82.4  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1218  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  28.47 
 
 		 298 aa  82.4  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.398586  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1067  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  28.47 
 
 		 298 aa  82.4  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1172  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  28.47 
 
 		 298 aa  82.4  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.856893 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5975  transcriptional regulator, AraC family  25.8 
 
 		 299 aa  82.4  0.000000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0640  pobR protein  41.9 
 
 		 305 aa  81.6  0.00000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3857  AraC family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 293 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.906339 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1694  transcriptional regulator, AraC family  25.74 
 
 		 309 aa  81.6  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2462  AraC family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 268 aa  81.3  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.529684  hitchhiker  0.000432103 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4017  AraC family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 309 aa  81.3  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4013  AraC family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 297 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04223  HpaA  28.29 
 
 		 296 aa  80.5  0.00000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04189  hypothetical protein  28.29 
 
 		 296 aa  80.5  0.00000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6122  transcriptional regulator AraC family  27.98 
 
 		 308 aa  80.5  0.00000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.335204  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07776  putative AraC family transcriptional regulatory protein  27.64 
 
 		 279 aa  80.1  0.00000000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.15612  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0938  transcriptional regulator, AraC family  28.51 
 
 		 293 aa  80.1  0.00000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.210407  normal  0.519262 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0334  putative transcriptional regulator  28.52 
 
 		 288 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4477  AraC family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 298 aa  79.7  0.00000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20310  transcriptional regulator, AraC family  43.62 
 
 		 295 aa  79.7  0.00000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.944905  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2683  helix-turn-helix domain-containing protein  27.64 
 
 		 321 aa  79.7  0.00000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.421098  normal  0.349304 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1945  AraC family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 292 aa  79.7  0.00000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.140047  hitchhiker  0.000477729 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>