More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_1625 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011883  Ddes_1625  DNA repair protein RadC  100 
 
 		 229 aa  469  1.0000000000000001e-131  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1864  DNA repair protein RadC  59.45 
 
 		 225 aa  252  3e-66  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3086  DNA repair protein RadC  57.67 
 
 		 225 aa  248  8e-65  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.599972 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2442  DNA repair protein RadC  53.46 
 
 		 225 aa  241  9e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1428  DNA repair protein RadC  50.69 
 
 		 228 aa  216  2e-55  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00255062  normal  0.0926898 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0054  DNA repair protein RadC  46.12 
 
 		 226 aa  202  4e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.00000000185738  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1362  DNA repair protein RadC  41.67 
 
 		 228 aa  181  1e-44  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2599  DNA repair protein RadC  41.43 
 
 		 230 aa  162  4.0000000000000004e-39  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.129734  normal  0.187954 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1909  DNA repair protein RadC  42.31 
 
 		 249 aa  152  4e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1283  DNA repair protein RadC  39.64 
 
 		 249 aa  152  5e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0949779  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1246  DNA repair protein RadC  41.35 
 
 		 246 aa  151  8.999999999999999e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.114408  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3283  DNA repair protein RadC  41.24 
 
 		 225 aa  147  1.0000000000000001e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0757  DNA repair protein RadC  36.24 
 
 		 223 aa  144  9e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2898  DNA repair protein RadC  36.49 
 
 		 241 aa  144  1e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.80937  normal  0.341172 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1240  DNA repair protein  38.68 
 
 		 275 aa  144  2e-33  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.770366  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0335  DNA repair protein RadC  37.79 
 
 		 236 aa  143  2e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.75672 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7509  DNA repair protein RadC  36.68 
 
 		 242 aa  143  3e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6762  DNA repair protein RadC  37.12 
 
 		 247 aa  143  3e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  hitchhiker  0.00351119  normal  0.181603 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0732  DNA repair protein RadC  37.96 
 
 		 243 aa  140  9.999999999999999e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0575  DNA repair protein RadC  35.14 
 
 		 242 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0430  DNA repair protein RadC  36.77 
 
 		 254 aa  140  1.9999999999999998e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1462  RadC family DNA repair protein  38.21 
 
 		 271 aa  139  3e-32  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.457457  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1709  DNA repair protein RadC  37.61 
 
 		 275 aa  139  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.537978 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1263  DNA repair protein RadC  37.26 
 
 		 272 aa  137  1e-31  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.94843  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2270  DNA repair protein RadC  36.84 
 
 		 278 aa  137  1e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0008  DNA repair protein RadC  38.22 
 
 		 258 aa  137  1e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0728991  normal  0.408285 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1511  DNA repair protein RadC  37.16 
 
 		 275 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1459  DNA repair protein RadC  37.96 
 
 		 260 aa  135  4e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.734795  hitchhiker  0.00198862 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1171  DNA repair protein RadC  38.97 
 
 		 254 aa  135  4e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2483  DNA repair protein RadC  37.84 
 
 		 248 aa  135  5e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.582097  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2304  DNA repair protein RadC  39.23 
 
 		 263 aa  134  8e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.138327  normal  0.0504467 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0830  RadC family DNA repair protein  34.65 
 
 		 265 aa  134  8e-31  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0533914  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2077  DNA repair protein RadC  34.68 
 
 		 238 aa  134  8e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1070  DNA repair protein RadC  35.51 
 
 		 272 aa  134  9e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0324215  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2163  DNA repair protein RadC  37.84 
 
 		 246 aa  133  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2207  DNA repair protein RadC  37.39 
 
 		 248 aa  132  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.652517  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0585  DNA repair protein RadC  37.39 
 
 		 248 aa  132  5e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.489804  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1493  DNA repair protein RadC  37.04 
 
 		 255 aa  131  6.999999999999999e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0559  DNA repair protein RadC  35.19 
 
 		 232 aa  129  3e-29  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000678315  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0257  DNA repair protein RadC  34.88 
 
 		 241 aa  129  5.0000000000000004e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0649  DNA repair protein RadC  32.29 
 
 		 230 aa  128  6e-29  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0301917  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0700  DNA repair protein RadC  36.32 
 
 		 250 aa  129  6e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2764  DNA repair protein RadC  40.38 
 
 		 261 aa  128  9.000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.803662  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0152  DNA repair protein RadC  35.64 
 
 		 239 aa  127  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1454  DNA repair protein RadC  37.61 
 
 		 251 aa  127  1.0000000000000001e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.327679  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2621  DNA repair protein RadC  35.85 
 
 		 246 aa  126  2.0000000000000002e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0720  DNA repair protein RadC  37.02 
 
 		 273 aa  127  2.0000000000000002e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.309189  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0389  DNA repair protein RadC  34.65 
 
 		 239 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.741641  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0363  DNA repair protein RadC  31.75 
 
 		 230 aa  126  3e-28  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3569  DNA repair protein RadC  38.42 
 
 		 254 aa  126  3e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1043  DNA repair protein RadC  34.62 
 
 		 226 aa  126  3e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.193077 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0281  DNA repair protein RadC  36.97 
 
 		 234 aa  125  4.0000000000000003e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.257156  normal  0.0922067 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3252  DNA repair protein RadC  34.84 
 
 		 234 aa  125  6e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0236  DNA repair protein RadC  32.26 
 
 		 224 aa  122  4e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2833  DNA repair protein RadC  39.38 
 
 		 223 aa  122  7e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2444  DNA repair protein RadC  35.02 
 
 		 224 aa  120  9.999999999999999e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.418589  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0286  DNA repair protein RadC  34.74 
 
 		 257 aa  120  9.999999999999999e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.697565 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0948  DNA repair protein RadC  33.96 
 
 		 244 aa  119  4.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.455823  normal  0.486956 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1654  DNA repair protein RadC  34.22 
 
 		 237 aa  117  9.999999999999999e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0794365  normal  0.385806 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2322  DNA repair protein RadC  33.18 
 
 		 224 aa  117  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0102136 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1541  DNA repair protein RadC  35.44 
 
 		 232 aa  116  1.9999999999999998e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.00000897994  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02919  DNA repair protein RadC  33.33 
 
 		 225 aa  117  1.9999999999999998e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2138  DNA repair protein RadC  33.18 
 
 		 224 aa  116  3.9999999999999997e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.574311  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00049  DNA repair protein RadC  30.3 
 
 		 225 aa  115  5e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00103184  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2155  DNA repair protein RadC  32.56 
 
 		 223 aa  115  6.9999999999999995e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.365065  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3339  DNA repair protein RadC  33.96 
 
 		 224 aa  114  1.0000000000000001e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0155907  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5205  DNA repair protein RadC  36.68 
 
 		 223 aa  114  1.0000000000000001e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5539  DNA repair protein RadC  31.43 
 
 		 224 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.856956  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2712  DNA repair protein RadC  32.72 
 
 		 224 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3052  DNA repair protein RadC  39.08 
 
 		 209 aa  114  1.0000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.184717  normal  0.163227 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7387  DNA repair protein RadC  37.93 
 
 		 203 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.21794  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1311  DNA repair protein RadC  32.56 
 
 		 245 aa  114  2.0000000000000002e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0675  DNA repair protein RadC  34.11 
 
 		 253 aa  113  3e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.461756  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3773  DNA repair protein RadC  33.48 
 
 		 237 aa  112  4.0000000000000004e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5335  DNA repair protein RadC  33.33 
 
 		 226 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00550179 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0315  DNA repair protein RadC  31.82 
 
 		 224 aa  112  4.0000000000000004e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.220116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2664  DNA repair protein RadC  33.33 
 
 		 224 aa  112  5e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.649783  hitchhiker  0.0000127675 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3847  DNA repair protein RadC  30.15 
 
 		 222 aa  111  8.000000000000001e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  5.55148e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3148  DNA repair protein RadC  32.69 
 
 		 259 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.886628  normal  0.925448 
 
 
-
 
NC_002978  WD0357  DNA repair protein RadC  27.1 
 
 		 224 aa  110  1.0000000000000001e-23  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1733  DNA repair protein RadC  31.38 
 
 		 239 aa  111  1.0000000000000001e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.112707  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0067  DNA repair protein RadC  30.15 
 
 		 222 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000216711  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0794  DNA repair protein RadC  32.69 
 
 		 256 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.132133 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02940  DNA repair protein RadC  32.86 
 
 		 224 aa  110  2.0000000000000002e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4139  DNA repair protein RadC  30.15 
 
 		 222 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000017896  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0229  DNA repair protein RadC  29.3 
 
 		 236 aa  110  2.0000000000000002e-23  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0416143  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5008  DNA repair protein RadC  30.15 
 
 		 222 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000000900324  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4063  DNA repair protein RadC  30.15 
 
 		 222 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000737579  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0073  DNA repair protein RadC  30.15 
 
 		 214 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000433644  hitchhiker  0.000000188277 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3973  DNA repair protein RadC  30.15 
 
 		 222 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00000015619  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0186  DNA repair protein RadC  31.31 
 
 		 226 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.953222  hitchhiker  0.000000662884 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03495  DNA repair protein RadC  30.15 
 
 		 222 aa  109  3e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0032943  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0984  DNA repair protein RadC  33.65 
 
 		 278 aa  110  3e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.299924  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2230  DNA repair protein RadC  33.65 
 
 		 278 aa  110  3e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1139  DNA repair protein RadC  33.65 
 
 		 278 aa  110  3e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.437404  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5833  DNA repair protein RadC  30.48 
 
 		 257 aa  109  3e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.727825 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03447  hypothetical protein  30.15 
 
 		 222 aa  109  3e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00415391  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1020  DNA repair protein RadC  33.65 
 
 		 278 aa  110  3e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.569834  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2646  DNA repair protein RadC  33.65 
 
 		 278 aa  110  3e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2099  DNA repair protein RadC  33.65 
 
 		 278 aa  110  3e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.208076  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>