More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_2609 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007519  Dde_2609  shikimate kinase  100 
 
 		 182 aa  376  1e-103  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0706478  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0723  shikimate kinase  68.15 
 
 		 180 aa  223  9e-58  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0971  shikimate kinase  64.12 
 
 		 185 aa  221  3e-57  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.488424 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1973  shikimate kinase  58.08 
 
 		 192 aa  195  4.0000000000000005e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0334894  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0683  shikimate kinase  48.33 
 
 		 196 aa  166  1e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.47245  normal  0.517024 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0517  Shikimate kinase  46.15 
 
 		 173 aa  148  5e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0103494  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2437  shikimate kinase  41.98 
 
 		 169 aa  133  1.9999999999999998e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00281475  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1230  shikimate kinase  40 
 
 		 171 aa  124  5e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0731  shikimate kinase  39.88 
 
 		 170 aa  124  7e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000355155  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0372  shikimate kinase  38.04 
 
 		 167 aa  124  7e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0374428  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1850  shikimate kinase  37.82 
 
 		 174 aa  122  3e-27  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.620898 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2255  shikimate kinase  39.74 
 
 		 166 aa  122  3e-27  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1256  shikimate kinase  39.38 
 
 		 166 aa  122  4e-27  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3880  shikimate kinase  38.46 
 
 		 170 aa  121  5e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0096  Shikimate kinase  39.33 
 
 		 171 aa  120  9.999999999999999e-27  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.650156  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1018  shikimate kinase  37.82 
 
 		 170 aa  118  3.9999999999999996e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2014  shikimate kinase  37.18 
 
 		 169 aa  113  1.0000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12700  shikimate kinase  37.5 
 
 		 179 aa  113  2.0000000000000002e-24  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.947256  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0183  shikimate kinase  41.89 
 
 		 201 aa  109  2.0000000000000002e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000422214 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3183  shikimate kinase  34.15 
 
 		 169 aa  107  1e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.020728  hitchhiker  0.00306949 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0912  shikimate kinase  41.89 
 
 		 173 aa  106  2e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3097  shikimate kinase  41.1 
 
 		 177 aa  105  3e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0200  shikimate kinase  38.04 
 
 		 174 aa  103  1e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.495734  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0827  shikimate kinase  39.19 
 
 		 173 aa  103  1e-21  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2426  shikimate kinase  35.42 
 
 		 167 aa  95.1  5e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00106596  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0052  shikimate kinase  32.35 
 
 		 170 aa  87.4  1e-16  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0613  shikimate kinase  34.73 
 
 		 180 aa  87  1e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1030  shikimate 5-dehydrogenase  32.5 
 
 		 454 aa  86.3  2e-16  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  32.32 
 
 		 166 aa  85.9  3e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2925  shikimate kinase  33.33 
 
 		 179 aa  85.9  3e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0776  shikimate kinase  30.23 
 
 		 173 aa  84  0.000000000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0678  shikimate kinase  33.54 
 
 		 182 aa  84  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211914 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0694  shikimate kinase  32.52 
 
 		 167 aa  83.6  0.000000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.233345  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03242  shikimate kinase I  36.99 
 
 		 173 aa  82.8  0.000000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00034661  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3803  shikimate kinase I  36.99 
 
 		 173 aa  83.2  0.000000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00268813  normal  0.803666 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3767  shikimate kinase I  36.99 
 
 		 173 aa  82.8  0.000000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000106668  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3860  shikimate kinase I  36.99 
 
 		 173 aa  82.8  0.000000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000504187  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0323  shikimate kinase I  36.99 
 
 		 173 aa  82.8  0.000000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000129228  normal  0.10404 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0694  shikimate kinase  32.52 
 
 		 167 aa  83.6  0.000000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00295001  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3586  shikimate kinase I  36.99 
 
 		 173 aa  82.8  0.000000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  2.9305899999999995e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03194  hypothetical protein  36.99 
 
 		 173 aa  82.8  0.000000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000404125  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0270  Shikimate kinase  34.78 
 
 		 184 aa  82.4  0.000000000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  decreased coverage  0.000000287272  normal  0.701055 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0323  Shikimate kinase  36.99 
 
 		 225 aa  82  0.000000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000263169  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3666  shikimate kinase I  36.99 
 
 		 225 aa  82  0.000000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000538429  normal  0.0827574 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4694  shikimate kinase I  36.99 
 
 		 225 aa  82  0.000000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000528588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3130  shikimate kinase  31.45 
 
 		 192 aa  81.6  0.000000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3883  shikimate kinase I  36.3 
 
 		 173 aa  81.6  0.000000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000719849  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  34.55 
 
 		 190 aa  81.3  0.000000000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1187  shikimate kinase  27.91 
 
 		 174 aa  81.3  0.000000000000008  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0225  shikimate kinase I  36.3 
 
 		 173 aa  80.9  0.00000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000752096  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3727  shikimate kinase I  36.3 
 
 		 173 aa  80.9  0.00000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000014395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3966  shikimate kinase I  36.3 
 
 		 173 aa  80.9  0.00000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  1.60057e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2206  shikimate kinase I  33.94 
 
 		 174 aa  80.5  0.00000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000184461  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4605  shikimate kinase I  36.3 
 
 		 173 aa  80.5  0.00000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000116276  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3686  shikimate kinase I  35.62 
 
 		 173 aa  79.7  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000028278  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3759  shikimate kinase I  35.62 
 
 		 173 aa  79.7  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00136839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  31.33 
 
 		 170 aa  79.7  0.00000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3855  shikimate kinase I  35.62 
 
 		 173 aa  79.7  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.0000716125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3684  shikimate kinase I  35.62 
 
 		 173 aa  79.7  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000504262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  33.94 
 
 		 172 aa  79.7  0.00000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2532  shikimate kinase  30 
 
 		 173 aa  80.1  0.00000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.884272  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3793  shikimate kinase I  35.62 
 
 		 173 aa  79.7  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.013782  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45250  shikimate kinase  36.55 
 
 		 172 aa  79  0.00000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1002  shikimate kinase  34.46 
 
 		 183 aa  78.6  0.00000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0894  shikimate kinase  32.33 
 
 		 190 aa  78.6  0.00000000000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00120765  hitchhiker  0.000836884 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1381  Shikimate kinase  32.74 
 
 		 188 aa  78.2  0.00000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2092  shikimate kinase II  33.33 
 
 		 175 aa  77.8  0.00000000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.300334  normal  0.0606791 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2368  Shikimate kinase  29.52 
 
 		 165 aa  77.4  0.00000000000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0733676  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0859  shikimate kinase II  29.59 
 
 		 174 aa  77.8  0.00000000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.386804 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  30.72 
 
 		 174 aa  77.4  0.0000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3267  shikimate kinase  33.79 
 
 		 229 aa  77  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2794  shikimate kinase  29.94 
 
 		 183 aa  77  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0436  shikimate kinase  24.54 
 
 		 165 aa  76.6  0.0000000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1340  shikimate kinase  27.91 
 
 		 177 aa  76.6  0.0000000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0111  shikimate kinase  28.4 
 
 		 185 aa  75.9  0.0000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0294  shikimate kinase  31.71 
 
 		 204 aa  75.9  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0410  shikimate kinase  24.54 
 
 		 165 aa  75.5  0.0000000000004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  35.59 
 
 		 173 aa  75.5  0.0000000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  26.35 
 
 		 171 aa  75.5  0.0000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0311  shikimate kinase  31.45 
 
 		 184 aa  75.1  0.0000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5776  shikimate kinase  35.17 
 
 		 172 aa  75.1  0.0000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2722  shikimate kinase I  32.73 
 
 		 172 aa  74.3  0.0000000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  31.9 
 
 		 175 aa  74.3  0.0000000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  31.9 
 
 		 175 aa  74.3  0.0000000000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0207  shikimate kinase  30.67 
 
 		 183 aa  74.3  0.0000000000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.807253  normal  0.16478 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0330  shikimate kinase  32.75 
 
 		 179 aa  73.9  0.000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.15338  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4089  shikimate kinase  28.31 
 
 		 165 aa  73.6  0.000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0505  shikimate kinase  31.93 
 
 		 200 aa  73.6  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0535  shikimate kinase  25.75 
 
 		 165 aa  73.9  0.000000000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1754  Shikimate kinase  27.17 
 
 		 184 aa  73.9  0.000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0392  shikimate kinase  30.82 
 
 		 184 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1639  shikimate kinase  29.61 
 
 		 187 aa  73.6  0.000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00313687  normal  0.0402231 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00335  shikimate kinase II  28.39 
 
 		 174 aa  73.2  0.000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3244  shikimate kinase II  28.39 
 
 		 174 aa  73.2  0.000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0812303 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2565  shikimate kinase  31.28 
 
 		 192 aa  73.6  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.412267 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0305  shikimate kinase II  28.39 
 
 		 174 aa  73.2  0.000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0456  shikimate kinase II  28.39 
 
 		 174 aa  73.2  0.000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0415  shikimate kinase II  28.39 
 
 		 174 aa  73.2  0.000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0462  shikimate kinase II  28.39 
 
 		 174 aa  73.2  0.000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0418  shikimate kinase II  28.39 
 
 		 174 aa  73.2  0.000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>