More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_1695 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_1695  radical SAM family protein  100 
 
 		 491 aa  1007    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.192909  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0690  Radical SAM domain protein  28.82 
 
 		 496 aa  143  8e-33  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1047  radical SAM domain-containing protein  25 
 
 		 468 aa  142  9e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2577  Elongator protein 3/MiaB/NifB  28.53 
 
 		 397 aa  134  3e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.720803  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04320  Radical SAM domain protein  27.04 
 
 		 459 aa  132  1.0000000000000001e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1099  radical SAM domain-containing protein  25.31 
 
 		 501 aa  125  2e-27  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2128  radical SAM domain-containing protein  27.49 
 
 		 405 aa  124  4e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.194536  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0912  Radical SAM domain protein  30.91 
 
 		 368 aa  123  7e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.492815  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4322  radical SAM family protein  26.63 
 
 		 359 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3058  radical SAM domain-containing protein  27.45 
 
 		 377 aa  121  1.9999999999999998e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.795834  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2393  Radical SAM domain protein  26.96 
 
 		 399 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1955  Radical SAM domain protein  26.15 
 
 		 363 aa  120  6e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.356683 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0512  radical SAM domain-containing protein  28.66 
 
 		 347 aa  118  3e-25  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.000575478  hitchhiker  0.000767983 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1233  radical SAM family Fe-S protein  25.74 
 
 		 346 aa  117  3e-25  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.128205  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1665  Radical SAM domain protein  28.74 
 
 		 438 aa  118  3e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2629  Radical SAM domain protein  27.22 
 
 		 399 aa  117  5e-25  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.514294  hitchhiker  0.00258896 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0879  radical SAM domain-containing protein  26.83 
 
 		 349 aa  117  6e-25  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.11149  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1458  heme biosynthesis protein  25.23 
 
 		 349 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2901  Radical SAM domain protein  26.9 
 
 		 359 aa  115  3e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.297507 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1706  radical SAM domain-containing protein  28.13 
 
 		 380 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0248528 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1245  radical SAM family protein  26.32 
 
 		 335 aa  114  5e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.394622 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1347  radical SAM domain-containing protein  27.69 
 
 		 384 aa  114  6e-24  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0876  radical SAM domain-containing protein  28.25 
 
 		 398 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0451643  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2638  Radical SAM domain protein  26.57 
 
 		 378 aa  110  5e-23  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.44859  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1128  Radical SAM domain protein  27.02 
 
 		 327 aa  110  6e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.823251 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0791  Radical SAM domain protein  29.09 
 
 		 415 aa  110  6e-23  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1223  radical SAM domain-containing protein  25.8 
 
 		 358 aa  110  7.000000000000001e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0147811  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2213  heme biosynthesis protein (NirJ-2)  25.07 
 
 		 479 aa  109  1e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0377777 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0095  radical SAM domain-containing protein  27.69 
 
 		 316 aa  109  1e-22  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0204398  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2710  radical SAM family Fe-S protein  31.61 
 
 		 413 aa  109  1e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0287  Radical SAM domain protein  24.78 
 
 		 414 aa  109  1e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12330  predicted Fe-S oxidoreductase  25.66 
 
 		 561 aa  108  2e-22  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2244  radical SAM domain-containing protein  28.88 
 
 		 380 aa  105  1e-21  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.720848  normal  0.403535 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0055  radical SAM domain-containing protein  24.08 
 
 		 429 aa  106  1e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1713  coenzyme PQQ synthesis protein  25.37 
 
 		 377 aa  105  2e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00161975  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2983  Radical SAM domain protein  24.29 
 
 		 394 aa  105  2e-21  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0511  radical SAM domain-containing protein  26.9 
 
 		 366 aa  105  2e-21  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00485755  decreased coverage  0.00020138 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1135  radical SAM domain-containing protein  25.14 
 
 		 325 aa  105  2e-21  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0051  radical SAM domain-containing protein  27.73 
 
 		 389 aa  105  2e-21  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.865506 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1737  coenzyme PQQ synthesis protein  25.37 
 
 		 378 aa  105  3e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1875  coenzyme PQQ synthesis protein  25.37 
 
 		 377 aa  105  3e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2352  Radical SAM domain protein  27.75 
 
 		 565 aa  104  4e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0969  radical SAM domain-containing protein  26.61 
 
 		 377 aa  103  6e-21  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00591663 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0566  radical SAM family protein  26.14 
 
 		 332 aa  103  8e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2626  Radical SAM domain protein  23.9 
 
 		 381 aa  103  8e-21  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.024935 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1687  coenzyme PQQ synthesis protein  26.5 
 
 		 342 aa  102  1e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1255  Radical SAM domain protein  24.15 
 
 		 330 aa  102  2e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.411599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0390  radical SAM domain-containing protein  25.9 
 
 		 491 aa  102  2e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1862  radical SAM domain-containing protein  25.9 
 
 		 491 aa  102  2e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.27199  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1573  Radical SAM domain protein  24.86 
 
 		 372 aa  102  2e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1743  heme biosynthesis protein  25.9 
 
 		 491 aa  102  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2134  radical SAM domain-containing protein  25.9 
 
 		 491 aa  102  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1157  radical SAM domain-containing protein  25.9 
 
 		 491 aa  102  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.43485  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0870  radical SAM domain-containing protein  25.9 
 
 		 491 aa  102  2e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1910  putative coenzyme PQQ synthesis protein  24.78 
 
 		 377 aa  101  2e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.302049 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0031  Radical SAM domain protein  24.55 
 
 		 372 aa  102  2e-20  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.082628  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2905  radical SAM domain-containing protein  24.92 
 
 		 389 aa  101  3e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2159  radical SAM domain-containing protein  24.15 
 
 		 330 aa  101  3e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0939338  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0298  radical SAM domain-containing protein  25.6 
 
 		 491 aa  100  4e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4323  radical SAM family protein  24.24 
 
 		 373 aa  101  4e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.564384  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0794  radical SAM domain-containing protein  24.48 
 
 		 446 aa  101  4e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3350  Radical SAM domain protein  24.07 
 
 		 332 aa  99.4  1e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0231  radical SAM family protein  24.31 
 
 		 445 aa  99.4  1e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0106929  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3154  radical SAM family protein  23.69 
 
 		 367 aa  99.4  1e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0792  Radical SAM domain protein  25.38 
 
 		 353 aa  99.8  1e-19  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0958  radical SAM domain-containing protein  23.89 
 
 		 356 aa  99.8  1e-19  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0775  Radical SAM domain protein  25.85 
 
 		 405 aa  98.6  2e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2641  Radical SAM domain protein  24.4 
 
 		 358 aa  98.2  3e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.587199  normal  0.0478342 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0862  radical SAM domain-containing protein  32.23 
 
 		 317 aa  97.8  4e-19  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000001092  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3149  Fe-S oxidoreductase, putative component of heme biosynthesis  25.36 
 
 		 366 aa  97.8  4e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000504303  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10707  coenzyme PQQ synthesis protein E pqqE  26.38 
 
 		 391 aa  97.8  4e-19  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1256  Radical SAM domain protein  23.31 
 
 		 330 aa  97.4  4e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1343  radical SAM domain-containing protein  22.7 
 
 		 334 aa  97.4  5e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1844  Radical SAM domain protein  23.45 
 
 		 453 aa  97.1  7e-19  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.115714  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0691  radical SAM domain-containing protein  25.47 
 
 		 333 aa  97.1  7e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12350  predicted Fe-S oxidoreductase  29.89 
 
 		 422 aa  97.1  7e-19  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0102  radical SAM domain-containing protein  25.53 
 
 		 323 aa  97.1  7e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2181  radical SAM domain-containing protein  25.3 
 
 		 491 aa  95.9  1e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.161056  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0324  Radical SAM domain protein  23.32 
 
 		 480 aa  95.9  1e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0755362  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11650  predicted Fe-S oxidoreductase  26.67 
 
 		 769 aa  95.9  1e-18  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.920993 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0015  Radical SAM domain protein  25.29 
 
 		 358 aa  95.9  2e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.334348  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0014  Radical SAM domain protein  25.29 
 
 		 358 aa  95.5  2e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0101  radical SAM domain-containing protein  25.53 
 
 		 323 aa  95.5  2e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0817  radical SAM family Fe-S protein  34.36 
 
 		 375 aa  94.7  3e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0856567  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11630  predicted Fe-S oxidoreductase  29.31 
 
 		 397 aa  95.1  3e-18  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.790216 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2688  Radical SAM domain protein  26.22 
 
 		 423 aa  94.4  4e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0071  Radical SAM domain protein  22.82 
 
 		 428 aa  94.4  4e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1180  radical SAM domain-containing protein  23.51 
 
 		 418 aa  94.7  4e-18  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.832103  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0426  Radical SAM domain protein  26.22 
 
 		 420 aa  94.4  4e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3415  Radical SAM domain protein  26.22 
 
 		 423 aa  94  5e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3122  Radical SAM domain protein  24.35 
 
 		 354 aa  93.6  7e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000519465  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2068  Radical SAM domain protein  28.71 
 
 		 399 aa  93.6  7e-18  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.184452  hitchhiker  0.00128487 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3206  radical SAM domain-containing protein  25.45 
 
 		 412 aa  93.6  7e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1570  radical SAM domain-containing protein  25.86 
 
 		 474 aa  93.6  7e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0081  pyrroloquinoline quinone biosynthesis protein PqqE  23.1 
 
 		 373 aa  93.2  9e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2362  Radical SAM domain protein  24.93 
 
 		 409 aa  93.2  9e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00000000979641  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1728  hypothetical protein  24.47 
 
 		 491 aa  92.8  1e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3559  radical SAM domain-containing protein  23.53 
 
 		 347 aa  93.2  1e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.152847  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1225  radical SAM domain-containing protein  29.12 
 
 		 395 aa  93.2  1e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2352  radical SAM family protein  23.95 
 
 		 487 aa  92.4  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.227908 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>