More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_6698 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_6698  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 193 aa  397  9.999999999999999e-111  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3212  TetR family transcriptional regulator  64.25 
 
 		 193 aa  255  2e-67  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6374  transcriptional regulator, TetR family  42.78 
 
 		 194 aa  166  2e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0252  TetR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 194 aa  160  2e-38  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.867584  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2969  TetR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 222 aa  100  1e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2955  TetR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 193 aa  99.4  3e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0385  transcriptional regulator, TetR family  31.44 
 
 		 219 aa  98.2  6e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.464521 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1032  TetR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 208 aa  98.2  7e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05760  Transcriptional regulatory protein, TetR family  30.57 
 
 		 195 aa  96.7  2e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.466087  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5134  transcriptional regulator, TetR family  29.17 
 
 		 197 aa  97.1  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1146  TetR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 216 aa  95.5  4e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.390773  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5463  transcriptional regulator, TetR family  30.05 
 
 		 212 aa  95.5  5e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0979  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 196 aa  95.5  5e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4897  transcriptional regulator, TetR family  29.79 
 
 		 193 aa  94  1e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.684326  normal  0.293164 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4260  putative transcriptional regulator, TetR family  30.89 
 
 		 192 aa  93.6  2e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.370014  normal  0.537998 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2903  transcriptional regulator of TetR family protein  33.51 
 
 		 196 aa  93.2  2e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.453644  normal  0.873941 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0531  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 218 aa  92.4  3e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3078  regulatory protein, TetR  31.96 
 
 		 203 aa  90.9  1e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.745436  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3301  transcriptional regulator, TetR family  28.8 
 
 		 193 aa  90.1  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000664283 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0583  TetR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 205 aa  90.1  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0534  TetR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 196 aa  89.7  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00215663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5182  TetR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 196 aa  89.7  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000128547  normal  0.266544 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1076  TetR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 206 aa  89  4e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4925  TetR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 193 aa  87.8  9e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3975  transcriptional regulator, TetR family  31.67 
 
 		 203 aa  87.8  9e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4082  transcriptional regulator, TetR family  28.5 
 
 		 193 aa  87  1e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.129417  normal  0.830605 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3494  TetR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 210 aa  86.3  2e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1144  TetR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 206 aa  86.3  2e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00178929  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2793  TetR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 214 aa  85.5  4e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3182  TetR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 207 aa  85.1  5e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3326  TetR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 207 aa  85.1  5e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3183  TetR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 207 aa  85.1  5e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1186  transcriptional regulator, TetR family  29.9 
 
 		 206 aa  85.1  6e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5917  TetR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 206 aa  85.1  6e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.640474  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2892  TetR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 194 aa  84.3  9e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.227449 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1072  TetR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 206 aa  84  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000136093  normal  1 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5597  TetR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 198 aa  84  0.000000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.143469  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3238  transcriptional regulator, TetR family  29.89 
 
 		 198 aa  83.6  0.000000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.210945  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3345  transcriptional regulator, TetR family  26.49 
 
 		 191 aa  83.2  0.000000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7235  transcriptional regulator, TetR family  30.27 
 
 		 204 aa  83.2  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4501  putative transcriptional regulator, TetR family  27 
 
 		 198 aa  83.6  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.749355 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9334  putative transcriptional regulator, TetR family  26.04 
 
 		 193 aa  82.8  0.000000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.913929  normal  0.775461 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1253  transcriptional regulator, TetR family  27.41 
 
 		 210 aa  82.8  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0477994 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0481  TetR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 211 aa  82.4  0.000000000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1681  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 198 aa  81.3  0.000000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0948  TetR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 191 aa  81.3  0.000000000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.627177  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1013  TetR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 191 aa  81.3  0.000000000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0493  transcriptional regulator, TetR family  29.59 
 
 		 222 aa  80.9  0.00000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0117598 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0446  TetR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 204 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.309839  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2408  TetR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 192 aa  80.9  0.00000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0839  transcriptional regulator, TetR family  26.9 
 
 		 203 aa  79.7  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2985  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 193 aa  79.7  0.00000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000207551  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2529  TetR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 194 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5338  TetR family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 213 aa  79.7  0.00000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.220511  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5427  TetR family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 213 aa  79.7  0.00000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.926308  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1181  transcriptional regulator, TetR family  28.03 
 
 		 191 aa  79  0.00000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000215765  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5717  TetR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 213 aa  79  0.00000000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4302  transcriptional regulator, TetR family  28.65 
 
 		 192 aa  78.2  0.00000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.985761  normal  0.0925574 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1977  transcriptional regulator, TetR family  29.8 
 
 		 193 aa  78.6  0.00000000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4571  transcriptional regulator, TetR family  27.18 
 
 		 199 aa  78.2  0.00000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.717354 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4262  TetR family transcriptional regulator  25.89 
 
 		 226 aa  77.8  0.00000000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2606  transcriptional regulator, TetR family  27.64 
 
 		 209 aa  77  0.0000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.417971  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6285  TetR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 198 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.42646  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1229  regulatory protein, TetR  28.8 
 
 		 235 aa  76.6  0.0000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6453  TetR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 198 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4123  TetR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 204 aa  77  0.0000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3000  TetR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 193 aa  77  0.0000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000368141  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6688  TetR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 198 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0959  transcriptional regulator, TetR family  27.32 
 
 		 219 aa  75.9  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.783426  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0716  TetR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 215 aa  75.9  0.0000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0418191  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4319  TetR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 207 aa  76.3  0.0000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4047  TetR family transcriptional regulator  27.14 
 
 		 205 aa  75.5  0.0000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.866362  normal  0.450827 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4307  TetR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 200 aa  75.1  0.0000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0504608 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1617  TetR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 202 aa  75.1  0.0000000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0133761 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0419  transcriptional regulator, TetR family  26 
 
 		 217 aa  74.3  0.0000000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.00785696  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3353  TetR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 195 aa  74.3  0.0000000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2906  transcriptional regulator, TetR family  31.21 
 
 		 205 aa  74.7  0.0000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0722139  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0944  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 193 aa  74.3  0.000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0178  TetR family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 203 aa  73.9  0.000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.481499  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0716  TetR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 195 aa  73.2  0.000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.359164  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2694  TetR family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 203 aa  72.8  0.000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357406 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5116  TetR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 207 aa  72.8  0.000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3409  TetR family transcriptional regulator  24.26 
 
 		 212 aa  72.4  0.000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3410  transcriptional regulator, TetR family  26.95 
 
 		 192 aa  72.4  0.000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.208492  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0960  TetR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 219 aa  72  0.000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.115896  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2645  TetR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 194 aa  72  0.000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.154552  normal  0.491764 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0224  transcriptional regulator, TetR-family  28.72 
 
 		 192 aa  72  0.000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2864  TetR family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 203 aa  72  0.000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.037684 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2762  TetR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 203 aa  71.6  0.000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5089  transcriptional regulator, TetR family  27.57 
 
 		 198 aa  71.6  0.000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011138  MADE_02226  transcriptional regulator, TetR family protein  23.89 
 
 		 196 aa  71.2  0.000000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.972925  n/a   
 
 
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NC_007298  Daro_1527  TetR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 212 aa  71.2  0.000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0530  hypothetical protein  26.42 
 
 		 198 aa  71.2  0.000000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011369  Rleg2_1106  transcriptional regulator, TetR family  26.7 
 
 		 210 aa  71.2  0.000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.527206 
 
 
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NC_008609  Ppro_2215  TetR family transcriptional regulator  23.68 
 
 		 215 aa  71.2  0.000000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013132  Cpin_5500  transcriptional regulator, TetR family  25.76 
 
 		 190 aa  70.9  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.161362  decreased coverage  0.000153945 
 
 
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NC_007510  Bcep18194_A5712  TetR family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 204 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012850  Rleg_0120  transcriptional regulator, TetR family  30.39 
 
 		 227 aa  70.9  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.555065  normal  1 
 
 
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NC_010551  BamMC406_2295  TetR family transcriptional regulator  25.14 
 
 		 204 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007969  Pcryo_0969  TetR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 202 aa  70.9  0.00000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0021423 
 
 
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