More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_2136 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_2136  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  100 
 
 		 243 aa  500  1e-141  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3265  putative ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  60.91 
 
 		 232 aa  293  2e-78  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.777332  normal  0.943696 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3909  pseudouridine synthase  58.85 
 
 		 233 aa  286  2e-76  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1893  pseudouridine synthase  58.44 
 
 		 238 aa  283  2.0000000000000002e-75  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4032  pseudouridine synthase  58.02 
 
 		 233 aa  282  3.0000000000000004e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0424  pseudouridine synthase  58.85 
 
 		 233 aa  282  3.0000000000000004e-75  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3836  pseudouridine synthase  57.2 
 
 		 233 aa  277  1e-73  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3214  pseudouridine synthase  58.02 
 
 		 239 aa  276  3e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0788  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  55.56 
 
 		 235 aa  259  3e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0198055  normal  0.495021 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3411  pseudouridine synthase  56.56 
 
 		 239 aa  258  4e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3178  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  55.14 
 
 		 235 aa  257  1e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.021025  normal  0.1902 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2562  pseudouridine synthase, Rsu  53.31 
 
 		 229 aa  257  1e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2975  pseudouridine synthase  55.42 
 
 		 230 aa  256  2e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0220169  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1389  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  52.89 
 
 		 229 aa  256  3e-67  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.31939  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2614  pseudouridine synthase, Rsu  55.19 
 
 		 230 aa  253  1.0000000000000001e-66  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.736823 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0760  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  54.32 
 
 		 235 aa  253  2.0000000000000002e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000225375  normal  0.539293 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0792  pseudouridine synthase  55.14 
 
 		 229 aa  252  4.0000000000000004e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.305614  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0843  pseudouridine synthase, Rsu  54.58 
 
 		 229 aa  247  1e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000223089  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3623  pseudouridine synthase  53.75 
 
 		 246 aa  246  2e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3746  pseudouridine synthase  53.75 
 
 		 256 aa  246  2e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.43387 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3555  pseudouridine synthase  53.75 
 
 		 250 aa  246  2e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.114028  hitchhiker  0.00457022 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0687  pseudouridine synthase  52.92 
 
 		 246 aa  241  6e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.302513  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3507  pseudouridine synthase  53.75 
 
 		 256 aa  241  7.999999999999999e-63  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0107621  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3176  pseudouridine synthase  53.75 
 
 		 230 aa  237  1e-61  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000150331  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1090  pseudouridine synthase, Rsu  51.67 
 
 		 229 aa  234  7e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000837656  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3527  pseudouridine synthase  51.67 
 
 		 230 aa  234  8e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0423129  hitchhiker  0.000538559 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3730  pseudouridine synthase  52.92 
 
 		 230 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.754242  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0793  pseudouridine synthase, Rsu  49.59 
 
 		 233 aa  229  2e-59  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0689585  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1241  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  50 
 
 		 231 aa  229  4e-59  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000134561  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02655  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  50 
 
 		 233 aa  228  5e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2416  16S rRNA pseudouridylate synthase A  48.55 
 
 		 231 aa  219  1.9999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0365053  normal  0.123384 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2371  16S rRNA pseudouridylate synthase A  48.55 
 
 		 231 aa  219  1.9999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000147517  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2573  16S rRNA pseudouridylate synthase A  48.55 
 
 		 231 aa  219  1.9999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.750523  hitchhiker  0.00365879 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2462  16S rRNA pseudouridylate synthase A  48.55 
 
 		 231 aa  219  1.9999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.983555 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2459  16S rRNA pseudouridylate synthase A  48.13 
 
 		 231 aa  218  5e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.8368  hitchhiker  0.0000353867 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2779  16S rRNA pseudouridylate synthase A  47.72 
 
 		 235 aa  218  5e-56  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480199  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2018  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A (16S pseudouridine 516 synthase)  48.55 
 
 		 234 aa  218  7e-56  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136483  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02113  16S rRNA pseudouridylate 516 synthase  48.13 
 
 		 231 aa  218  8.999999999999998e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.09778  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1474  pseudouridine synthase  48.13 
 
 		 231 aa  218  8.999999999999998e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000156324  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02072  hypothetical protein  48.13 
 
 		 231 aa  218  8.999999999999998e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.114044  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1464  16S rRNA pseudouridylate synthase A  48.13 
 
 		 231 aa  218  8.999999999999998e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00167101  normal  0.759434 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2332  16S rRNA pseudouridylate synthase A  48.13 
 
 		 231 aa  218  8.999999999999998e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0531797  normal  0.0465983 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3321  16S rRNA pseudouridylate synthase A  48.13 
 
 		 231 aa  218  8.999999999999998e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0340688  normal  0.608364 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2481  16S rRNA pseudouridylate synthase A  48.13 
 
 		 231 aa  218  8.999999999999998e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0457418  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2321  16S rRNA pseudouridylate synthase A  48.13 
 
 		 231 aa  218  8.999999999999998e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.170949  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0775  16S rRNA pseudouridylate synthase A  48.13 
 
 		 231 aa  217  1e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.329505  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1639  16S rRNA pseudouridylate synthase A  46.89 
 
 		 231 aa  215  5e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1910  16S rRNA pseudouridylate synthase A  46.47 
 
 		 231 aa  214  9.999999999999999e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.800741  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003781  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  48.75 
 
 		 233 aa  214  9.999999999999999e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000946261  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2718  16S rRNA pseudouridylate synthase A  47.3 
 
 		 235 aa  211  7.999999999999999e-54  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00684404  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2793  16S rRNA pseudouridylate synthase A  47.3 
 
 		 235 aa  211  7.999999999999999e-54  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.863598  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1490  16S rRNA pseudouridylate synthase A  47.3 
 
 		 235 aa  210  1e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.708247  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1950  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  49.17 
 
 		 232 aa  210  1e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.588471  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3252  16S rRNA pseudouridylate synthase A  47.72 
 
 		 237 aa  209  3e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.274461 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3602  pseudouridine synthase  46.67 
 
 		 231 aa  207  8e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2352  16S rRNA pseudouridylate synthase A  44.81 
 
 		 232 aa  204  8e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2438  16S rRNA pseudouridylate synthase A  45.87 
 
 		 232 aa  204  8e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.157492  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0036  pseudouridine synthase  44.67 
 
 		 234 aa  189  2.9999999999999997e-47  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000127048  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1919  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  42.06 
 
 		 242 aa  184  8e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000207089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0031  pseudouridine synthase, Rsu  43.44 
 
 		 234 aa  181  7e-45  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000138708  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0024  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  43.44 
 
 		 239 aa  181  8.000000000000001e-45  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0145109  normal  0.0845626 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4402  pseudouridine synthase  40.91 
 
 		 230 aa  166  2e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.53311  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1421  pseudouridine synthase  44.03 
 
 		 229 aa  166  2e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.722777 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4790  putative pseudouridylate synthase  39 
 
 		 230 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.945125  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0889  pseudouridine synthase  38.91 
 
 		 234 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54800  putative pseudouridylate synthase  39 
 
 		 230 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000413274  hitchhiker  0.000000000000196922 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0996  pseudouridine synthase  39.17 
 
 		 247 aa  162  6e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1049  pseudouridine synthase  38.08 
 
 		 236 aa  159  4e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1355  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  38.02 
 
 		 230 aa  159  5e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.440564 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3981  pseudouridine synthase, Rsu  38.52 
 
 		 230 aa  158  8e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4313  pseudouridine synthase  40.08 
 
 		 232 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.141512  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3175  pseudouridine synthase, Rsu  38.75 
 
 		 241 aa  157  2e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.974586  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1082  pseudouridine synthase  38.33 
 
 		 256 aa  155  4e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0607342  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1019  pseudouridine synthase  38.49 
 
 		 236 aa  155  6e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1013  pseudouridine synthase  38.33 
 
 		 256 aa  155  7e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.163733  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3714  pseudouridine synthase, Rsu  35.8 
 
 		 249 aa  155  7e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2997  pseudouridine synthase, Rsu  38.33 
 
 		 241 aa  155  7e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000190948  normal  0.168091 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1115  pseudouridine synthase  38.33 
 
 		 256 aa  154  9e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.288715  hitchhiker  0.0098701 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1050  pseudouridine synthase  39.26 
 
 		 233 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.143385  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2876  pseudouridine synthase, Rsu  37.19 
 
 		 234 aa  154  1e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3078  pseudouridine synthase, Rsu  38.33 
 
 		 241 aa  154  1e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0152798  normal  0.772446 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3276  pseudouridine synthase  38.33 
 
 		 235 aa  154  1e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.471385  normal  0.11353 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0675  pseudouridine synthase  39.67 
 
 		 248 aa  151  7e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0099  RNA-binding S4 domain-containing protein  35.54 
 
 		 245 aa  150  2e-35  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4247  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  37.7 
 
 		 230 aa  148  7e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.693259  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2758  pseudouridine synthase  37.19 
 
 		 240 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1220  pseudouridine synthase  39.26 
 
 		 233 aa  146  3e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2785  pseudouridine synthase, Rsu  36.13 
 
 		 251 aa  144  9e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.50538 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2374  pseudouridine synthase  38.78 
 
 		 233 aa  143  2e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4818  RNA pseudouridine synthase family protein  37.19 
 
 		 242 aa  144  2e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0916  pseudouridine synthase  34.17 
 
 		 236 aa  143  2e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.952694 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4537  pseudouridine synthase  37.45 
 
 		 242 aa  144  2e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0418  RNA pseudouridine synthase family protein  37.19 
 
 		 242 aa  144  2e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.12702  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3369  pseudouridine synthase  37.6 
 
 		 242 aa  143  3e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1335  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  34.84 
 
 		 230 aa  142  7e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4848  RNA pseudouridylate synthase family protein  36.78 
 
 		 242 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4841  RNA pseudouridine synthase family protein  36.78 
 
 		 242 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.490184  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4438  pseudouridylate synthase (ribosomal small subunit pseudouridine synthase A)  36.78 
 
 		 242 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4456  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  36.78 
 
 		 242 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4958  RNA pseudouridine synthase family protein  36.78 
 
 		 242 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>