More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_4425 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010676  Bphyt_4425  extracellular solute-binding protein family 1  100 
 
 
348 aa  716    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.581143 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0745  polyamine/opine/phosphonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  95.98 
 
 
348 aa  629  1e-179  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.667249  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4734  extracellular solute-binding protein  88.79 
 
 
348 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.303648  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3629  extracellular solute-binding protein  88.79 
 
 
348 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.511421 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5064  extracellular solute-binding protein  90.63 
 
 
350 aa  597  1e-169  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.260672 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6624  extracellular solute-binding protein  87.93 
 
 
348 aa  589  1e-167  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.948879  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5370  extracellular solute-binding protein  89.66 
 
 
348 aa  587  1e-167  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.773263  normal  0.615146 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3535  extracellular solute-binding protein  89.08 
 
 
348 aa  585  1e-166  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.472326  normal  0.818839 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3941  extracellular solute-binding protein  64 
 
 
355 aa  431  1e-120  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.949647 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0302  extracellular solute-binding protein family 1  63.58 
 
 
358 aa  433  1e-120  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4433  extracellular solute-binding protein  63.08 
 
 
355 aa  430  1e-119  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.23021  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6496  ABC transporter substrate-binding protein  61.54 
 
 
348 aa  418  1e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0883  extracellular solute-binding protein  63.78 
 
 
355 aa  414  9.999999999999999e-116  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0752  extracellular solute-binding protein  58.41 
 
 
374 aa  409  1e-113  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2329  extracellular solute-binding protein  55.4 
 
 
350 aa  389  1e-107  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0708409  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2518  bacterial extracellular solute-binding domain protein  55.68 
 
 
350 aa  386  1e-106  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.27383  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3211  extracellular solute-binding protein  55.62 
 
 
347 aa  377  1e-103  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.459481  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2702  spermidine/putrescine ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.12 
 
 
383 aa  262  6.999999999999999e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1897  extracellular solute-binding protein family 1  40.19 
 
 
355 aa  255  7e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.179851  normal  0.425748 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7049  extracellular solute-binding protein  39.26 
 
 
354 aa  250  2e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.479015 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1837  ABC transporter substrate-binding protein  39.82 
 
 
335 aa  248  1e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.695215 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5999  extracellular solute-binding protein  40.81 
 
 
362 aa  247  3e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.281164  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6543  extracellular solute-binding protein family 1  37.93 
 
 
407 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0438593 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4420  extracellular solute-binding protein  37.93 
 
 
342 aa  241  1e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0200  extracellular solute-binding protein  37.72 
 
 
345 aa  238  9e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.521347 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4410  extracellular solute-binding protein  37.93 
 
 
347 aa  233  3e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.440663 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2705  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  36.78 
 
 
342 aa  227  2e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0128801  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8307  ABC transporter substrate-binding protein  39.64 
 
 
344 aa  226  4e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0387111  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4380  extracellular solute-binding protein  35.96 
 
 
347 aa  223  4e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.786087 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4043  extracellular solute-binding protein  32.19 
 
 
348 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0937845  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7193  ABC transporter substrate-binding protein  32.48 
 
 
348 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.57881  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1248  extracellular solute-binding protein  31.4 
 
 
347 aa  142  8e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.432427  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3187  putative ABC transporter substrate-binding protein  30.91 
 
 
349 aa  135  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3281  extracellular solute-binding protein  25.87 
 
 
343 aa  101  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5047  extracellular solute-binding protein  25.79 
 
 
338 aa  100  5e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0495  spermidine/putrescine ABC transporter substrate-binding protein  29.18 
 
 
344 aa  94.4  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.44949 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1649  extracellular solute-binding protein family 1  23.41 
 
 
346 aa  89.4  8e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.316325 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3160  extracellular solute-binding protein  26.59 
 
 
345 aa  89.4  8e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00659585 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3515  ABC polyamine/opine transporter, periplasmic binding protein  26.59 
 
 
345 aa  88.6  1e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4325  spermidine/putrescine ABC transporter, substrate-binding protein  27.54 
 
 
346 aa  85.9  0.000000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0759269  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3234  extracellular solute-binding protein  23.69 
 
 
345 aa  84.7  0.000000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0952869  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4605  extracellular solute-binding protein  24.93 
 
 
340 aa  84  0.000000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1926  extracellular solute-binding protein family 1  26.42 
 
 
353 aa  84  0.000000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.932979 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3636  extracellular solute-binding protein  23.29 
 
 
343 aa  83.2  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.93135  normal  0.343272 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4943  extracellular solute-binding protein  27.38 
 
 
340 aa  80.9  0.00000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3397  ABC opine/polyamine transporter, periplasmic binding protein  26.27 
 
 
347 aa  80.5  0.00000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0783  ABC opine/polyamine transporter, periplasmic binding protein  26.77 
 
 
323 aa  80.5  0.00000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0720  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.16 
 
 
341 aa  79.7  0.00000000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.631762  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2419  putative spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  22.81 
 
 
354 aa  79.7  0.00000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0676  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  25.16 
 
 
341 aa  79.7  0.00000000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3042  extracellular solute-binding protein  25.97 
 
 
347 aa  79  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0963971  normal  0.874753 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2854  putative spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  24.44 
 
 
367 aa  79  0.0000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0404932  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3752  extracellular solute-binding protein  24.92 
 
 
342 aa  78.2  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.236177  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5508  extracellular solute-binding protein family 1  24.16 
 
 
347 aa  77.8  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0465771 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3159  extracellular solute-binding protein family 1  24.1 
 
 
340 aa  77.4  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5374  extracellular solute-binding protein family 1  23.47 
 
 
346 aa  76.6  0.0000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.210042  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1761  extracellular solute-binding protein family 1  24.6 
 
 
341 aa  75.5  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.893641  normal  0.0475771 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1477  ABC transporter, substrate-binding protein  24.52 
 
 
348 aa  75.1  0.000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0040976  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5367  extracellular solute-binding protein  29.5 
 
 
341 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0863  extracellular solute-binding protein  23.15 
 
 
355 aa  73.9  0.000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6494  ABC Fe3+ siderophore transporter, periplasmic ligand binding protein  28.86 
 
 
351 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000128013  normal  0.750448 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7603  ABC transporter substrate binding protein  24.32 
 
 
346 aa  73.9  0.000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3135  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  28.86 
 
 
351 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000124491 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3115  extracellular solute-binding protein  24.92 
 
 
342 aa  72.4  0.00000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0701659  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5135  ABC transporter, periplasmic binding protein  27.4 
 
 
341 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.659918  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1097  extracellular solute-binding protein family 1  23.12 
 
 
337 aa  71.6  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0890714  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1463  spermidine/putrescine-binding periplasmic protein  25.39 
 
 
354 aa  70.5  0.00000000004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1468  ABC polyamine transporter, periplasmic ligand binding protein  27.57 
 
 
349 aa  70.5  0.00000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.119305 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8173  ABC transporter substrate binding protein (spermidine/putrescine)  23.34 
 
 
344 aa  69.7  0.00000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6061  extracellular solute-binding protein family 1  23.2 
 
 
342 aa  69.7  0.00000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1204  extracellular solute-binding protein  26.47 
 
 
349 aa  69.3  0.00000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1762  extracellular solute-binding protein family 1  24.17 
 
 
340 aa  69.3  0.00000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.66245  normal  0.133818 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0330  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  28.06 
 
 
341 aa  69.3  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.631264 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8489  extracellular solute-binding protein family 1  25.28 
 
 
346 aa  68.9  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.504362  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5008  extracellular solute-binding protein  27.87 
 
 
341 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1991  extracellular solute-binding protein family 1  24.68 
 
 
342 aa  68.9  0.0000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000248153  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5188  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  27.05 
 
 
341 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.491174  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1235  ABC spermidine/putrescine transporter, periplasmic ligand binding protein  22.96 
 
 
378 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0258695  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3159  2-aminoethylphosphonate ABC transport system, 1-aminoethylphosphonate-binding protein component  28.05 
 
 
351 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.451295  normal  0.0280644 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2020  extracellular solute-binding protein  29.32 
 
 
363 aa  67.8  0.0000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.536453  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1807  ABC transporter periplasmic-binding protein  23.65 
 
 
325 aa  67  0.0000000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000832712  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6060  extracellular solute-binding protein family 1  23.36 
 
 
340 aa  67  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3124  extracellular solute-binding protein  26.54 
 
 
345 aa  66.6  0.0000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0283  extracellular solute-binding protein family 1  22.92 
 
 
342 aa  66.2  0.0000000007  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2648  extracellular solute-binding protein family 1  27.27 
 
 
362 aa  65.9  0.0000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.370022 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1791  solute-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  26.12 
 
 
343 aa  65.1  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.450613  normal  0.0698003 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1401  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  26.86 
 
 
349 aa  65.1  0.000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1202  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  25.49 
 
 
345 aa  65.1  0.000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1663  extracellular solute-binding protein family 1  23.61 
 
 
335 aa  64.7  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1300  spermidine/putrescine ABC transporter spermidine/putrescine-binding protein  25.49 
 
 
345 aa  65.1  0.000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0311  ABC transporter periplasmic-binding protein  26.54 
 
 
325 aa  65.5  0.000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00000568515  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1442  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  26.86 
 
 
349 aa  64.7  0.000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.403507  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4004  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  26.02 
 
 
349 aa  63.9  0.000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000629977 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5874  extracellular solute-binding protein  24.45 
 
 
341 aa  63.5  0.000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0833  extracellular solute-binding protein  25.17 
 
 
343 aa  63.5  0.000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.752683 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1010  extracellular solute-binding protein  24.84 
 
 
350 aa  63.5  0.000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4649  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 
335 aa  63.5  0.000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5130  extracellular solute-binding protein family 1  23.79 
 
 
347 aa  63.5  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1180  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  25.82 
 
 
349 aa  63.2  0.000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1182  spermidine/putrescine ABC transporter, spermidine/putrescine-binding protein  25.82 
 
 
349 aa  63.2  0.000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.69652  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>