More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_4679 on replicon NC_010623
Organism: Burkholderia phymatum STM815



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Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010623  Bphy_4679  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 193 aa  392  1e-108  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.136213 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2969  TetR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 222 aa  105  6e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4260  putative transcriptional regulator, TetR family  30.73 
 
 		 192 aa  94  1e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.370014  normal  0.537998 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2793  TetR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 214 aa  92.8  3e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5717  transcriptional regulator, TetR family  33.8 
 
 		 156 aa  92.8  3e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1186  transcriptional regulator, TetR family  32.62 
 
 		 206 aa  91.7  7e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3183  TetR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 207 aa  91.3  7e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3326  TetR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 207 aa  91.3  7e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3182  TetR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 207 aa  91.3  7e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3494  TetR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 210 aa  91.3  8e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1076  TetR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 206 aa  88.2  6e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2955  TetR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 193 aa  87.4  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4399  transcriptional regulator, TetR family  32.43 
 
 		 200 aa  86.7  2e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5165  transcriptional regulator, TetR family  32.42 
 
 		 194 aa  85.5  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.707616 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1072  TetR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 206 aa  85.5  5e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000136093  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1144  TetR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 206 aa  85.5  5e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00178929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3078  regulatory protein, TetR  31.09 
 
 		 203 aa  85.1  6e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.745436  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5917  TetR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 206 aa  84.7  7e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.640474  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4319  TetR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 207 aa  84.3  9e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0944  TetR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 193 aa  84.3  9e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1146  TetR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 216 aa  84  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.390773  normal  1 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5597  TetR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 198 aa  84  0.000000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.143469  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0620  TetR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 210 aa  83.6  0.000000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0815  TetR family transcriptional regulator  29.94 
 
 		 196 aa  83.2  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.642279  normal  0.93191 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0493  transcriptional regulator, TetR family  32.14 
 
 		 222 aa  83.6  0.000000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0117598 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3984  transcriptional regulator, TetR family protein  25.65 
 
 		 211 aa  83.2  0.000000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4302  transcriptional regulator, TetR family  26.18 
 
 		 192 aa  82.4  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.985761  normal  0.0925574 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3000  TetR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 193 aa  82.8  0.000000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000368141  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3238  transcriptional regulator, TetR family  26.35 
 
 		 198 aa  82.8  0.000000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.210945  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1209  TetR family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 193 aa  82.4  0.000000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0397499 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0531  TetR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 218 aa  82.8  0.000000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0583  TetR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 205 aa  82.4  0.000000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4065  transcriptional regulator, TetR family  34.38 
 
 		 195 aa  82  0.000000000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3430  transcriptional regulator, TetR family  38.18 
 
 		 195 aa  81.3  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.842575  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5463  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 212 aa  81.6  0.000000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0716  TetR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 215 aa  81.6  0.000000000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0418191  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2985  TetR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 193 aa  81.3  0.000000000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000207551  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0979  TetR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 196 aa  81.3  0.000000000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5338  TetR family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 213 aa  81.3  0.000000000000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.220511  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5427  TetR family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 213 aa  81.3  0.000000000000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.926308  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1977  transcriptional regulator, TetR family  34.45 
 
 		 193 aa  80.9  0.00000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5717  TetR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 213 aa  80.9  0.00000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2332  transcriptional regulator, TetR family  28.98 
 
 		 193 aa  80.1  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.950158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4925  TetR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 193 aa  80.1  0.00000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2355  TetR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 201 aa  80.5  0.00000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.552854 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2529  TetR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 194 aa  79.3  0.00000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3254  TetR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 224 aa  79.3  0.00000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1495  TetR family transcriptional regulator  39 
 
 		 204 aa  79.7  0.00000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000123966  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1874  putative regulatory protein  30.25 
 
 		 198 aa  79  0.00000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.885441  normal  0.710734 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05594  transcriptional regulator  29.95 
 
 		 191 aa  78.2  0.00000000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3305  TetR family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 195 aa  78.2  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.90869 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0178  TetR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 203 aa  77.8  0.00000000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.481499  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5500  transcriptional regulator, TetR family  27.42 
 
 		 190 aa  77.8  0.00000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.161362  decreased coverage  0.000153945 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0224  transcriptional regulator, TetR-family  29.14 
 
 		 192 aa  77.8  0.0000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3140  TetR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 197 aa  77.8  0.0000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.137738  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2536  transcriptional regulator, TetR family  28.02 
 
 		 210 aa  76.6  0.0000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.018218  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0900  TetR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 193 aa  76.6  0.0000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.308807  normal  0.448888 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0716  TetR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 195 aa  76.6  0.0000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.359164  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000004  transcriptional regulator  29.47 
 
 		 191 aa  76.3  0.0000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3301  transcriptional regulator, TetR family  24.58 
 
 		 193 aa  76.3  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000664283 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2260  TetR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 214 aa  75.9  0.0000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0561114  normal  0.813784 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3101  TetR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 212 aa  75.5  0.0000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0446  TetR family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 204 aa  75.5  0.0000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.309839  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0481  TetR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 211 aa  75.5  0.0000000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3676  TetR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 207 aa  74.7  0.0000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.508637  decreased coverage  0.00105541 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1181  transcriptional regulator, TetR family  26.2 
 
 		 191 aa  74.3  0.0000000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000215765  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1578  TetR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 203 aa  74.3  0.000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3345  transcriptional regulator, TetR family  25.39 
 
 		 191 aa  73.9  0.000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5198  transcriptional regulator, TetR family  29.09 
 
 		 193 aa  74.3  0.000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01107  predicted DNA-binding transcriptional regulator  27.22 
 
 		 210 aa  73.2  0.000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0948  TetR family transcriptional regulator  26.2 
 
 		 191 aa  73.6  0.000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.627177  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1013  TetR family transcriptional regulator  26.2 
 
 		 191 aa  73.6  0.000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4262  TetR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 226 aa  73.6  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2015  TetR family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 210 aa  73.2  0.000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000283926 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1348  TetR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 217 aa  73.2  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.054525 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1234  TetR family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 236 aa  73.2  0.000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01115  hypothetical protein  27.22 
 
 		 210 aa  73.2  0.000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0385  transcriptional regulator, TetR family  30.73 
 
 		 219 aa  73.6  0.000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.464521 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2692  TetR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 193 aa  73.6  0.000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.504761 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9334  putative transcriptional regulator, TetR family  27.57 
 
 		 193 aa  73.6  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.913929  normal  0.775461 
 
 
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NC_013093  Amir_0419  transcriptional regulator, TetR family  35.45 
 
 		 217 aa  73.2  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.00785696  n/a   
 
 
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NC_010468  EcolC_2490  TetR family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 210 aa  73.2  0.000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000804693 
 
 
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NC_010658  SbBS512_E2212  transcriptional regulator, TetR family  27.22 
 
 		 236 aa  73.2  0.000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008726  Mvan_1617  TetR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 202 aa  73.2  0.000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0133761 
 
 
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NC_009801  EcE24377A_1233  TetR family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 236 aa  73.2  0.000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0636137  n/a   
 
 
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NC_010676  Bphyt_7235  transcriptional regulator, TetR family  28.73 
 
 		 204 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007974  Rmet_4307  TetR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 200 aa  72.8  0.000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0504608 
 
 
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NC_010581  Bind_2892  TetR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 194 aa  73.2  0.000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.227449 
 
 
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NC_008228  Patl_4123  TetR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 204 aa  72.8  0.000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008321  Shewmr4_2694  TetR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 203 aa  72.4  0.000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00357406 
 
 
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NC_011353  ECH74115_1491  transcriptional regulator, TetR family  27.22 
 
 		 210 aa  72.8  0.000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00556415 
 
 
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NC_009436  Ent638_1626  TetR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 211 aa  72.8  0.000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011071  Smal_2765  transcriptional regulator, TetR family  29.48 
 
 		 196 aa  72.4  0.000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.829891 
 
 
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NC_014230  CA2559_12083  transcriptional regulator, TetR family protein  23.16 
 
 		 187 aa  72.4  0.000000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008345  Sfri_1841  transcriptional regulator, TetR family protein  27.81 
 
 		 195 aa  72.4  0.000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010676  Bphyt_5134  transcriptional regulator, TetR family  27.18 
 
 		 197 aa  72  0.000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011891  A2cp1_3330  transcriptional regulator, TetR family  33.04 
 
 		 219 aa  72  0.000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007969  Pcryo_0969  TetR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 202 aa  72  0.000000000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0021423 
 
 
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NC_008740  Maqu_0143  TetR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 202 aa  71.6  0.000000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_010002  Daci_3927  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 208 aa  71.6  0.000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.375374  normal  0.0268365 
 
 
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