284 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_4047 on replicon NC_010623
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010623  Bphy_4047  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  100 
 
 
244 aa  498  1e-140  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.750975  normal  0.908185 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1931  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  67.57 
 
 
237 aa  263  3e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.385484  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0297  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  67.57 
 
 
237 aa  263  3e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.330584  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2076  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  67.57 
 
 
237 aa  263  3e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.370816  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1634  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  67.57 
 
 
237 aa  263  3e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0463569  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1917  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  67.57 
 
 
237 aa  263  3e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.693788  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0864  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  67.57 
 
 
237 aa  263  3e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0195971  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1191  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  67.2 
 
 
207 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4778  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  67.35 
 
 
218 aa  261  8.999999999999999e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.310601  normal  0.199717 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1550  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  68.75 
 
 
222 aa  260  1e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.362931  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1529  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  68.75 
 
 
222 aa  260  1e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.77026  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4063  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  67.35 
 
 
223 aa  259  2e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.806814 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1632  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  69.19 
 
 
222 aa  259  3e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.281996  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1607  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  69.19 
 
 
222 aa  259  3e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.483087  normal  0.0648127 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1152  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  69.19 
 
 
222 aa  259  3e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0103149  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2427  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  67.76 
 
 
237 aa  259  4e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.773332  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0517  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  69.31 
 
 
223 aa  258  5.0000000000000005e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1606  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  71.01 
 
 
215 aa  248  7e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000842587 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3941  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  42.33 
 
 
184 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.664668  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33260  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  42.77 
 
 
187 aa  130  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00268823  normal  0.037283 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2827  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  42.77 
 
 
187 aa  129  3e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.833111  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3563  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  40.12 
 
 
176 aa  128  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.661708  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4244  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  39.52 
 
 
176 aa  125  7e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.799752  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25660  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  45.1 
 
 
159 aa  125  7e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1623  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  39.52 
 
 
176 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.710991  normal  0.111836 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3810  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  39.52 
 
 
176 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.775772  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2133  RNA polymerase sigma-70 family protein  40.88 
 
 
178 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.787877  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1943  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  39.29 
 
 
178 aa  119  3e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.467339  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1839  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  38.96 
 
 
169 aa  107  1e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0342847  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0883  sigma-24 (FecI)  38.96 
 
 
171 aa  101  9e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3323  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  40.26 
 
 
204 aa  95.9  6e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.130474 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2397  sigma-24 (FecI)  34.88 
 
 
179 aa  94.4  1e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.103635  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2873  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  39.35 
 
 
210 aa  94  2e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.444727 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3752  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.57 
 
 
181 aa  92.8  5e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.401428  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25290  extracytoplasmic-function sigma-70 factor  37.65 
 
 
166 aa  92.4  6e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4804  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  34.18 
 
 
219 aa  92  7e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.127624  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2781  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.26 
 
 
260 aa  87.4  2e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.269223 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3737  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  35.93 
 
 
177 aa  86.3  4e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.189895 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1734  FecI like protein  39.69 
 
 
236 aa  75.5  0.0000000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.112021 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5732  sigma factor  32.89 
 
 
207 aa  73.2  0.000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1978  sigma-24 (FecI-like)  28.22 
 
 
171 aa  71.2  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.912668  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0894  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.35 
 
 
165 aa  69.7  0.00000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.588251  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4761  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.22 
 
 
174 aa  69.3  0.00000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0704  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  34.27 
 
 
171 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.943128 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1340  fec I like protein  34.59 
 
 
186 aa  67.8  0.0000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1203  RNA polymerase sigma-70 family protein  26.99 
 
 
180 aa  66.6  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3316  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.61 
 
 
166 aa  66.2  0.0000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.685716 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0737  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.8 
 
 
171 aa  65.9  0.0000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0227  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  33.33 
 
 
195 aa  65.5  0.0000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2381  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.79 
 
 
195 aa  64.7  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.599454  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2905  sigma-24 (FecI-like)  30.97 
 
 
180 aa  64.7  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0305707  normal  0.216525 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10480  ECF sigma factor, FecI family  31.18 
 
 
194 aa  65.1  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.609538  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03870  RNA polymerase sigma factor, FecI family  30.07 
 
 
188 aa  64.3  0.000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.943844  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0738  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.1 
 
 
171 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06180  RNA polymerase sigma factor  29.22 
 
 
172 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.281942  normal  0.0383866 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2777  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.74 
 
 
171 aa  63.5  0.000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.933443 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3324  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.33 
 
 
169 aa  63.5  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4479  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  33.8 
 
 
171 aa  63.5  0.000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.768713 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0578  RNA polymerase sigma factor  29.22 
 
 
172 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01840  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  32.68 
 
 
181 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.729146 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4119  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.23 
 
 
165 aa  63.2  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4275  sigma24, FecI  34.23 
 
 
165 aa  63.2  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40940  RNA polymerase sigma factor, FecI family  34.93 
 
 
166 aa  62.8  0.000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3959  sigma-70 family RNA polymerase sigma factor  33.33 
 
 
185 aa  62.4  0.000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.925362  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1438  sigma-24 (FecI)  34.23 
 
 
173 aa  62.4  0.000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2673  RNA polymerase sigma factor  28.57 
 
 
174 aa  62.4  0.000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.451299  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0444  RNA polymerase sigma-70 family protein  28.39 
 
 
172 aa  61.2  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3079  fec I like protein  25.32 
 
 
170 aa  61.2  0.00000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0688  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.77 
 
 
174 aa  61.2  0.00000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.959596  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0929  sigma-24 (FecI)  31.21 
 
 
188 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.309096  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0745  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.79 
 
 
167 aa  60.5  0.00000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3372  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  31.01 
 
 
157 aa  60.5  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.163111  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7286  sigma factor  33.09 
 
 
180 aa  59.7  0.00000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2681  sigma-24 (FecI-like)  32.84 
 
 
179 aa  59.7  0.00000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39800  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  32.41 
 
 
168 aa  59.3  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37990  RNA polymerase sigma factor  26.76 
 
 
168 aa  59.3  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000275942  normal  0.0180544 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4731  RNA polymerase sigma factor  27.74 
 
 
172 aa  58.9  0.00000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.907591 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3282  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.79 
 
 
194 aa  58.5  0.00000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.431761  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3563  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.61 
 
 
182 aa  58.9  0.00000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0235301  normal  0.0117443 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0352  RNA polymerase sigma factor  26.62 
 
 
172 aa  58.5  0.00000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0380  RNA polymerase sigma factor  29.01 
 
 
172 aa  58.2  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.30331  normal  0.23383 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3325  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.99 
 
 
172 aa  57.8  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2883  fec I like protein  32.12 
 
 
172 aa  58.2  0.0000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.200402 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3326  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.53 
 
 
179 aa  57.4  0.0000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3315  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  30.28 
 
 
176 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0378  RNA polymerase sigma factor  25.97 
 
 
172 aa  56.6  0.0000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.425912  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4091  ECF subfamily RNA polymerase sigma-70 factor  27.56 
 
 
175 aa  56.6  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47400  RNA polymerase ECF-subfamily sigma-70 factor  26.67 
 
 
175 aa  57  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00498189  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4940  RNA polymerase sigma factor  31.01 
 
 
249 aa  56.6  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.25404  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5893  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.75 
 
 
171 aa  56.2  0.0000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.830728  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0695  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.7 
 
 
168 aa  55.8  0.0000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.928868  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0606  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.47 
 
 
180 aa  55.5  0.0000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1629  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34 
 
 
175 aa  55.1  0.0000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.459809 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4194  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.56 
 
 
170 aa  54.7  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.746772  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1587  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.05 
 
 
166 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.681382  normal  0.242514 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2873  RNA polymerase sigma factor  29.05 
 
 
159 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.511965  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4850  RNA polymerase sigma factor  25.97 
 
 
172 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2598  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  34.72 
 
 
201 aa  55.1  0.000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64700  RNA polymerase sigma factor  32.61 
 
 
178 aa  55.1  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00208026  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3603  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.36 
 
 
173 aa  54.3  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.324027 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>