More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bmur_1030 on replicon NC_014150
Organism: Brachyspira murdochii DSM 12563



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014150  Bmur_1030  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  100 
 
 
183 aa  368  1e-101  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1115  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.17 
 
 
208 aa  100  8e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.37407  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1394  RNA polymerase sigma-E factor  30.17 
 
 
208 aa  100  8e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0732931  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2077  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.23 
 
 
197 aa  99.4  2e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000000118183  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03542  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.6 
 
 
192 aa  100  2e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2045  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.56 
 
 
190 aa  100  2e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4931  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.96 
 
 
216 aa  99.8  2e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002491  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.05 
 
 
192 aa  99  3e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.012541  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7326  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.67 
 
 
303 aa  99  4e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.310531  normal  0.976658 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0150  RNA polymerase sigma factor SigW  31.46 
 
 
190 aa  97.8  8e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39650  RNA polymerase, sigma subunit, ECF family  27.38 
 
 
200 aa  96.7  1e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.81791  normal  0.37663 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4129  RNA polymerase sigma factor RpoE  32.97 
 
 
208 aa  96.3  2e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.131676  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0154  RNA polymerase sigma factor SigW  30.23 
 
 
183 aa  96.3  2e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000564665  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54430  RNA polymerase sigma factor AlgU  27.96 
 
 
193 aa  96.7  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000031272  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1359  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.33 
 
 
169 aa  96.7  2e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000613584  normal  0.129885 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1467  RNA polymerase sigma factor AlgU  27.75 
 
 
193 aa  96.7  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000401501  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4757  RNA polymerase sigma factor AlgU  27.96 
 
 
193 aa  96.7  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2286  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.28 
 
 
200 aa  95.1  4e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0540242  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1956  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.93 
 
 
193 aa  94.7  7e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.26962  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0890  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  29.47 
 
 
220 aa  94.4  8e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0272  Fis family transcriptional regulator  30.72 
 
 
205 aa  94.4  8e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.341377  normal  0.75535 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2252  RNA polymerase sigma factor, sigma-70 family  30.39 
 
 
193 aa  94.4  9e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.708239  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3155  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.05 
 
 
192 aa  94.4  9e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000329481  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0040  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.48 
 
 
194 aa  93.6  1e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.949199  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4224  RNA polymerase sigma-24 factor  27.07 
 
 
193 aa  92.8  2e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1894  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.38 
 
 
206 aa  93.2  2e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1736  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.69 
 
 
215 aa  93.2  2e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2772  RNA polymerase sigma factor AlgU  26.98 
 
 
192 aa  93.2  2e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.133926  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3616  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  31.46 
 
 
200 aa  93.2  2e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.154069  normal  0.150786 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3958  RNA polymerase sigma factor AlgU  27.07 
 
 
193 aa  92.4  3e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0486119  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0856  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.35 
 
 
205 aa  92.4  3e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000380767  normal  0.0292756 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1000  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.35 
 
 
205 aa  92.4  3e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000000231343  normal  0.0259336 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1003  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.78 
 
 
199 aa  92.4  3e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1007  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.78 
 
 
199 aa  92.4  3e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.35525  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2321  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.64 
 
 
199 aa  92.4  3e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03970  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.95 
 
 
195 aa  92  4e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000171758  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2848  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.72 
 
 
392 aa  92  4e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1362  RNA polymerase sigma factor AlgU  27.37 
 
 
193 aa  92  4e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00625661  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0843  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  33.52 
 
 
223 aa  92  4e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.00000000467073  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1078  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.22 
 
 
199 aa  91.3  7e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.478507  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0024  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.02 
 
 
224 aa  91.3  7e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.471332  hitchhiker  0.00220906 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2906  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.22 
 
 
199 aa  91.3  7e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0419523  normal  0.958584 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0536  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.72 
 
 
199 aa  90.9  8e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.543409  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2901  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.72 
 
 
199 aa  90.9  8e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1723  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.72 
 
 
199 aa  91.3  8e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2808  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.72 
 
 
199 aa  90.9  8e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3433  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.98 
 
 
185 aa  91.3  8e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2786  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.72 
 
 
199 aa  90.9  8e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1796  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.72 
 
 
199 aa  90.9  8e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.7113  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2473  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.72 
 
 
199 aa  90.9  8e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1427  RNA polymerase sigma factor AlgU  27.37 
 
 
193 aa  90.9  9e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0770858  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2022  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.89 
 
 
199 aa  90.9  9e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000162889  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4294  RNA polymerase sigma factor AlgU  27.37 
 
 
193 aa  90.9  9e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.55493  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1067  RNA polymerase sigma factor AlgU  27.37 
 
 
193 aa  90.9  9e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0360661  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4380  RNA polymerase sigma factor AlgU  27.37 
 
 
193 aa  90.9  9e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.200849 
 
 
-
 
NC_002950  PG1660  ECF subfamily RNA polymerase sigma factor  30.54 
 
 
174 aa  90.5  1e-17  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.379101 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1237  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.12 
 
 
192 aa  90.1  1e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000109114  hitchhiker  0.0000153595 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4530  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.42 
 
 
224 aa  90.5  1e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0834  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.22 
 
 
199 aa  90.5  1e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2177  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.22 
 
 
199 aa  90.9  1e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.242833 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1339  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.48 
 
 
191 aa  90.9  1e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148968  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4425  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  28.98 
 
 
205 aa  90.1  1e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0203569  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1055  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.81 
 
 
199 aa  89.7  2e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.401808  normal  0.607053 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0985  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.21 
 
 
199 aa  89.7  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.664585  normal  0.0675077 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4239  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.22 
 
 
199 aa  89.7  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.535457  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0920  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.21 
 
 
199 aa  89.7  2e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.776822  normal  0.152626 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2531  RNA polymerase sigma factor RpoE  30.22 
 
 
192 aa  89.7  2e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1142  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.12 
 
 
192 aa  89.7  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000720782  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1085  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.22 
 
 
199 aa  89.7  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0647  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.22 
 
 
199 aa  89.7  2e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1605  RNA polymerase sigma factor RpoE  31.84 
 
 
191 aa  90.1  2e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0145  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.87 
 
 
192 aa  90.1  2e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1127  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.22 
 
 
199 aa  89.7  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2486  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  26.44 
 
 
202 aa  89.4  3e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1048  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.72 
 
 
192 aa  89  3e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00110624  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9374  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.9 
 
 
201 aa  89  4e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.666826 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2466  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.82 
 
 
192 aa  88.6  4e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4204  sigma-70 region 2 domain-containing protein  24.55 
 
 
217 aa  89  4e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.52678 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0340  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.95 
 
 
202 aa  89  4e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1031  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.23 
 
 
192 aa  88.6  5e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000464646  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0635  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.87 
 
 
211 aa  88.2  6e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2935  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.32 
 
 
192 aa  88.2  6e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0799622  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1613  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  32.43 
 
 
221 aa  87.8  8e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2628  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  29.67 
 
 
207 aa  87.8  8e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.000341874  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1369  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.76 
 
 
206 aa  87.8  9e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0484883  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1438  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.76 
 
 
206 aa  87.8  9e-17  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.389052  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0441  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  30.54 
 
 
180 aa  87.4  9e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2259  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.22 
 
 
199 aa  87  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.033618  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2095  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.17 
 
 
198 aa  87  1e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2425  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.22 
 
 
199 aa  87  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0205284  normal  0.871002 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4685  RNA polymerase sigma factor SigM  26.8 
 
 
233 aa  86.3  2e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.501427  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1098  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  31.4 
 
 
216 aa  86.7  2e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0618642 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3145  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  25.71 
 
 
224 aa  85.9  3e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.35313  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1133  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24 factor  27.33 
 
 
195 aa  85.9  3e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0543  RNA polymerase, ECF-type sigma factor  25.57 
 
 
194 aa  85.9  3e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0552939  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1746  RNA polymerase sigma factor RpoE  27.59 
 
 
200 aa  85.5  4e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.30228  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1062  RNA polymerase sigma factor RpoE  29.57 
 
 
191 aa  85.5  4e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000160674  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1083  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  28.57 
 
 
191 aa  85.5  4e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3576  ECF subfamily RNA polymerase sigma-24  28.66 
 
 
213 aa  85.1  5e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.745375  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3068  RNA polymerase sigma factor RpoE  28.65 
 
 
211 aa  85.1  5e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>