More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bmul_4460 on replicon NC_010086
Organism: Burkholderia multivorans ATCC 17616



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010515  Bcenmc03_3387  RpoD family RNA polymerase sigma factor  81.14 
 
 		 511 aa  767    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.366647 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1902  RNA polymerase, sigma 38 subunit, RpoS  79.05 
 
 		 511 aa  751    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0398059  normal  0.510287 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4024  RpoD family RNA polymerase sigma factor  80.38 
 
 		 520 aa  776    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.2717 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4234  RNA polymerase, sigma 38 subunit, RpoS  81.33 
 
 		 514 aa  769    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3543  RNA polymerase, sigma 38 subunit, RpoS  80.8 
 
 		 516 aa  785    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.582452  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4132  RNA polymerase, sigma 38 subunit, RpoS  81.33 
 
 		 514 aa  769    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.341891 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4460  RpoD family RNA polymerase sigma factor  100 
 
 		 525 aa  1019    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.217948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2606  RNA polymerase sigma factor RpoD  32.63 
 
 		 855 aa  305  1.0000000000000001e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10712  normal  0.319028 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6013  sigma-70 region 1.2  35.53 
 
 		 624 aa  303  5.000000000000001e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2388  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  33.06 
 
 		 656 aa  303  6.000000000000001e-81  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.415567 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0703  RNA polymerase sigma factor RpoD  33.17 
 
 		 623 aa  298  1e-79  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1750  sigma-70 region 1.2  34.05 
 
 		 653 aa  298  2e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.746191  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0623  RNA polymerase sigma factor RpoD  33.17 
 
 		 623 aa  297  3e-79  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.185828  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4028  RNA polymerase sigma factor RpoD  33.17 
 
 		 615 aa  296  8e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.8019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2491  putative RNA polymerase sigma(sigma-70) factor transcription regulator protein  33.61 
 
 		 746 aa  295  1e-78  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.046137  normal  0.87444 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3783  RNA polymerase sigma factor RpoD  32.85 
 
 		 805 aa  295  2e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47000  RNA polymerase sigma factor RpoD  34.08 
 
 		 620 aa  294  2e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3257  RNA polymerase sigma factor RpoD  32.85 
 
 		 805 aa  293  4e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0133032  normal  0.0284743 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5149  RNA polymerase sigma factor RpoD  33.12 
 
 		 615 aa  293  5e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3641  RNA polymerase sigma factor RpoD  32.63 
 
 		 683 aa  293  6e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0325  RNA polymerase sigma factor  59.85 
 
 		 482 aa  292  8e-78  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00531206  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0135  RNA polymerase sigma factor RpoD  59.46 
 
 		 482 aa  292  1e-77  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4480  RNA polymerase sigma factor RpoD  32.63 
 
 		 805 aa  291  1e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.793179  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3886  RNA polymerase sigma factor RpoD  32.63 
 
 		 805 aa  292  1e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.673998  normal  0.56553 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4815  RNA polymerase sigma factor RpoD  34.13 
 
 		 616 aa  292  1e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0119  RNA polymerase sigma factor RpoD  59.07 
 
 		 482 aa  291  3e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.181545  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2833  putative RNA polymerase sigma factor RpoD  59.07 
 
 		 482 aa  291  3e-77  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00565056  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0118  RNA polymerase sigma factor RpoD, putative  59.07 
 
 		 482 aa  291  3e-77  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.185057  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2326  RNA polymerase sigma factor RpoD  59.07 
 
 		 482 aa  291  3e-77  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2303  RNA polymerase sigma factor  59.07 
 
 		 482 aa  291  3e-77  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2252  putative RNA polymerase sigma factor RpoD  59.07 
 
 		 482 aa  291  3e-77  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.192844  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2569  sigma 70 (RpoD)  33.39 
 
 		 665 aa  290  6e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  unclonable  0.000000000000108997  normal  0.136917 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6774  RNA polymerase sigma factor RpoD  32.3 
 
 		 681 aa  289  8e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.669833  normal  0.0681029 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2820  RNA polymerase sigma factor RpoD  32.3 
 
 		 680 aa  289  1e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2562  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  32.28 
 
 		 754 aa  285  2.0000000000000002e-75  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0018126 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3138  RpoD family RNA polymerase sigma factor  31.67 
 
 		 797 aa  284  3.0000000000000004e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.335068  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1698  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  31.74 
 
 		 678 aa  284  3.0000000000000004e-75  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4641  RNA polymerase sigma factor RpoD  33.76 
 
 		 616 aa  283  5.000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.594079 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0716  Fis family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 613 aa  281  2e-74  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000378476  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0337  sigma 70 (RpoD)  33.77 
 
 		 647 aa  280  3e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.590547  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6584  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  33.01 
 
 		 665 aa  279  7e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.0000000125379  normal  0.0159529 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6393  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD subfamily  32.31 
 
 		 697 aa  279  9e-74  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1189  RNA polymerase sigma factor RpoD  31.61 
 
 		 666 aa  278  1e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.920411  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2994  RNA polymerase sigma-70 factor  33.22 
 
 		 599 aa  278  2e-73  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1416  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  32.63 
 
 		 900 aa  278  2e-73  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.322339  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2697  RNA polymerase sigma factor RpoD  31.39 
 
 		 610 aa  277  4e-73  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.057224  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1013  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD family  31.48 
 
 		 586 aa  276  7e-73  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.241628  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3035  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  31.49 
 
 		 619 aa  274  2.0000000000000002e-72  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01730  RNA polymerase sigma factor  32.62 
 
 		 611 aa  272  1e-71  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0157743  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3941  RNA polymerase sigma factor RpoD  30.88 
 
 		 685 aa  272  1e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1762  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  31.03 
 
 		 754 aa  266  8.999999999999999e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.578035  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4595  RpoD family RNA polymerase sigma factor  31.6 
 
 		 640 aa  261  2e-68  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.5682  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1806  sigma 70 (RpoD)  49.61 
 
 		 594 aa  258  2e-67  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000803488  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3572  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.08 
 
 		 618 aa  258  2e-67  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00998328  normal  0.692055 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07520  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.81 
 
 		 617 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0627024  normal  0.302038 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0461  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  48.98 
 
 		 608 aa  254  3e-66  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04069  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.59 
 
 		 624 aa  254  3e-66  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.41319  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0718  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.81 
 
 		 617 aa  254  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2310  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  48.78 
 
 		 621 aa  252  1e-65  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2516  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  44.56 
 
 		 598 aa  252  1e-65  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329688 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0263  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  44.04 
 
 		 629 aa  251  2e-65  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.262087 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2283  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  48.78 
 
 		 621 aa  251  2e-65  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0888  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.19 
 
 		 783 aa  251  2e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.67 
 
 		 666 aa  251  2e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.06387 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1101  RpoD family RNA polymerase sigma factor  44.08 
 
 		 602 aa  251  2e-65  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.248126  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1238  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.82 
 
 		 666 aa  251  2e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.894999 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0586  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.86 
 
 		 667 aa  251  2e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.418628  normal  0.0214442 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2027  RNA polymerase sigma factor RpoD  35.77 
 
 		 821 aa  251  2e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2420  RNA polymerase sigma factor RpoD  35.79 
 
 		 829 aa  251  3e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.814829  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0610  RNA polymerase sigma factor RpoD  36.67 
 
 		 718 aa  251  3e-65  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.112929 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3972  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.61 
 
 		 711 aa  250  4e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.379149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2440  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.61 
 
 		 717 aa  250  5e-65  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00995293  normal  0.135691 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4131  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.61 
 
 		 714 aa  250  5e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138863  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4072  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.53 
 
 		 664 aa  250  5e-65  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.518001 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.61 
 
 		 702 aa  249  6e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.493714  normal  0.364288 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1481  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.61 
 
 		 698 aa  249  8e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1627  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.42 
 
 		 683 aa  249  8e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00680574 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2317  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.91 
 
 		 656 aa  249  9e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.1091  normal  0.0115511 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2866  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.61 
 
 		 717 aa  249  9e-65  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00102705  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2057  RNA polymerase sigma factor RpoD  47.98 
 
 		 707 aa  248  1e-64  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00133668  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0971  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.61 
 
 		 702 aa  249  1e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0743249  hitchhiker  0.00275822 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5892  RpoD family RNA polymerase sigma factor  33.45 
 
 		 621 aa  248  2e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0044  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.57 
 
 		 621 aa  248  2e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00416651  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00848  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.16 
 
 		 620 aa  248  2e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0616  RNA polymerase, sigma 70 factor  48.98 
 
 		 612 aa  248  2e-64  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.840508  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001624  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.16 
 
 		 620 aa  248  2e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.294566  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3299  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.97 
 
 		 685 aa  248  3e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.269398  normal  0.821458 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0979  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.53 
 
 		 669 aa  248  3e-64  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0235491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2223  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.35 
 
 		 684 aa  248  3e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.909568 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0841  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.31 
 
 		 667 aa  247  3e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.104141  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0373  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.37 
 
 		 680 aa  247  4e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0339  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.37 
 
 		 680 aa  247  4e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0833  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.37 
 
 		 800 aa  247  4e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2204  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.37 
 
 		 808 aa  247  4e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.37 
 
 		 800 aa  247  4e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1235  RNA polymerase sigma factor RpoD  46.85 
 
 		 595 aa  247  4e-64  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1575  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  47.47 
 
 		 623 aa  247  4e-64  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0235989  normal  0.0103568 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0573  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.33 
 
 		 659 aa  247  4e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1713  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.37 
 
 		 680 aa  247  4e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.089433  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1520  RNA polymerase sigma factor RpoD  48.37 
 
 		 736 aa  247  4.9999999999999997e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>