More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BMA10247_2303 on replicon NC_009080
Organism: Burkholderia mallei NCTC 10247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009076  BURPS1106A_0135  RNA polymerase sigma factor RpoD  99.38 
 
 		 482 aa  943    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0119  RNA polymerase sigma factor RpoD  99.59 
 
 		 482 aa  944    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.181545  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0118  RNA polymerase sigma factor RpoD, putative  99.79 
 
 		 482 aa  946    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.185057  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0325  RNA polymerase sigma factor  98.96 
 
 		 482 aa  939    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00531206  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2252  putative RNA polymerase sigma factor RpoD  100 
 
 		 482 aa  949    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.192844  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0088  RNA polymerase sigma factor RpoD  87.27 
 
 		 483 aa  756    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000283507  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2326  RNA polymerase sigma factor RpoD  100 
 
 		 482 aa  949    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2833  putative RNA polymerase sigma factor RpoD  99.79 
 
 		 482 aa  946    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00565056  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2303  RNA polymerase sigma factor  100 
 
 		 482 aa  949    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3543  RNA polymerase, sigma 38 subunit, RpoS  45.91 
 
 		 516 aa  328  9e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.582452  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4024  RpoD family RNA polymerase sigma factor  49.41 
 
 		 520 aa  327  3e-88  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.2717 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1902  RNA polymerase, sigma 38 subunit, RpoS  45.63 
 
 		 511 aa  327  4.0000000000000003e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0398059  normal  0.510287 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4234  RNA polymerase, sigma 38 subunit, RpoS  48.72 
 
 		 514 aa  319  9e-86  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4132  RNA polymerase, sigma 38 subunit, RpoS  48.72 
 
 		 514 aa  319  9e-86  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.341891 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3387  RpoD family RNA polymerase sigma factor  50.12 
 
 		 511 aa  318  1e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.366647 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4460  RpoD family RNA polymerase sigma factor  60.16 
 
 		 525 aa  273  7e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.217948  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0888  RNA polymerase sigma factor RpoD  44.4 
 
 		 783 aa  246  8e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3941  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.3 
 
 		 685 aa  243  7.999999999999999e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3641  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.5 
 
 		 683 aa  241  2e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1713  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.96 
 
 		 680 aa  241  2e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.089433  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4813  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.96 
 
 		 804 aa  241  2e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0339  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.96 
 
 		 680 aa  241  2e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2384  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.96 
 
 		 736 aa  241  2e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0833  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.96 
 
 		 800 aa  241  2e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0373  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.96 
 
 		 680 aa  241  2e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1520  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.96 
 
 		 736 aa  241  2e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2525  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.96 
 
 		 736 aa  241  2e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4480  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.5 
 
 		 805 aa  241  2e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.793179  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3886  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.5 
 
 		 805 aa  241  2e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.673998  normal  0.56553 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2204  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.96 
 
 		 808 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0621  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.96 
 
 		 800 aa  241  2.9999999999999997e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2820  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.96 
 
 		 680 aa  240  4e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3257  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.96 
 
 		 805 aa  240  4e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0133032  normal  0.0284743 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6774  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.96 
 
 		 681 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.669833  normal  0.0681029 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3783  RNA polymerase sigma factor RpoD  40.61 
 
 		 805 aa  239  8e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0393  RNA polymerase sigma factor  41.37 
 
 		 698 aa  239  1e-61  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.735984  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1784  RNA polymerase sigma factor RpoD  41.37 
 
 		 698 aa  239  1e-61  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.101726  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2606  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.24 
 
 		 855 aa  238  1e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10712  normal  0.319028 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0461  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  35.68 
 
 		 608 aa  238  2e-61  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2027  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.65 
 
 		 821 aa  237  3e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2420  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.65 
 
 		 829 aa  237  3e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.814829  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2215  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.25 
 
 		 755 aa  236  8e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0703  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.86 
 
 		 623 aa  234  2.0000000000000002e-60  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04069  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.03 
 
 		 624 aa  234  2.0000000000000002e-60  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.41319  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1189  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.47 
 
 		 666 aa  235  2.0000000000000002e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.920411  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2057  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.15 
 
 		 707 aa  234  2.0000000000000002e-60  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00133668  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0623  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.86 
 
 		 623 aa  234  2.0000000000000002e-60  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.185828  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2322  sigma 70 (RpoD)  43.03 
 
 		 644 aa  234  3e-60  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.000000648058  hitchhiker  0.00289182 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3572  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.63 
 
 		 618 aa  233  4.0000000000000004e-60  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00998328  normal  0.692055 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0716  Fis family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 613 aa  232  1e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000378476  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0526  RNA polymerase sigma factor RpoD  41 
 
 		 657 aa  231  3e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2310  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  43.03 
 
 		 621 aa  228  2e-58  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2283  RNA polymerase sigma factor rpoD (sigma-70)  43.03 
 
 		 621 aa  228  2e-58  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1038  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  42.63 
 
 		 613 aa  228  2e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0389354  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0263  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  44.12 
 
 		 629 aa  227  3e-58  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.262087 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3104  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.38 
 
 		 681 aa  227  3e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.218533  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1688  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.12 
 
 		 671 aa  227  3e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.585859  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3035  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  42.29 
 
 		 619 aa  227  3e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1101  RpoD family RNA polymerase sigma factor  40.99 
 
 		 602 aa  227  4e-58  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.248126  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2388  carbamoyl-phosphate synthase L chain, ATP-binding  42.28 
 
 		 656 aa  227  4e-58  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.415567 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1235  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.71 
 
 		 595 aa  227  4e-58  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01730  RNA polymerase sigma factor  42.8 
 
 		 611 aa  227  4e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0157743  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0045  hypothetical protein  40 
 
 		 602 aa  226  6e-58  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.250484  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2336  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.48 
 
 		 624 aa  226  6e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.684077  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1970  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  43.48 
 
 		 631 aa  226  6e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.53576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2223  RNA polymerase sigma factor RpoD  38.51 
 
 		 684 aa  226  7e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.909568 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1806  sigma 70 (RpoD)  40.58 
 
 		 594 aa  226  7e-58  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000803488  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1479  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.46 
 
 		 672 aa  226  8e-58  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1238  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.86 
 
 		 666 aa  226  8e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.894999 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6775  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.86 
 
 		 702 aa  226  8e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.493714  normal  0.364288 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3972  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.86 
 
 		 711 aa  226  8e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.379149  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1416  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  38.01 
 
 		 900 aa  225  1e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.322339  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1434  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.46 
 
 		 672 aa  226  1e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.960837  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2698  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.04 
 
 		 685 aa  226  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0310  RNA polymerase sigma-70 factor RpoD  41.9 
 
 		 617 aa  225  1e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.744549  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2440  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.86 
 
 		 717 aa  226  1e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  decreased coverage  0.00995293  normal  0.135691 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2317  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.91 
 
 		 656 aa  225  1e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.1091  normal  0.0115511 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4131  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.86 
 
 		 714 aa  226  1e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0971  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.86 
 
 		 702 aa  226  1e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0743249  hitchhiker  0.00275822 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2834  RNA polymerase sigma factor RpoD-like protein  42.63 
 
 		 617 aa  226  1e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0916822  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1481  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.86 
 
 		 698 aa  225  1e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2866  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.86 
 
 		 717 aa  226  1e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.00102705  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2956  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.04 
 
 		 685 aa  226  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.661846  normal  0.765968 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0979  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.44 
 
 		 669 aa  226  1e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0235491  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07520  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.23 
 
 		 617 aa  225  1e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0627024  normal  0.302038 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0966  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.12 
 
 		 666 aa  226  1e-57  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0575289  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0718  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.23 
 
 		 617 aa  225  1e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3169  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  42.63 
 
 		 611 aa  225  2e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.148528  normal  0.341399 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1072  RpoD family RNA polymerase sigma factor  42.63 
 
 		 612 aa  224  2e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.321598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00848  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.57 
 
 		 620 aa  224  2e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4641  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.23 
 
 		 616 aa  224  2e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.594079 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1144  RpoD family RNA polymerase sigma factor  42.63 
 
 		 627 aa  224  2e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0208725  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0431  RNA polymerase sigma factor RpoD  43.85 
 
 		 674 aa  224  2e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.213243  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0862  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.86 
 
 		 638 aa  224  2e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.0093579  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5149  RNA polymerase sigma factor RpoD  42.23 
 
 		 615 aa  224  2e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2996  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  42.63 
 
 		 614 aa  225  2e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000465174  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0783  RNA polymerase sigma factor RpoD  39.06 
 
 		 611 aa  224  2e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.060586  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0805  RpoD family RNA polymerase sigma factor  38.44 
 
 		 683 aa  224  2e-57  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.469743 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0823  RNA polymerase sigma-70 factor  42.63 
 
 		 620 aa  224  2e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0655826  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1221  RNA polymerase, sigma 70 subunit, RpoD  42.63 
 
 		 627 aa  224  2e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.104356  normal  0.675776 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>