273 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_6747 on replicon NC_010553
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010553  BamMC406_6747  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 115 aa  233  6e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0552  XRE family transcriptional regulator  69.91 
 
 		 117 aa  167  5e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.747826 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2104  helix-turn-helix domain-containing protein  45.59 
 
 		 95 aa  65.1  0.0000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0694198  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1349  immunity repressor protein  36 
 
 		 144 aa  63.9  0.0000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3618  XRE family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 123 aa  63.2  0.000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0697  transcriptional regulator, XRE family  39.73 
 
 		 151 aa  62.8  0.000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1543  XRE family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 359 aa  62  0.000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1027  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 321 aa  61.2  0.000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2113  transcriptional regulator, putative  38.3 
 
 		 143 aa  60.8  0.000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0495  XRE family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 100 aa  60.8  0.000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00400235  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0702  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 137 aa  58.9  0.00000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000217339  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1292  transcriptional regulator, XRE family  38.57 
 
 		 110 aa  57.4  0.00000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.020008  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1715  XRE family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 152 aa  57  0.00000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000119777  normal  0.864438 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0510  XRE family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 114 aa  55.1  0.0000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000759518  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0826  transcriptional regulator, XRE family  50.85 
 
 		 446 aa  55.1  0.0000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.150864  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2730  putative DNA-binding protein  36.11 
 
 		 117 aa  55.1  0.0000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000010572  hitchhiker  0.0000267972 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2015  Cro/CI family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 99 aa  54.7  0.0000004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00850971  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2209  putative DNA-binding protein  36.11 
 
 		 117 aa  54.7  0.0000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.706329  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0278  XRE family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 128 aa  54.3  0.0000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000672654  normal  0.646275 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4236  hypothetical protein  39.34 
 
 		 149 aa  54.3  0.0000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00014165  hitchhiker  0.0000000209993 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1144  helix-turn-helix domain-containing protein  42.17 
 
 		 145 aa  53.9  0.0000006  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000000013392  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15930  predicted transcriptional regulator  44.83 
 
 		 72 aa  53.9  0.0000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000543618  hitchhiker  0.000000237472 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0916  XRE family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 115 aa  53.5  0.0000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0945  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 149 aa  52.8  0.000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000414379  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0956  DNA-binding protein  39.34 
 
 		 92 aa  53.1  0.000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00187553  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1022  DNA-binding protein  39.34 
 
 		 149 aa  52.8  0.000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000116919  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3117  transcriptional regulator AnsR  37.1 
 
 		 125 aa  52.8  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3160  transcriptional regulator AnsR  37.1 
 
 		 125 aa  52.8  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.980504  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2120  transcriptional regulator AnsR  37.1 
 
 		 125 aa  52.8  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4781  transcriptional regulator, XRE family  34.02 
 
 		 113 aa  53.1  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00061071  normal  0.699893 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4384  transcriptional regulator, XRE family  46.15 
 
 		 108 aa  52.4  0.000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2917  transcriptional regulator AnsR  37.1 
 
 		 125 aa  52.8  0.000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.41229  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0944  DNA-binding protein transcriptional regulator  39.34 
 
 		 149 aa  52.8  0.000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000485883  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2885  ans operon repressor protein  37.1 
 
 		 125 aa  52.8  0.000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0484001  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2847  ans operon repressor protein  37.1 
 
 		 125 aa  52.8  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3138  transcriptional regulator AnsR  37.1 
 
 		 125 aa  52.8  0.000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3137  transcriptional regulator AnsR  37.1 
 
 		 125 aa  52.8  0.000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07480  helix-turn-helix domain protein  40.62 
 
 		 301 aa  52.4  0.000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.961759  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1103  hypothetical protein  39.34 
 
 		 149 aa  52.8  0.000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.23911e-56 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4032  prophage LambdaBa02, repressor protein  30.61 
 
 		 114 aa  52.4  0.000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00194689  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4788  transcriptional regulator, XRE family  34.02 
 
 		 114 aa  52.4  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000000200631  normal  0.763075 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1063  hypothetical protein  39.34 
 
 		 149 aa  52.8  0.000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0001043  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2431  XRE family transcriptional regulator  27.35 
 
 		 143 aa  52.8  0.000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2436  transcriptional regulator, XRE family  39.39 
 
 		 104 aa  51.6  0.000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2433  transcriptional regulator, XRE family  27.93 
 
 		 132 aa  51.2  0.000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000213647 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2460  XRE family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 142 aa  51.2  0.000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0113682  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4776  transcriptional regulator, XRE family  45.83 
 
 		 111 aa  51.2  0.000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0811435  normal  0.544838 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1249  Cro/CI family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 74 aa  50.8  0.000006  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3135  transcriptional regulator, XRE family  29.41 
 
 		 137 aa  50.8  0.000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.317529  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4028  prophage LambdaBa02, repressor protein  33.33 
 
 		 122 aa  50.8  0.000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.210086  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3459  transcriptional regulator  35.44 
 
 		 145 aa  50.8  0.000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00424563  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0281  XRE family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 78 aa  50.4  0.000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0335018  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3465  XRE family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 142 aa  50.4  0.000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7699  putative transcriptional regulator  37.25 
 
 		 112 aa  50.4  0.000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.829097  normal  0.153836 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0364  XRE family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 231 aa  50.4  0.000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3831  prophage LambdaBa02, repressor protein  33.33 
 
 		 122 aa  50.4  0.000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0071415  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4126  prophage LambdaBa02, repressor protein  33.33 
 
 		 122 aa  50.4  0.000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.158818  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0465  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 163 aa  50.4  0.000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00289124  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1603  adenine deaminase  37.18 
 
 		 347 aa  50.1  0.000009  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.000000366307  hitchhiker  0.000640003 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1725  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 145 aa  49.7  0.00001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2431  transcriptional regulator, XRE family  31.19 
 
 		 125 aa  49.7  0.00001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000620136 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1628  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 133 aa  50.1  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4032  transcriptional regulator, XRE family  44.26 
 
 		 187 aa  49.3  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.45676  normal  0.0335955 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1604  DNA-binding protein  30.86 
 
 		 114 aa  49.3  0.00002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00115974  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0418  prophage LambdaBa04, DNA-binding protein  30.3 
 
 		 113 aa  48.9  0.00003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00527482  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0432  prophage LambdaBa04, DNA-binding protein  30.3 
 
 		 113 aa  48.9  0.00003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000371645  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2567  XRE family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 106 aa  48.5  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.59456  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1889  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 		 198 aa  48.5  0.00003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.717984  normal  0.734051 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3095  XRE family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 152 aa  48.9  0.00003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3288  transcriptional regulator, XRE family  35.59 
 
 		 135 aa  48.5  0.00003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4414  immunity repressor protein  40.68 
 
 		 139 aa  48.5  0.00003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2142  helix-turn-helix domain protein  40.32 
 
 		 96 aa  48.5  0.00003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6201  XRE family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 1350 aa  48.1  0.00004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.692672  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1184  transcriptional regulator, XRE family  44.26 
 
 		 73 aa  48.1  0.00004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.410956  normal  0.167059 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0801  XRE family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 111 aa  48.1  0.00004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000260527  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0540  helix-turn-helix domain-containing protein  36.49 
 
 		 90 aa  48.1  0.00004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.229999 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5702  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 124 aa  47.8  0.00005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0155  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 115 aa  47.8  0.00005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0890  XRE family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 77 aa  47.4  0.00006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0389  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 178 aa  47  0.00008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.762812  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3248  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 110 aa  47  0.00008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0888  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 67 aa  47  0.00008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1378  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  40 
 
 		 481 aa  47  0.00009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.84072  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4720  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 327 aa  46.6  0.0001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3316  transcriptional regulator, XRE family  40.35 
 
 		 60 aa  46.6  0.0001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000216063  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2256  transcriptional regulator, XRE family  34.29 
 
 		 117 aa  47  0.0001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2878  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 		 322 aa  46.2  0.0001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00252317  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2992  transcriptional regulator, XRE family  36.76 
 
 		 188 aa  46.6  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.537679  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0025  putative DNA-binding protein  37.5 
 
 		 81 aa  46.6  0.0001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0532078  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2429  transcriptional regulator, XRE family  34.25 
 
 		 127 aa  45.8  0.0002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00159098 
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0009  HTH-type transcriptional regulator SinR  33.9 
 
 		 60 aa  45.8  0.0002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0252  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 90 aa  45.8  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0941  transcriptional regulator, XRE family  37.33 
 
 		 141 aa  46.2  0.0002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.551097  normal  0.0671843 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1576  transcriptional regulator, XRE family  31.43 
 
 		 75 aa  45.4  0.0002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0642  XRE family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 161 aa  45.8  0.0002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.112362  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2259  transcriptional regulator, XRE family  39.66 
 
 		 255 aa  45.8  0.0002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00208232 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0059  XRE family transcriptional regulator  44 
 
 		 61 aa  45.8  0.0002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7309  protein of unknown function DUF955  39.51 
 
 		 283 aa  45.8  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  unclonable  0.00000000844609  hitchhiker  0.000028574 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0635  XRE family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 161 aa  45.8  0.0002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.453741  normal  0.0430623 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0891  XRE family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 106 aa  45.8  0.0002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>