More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_2804 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_2804  3-isopropylmalate dehydrogenase  100 
 
 		 359 aa  729    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.84525  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6279  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.82 
 
 		 363 aa  402  1e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.00000172683  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3393  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.43 
 
 		 357 aa  361  1e-98  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0353  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  40.11 
 
 		 330 aa  260  3e-68  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0234047  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1558  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  40.52 
 
 		 330 aa  259  3e-68  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.262348 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1068  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  39.66 
 
 		 330 aa  252  8.000000000000001e-66  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1693  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  40.06 
 
 		 331 aa  249  7e-65  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2252  3-isopropylmalate dehydrogenase  44.05 
 
 		 357 aa  244  1.9999999999999999e-63  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1337  3-isopropylmalate dehydrogenase  42.11 
 
 		 334 aa  243  3e-63  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0443699  normal  0.850661 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14420  isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase  42.03 
 
 		 356 aa  242  7e-63  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.404223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0288  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.67 
 
 		 356 aa  240  2.9999999999999997e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2738  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.06 
 
 		 335 aa  237  2e-61  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1416  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  39.38 
 
 		 330 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0040  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  40.78 
 
 		 337 aa  233  3e-60  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.101406  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1069  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  35.8 
 
 		 337 aa  233  5e-60  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1260  3-isopropylmalate dehydrogenase  37.77 
 
 		 357 aa  233  6e-60  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000366056  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0648  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.72 
 
 		 358 aa  231  1e-59  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0597503  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0855  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenases  40.34 
 
 		 323 aa  231  2e-59  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4289  3-isopropylmalate dehydrogenase  43.57 
 
 		 346 aa  229  5e-59  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1601  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.18 
 
 		 352 aa  229  8e-59  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0498293 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1057  3-isopropylmalate dehydrogenase  40.56 
 
 		 362 aa  228  1e-58  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.101264  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2592  3-isopropylmalate dehydrogenase  39.36 
 
 		 371 aa  227  2e-58  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.229971  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2226  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.28 
 
 		 359 aa  227  2e-58  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1279  3-isopropylmalate dehydrogenase  39.56 
 
 		 364 aa  228  2e-58  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1846  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.41 
 
 		 350 aa  228  2e-58  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2140  3-isopropylmalate dehydrogenase  39.72 
 
 		 358 aa  227  2e-58  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0593  3-isopropylmalate dehydrogenase  39.57 
 
 		 363 aa  228  2e-58  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0860  3-isopropylmalate dehydrogenase  39.56 
 
 		 371 aa  227  2e-58  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI00890  tartrate dehydrogenase, putative  39.78 
 
 		 359 aa  227  3e-58  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3471  3-isopropylmalate dehydrogenase  42.31 
 
 		 360 aa  226  4e-58  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.023683 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3119  tartrate dehydrogenase  39.39 
 
 		 361 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.560856 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2095  3-isopropylmalate dehydrogenase  35.85 
 
 		 348 aa  225  8e-58  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1585  tartrate dehydrogenase  37.4 
 
 		 358 aa  225  8e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2132  3-isopropylmalate dehydrogenase  35.85 
 
 		 348 aa  225  8e-58  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1031  Tartrate decarboxylase  38.55 
 
 		 370 aa  224  1e-57  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.507094 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2567  tartrate dehydrogenase  37.7 
 
 		 356 aa  224  1e-57  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.25872  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1458  3-isopropylmalate dehydrogenase  40.51 
 
 		 333 aa  224  1e-57  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.568664  normal  0.0894322 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5152  tartrate dehydrogenase  39.39 
 
 		 361 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5707  tartrate dehydrogenase  39.39 
 
 		 361 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0365882 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0828  tartrate dehydrogenase  39.72 
 
 		 352 aa  224  2e-57  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.369715  normal  0.0383388 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4976  tartrate dehydrogenase  39.12 
 
 		 361 aa  224  2e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.260447 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3796  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.29 
 
 		 363 aa  224  2e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3600  3-isopropylmalate dehydrogenase  39.83 
 
 		 332 aa  224  2e-57  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.177438 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4532  tartrate dehydrogenase  39.39 
 
 		 361 aa  224  2e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.946498 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0651  3-isopropylmalate dehydrogenase  40.85 
 
 		 326 aa  224  2e-57  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.443768  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6571  tartrate dehydrogenase  39.07 
 
 		 359 aa  223  4e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4439  3-isopropylmalate dehydrogenase  39.84 
 
 		 357 aa  223  4e-57  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10890  3-isopropylmalate dehydrogenase  37.88 
 
 		 358 aa  223  4e-57  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1172  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  37.92 
 
 		 335 aa  222  6e-57  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.651985 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2066  3-isopropylmalate dehydrogenase  39.22 
 
 		 363 aa  223  6e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0615  3-isopropylmalate dehydrogenase  43.53 
 
 		 354 aa  222  8e-57  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1193  3-isopropylmalate dehydrogenase  39.24 
 
 		 363 aa  221  9.999999999999999e-57  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1775  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  37.33 
 
 		 339 aa  221  9.999999999999999e-57  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3616  3-isopropylmalate dehydrogenase  40.95 
 
 		 360 aa  221  9.999999999999999e-57  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.79276  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0631  3-isopropylmalate dehydrogenase  40.23 
 
 		 363 aa  221  9.999999999999999e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.305099  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1563  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.81 
 
 		 357 aa  221  9.999999999999999e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.27267  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2063  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.5 
 
 		 360 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02610  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.04 
 
 		 357 aa  221  1.9999999999999999e-56  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4031  3-isopropylmalate dehydrogenase  40.83 
 
 		 351 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3173  tartrate dehydrogenase  39.12 
 
 		 361 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2162  3-isopropylmalate dehydrogenase  40.33 
 
 		 363 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.173538 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1486  tartrate dehydrogenase  38.63 
 
 		 360 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.197806  hitchhiker  0.00128881 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1183  tartrate dehydrogenase  39.44 
 
 		 349 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.272593  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00816  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.66 
 
 		 363 aa  221  1.9999999999999999e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0850  3-isopropylmalate dehydrogenase  37.13 
 
 		 352 aa  221  1.9999999999999999e-56  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.898844  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001657  3-isopropylmalate dehydrogenase  37.95 
 
 		 363 aa  221  1.9999999999999999e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3610  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.44 
 
 		 361 aa  220  3e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.358353 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1320  3-isopropylmalate dehydrogenase  39.04 
 
 		 343 aa  220  3e-56  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5317  tartrate dehydrogenase  39.39 
 
 		 361 aa  220  3.9999999999999997e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6098  tartrate dehydrogenase  38.23 
 
 		 360 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.609209  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0364  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.66 
 
 		 354 aa  219  3.9999999999999997e-56  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0381  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.66 
 
 		 354 aa  219  3.9999999999999997e-56  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2611  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.25 
 
 		 360 aa  219  6e-56  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0404939  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2855  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.52 
 
 		 339 aa  219  6e-56  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0739  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.16 
 
 		 362 aa  219  7e-56  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.379297  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5238  3-isopropylmalate dehydrogenase  40 
 
 		 356 aa  219  7e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.37874 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0688  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  37.36 
 
 		 339 aa  218  8.999999999999998e-56  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.705253  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2015  3-isopropylmalate dehydrogenase  39.67 
 
 		 360 aa  218  1e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.021307  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6339  3-isopropylmalate dehydrogenase  39.22 
 
 		 400 aa  218  1e-55  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23790  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.86 
 
 		 360 aa  218  1e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0915643 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3540  isocitrate dehydrogenase  37.92 
 
 		 335 aa  217  2e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30170  tartrate dehydrogenase  36.59 
 
 		 363 aa  217  2e-55  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1901  3-isopropylmalate dehydrogenase  35.93 
 
 		 352 aa  218  2e-55  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0335  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.06 
 
 		 364 aa  218  2e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2572  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.25 
 
 		 360 aa  217  2e-55  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3587  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.57 
 
 		 364 aa  218  2e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2617  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.25 
 
 		 360 aa  217  2e-55  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.89884 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3041  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.81 
 
 		 356 aa  218  2e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1454  3-isopropylmalate dehydrogenase  40.78 
 
 		 354 aa  218  2e-55  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0128  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  38.08 
 
 		 339 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.0813409 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4235  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.28 
 
 		 364 aa  217  2.9999999999999998e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3318  isocitrate dehydrogenase  37.85 
 
 		 335 aa  217  2.9999999999999998e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.314377 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0744  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.76 
 
 		 363 aa  217  2.9999999999999998e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3890  3-isopropylmalate dehydrogenase  40.5 
 
 		 354 aa  217  2.9999999999999998e-55  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2760  isocitrate dehydrogenase  37.85 
 
 		 335 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000146661  normal  0.225413 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2720  isocitrate dehydrogenase  38.14 
 
 		 336 aa  217  2.9999999999999998e-55  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000273137  normal  0.0347586 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2791  isocitrate dehydrogenase  38.14 
 
 		 336 aa  217  2.9999999999999998e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000299358  normal  0.0670544 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3819  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.06 
 
 		 364 aa  217  2.9999999999999998e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0972  3-isopropylmalate dehydrogenase  39.08 
 
 		 362 aa  216  2.9999999999999998e-55  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5899  tartrate dehydrogenase  35.5 
 
 		 358 aa  216  4e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>