More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_8163 on replicon NC_011982
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011982  Avi_8163  transcriptional regulator IclR family  100 
 
 		 249 aa  509  1e-143  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0684047  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2470  regulatory protein IclR  56.79 
 
 		 251 aa  300  2e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2369  IclR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 280 aa  93.2  3e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6631  IclR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 281 aa  92.8  4e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000095727  normal  0.978308 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4432  transcriptional regulator, IclR family  28.86 
 
 		 292 aa  87  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.560872  normal  0.259471 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0751  IclR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 292 aa  87  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.388214  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5057  IclR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 292 aa  87  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.864293  normal  0.0584294 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3080  transcriptional regulator, IclR family  32.52 
 
 		 281 aa  87  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2525  transcriptional regulator, IclR family  30.05 
 
 		 279 aa  85.5  7e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.614525  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4726  IclR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 300 aa  85.1  9e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3637  IclR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 300 aa  85.1  9e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0792944  normal  0.338947 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0309  transcriptional regulator, IclR family  29.25 
 
 		 286 aa  85.1  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3542  IclR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 295 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3204  IclR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 275 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5378  IclR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 295 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.60703 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4440  regulatory protein IclR  26.92 
 
 		 276 aa  82.4  0.000000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3948  IclR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 288 aa  82  0.000000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.026727  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4127  IclR family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 273 aa  82  0.000000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0121119  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2336  regulatory proteins, IclR  28.57 
 
 		 279 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.477637  normal  0.60997 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6503  IclR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 272 aa  79.7  0.00000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0890  IclR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 304 aa  79.3  0.00000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3646  regulatory proteins, IclR  27.31 
 
 		 290 aa  79.3  0.00000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.146273 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8145  transcriptional regulator IclR family  27.84 
 
 		 271 aa  77  0.0000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.122254  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1440  regulatory protein IclR  28.78 
 
 		 282 aa  75.9  0.0000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.21696  hitchhiker  0.00000381695 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8178  Transcriptional regulator  25 
 
 		 255 aa  74.7  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0340255  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0492  IclR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 302 aa  73.9  0.000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1418  regulatory protein, IclR  29.52 
 
 		 254 aa  73.2  0.000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000240863  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0043  IclR family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 257 aa  72.8  0.000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0840  IclR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 271 aa  72.8  0.000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0889831 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4095  IclR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 269 aa  72.4  0.000000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.129203  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3286  IclR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 251 aa  70.1  0.00000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3613  IclR family transcriptional regulator  23.01 
 
 		 277 aa  69.7  0.00000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.446688  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0741  IclR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 255 aa  69.7  0.00000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000156602  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6634  IclR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 283 aa  68.6  0.00000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0992864  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3971  IclR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 301 aa  68.2  0.0000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.306814 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2404  regulatory proteins, IclR  26.03 
 
 		 275 aa  68.2  0.0000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.187611  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4612  IclR family transcriptional regulator family  30.24 
 
 		 285 aa  68.2  0.0000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5934  regulatory protein, IclR  24.76 
 
 		 266 aa  67.8  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3321  transcriptional regulator, IclR family  28.57 
 
 		 289 aa  67.8  0.0000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0186986  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1795  IclR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 271 aa  67.4  0.0000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0248874  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4416  transcriptional regulator, IclR family  21.99 
 
 		 251 aa  67  0.0000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2387  transcriptional regulator, IclR family  22.12 
 
 		 257 aa  66.2  0.0000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0157724  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2324  regulatory protein IclR  26.34 
 
 		 250 aa  65.9  0.0000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000642248  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4894  regulatory proteins, IclR  26.24 
 
 		 253 aa  65.9  0.0000000006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2715  IclR family transcriptional regulator  24.4 
 
 		 249 aa  65.5  0.0000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000000240532  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1602  IclR family transcriptional regulator  26 
 
 		 270 aa  65.1  0.0000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6466  transcriptional regulator, IclR family  30.89 
 
 		 266 aa  65.1  0.0000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.185933  normal  0.684135 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2734  IclR family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 249 aa  65.1  0.000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  7.16584e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6282  regulatory protein, IclR  23.85 
 
 		 255 aa  64.7  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.302936  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2997  transcriptional regulator, IclR family  26.83 
 
 		 249 aa  64.7  0.000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000293237  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2064  IclR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 259 aa  65.1  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.740052 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0650  transcriptional regulator, IclR family  26.88 
 
 		 263 aa  65.1  0.000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2270  transcriptional regulator, IclR family  26.87 
 
 		 269 aa  65.1  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.704911 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23190  putative transcriptional regulator  27.23 
 
 		 242 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00144138 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3031  transcriptional regulator, IclR family  23.92 
 
 		 249 aa  64.3  0.000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000276549  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3033  IclR family transcriptional regulator  24.4 
 
 		 249 aa  63.5  0.000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.000000000487376  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5545  regulatory protein, IclR  23.08 
 
 		 251 aa  63.5  0.000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2785  IclR family transcriptional regulator  25.12 
 
 		 249 aa  63.2  0.000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000253598  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1018  transcriptional regulator, IclR family  25.62 
 
 		 257 aa  63.2  0.000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.142974  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2997  IclR family transcriptional regulator  25.12 
 
 		 249 aa  63.2  0.000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.00000000000512601  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2248  transcriptional regulator, IclR family  25.48 
 
 		 249 aa  62.8  0.000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000546627  hitchhiker  0.000278056 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2995  transcriptional regulator, IclR family  25.12 
 
 		 249 aa  62.8  0.000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.71341e-17 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6599  putative transcriptional regulator, IclR family  27.75 
 
 		 273 aa  62.4  0.000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0547312  normal  0.643607 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0451  transcriptional regulator, IclR family  26.8 
 
 		 252 aa  62.4  0.000000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3604  IclR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 253 aa  62  0.000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.83328  normal  0.323087 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1911  transcriptional regulator, IclR family  23.93 
 
 		 256 aa  61.6  0.00000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0533  transcriptional regulator, IclR family  34.88 
 
 		 247 aa  61.2  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1955  putative transcriptional regulator  26.34 
 
 		 242 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.539187  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1072  IclR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 256 aa  61.2  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0478344  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6293  IclR family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 261 aa  60.1  0.00000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4531  IclR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 283 aa  59.7  0.00000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.924227  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1041  IclR family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 258 aa  59.3  0.00000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0399426 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0134  IclR family transcriptional regulator  26 
 
 		 268 aa  59.3  0.00000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.272177  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1087  transcriptional regulator, IclR family  23.98 
 
 		 258 aa  58.9  0.00000006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2354  IclR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 258 aa  58.9  0.00000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.185931  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0605  regulatory proteins, IclR  26.11 
 
 		 243 aa  58.9  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5598  Transcriptional regulator  28.38 
 
 		 246 aa  58.5  0.00000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0201808  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6076  transcriptional regulator, IclR family  29.33 
 
 		 286 aa  58.2  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2210  transcriptional regulator, IclR family  31.01 
 
 		 273 aa  57.8  0.0000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.871599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0022  transcriptional regulator, IclR family  27.72 
 
 		 267 aa  57.4  0.0000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3889  IclR family transcriptional regulator  25.47 
 
 		 272 aa  57.4  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0416  regulatory proteins, IclR  22.61 
 
 		 246 aa  57.4  0.0000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000505949  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0004  regulatory proteins, IclR  27.72 
 
 		 267 aa  57  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.915259 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2133  IclR family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 258 aa  57  0.0000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1825  transcriptional regulator, IclR family  26.04 
 
 		 266 aa  57  0.0000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.191409  normal  0.0157827 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2216  regulatory proteins, IclR  27.05 
 
 		 250 aa  57  0.0000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.108456  normal  0.474426 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0378  IclR family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 263 aa  56.6  0.0000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.105767  normal  0.274067 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2078  transcriptional regulator, IclR family  28.5 
 
 		 270 aa  56.2  0.0000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.341471 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1930  IclR family transcriptional regulator  22.55 
 
 		 261 aa  56.6  0.0000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2805  regulatory protein IclR  30.73 
 
 		 302 aa  56.2  0.0000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.841401 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1161  transcriptional regulator, IclR family  24.88 
 
 		 267 aa  55.5  0.0000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0013559 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0364  IclR family transcriptional regulator  25.76 
 
 		 265 aa  55.1  0.0000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1684  transcriptional regulator, IclR family  29.65 
 
 		 283 aa  55.1  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0925752  normal  0.417933 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3670  IclR family transcriptional regulator  24.88 
 
 		 267 aa  55.1  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.461825  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4413  transcriptional regulator, IclR family  23.08 
 
 		 251 aa  54.7  0.000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0465  IclR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 268 aa  55.1  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0093222  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3979  transcriptional regulator, IclR family  21.56 
 
 		 274 aa  54.7  0.000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03850  hypothetical protein  21.56 
 
 		 274 aa  54.7  0.000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5488  transcriptional repressor IclR  21.56 
 
 		 274 aa  54.7  0.000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.901357  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2702  transcriptional regulator, IclR family  25.23 
 
 		 254 aa  54.3  0.000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>