More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3604 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3604  IclR family transcriptional regulator  100 
 
 		 253 aa  511  1e-144  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.83328  normal  0.323087 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1344  IclR family transcriptional regulator  45.2 
 
 		 262 aa  224  1e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.491684  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1930  IclR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 261 aa  143  3e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5473  regulatory protein IclR  34.58 
 
 		 277 aa  142  4e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1546  IclR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 260 aa  139  6e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00070993  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6477  regulatory protein, IclR  34.15 
 
 		 351 aa  138  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2369  regulatory proteins, IclR  33.74 
 
 		 287 aa  138  1e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0378  IclR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 263 aa  137  1e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.105767  normal  0.274067 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2370  IclR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 268 aa  137  2e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4028  IclR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 263 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4338  IclR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 263 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_6015  IclR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 263 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.881109  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3645  IclR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 265 aa  130  3e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2822  IclR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 264 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7060  IclR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 280 aa  125  6e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.579294  normal  0.280018 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0318  regulatory proteins, IclR  31.45 
 
 		 287 aa  125  8.000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000583044  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3411  transcription regulator protein  30.4 
 
 		 262 aa  125  9e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.531114 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1499  IclR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 274 aa  123  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.985089  normal  0.504331 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2174  IclR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 274 aa  122  5e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.598148  normal  0.303207 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4718  IclR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 275 aa  122  5e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4901  IclR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 275 aa  122  7e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.182359  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_2997  IclR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 275 aa  122  7e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5369  IclR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 275 aa  122  7e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.154296  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2127  IclR family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 285 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5933  transcriptional regulator, IclR family  31.98 
 
 		 274 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.196761  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5247  IclR family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 262 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2760  IclR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 261 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3360  IclR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 261 aa  119  3e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.233757  normal  0.0607813 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0262  IclR family transcriptional regulator  30 
 
 		 275 aa  118  7.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5569  IclR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 319 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.197648  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2514  IclR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 277 aa  118  9.999999999999999e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1491  IclR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 285 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0382  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  29.48 
 
 		 261 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0480  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  29.48 
 
 		 261 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1811  IclR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 285 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2746  transcriptional regulator, IclR family  28.8 
 
 		 274 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.881679  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2114  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  29.48 
 
 		 261 aa  117  3e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.247685  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0622  transcriptional regulator, IclR family  32.73 
 
 		 268 aa  117  3e-25  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.440212  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0797  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  29.48 
 
 		 261 aa  117  3e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3551  IclR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 267 aa  116  3.9999999999999997e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.780381  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4436  transcriptional regulator, IclR family  30.36 
 
 		 261 aa  116  3.9999999999999997e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2874  transcriptional regulator, IclR family  31.85 
 
 		 267 aa  115  5e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5574  IclR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 274 aa  115  6e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.154654  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2321  transcriptional regulator, IclR family  33.18 
 
 		 263 aa  114  1.0000000000000001e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.383235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3036  IclR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 277 aa  114  1.0000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3768  IclR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 274 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6262  IclR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 260 aa  113  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0864  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  29.55 
 
 		 278 aa  110  1.0000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3639  IclR family transcriptional regulator family  28.51 
 
 		 303 aa  111  1.0000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4014  regulatory proteins, IclR  32.1 
 
 		 280 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.604486  hitchhiker  0.00571873 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1265  IclR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 280 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6121  transcriptional regulator IclR family  30.54 
 
 		 268 aa  108  6e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.299972  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38230  Transcriptional regulator PcaR  32.92 
 
 		 279 aa  108  6e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4310  Pca regulon regulatory protein PcaR  31.69 
 
 		 280 aa  108  1e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2690  transcriptional regulator, IclR family  30.33 
 
 		 267 aa  108  1e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00000551158  normal  0.164594 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0639  transcriptional regulator PcaR, putative  31.95 
 
 		 256 aa  107  2e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3947  IclR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 267 aa  107  2e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.251831 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2460  transcriptional regulator, IclR family  31.39 
 
 		 263 aa  107  2e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3045  transcriptional regulator IclR  29.92 
 
 		 266 aa  107  2e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.761462 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0601  putative transcriptional regulator PcaR  31.95 
 
 		 256 aa  105  6e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2067  transcriptional regulator, IclR family  30.94 
 
 		 278 aa  105  6e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0210028  normal  0.438523 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1375  pca regulon regulatory protein  31.51 
 
 		 291 aa  103  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.162445 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4348  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  31.51 
 
 		 291 aa  103  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.974938  normal  0.0336257 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1015  IclR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 291 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.608912  hitchhiker  0.00000271522 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3644  regulatory protein, IclR  29.37 
 
 		 260 aa  103  4e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000806492  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5886  transcriptional regulator, IclR family  29.63 
 
 		 252 aa  103  4e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2287  transcriptional regulator, IclR family  31.2 
 
 		 267 aa  102  5e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.481002  normal  0.385963 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4439  IclR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 291 aa  102  5e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00103527 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5311  regulatory protein, IclR  29.96 
 
 		 282 aa  102  6e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0656  transcriptional regulator, IclR family  28.57 
 
 		 260 aa  102  6e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000253097  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5560  IclR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 294 aa  101  9e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.15712  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6800  transcriptional regulator, IclR family  29.22 
 
 		 252 aa  101  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3590  IclR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 267 aa  101  1e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0297  IclR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 263 aa  101  1e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2531  transcriptional regulator, IclR family  30.13 
 
 		 259 aa  101  1e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1228  IclR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 267 aa  100  2e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00154779  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0669  transcriptional regulator, IclR family  28.17 
 
 		 260 aa  100  2e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.4595400000000001e-34 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5080  transcriptional regulator, IclR family  30.93 
 
 		 249 aa  100  3e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2255  transcription regulator protein  30.04 
 
 		 275 aa  100  3e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.651554  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3102  transcriptional regulator, IclR family  28.81 
 
 		 260 aa  99.8  3e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0906  regulatory proteins, IclR  31.12 
 
 		 254 aa  98.6  8e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4271  IclR family transcriptional regulator family  30.04 
 
 		 284 aa  98.6  9e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3721  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  30.54 
 
 		 251 aa  98.2  1e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5019  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  29.63 
 
 		 252 aa  98.2  1e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.563485  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3333  transcriptional regulator, IclR family  27.19 
 
 		 252 aa  97.4  2e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.950577  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2833  IclR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 260 aa  96.3  5e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000013624  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2308  transcriptional regulator, IclR family  28.89 
 
 		 255 aa  95.9  6e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0876  IclR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 295 aa  95.1  9e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2609  IclR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 256 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.748867  normal  0.0160268 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3330  transcriptional regulator, IclR family  28.81 
 
 		 264 aa  95.1  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1123  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  27.98 
 
 		 258 aa  94.7  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4339  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  30.65 
 
 		 260 aa  94  2e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.221875 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8459  transcriptional regulator, IclR family  29.03 
 
 		 266 aa  94.4  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3027  IclR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 260 aa  94  2e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000289902  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3116  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  31.58 
 
 		 256 aa  94  2e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0233  transcriptional regulator PcaR  30.61 
 
 		 281 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2838  IclR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 601 aa  93.2  4e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.469664  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0759  IclR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 261 aa  92.8  5e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.46118e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2199  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  31.65 
 
 		 273 aa  92.8  5e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.745324  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0375  IclR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 254 aa  92.4  7e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.665673 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>