More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_4348 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1375  pca regulon regulatory protein  100 
 
 		 291 aa  592  1e-168  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.162445 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4348  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  100 
 
 		 291 aa  592  1e-168  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.974938  normal  0.0336257 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4439  IclR family transcriptional regulator  98.97 
 
 		 291 aa  586  1e-166  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00103527 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1015  IclR family transcriptional regulator  93.13 
 
 		 291 aa  556  1e-157  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.608912  hitchhiker  0.00000271522 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1265  IclR family transcriptional regulator  85.09 
 
 		 280 aa  484  1e-136  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4014  regulatory proteins, IclR  85.77 
 
 		 280 aa  481  1e-135  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.604486  hitchhiker  0.00571873 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4310  Pca regulon regulatory protein PcaR  85.04 
 
 		 280 aa  477  1e-134  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38230  Transcriptional regulator PcaR  78.99 
 
 		 279 aa  451  1.0000000000000001e-126  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01930  transcriptional regulator PcaR  77.49 
 
 		 279 aa  421  1e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.676687 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0233  transcriptional regulator PcaR  77.04 
 
 		 281 aa  415  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2514  IclR family transcriptional regulator  53.82 
 
 		 277 aa  262  6e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2690  transcriptional regulator, IclR family  52.26 
 
 		 267 aa  258  6e-68  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00000551158  normal  0.164594 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2760  IclR family transcriptional regulator  50.83 
 
 		 261 aa  247  2e-64  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3036  IclR family transcriptional regulator  51.24 
 
 		 277 aa  244  1.9999999999999999e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5311  regulatory protein, IclR  49.59 
 
 		 282 aa  240  2e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0639  transcriptional regulator PcaR, putative  50.2 
 
 		 256 aa  238  8e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2287  transcriptional regulator, IclR family  49.58 
 
 		 267 aa  234  1.0000000000000001e-60  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.481002  normal  0.385963 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0601  putative transcriptional regulator PcaR  49 
 
 		 256 aa  232  5e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5886  transcriptional regulator, IclR family  47.9 
 
 		 252 aa  230  2e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1123  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  46.88 
 
 		 258 aa  230  2e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4339  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  51.19 
 
 		 260 aa  230  2e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.221875 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6800  transcriptional regulator, IclR family  47.88 
 
 		 252 aa  227  1e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6121  transcriptional regulator IclR family  48.33 
 
 		 268 aa  228  1e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.299972  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5918  IclR family transcriptional regulator family  47.97 
 
 		 298 aa  225  7e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3721  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  48.57 
 
 		 251 aa  223  2e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7933  transcriptional regulator  50.45 
 
 		 267 aa  223  3e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.829715  normal  0.789852 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13060  transcriptional regulator, IclR family  48.29 
 
 		 264 aa  218  7e-56  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5080  transcriptional regulator, IclR family  52.25 
 
 		 249 aa  218  8.999999999999998e-56  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3360  IclR family transcriptional regulator  44.35 
 
 		 261 aa  217  2e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.233757  normal  0.0607813 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1228  IclR family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 267 aa  216  2.9999999999999998e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00154779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5247  IclR family transcriptional regulator  44.66 
 
 		 262 aa  216  4e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4718  IclR family transcriptional regulator  45.64 
 
 		 275 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4901  IclR family transcriptional regulator  45.64 
 
 		 275 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.182359  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_2997  IclR family transcriptional regulator  45.64 
 
 		 275 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5369  IclR family transcriptional regulator  45.64 
 
 		 275 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.154296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3846  transcriptional regulator, IclR family  48.67 
 
 		 269 aa  212  5.999999999999999e-54  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1491  IclR family transcriptional regulator  42.97 
 
 		 285 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1811  IclR family transcriptional regulator  42.97 
 
 		 285 aa  211  7.999999999999999e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0297  IclR family transcriptional regulator  42.97 
 
 		 263 aa  211  9e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5019  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  44.44 
 
 		 252 aa  211  9e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.563485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0797  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  43.87 
 
 		 261 aa  211  1e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5569  IclR family transcriptional regulator  42.68 
 
 		 319 aa  211  1e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.197648  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0864  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  42.75 
 
 		 278 aa  211  1e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2114  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  43.87 
 
 		 261 aa  211  1e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.247685  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0262  IclR family transcriptional regulator  45 
 
 		 275 aa  210  2e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0382  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  43.48 
 
 		 261 aa  209  3e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0480  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  43.48 
 
 		 261 aa  209  3e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2460  transcriptional regulator, IclR family  42.32 
 
 		 263 aa  208  7e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2127  IclR family transcriptional regulator  41.34 
 
 		 285 aa  208  8e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3639  IclR family transcriptional regulator family  39.42 
 
 		 303 aa  208  8e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3768  IclR family transcriptional regulator  41.6 
 
 		 274 aa  207  2e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2174  IclR family transcriptional regulator  44.05 
 
 		 274 aa  207  2e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.598148  normal  0.303207 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0876  IclR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 295 aa  206  3e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2067  transcriptional regulator, IclR family  41.49 
 
 		 278 aa  206  4e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0210028  normal  0.438523 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2321  transcriptional regulator, IclR family  47.53 
 
 		 263 aa  205  8e-52  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.383235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5933  transcriptional regulator, IclR family  41.61 
 
 		 274 aa  204  1e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.196761  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3590  IclR family transcriptional regulator  41.63 
 
 		 267 aa  203  3e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8459  transcriptional regulator, IclR family  43.78 
 
 		 266 aa  202  4e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3551  IclR family transcriptional regulator  43.2 
 
 		 267 aa  202  5e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.780381  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2874  transcriptional regulator, IclR family  43.2 
 
 		 267 aa  202  6e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02912  transcriptional regulator  51.83 
 
 		 223 aa  202  7e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4070  IclR family transcriptional regulator  49.54 
 
 		 274 aa  201  9.999999999999999e-51  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4436  transcriptional regulator, IclR family  41.15 
 
 		 261 aa  199  3e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2255  transcription regulator protein  40.25 
 
 		 275 aa  198  7.999999999999999e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.651554  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2838  IclR family transcriptional regulator  44.31 
 
 		 601 aa  197  1.0000000000000001e-49  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.469664  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0440  IclR family transcriptional regulator  44.3 
 
 		 267 aa  197  2.0000000000000003e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5560  IclR family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 294 aa  196  5.000000000000001e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.15712  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1174  transcriptional regulator, IclR family  40.25 
 
 		 263 aa  191  1e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2822  IclR family transcriptional regulator  42.08 
 
 		 264 aa  190  2e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0622  transcriptional regulator, IclR family  47.22 
 
 		 268 aa  188  1e-46  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.440212  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3947  IclR family transcriptional regulator  40.42 
 
 		 267 aa  187  2e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.251831 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3045  transcriptional regulator IclR  39.68 
 
 		 266 aa  186  4e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.761462 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4893  transcriptional regulator, IclR family  41.13 
 
 		 549 aa  185  6e-46  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5091  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  42.91 
 
 		 269 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2267  IclR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 288 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.681093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4271  IclR family transcriptional regulator family  41.34 
 
 		 284 aa  181  9.000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2753  IclR family transcriptional regulator  40.25 
 
 		 244 aa  176  5e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2199  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  42.31 
 
 		 273 aa  173  1.9999999999999998e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.745324  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3497  IclR family transcriptional regulator  37.05 
 
 		 265 aa  174  1.9999999999999998e-42  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2609  IclR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 256 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.748867  normal  0.0160268 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3216  IclR family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 256 aa  170  3e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2154  IclR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 256 aa  169  6e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.935715 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3116  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  37.24 
 
 		 256 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3996  IclR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 256 aa  160  2e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.285911 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0267  IclR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 250 aa  159  5e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000958449 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3330  transcriptional regulator, IclR family  36.02 
 
 		 264 aa  158  9e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5034  regulatory protein, IclR  37.29 
 
 		 255 aa  158  1e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1648  regulatory proteins, IclR  35.92 
 
 		 270 aa  158  1e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.140229  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0906  regulatory proteins, IclR  38.17 
 
 		 254 aa  158  1e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3689  transcriptional regulator, IclR family  36.82 
 
 		 250 aa  157  2e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000176782  hitchhiker  0.0000000000718636 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4232  IclR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 256 aa  156  3e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.190014  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0043  transcriptional regulator, IclR family  36.33 
 
 		 268 aa  156  3e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5965  IclR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 257 aa  156  4e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1629  IclR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 256 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0440077  normal  0.632247 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2383  transcriptional regulator, IclR family  36.18 
 
 		 256 aa  155  6e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.151168  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20200  transcriptional regulator, IclR family  36.4 
 
 		 255 aa  155  9e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3977  IclR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 257 aa  155  9e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0259403  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4390  IclR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 257 aa  155  9e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.754601 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2586  IclR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 325 aa  154  1e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.556667  normal  0.947412 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4359  IclR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 260 aa  154  1e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.274629  normal  0.552414 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>