More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3330 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3330  transcriptional regulator, IclR family  100 
 
 		 264 aa  530  1e-150  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4439  IclR family transcriptional regulator  81.82 
 
 		 256 aa  422  1e-117  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.325495  normal  0.819621 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1846  IclR family transcriptional regulator  80 
 
 		 263 aa  416  9.999999999999999e-116  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.762112  normal  0.100833 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1648  regulatory proteins, IclR  76.59 
 
 		 270 aa  406  1.0000000000000001e-112  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.140229  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0267  IclR family transcriptional regulator  53.2 
 
 		 250 aa  297  1e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000958449 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3689  transcriptional regulator, IclR family  53.2 
 
 		 250 aa  295  5e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000176782  hitchhiker  0.0000000000718636 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5034  regulatory protein, IclR  57.6 
 
 		 255 aa  290  2e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4232  IclR family transcriptional regulator  57.77 
 
 		 256 aa  290  2e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.190014  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4269  IclR family transcriptional regulator  57.37 
 
 		 256 aa  289  4e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0275811  normal  0.187391 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3802  IclR family transcriptional regulator  56.97 
 
 		 256 aa  287  2e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.729894 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4414  transcriptional regulator, IclR family  56.38 
 
 		 255 aa  285  4e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1629  IclR family transcriptional regulator  56.97 
 
 		 256 aa  285  4e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0440077  normal  0.632247 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4304  transcriptional regulator, IclR family  56.38 
 
 		 255 aa  285  4e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5965  IclR family transcriptional regulator  56.97 
 
 		 257 aa  285  5e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3977  IclR family transcriptional regulator  56.97 
 
 		 257 aa  285  5.999999999999999e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0259403  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4390  IclR family transcriptional regulator  56.97 
 
 		 257 aa  285  5.999999999999999e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.754601 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1220  IclR family transcriptional regulator  55.78 
 
 		 294 aa  285  8e-76  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1079  IclR family transcriptional regulator  55.38 
 
 		 256 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.160776  normal  0.539757 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3684  IclR family transcriptional regulator  49.2 
 
 		 254 aa  255  4e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1436  IclR family transcriptional regulator  48 
 
 		 281 aa  236  3e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.580243 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2690  transcriptional regulator, IclR family  42.97 
 
 		 267 aa  214  9.999999999999999e-55  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00000551158  normal  0.164594 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0440  IclR family transcriptional regulator  43.67 
 
 		 267 aa  201  9.999999999999999e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2383  transcriptional regulator, IclR family  40.94 
 
 		 256 aa  201  9.999999999999999e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.151168  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4359  IclR family transcriptional regulator  44.75 
 
 		 260 aa  199  5e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.274629  normal  0.552414 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2321  transcriptional regulator, IclR family  46.76 
 
 		 263 aa  198  6e-50  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.383235  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13060  transcriptional regulator, IclR family  42.62 
 
 		 264 aa  194  1e-48  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0639  transcriptional regulator PcaR, putative  40.65 
 
 		 256 aa  192  5e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0601  putative transcriptional regulator PcaR  40.24 
 
 		 256 aa  190  2e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1902  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  42.92 
 
 		 273 aa  189  5e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.924992  normal  0.294283 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2760  IclR family transcriptional regulator  42.68 
 
 		 261 aa  187  1e-46  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3721  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  39.43 
 
 		 251 aa  186  2e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5080  transcriptional regulator, IclR family  45.41 
 
 		 249 aa  186  3e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7933  transcriptional regulator  43.98 
 
 		 267 aa  186  4e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.829715  normal  0.789852 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2287  transcriptional regulator, IclR family  40.93 
 
 		 267 aa  182  7e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.481002  normal  0.385963 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5019  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  39.2 
 
 		 252 aa  181  7e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.563485  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2991  IclR family transcriptional regulator  41.63 
 
 		 280 aa  181  1e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.291358  normal  0.437986 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20200  transcriptional regulator, IclR family  38 
 
 		 255 aa  181  2e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6121  transcriptional regulator IclR family  39.02 
 
 		 268 aa  179  5.999999999999999e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.299972  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4271  IclR family transcriptional regulator family  38.33 
 
 		 284 aa  178  1e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5886  transcriptional regulator, IclR family  38.62 
 
 		 252 aa  176  4e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6800  transcriptional regulator, IclR family  37.8 
 
 		 252 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3216  IclR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 256 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1123  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  37.86 
 
 		 258 aa  173  2.9999999999999996e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0297  IclR family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 263 aa  172  5.999999999999999e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2609  IclR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 256 aa  171  7.999999999999999e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.748867  normal  0.0160268 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3116  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  35.06 
 
 		 256 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3497  IclR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 265 aa  167  2e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2154  IclR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 256 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.935715 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4901  IclR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 275 aa  166  4e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.182359  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_2997  IclR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 275 aa  166  4e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2874  transcriptional regulator, IclR family  37.16 
 
 		 267 aa  166  4e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5369  IclR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 275 aa  166  4e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.154296  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3551  IclR family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 267 aa  165  8e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.780381  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3590  IclR family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 267 aa  164  9e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3360  IclR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 261 aa  165  9e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.233757  normal  0.0607813 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5247  IclR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 262 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2514  IclR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 277 aa  164  1.0000000000000001e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2127  IclR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 285 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0262  IclR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 275 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5560  IclR family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 294 aa  163  3e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.15712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0480  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  34.29 
 
 		 261 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0382  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  34.29 
 
 		 261 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0622  transcriptional regulator, IclR family  39.81 
 
 		 268 aa  162  6e-39  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.440212  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0797  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  34.29 
 
 		 261 aa  162  6e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4718  IclR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 275 aa  162  6e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2114  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  34.29 
 
 		 261 aa  162  6e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.247685  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1491  IclR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 285 aa  162  7e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1811  IclR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 285 aa  162  7e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3768  IclR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 274 aa  160  1e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1174  transcriptional regulator, IclR family  35.77 
 
 		 263 aa  161  1e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3045  transcriptional regulator IclR  35.22 
 
 		 266 aa  160  2e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.761462 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5091  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  37.35 
 
 		 269 aa  160  2e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3036  IclR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 277 aa  160  3e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4436  transcriptional regulator, IclR family  34.77 
 
 		 261 aa  160  3e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2199  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  37.66 
 
 		 273 aa  159  3e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.745324  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5569  IclR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 319 aa  159  5e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.197648  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1375  pca regulon regulatory protein  36.02 
 
 		 291 aa  158  7e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.162445 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4348  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  36.02 
 
 		 291 aa  158  7e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.974938  normal  0.0336257 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4439  IclR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 291 aa  158  9e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00103527 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1015  IclR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 291 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.608912  hitchhiker  0.00000271522 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5933  transcriptional regulator, IclR family  33.85 
 
 		 274 aa  157  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.196761  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2174  IclR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 274 aa  158  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.598148  normal  0.303207 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3639  IclR family transcriptional regulator family  32.44 
 
 		 303 aa  157  2e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0906  regulatory proteins, IclR  37.4 
 
 		 254 aa  156  3e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0864  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  35.29 
 
 		 278 aa  155  4e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1228  IclR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 267 aa  155  7e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00154779  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38230  Transcriptional regulator PcaR  35.59 
 
 		 279 aa  155  7e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3947  IclR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 267 aa  155  7e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.251831 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0233  transcriptional regulator PcaR  36.21 
 
 		 281 aa  153  2e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4014  regulatory proteins, IclR  36.02 
 
 		 280 aa  154  2e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.604486  hitchhiker  0.00571873 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01930  transcriptional regulator PcaR  35.91 
 
 		 279 aa  153  2e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.676687 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1265  IclR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 280 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0876  IclR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 295 aa  152  5e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4310  Pca regulon regulatory protein PcaR  35.59 
 
 		 280 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3846  transcriptional regulator, IclR family  37.45 
 
 		 269 aa  152  7e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4070  IclR family transcriptional regulator  37.44 
 
 		 274 aa  150  2e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2838  IclR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 601 aa  149  4e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.469664  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2255  transcription regulator protein  32.68 
 
 		 275 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.651554  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2267  IclR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 288 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.681093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2753  IclR family transcriptional regulator  37.34 
 
 		 244 aa  143  3e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>