More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5473 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5473  regulatory protein IclR  100 
 
 		 277 aa  567  1e-161  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2369  regulatory proteins, IclR  57.2 
 
 		 287 aa  297  2e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7060  IclR family transcriptional regulator  40.29 
 
 		 280 aa  209  4e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.579294  normal  0.280018 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2370  IclR family transcriptional regulator  43.03 
 
 		 268 aa  198  7e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5574  IclR family transcriptional regulator  41.04 
 
 		 274 aa  191  1e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.154654  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2746  transcriptional regulator, IclR family  40.31 
 
 		 274 aa  187  1e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.881679  normal  1 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6477  regulatory protein, IclR  39.92 
 
 		 351 aa  186  3e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1499  IclR family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 274 aa  185  9e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.985089  normal  0.504331 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_6015  IclR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 263 aa  183  3e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.881109  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3411  transcription regulator protein  41.39 
 
 		 262 aa  183  3e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.531114 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4028  IclR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 263 aa  183  3e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4338  IclR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 263 aa  183  3e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0378  IclR family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 263 aa  176  4e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.105767  normal  0.274067 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6262  IclR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 260 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3645  IclR family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 265 aa  165  9e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2760  IclR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 261 aa  158  1e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1930  IclR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 261 aa  157  2e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2287  transcriptional regulator, IclR family  37.93 
 
 		 267 aa  153  4e-36  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.481002  normal  0.385963 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2321  transcriptional regulator, IclR family  36.68 
 
 		 263 aa  150  2e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.383235  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0622  transcriptional regulator, IclR family  37.87 
 
 		 268 aa  149  5e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.440212  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0262  IclR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 275 aa  149  6e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1546  IclR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 260 aa  149  6e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00070993  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4718  IclR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 275 aa  149  6e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3639  IclR family transcriptional regulator family  34.44 
 
 		 303 aa  147  1.0000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5247  IclR family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 262 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3360  IclR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 261 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.233757  normal  0.0607813 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4901  IclR family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 275 aa  145  5e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.182359  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_2997  IclR family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 275 aa  145  5e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5369  IclR family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 275 aa  145  5e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.154296  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2067  transcriptional regulator, IclR family  35.51 
 
 		 278 aa  145  6e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0210028  normal  0.438523 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0864  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  35.68 
 
 		 278 aa  145  6e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2822  IclR family transcriptional regulator  36.28 
 
 		 264 aa  145  9e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1344  IclR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 262 aa  144  1e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.491684  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2460  transcriptional regulator, IclR family  35.1 
 
 		 263 aa  144  1e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0318  regulatory proteins, IclR  32.61 
 
 		 287 aa  144  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000583044  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5933  transcriptional regulator, IclR family  33.21 
 
 		 274 aa  142  5e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.196761  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3604  IclR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 253 aa  142  5e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.83328  normal  0.323087 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2174  IclR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 274 aa  142  6e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.598148  normal  0.303207 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3846  transcriptional regulator, IclR family  37.89 
 
 		 269 aa  142  6e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2255  transcription regulator protein  35.18 
 
 		 275 aa  141  9e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.651554  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1491  IclR family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 285 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5569  IclR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 319 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.197648  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1811  IclR family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 285 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13060  transcriptional regulator, IclR family  37.66 
 
 		 264 aa  141  9.999999999999999e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0297  IclR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 263 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2114  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  35.59 
 
 		 261 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.247685  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0480  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  35.59 
 
 		 261 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0382  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  35.59 
 
 		 261 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0797  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  35.59 
 
 		 261 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3947  IclR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 267 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.251831 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4436  transcriptional regulator, IclR family  34.78 
 
 		 261 aa  140  3e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7933  transcriptional regulator  35.83 
 
 		 267 aa  139  4.999999999999999e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.829715  normal  0.789852 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3768  IclR family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 274 aa  138  7.999999999999999e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2127  IclR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 285 aa  138  1e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1228  IclR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 267 aa  137  3.0000000000000003e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00154779  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2199  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  39.74 
 
 		 273 aa  136  3.0000000000000003e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.745324  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2874  transcriptional regulator, IclR family  33.2 
 
 		 267 aa  136  4e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5560  IclR family transcriptional regulator  33.19 
 
 		 294 aa  135  7.000000000000001e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.15712  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3551  IclR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 267 aa  135  9e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.780381  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2690  transcriptional regulator, IclR family  32.23 
 
 		 267 aa  134  1.9999999999999998e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00000551158  normal  0.164594 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0639  transcriptional regulator PcaR, putative  33.18 
 
 		 256 aa  133  3e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5019  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  32.61 
 
 		 252 aa  132  5e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.563485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0601  putative transcriptional regulator PcaR  33.18 
 
 		 256 aa  132  6.999999999999999e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4070  IclR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 274 aa  132  6.999999999999999e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5080  transcriptional regulator, IclR family  35 
 
 		 249 aa  132  7.999999999999999e-30  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3590  IclR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 267 aa  130  2.0000000000000002e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1079  IclR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 256 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.160776  normal  0.539757 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5034  regulatory protein, IclR  31.93 
 
 		 255 aa  130  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4269  IclR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 256 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0275811  normal  0.187391 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5965  IclR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 257 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6121  transcriptional regulator IclR family  33.33 
 
 		 268 aa  129  5.0000000000000004e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.299972  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3977  IclR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 257 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0259403  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4390  IclR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 257 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.754601 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3045  transcriptional regulator IclR  31.56 
 
 		 266 aa  129  6e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.761462 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2838  IclR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 601 aa  129  7.000000000000001e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.469664  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1166  IclR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 271 aa  128  9.000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2514  IclR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 277 aa  127  1.0000000000000001e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1629  IclR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 256 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0440077  normal  0.632247 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3036  IclR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 277 aa  127  2.0000000000000002e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3802  IclR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 256 aa  126  3e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.729894 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1855  transcriptional regulator, IclR family  32.16 
 
 		 280 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4232  IclR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 256 aa  126  5e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.190014  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4893  transcriptional regulator, IclR family  33.06 
 
 		 549 aa  125  7e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3996  IclR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 256 aa  125  7e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.285911 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0514  IclR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 260 aa  124  1e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000101936  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5886  transcriptional regulator, IclR family  32.42 
 
 		 252 aa  125  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1015  IclR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 291 aa  123  3e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.608912  hitchhiker  0.00000271522 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0043  transcriptional regulator, IclR family  32.23 
 
 		 268 aa  123  3e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1220  IclR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 294 aa  123  4e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3721  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  30.96 
 
 		 251 aa  122  9e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38230  Transcriptional regulator PcaR  32.47 
 
 		 279 aa  121  1.9999999999999998e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4414  transcriptional regulator, IclR family  30.17 
 
 		 255 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4304  transcriptional regulator, IclR family  30.17 
 
 		 255 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3102  transcriptional regulator, IclR family  30.21 
 
 		 260 aa  119  3.9999999999999996e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1375  pca regulon regulatory protein  31.74 
 
 		 291 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.162445 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4348  beta-ketoadipate pathway transcription regulator  31.74 
 
 		 291 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.974938  normal  0.0336257 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1648  regulatory proteins, IclR  30.59 
 
 		 270 aa  119  6e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.140229  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0759  IclR family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 261 aa  119  6e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.46118e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4439  IclR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 291 aa  119  7e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00103527 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1174  transcriptional regulator, IclR family  34.78 
 
 		 263 aa  119  7e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>