More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5373 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5373  transcriptional regulator GntR family  100 
 
 		 216 aa  437  9.999999999999999e-123  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.693668  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0572  transcriptional regulator, GntR family  85.19 
 
 		 216 aa  377  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.666259  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0614  transcriptional regulator, GntR family  81.94 
 
 		 216 aa  364  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.22125  normal  0.431633 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5133  GntR family transcriptional regulator  67.59 
 
 		 224 aa  301  4.0000000000000003e-81  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.319425 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  60.2 
 
 		 239 aa  234  1.0000000000000001e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  57.28 
 
 		 226 aa  230  9e-60  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  57.56 
 
 		 240 aa  226  3e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1839  GntR family transcriptional regulator  55.83 
 
 		 220 aa  221  6e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00000090483  n/a   
 
 
 
NC_010511  M446_6029  GntR family transcriptional regulator  50.95 
 
 		 251 aa  209  2e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.357721 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4643  transcriptional regulator, GntR family  52.43 
 
 		 221 aa  203  2e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.215636  normal  0.668191 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1292  GntR family transcriptional regulator  51.94 
 
 		 221 aa  196  3e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.284438 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7256  transcriptional regulator, GntR family  52.86 
 
 		 218 aa  190  1e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0660662  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  47.52 
 
 		 223 aa  190  1e-47  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1385  GntR domain-containing protein  50.94 
 
 		 223 aa  191  1e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00179807 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1660  transcriptional regulator, GntR family  50.94 
 
 		 223 aa  191  1e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1381  transcriptional regulator, GntR family  51.89 
 
 		 223 aa  188  5e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.526175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2908  GntR family transcriptional regulator  53.14 
 
 		 217 aa  182  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3004  transcriptional regulator  49.01 
 
 		 218 aa  179  2e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.729807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3571  hypothetical protein  48.53 
 
 		 230 aa  176  2e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.792294 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1722  GntR family transcriptional regulator  44.88 
 
 		 218 aa  176  2e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.622001 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0165  GntR family transcriptional regulator  44.5 
 
 		 222 aa  152  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108309  decreased coverage  0.00499675 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0043  transcriptional regulator, GntR family  41.51 
 
 		 231 aa  146  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0169991 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6860  GntR family transcriptional regulator  43.37 
 
 		 242 aa  145  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0023  transcriptional regulator, GntR family  41.1 
 
 		 230 aa  144  8.000000000000001e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.697058  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0022  GntR domain-containing protein  41.1 
 
 		 228 aa  144  8.000000000000001e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0520  GntR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 225 aa  144  1e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.656964  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3148  transcriptional regulator, GntR family  42.86 
 
 		 222 aa  144  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3801  GntR-like  43.02 
 
 		 237 aa  141  8e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0723  GntR family transcriptional regulator  42.64 
 
 		 243 aa  141  8e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.214964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4283  GntR family transcriptional regulator  39.9 
 
 		 222 aa  139  1.9999999999999998e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0724479  normal  0.899409 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1652  transcriptional regulator, GntR family  39.79 
 
 		 248 aa  138  7e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13154  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3196  transcriptional regulator, GntR family  40.84 
 
 		 237 aa  136  2e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.594143 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5947  GntR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 218 aa  135  6.0000000000000005e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.386506  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4654  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 		 238 aa  134  7.000000000000001e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.456786  normal  0.661063 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2445  transcriptional regulator, GntR family  45.61 
 
 		 230 aa  134  8e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5660  transcriptional regulator GntR family  39.22 
 
 		 227 aa  133  1.9999999999999998e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.495941  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4056  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 		 244 aa  132  6e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.153402  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3667  transcriptional regulator  36.41 
 
 		 214 aa  127  1.0000000000000001e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.808717  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3298  GntR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 226 aa  126  3e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6458  transcriptional regulator, GntR family  41.04 
 
 		 216 aa  125  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.467399  normal  0.135131 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_6647  GntR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 227 aa  124  1e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00159077  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5213  GntR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 221 aa  122  5e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.380021  normal  0.310032 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2767  GntR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 231 aa  120  1.9999999999999998e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4082  transcriptional regulator, GntR family  35.64 
 
 		 223 aa  119  3.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.833771  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4473  transcriptional regulator, GntR family  39.88 
 
 		 224 aa  112  5e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.729614 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 219 aa  111  1.0000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000064922  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0644  GntR family transcriptional regulator  36.98 
 
 		 244 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.412108  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 233 aa  109  3e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1510  GntR family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 222 aa  108  5e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535687  normal  0.154359 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  33.16 
 
 		 226 aa  107  1e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3062  GntR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 228 aa  107  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0583263  normal  0.817477 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 223 aa  106  2e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  34.43 
 
 		 223 aa  105  4e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3723  GntR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 216 aa  105  6e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.504621 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  33.99 
 
 		 227 aa  105  7e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 225 aa  103  2e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1392  GntR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 224 aa  103  2e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0675425  normal  0.0999005 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4617  GntR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 239 aa  103  2e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2090  GntR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 222 aa  103  3e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.047228  normal  0.700914 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  37.24 
 
 		 239 aa  102  5e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 212 aa  102  5e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4801  GntR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 254 aa  102  6e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0205444  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2798  GntR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 233 aa  101  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.297778 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4792  GntR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 240 aa  100  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.815698  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0992  transcriptional regulator, GntR family  34.5 
 
 		 223 aa  100  2e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1076  GntR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 223 aa  100  2e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3484  GntR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 224 aa  100  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.294371  normal  0.809242 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 229 aa  99.8  3e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  33 
 
 		 230 aa  99.4  4e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1484  transcriptional regulator, GntR family  33.5 
 
 		 219 aa  99  5e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2755  GntR family transcriptional regulator  34 
 
 		 222 aa  97.4  1e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  33 
 
 		 248 aa  96.7  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 234 aa  97.1  2e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0933  transcriptional regulator, GntR family  32.77 
 
 		 212 aa  96.7  2e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5088  GntR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 260 aa  97.1  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.104666  normal  0.0604229 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  35.14 
 
 		 238 aa  97.1  2e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  33.5 
 
 		 228 aa  96.3  3e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1870  transcriptional regulator  32.69 
 
 		 237 aa  96.3  3e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.120377 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0081  transcriptional regulator, GntR family  36.81 
 
 		 231 aa  95.9  4e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 229 aa  95.5  6e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5631  GntR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 229 aa  95.1  7e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3984  transcriptional regulator, GntR family  35.68 
 
 		 216 aa  95.1  8e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0951  GntR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 235 aa  94.7  1e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1347  GntR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 234 aa  94  2e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.744622  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02398  hypothetical protein  32.31 
 
 		 239 aa  94  2e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1073  transcriptional regulator, GntR family  30.85 
 
 		 239 aa  94  2e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4175  transcriptional regulator, GntR family  35.68 
 
 		 216 aa  94  2e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.454993  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2906  GntR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 226 aa  92.8  3e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.359044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 235 aa  93.2  3e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 235 aa  92.8  4e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3053  GntR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 229 aa  92.4  4e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.784851  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0233  GntR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 219 aa  92.4  4e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3629  GntR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 246 aa  92.4  5e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2769  transcriptional regulator, GntR family  33.5 
 
 		 223 aa  91.7  7e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 231 aa  91.7  8e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4650  regulatory protein GntR HTH  34.45 
 
 		 230 aa  91.3  1e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.272173  normal  0.380465 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2915  GntR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 222 aa  90.9  1e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.18394 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  37.77 
 
 		 235 aa  91.3  1e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3752  GntR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 211 aa  90.9  1e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10635  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3199  GntR family transcriptional regulator  32.02 
 
 		 222 aa  90.1  2e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.405937  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>