More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_1611 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010070  Bmul_6269  DNA polymerase III, alpha subunit  41.94 
 
 		 1049 aa  669    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0338143  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2038  DNA polymerase III, alpha subunit  50.92 
 
 		 1173 aa  942    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.12539  normal  0.70219 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2345  DNA polymerase III, alpha subunit  37.8 
 
 		 1076 aa  643    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.818037  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2164  DNA polymerase III, alpha subunit, putative  41.6 
 
 		 1047 aa  650    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2944  DNA polymerase III subunit alpha  46.8 
 
 		 1105 aa  853    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  unclonable  0.000126736  decreased coverage  0.0000111947 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2732  DNA polymerase III, alpha subunit  42.7 
 
 		 1044 aa  654    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.421518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2531  DNA polymerase III, alpha subunit  38.45 
 
 		 1085 aa  652    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.465943 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1942  DNA polymerase III, alpha subunit  42.55 
 
 		 1027 aa  660    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0322539 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1187  DNA polymerase III, alpha subunit  46.89 
 
 		 1093 aa  884    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.0053605  normal  0.0613953 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0828  DNA polymerase III, alpha subunit  43.27 
 
 		 1023 aa  637    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3239  error-prone DNA polymerase  52.3 
 
 		 1124 aa  932    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.023295  normal  0.114564 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3583  DNA polymerase III subunit alpha  49.24 
 
 		 1073 aa  902    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0932  DNA polymerase III, alpha subunit  53.63 
 
 		 1093 aa  977    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.966242  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2599  DNA polymerase III, alpha subunit  39.57 
 
 		 1040 aa  651    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1325  DNA polymerase III, alpha subunit  40.55 
 
 		 1026 aa  676    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0619  DNA polymerase III, alpha subunit  39.94 
 
 		 1033 aa  652    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.130808 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3155  error-prone DNA polymerase  53.53 
 
 		 1092 aa  949    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00446252  hitchhiker  0.000661117 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1227  DNA polymerase III, alpha subunit  41 
 
 		 1084 aa  636    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3292  DNA polymerase III, alpha subunit  38.82 
 
 		 1082 aa  639    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0677218  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0202  DNA polymerase III, alpha subunit  39.6 
 
 		 1043 aa  644    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0663239 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1210  error-prone DNA polymerase  54.52 
 
 		 1099 aa  1008    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0855057 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1611  DNA polymerase III, alpha subunit  100 
 
 		 1053 aa  2066    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4893  error-prone DNA polymerase  54.96 
 
 		 1087 aa  1016    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0740584 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13406  error-prone DNA polymerase  55.12 
 
 		 1079 aa  977    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0998493  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4047  DNA polymerase III, alpha subunit  43.04 
 
 		 1070 aa  715    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1752  DNA polymerase III, alpha subunit  52.77 
 
 		 1090 aa  958    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.947156  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5240  DNA polymerase III, alpha subunit  48.63 
 
 		 1127 aa  869    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0104039  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1183  error-prone DNA polymerase  54.61 
 
 		 1099 aa  1008    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3380  DNA polymerase III, alpha subunit  37.75 
 
 		 1055 aa  637    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.176631 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21270  DNA polymerase III, alpha subunit  49.59 
 
 		 1117 aa  935    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0292605  normal  0.169671 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1970  DNA polymerase III, alpha subunit  40.09 
 
 		 1049 aa  652    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1175  DNA polymerase III, alpha subunit  42 
 
 		 1025 aa  650    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.286001  normal  0.0989959 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2380  error-prone DNA polymerase  40.11 
 
 		 1036 aa  637    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.106216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55610  error-prone DNA polymerase  41.27 
 
 		 1031 aa  648    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0362545 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15740  DNA polymerase III, alpha subunit  49.46 
 
 		 1141 aa  896    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.129252  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2287  DNA polymerase III, alpha subunit  48.91 
 
 		 1194 aa  928    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.361309  normal  0.995988 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6871  DNA polymerase III, alpha subunit  41.24 
 
 		 1049 aa  647    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0451671  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0995  error-prone DNA polymerase  53.83 
 
 		 1090 aa  979    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1897  error-prone DNA polymerase  47.5 
 
 		 1145 aa  871    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.211762  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1200  error-prone DNA polymerase  54.61 
 
 		 1099 aa  1008    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1530  error-prone DNA polymerase  54.63 
 
 		 1098 aa  998    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.94615 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3466  error-prone DNA polymerase  52.96 
 
 		 1124 aa  934    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.14636  decreased coverage  0.00222326 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0973  DNA polymerase III, alpha subunit  41.57 
 
 		 1039 aa  670    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.309607  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5393  DNA polymerase III, alpha subunit  37.63 
 
 		 1074 aa  633  1e-180  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4621  error-prone DNA polymerase  39.72 
 
 		 1079 aa  633  1e-180  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0743632  normal  0.186746 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1871  DNA polymerase III, alpha subunit, putative  40.7 
 
 		 1015 aa  635  1e-180  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6769  DNA polymerase III, alpha subunit  41.26 
 
 		 1049 aa  635  1e-180  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1095  DNA polymerase III, alpha subunit  41.98 
 
 		 1044 aa  634  1e-180  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4488  error-prone DNA polymerase  39.72 
 
 		 1079 aa  633  1e-180  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.458186  normal  0.527092 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1934  error-prone DNA polymerase  41.19 
 
 		 1026 aa  633  1e-180  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0139985  normal  0.548087 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1546  DNA polymerase III, alpha subunit  40.7 
 
 		 1020 aa  634  1e-180  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00297592 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3149  error-prone DNA polymerase  39.51 
 
 		 1025 aa  632  1e-179  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2398  DNA polymerase III, alpha subunit  36.16 
 
 		 1045 aa  631  1e-179  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.800911 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2294  DNA polymerase III alpha chain  36.82 
 
 		 1097 aa  630  1e-179  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1831  DNA polymerase III, alpha subunit  39.38 
 
 		 1093 aa  630  1e-179  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.715135  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2100  DNA polymerase III, alpha subunit  38.96 
 
 		 1078 aa  624  1e-177  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4841  error-prone DNA polymerase  41.9 
 
 		 1024 aa  625  1e-177  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0800  error-prone DNA polymerase  40.28 
 
 		 1075 aa  622  1e-176  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.338798 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2523  error-prone DNA polymerase  39.85 
 
 		 1031 aa  620  1e-176  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.494212  normal  0.761235 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1028  pantoate-beta-alanine ligase  36.14 
 
 		 1029 aa  620  1e-176  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1767  DNA polymerase III, alpha subunit  41.21 
 
 		 1061 aa  619  1e-176  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.148891  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3765  DNA polymerase III, alpha subunit  37.61 
 
 		 1087 aa  620  1e-176  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0463  DNA polymerase III, alpha subunit  41.04 
 
 		 1044 aa  622  1e-176  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3204  DNA polymerase III, alpha subunit  38.86 
 
 		 1074 aa  620  1e-176  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0855873 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1967  DNA polymerase III, alpha subunit  41.28 
 
 		 1064 aa  618  1e-175  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.785197  normal  0.846182 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1071  DNA polymerase III, alpha subunit  38.02 
 
 		 1145 aa  619  1e-175  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.049044 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2598  error-prone DNA polymerase  40.49 
 
 		 1026 aa  614  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.254359  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1558  DNA polymerase III, alpha subunit  37.23 
 
 		 1097 aa  613  9.999999999999999e-175  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.156224 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1863  DNA-directed DNA polymerase  39.53 
 
 		 1030 aa  615  9.999999999999999e-175  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0330088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2738  error-prone DNA polymerase  39.68 
 
 		 1026 aa  609  1e-173  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.201336  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5159  DNA polymerase III, alpha subunit  36.48 
 
 		 1087 aa  609  1e-173  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.572913  normal  0.312122 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2795  DNA polymerase III, alpha subunit, putative  40.08 
 
 		 1031 aa  608  9.999999999999999e-173  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0590978  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3147  DNA polymerase III, alpha subunit  39.89 
 
 		 1059 aa  608  9.999999999999999e-173  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1948  DNA polymerase III, alpha subunit  42.36 
 
 		 1075 aa  607  9.999999999999999e-173  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02868  DNA polymerase III alpha chain  37.25 
 
 		 1024 aa  603  1.0000000000000001e-171  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5157  DNA polymerase III, alpha subunit  39.42 
 
 		 1072 aa  605  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4576  DNA polymerase III, alpha subunit  39.96 
 
 		 1071 aa  602  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.427966 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1612  DNA polymerase III, alpha subunit  47.46 
 
 		 1132 aa  604  1.0000000000000001e-171  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.929723  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3119  error-prone DNA polymerase  40.25 
 
 		 1026 aa  600  1e-170  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.684006  normal  0.216364 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4053  DNA polymerase III, alpha subunit  38.41 
 
 		 1116 aa  600  1e-170  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5036  DNA polymerase III, alpha subunit  39.53 
 
 		 1071 aa  600  1e-170  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.38358  normal  0.080697 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5603  DNA polymerase III, alpha subunit  37.63 
 
 		 1099 aa  601  1e-170  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00446711 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0808  DNA polymerase III, alpha subunit  39.38 
 
 		 1059 aa  599  1e-170  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.881912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2428  error-prone DNA polymerase  40.09 
 
 		 1026 aa  600  1e-170  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.370616  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02092  error-prone DNA polymerase  40.69 
 
 		 1083 aa  602  1e-170  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.529934  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003014  DNA polymerase III alpha subunit  36.71 
 
 		 1024 aa  596  1e-169  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.693678  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2672  DNA polymerase III, alpha subunit  40.39 
 
 		 1076 aa  598  1e-169  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.087577 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4536  DNA polymerase III, alpha subunit  40.04 
 
 		 1040 aa  598  1e-169  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.183295  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2248  DNA polymerase III, alpha subunit  43.21 
 
 		 1133 aa  596  1e-169  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.649933  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2744  error-prone DNA polymerase  40.22 
 
 		 1071 aa  597  1e-169  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0114  error-prone DNA polymerase  40.63 
 
 		 1063 aa  595  1e-168  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3145  error-prone DNA polymerase  40.63 
 
 		 1063 aa  595  1e-168  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0692  error-prone DNA polymerase  40.72 
 
 		 1072 aa  595  1e-168  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.310882  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0527  error-prone DNA polymerase  40.63 
 
 		 1072 aa  596  1e-168  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1474  error-prone DNA polymerase  40.63 
 
 		 1063 aa  595  1e-168  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4896  DNA polymerase III, alpha subunit  40.19 
 
 		 1041 aa  594  1e-168  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.71874  normal  0.291391 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0510  error-prone DNA polymerase  40.63 
 
 		 1072 aa  594  1e-168  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5201  DNA polymerase III, alpha subunit  38.24 
 
 		 1053 aa  595  1e-168  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0149235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4496  DNA polymerase III, alpha subunit  39.85 
 
 		 1075 aa  595  1e-168  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0964877  normal  0.0589388 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2336  DNA polymerase III, alpha subunit  48.6 
 
 		 1142 aa  595  1e-168  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.479232  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>