More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_4488 on replicon NC_010678
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008752  Aave_2672  DNA polymerase III, alpha subunit  54.03 
 
 
1076 aa  1031    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.087577 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2732  DNA polymerase III, alpha subunit  56.07 
 
 
1044 aa  1064    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.421518  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2428  error-prone DNA polymerase  51.31 
 
 
1026 aa  966    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.370616  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3468  DNA polymerase III, alpha subunit  43.41 
 
 
1116 aa  778    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.822294 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3119  error-prone DNA polymerase  51.21 
 
 
1026 aa  964    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.684006  normal  0.216364 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2014  DNA polymerase III, alpha subunit  42.39 
 
 
1096 aa  766    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.202336  normal  0.139953 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2164  DNA polymerase III, alpha subunit, putative  52.69 
 
 
1047 aa  1004    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0800  error-prone DNA polymerase  86.67 
 
 
1075 aa  1879    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.338798 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4461  DNA polymerase III, alpha subunit  40.33 
 
 
1117 aa  769    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.681559  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0069  error-prone DNA polymerase  43.24 
 
 
1077 aa  798    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1967  DNA polymerase III, alpha subunit  53.11 
 
 
1064 aa  1007    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.785197  normal  0.846182 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2795  DNA polymerase III, alpha subunit, putative  49.12 
 
 
1031 aa  979    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0590978  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0463  DNA polymerase III, alpha subunit  52.57 
 
 
1044 aa  994    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1934  error-prone DNA polymerase  50 
 
 
1026 aa  967    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0139985  normal  0.548087 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0114  error-prone DNA polymerase  57.22 
 
 
1063 aa  1147    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6269  DNA polymerase III, alpha subunit  57.06 
 
 
1049 aa  1187    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0338143  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3145  error-prone DNA polymerase  57.22 
 
 
1063 aa  1147    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2523  error-prone DNA polymerase  48.74 
 
 
1031 aa  964    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.494212  normal  0.761235 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2785  DNA polymerase III, alpha subunit  45.46 
 
 
940 aa  749    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.27044  normal  0.619093 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1942  DNA polymerase III, alpha subunit  54.05 
 
 
1027 aa  1060    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0322539 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3292  DNA polymerase III, alpha subunit  43.56 
 
 
1082 aa  810    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0677218  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4523  error-prone DNA polymerase  62.89 
 
 
1111 aa  1294    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.364889  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0828  DNA polymerase III, alpha subunit  55.81 
 
 
1023 aa  1037    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3021  DNA polymerase III, alpha subunit  44.55 
 
 
1116 aa  823    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2255  error-prone DNA polymerase  43.77 
 
 
1175 aa  658    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0692  error-prone DNA polymerase  57.41 
 
 
1072 aa  1148    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.310882  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0477  error-prone DNA polymerase  57.04 
 
 
1071 aa  1116    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.278622  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1970  DNA polymerase III, alpha subunit  60.88 
 
 
1049 aa  1283    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3149  error-prone DNA polymerase  50.19 
 
 
1025 aa  1004    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1123  DNA polymerase III, alpha subunit  45.46 
 
 
940 aa  749    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4496  DNA polymerase III, alpha subunit  42.78 
 
 
1075 aa  766    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0964877  normal  0.0589388 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6156  error-prone DNA polymerase  56.86 
 
 
1068 aa  1141    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.80972  normal  0.557426 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02868  DNA polymerase III alpha chain  44.87 
 
 
1024 aa  878    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3147  DNA polymerase III, alpha subunit  44.55 
 
 
1059 aa  814    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3998  DNA polymerase III, alpha subunit  42.38 
 
 
1116 aa  801    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2100  DNA polymerase III, alpha subunit  50.5 
 
 
1078 aa  800    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5201  DNA polymerase III, alpha subunit  44.18 
 
 
1053 aa  805    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0149235  normal 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4896  DNA polymerase III, alpha subunit  53.93 
 
 
1041 aa  1036    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.71874  normal  0.291391 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2599  DNA polymerase III, alpha subunit  53.97 
 
 
1040 aa  1107    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2837  error-prone DNA polymerase  56.86 
 
 
1071 aa  1147    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0445  error-prone DNA polymerase  58.06 
 
 
1084 aa  1148    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.553328  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2006  error-prone DNA polymerase  45.65 
 
 
1195 aa  748    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2380  error-prone DNA polymerase  47.96 
 
 
1036 aa  920    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.106216  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3563  error-prone DNA polymerase  41.39 
 
 
1165 aa  781    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.863163  normal  0.552046 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1538  DNA polymerase III, alpha subunit  41.92 
 
 
1078 aa  758    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1558  DNA polymerase III, alpha subunit  43.17 
 
 
1097 aa  821    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.156224 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1227  DNA polymerase III, alpha subunit  53.48 
 
 
1084 aa  1036    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1028  pantoate-beta-alanine ligase  47.44 
 
 
1029 aa  958    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1733  error-prone DNA polymerase  42.55 
 
 
1112 aa  797    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.647587  hitchhiker  0.00382273 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2388  DNA polymerase III, alpha subunit  54.84 
 
 
1068 aa  1064    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.743991  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3164  DNA polymerase III, alpha subunit  51.12 
 
 
1195 aa  1068    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.789638 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2802  DNA polymerase III, alpha subunit  43.89 
 
 
1090 aa  793    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.549156 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2598  error-prone DNA polymerase  51.21 
 
 
1026 aa  979    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.254359  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1903  error-prone DNA polymerase  41.92 
 
 
1110 aa  788    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.989909  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2531  DNA polymerase III, alpha subunit  44.42 
 
 
1085 aa  860    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.465943 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0527  error-prone DNA polymerase  57.31 
 
 
1072 aa  1145    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2666  error-prone DNA polymerase  39.79 
 
 
1164 aa  739    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.466935  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3765  DNA polymerase III, alpha subunit  43.15 
 
 
1087 aa  795    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4130  error-prone DNA polymerase  63.88 
 
 
1153 aa  1204    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.975833 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0102  DNA polymerase III, alpha subunit  43.09 
 
 
994 aa  719    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4047  DNA polymerase III, alpha subunit  38.45 
 
 
1070 aa  667    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0175  DNA polymerase III, alpha subunit  43.33 
 
 
1126 aa  805    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2780  DNA polymerase III, alpha subunit  41.29 
 
 
1092 aa  776    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.551574 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0518  DNA-directed DNA polymerase  55.87 
 
 
668 aa  715    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2213  error-prone DNA polymerase  56.89 
 
 
1071 aa  1150    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0271039  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02092  error-prone DNA polymerase  49.91 
 
 
1083 aa  951    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.529934  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2738  error-prone DNA polymerase  50.56 
 
 
1026 aa  973    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.201336  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4841  error-prone DNA polymerase  50.19 
 
 
1024 aa  957    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3263  DNA polymerase III, alpha subunit  42.88 
 
 
1126 aa  794    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.230885  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3809  DNA polymerase III, alpha subunit  43.91 
 
 
1096 aa  810    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.595243  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1119  DNA polymerase III, alpha subunit  45.14 
 
 
1196 aa  739    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0282531  normal  0.883779 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4261  DNA polymerase III, alpha subunit  49.34 
 
 
1128 aa  955    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.172796 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1175  DNA polymerase III, alpha subunit  51.96 
 
 
1025 aa  1002    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.286001  normal  0.0989959 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4576  DNA polymerase III, alpha subunit  44.23 
 
 
1071 aa  796    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.427966 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0202  DNA polymerase III, alpha subunit  58.04 
 
 
1043 aa  1199    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0663239 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1831  DNA polymerase III, alpha subunit  44.67 
 
 
1093 aa  818    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.715135  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0510  error-prone DNA polymerase  57.41 
 
 
1072 aa  1149    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2886  error-prone DNA polymerase  57.18 
 
 
1071 aa  1151    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.811803  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2744  error-prone DNA polymerase  57.18 
 
 
1071 aa  1147    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55610  error-prone DNA polymerase  50.94 
 
 
1031 aa  987    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0362545 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0619  DNA polymerase III, alpha subunit  55.26 
 
 
1033 aa  1129    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.130808 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0808  DNA polymerase III, alpha subunit  44.17 
 
 
1059 aa  806    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.881912  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1384  DNA polymerase III, alpha subunit  51.34 
 
 
1193 aa  1097    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.38254  hitchhiker  0.00082485 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2826  error-prone DNA polymerase  56.89 
 
 
1071 aa  1150    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.27708  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3428  DNA-directed DNA polymerase  56.39 
 
 
641 aa  713    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6832  DNA polymerase III, alpha subunit  57.92 
 
 
961 aa  1080    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.905572  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6871  DNA polymerase III, alpha subunit  56.59 
 
 
1049 aa  1162    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0451671  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1532  DNA polymerase III, alpha subunit  56.35 
 
 
1099 aa  1100    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0291245  normal  0.633763 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2902  error-prone DNA polymerase  57.22 
 
 
1063 aa  1147    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1474  error-prone DNA polymerase  57.22 
 
 
1063 aa  1147    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6769  DNA polymerase III, alpha subunit  56.13 
 
 
1049 aa  1157    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2903  DNA polymerase III, alpha subunit  53.27 
 
 
1109 aa  1055    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.279122 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4291  DNA polymerase III, alpha subunit  45.95 
 
 
1077 aa  820    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.271094  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00038  putative DNA polymerase III alpha chain  43.94 
 
 
986 aa  808    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2987  error-prone DNA polymerase  43.28 
 
 
1196 aa  660    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1863  DNA-directed DNA polymerase  47.31 
 
 
1030 aa  880    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0330088  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5094  DNA polymerase III, alpha subunit  43.88 
 
 
1070 aa  781    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.695828  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4488  error-prone DNA polymerase  100 
 
 
1079 aa  2207    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.458186  normal  0.527092 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0079  error-prone DNA polymerase  43.53 
 
 
1077 aa  809    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0973  DNA polymerase III, alpha subunit  50.23 
 
 
1039 aa  968    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.309607  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>