More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1227 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_3021  DNA polymerase III, alpha subunit  46.12 
 
 		 1116 aa  892    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1210  error-prone DNA polymerase  39.47 
 
 		 1099 aa  645    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0855057 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3466  error-prone DNA polymerase  43.38 
 
 		 1124 aa  691    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.14636  decreased coverage  0.00222326 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02868  DNA polymerase III alpha chain  47.15 
 
 		 1024 aa  891    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3119  error-prone DNA polymerase  53.04 
 
 		 1026 aa  1022    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.684006  normal  0.216364 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3239  error-prone DNA polymerase  44.02 
 
 		 1124 aa  702    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.023295  normal  0.114564 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3147  DNA polymerase III, alpha subunit  47.74 
 
 		 1059 aa  911    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2164  DNA polymerase III, alpha subunit, putative  56.27 
 
 		 1047 aa  1112    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2785  DNA polymerase III, alpha subunit  47.13 
 
 		 940 aa  815    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.27044  normal  0.619093 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0800  error-prone DNA polymerase  55.11 
 
 		 1075 aa  1092    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.338798 
 
 
-
 
NC_004310  BR0069  error-prone DNA polymerase  44.89 
 
 		 1077 aa  857    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2598  error-prone DNA polymerase  53.04 
 
 		 1026 aa  1033    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.254359  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2795  DNA polymerase III, alpha subunit, putative  52.07 
 
 		 1031 aa  1025    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0590978  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3145  error-prone DNA polymerase  55.75 
 
 		 1063 aa  1075    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2523  error-prone DNA polymerase  52.06 
 
 		 1031 aa  1023    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.494212  normal  0.761235 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6269  DNA polymerase III, alpha subunit  56.6 
 
 		 1049 aa  1145    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0338143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1942  DNA polymerase III, alpha subunit  55.95 
 
 		 1027 aa  1088    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0322539 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4523  error-prone DNA polymerase  53.69 
 
 		 1111 aa  1041    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.364889  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0828  DNA polymerase III, alpha subunit  59.57 
 
 		 1023 aa  1132    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0510  error-prone DNA polymerase  56.02 
 
 		 1072 aa  1083    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2255  error-prone DNA polymerase  43.19 
 
 		 1175 aa  820    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0692  error-prone DNA polymerase  55.93 
 
 		 1072 aa  1082    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.310882  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3149  error-prone DNA polymerase  53.47 
 
 		 1025 aa  1063    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1123  DNA polymerase III, alpha subunit  47.13 
 
 		 940 aa  816    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2738  error-prone DNA polymerase  52.57 
 
 		 1026 aa  1022    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.201336  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0808  DNA polymerase III, alpha subunit  47.36 
 
 		 1059 aa  918    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.881912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6156  error-prone DNA polymerase  54.19 
 
 		 1068 aa  1051    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.80972  normal  0.557426 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1532  DNA polymerase III, alpha subunit  56.65 
 
 		 1099 aa  1105    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0291245  normal  0.633763 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4576  DNA polymerase III, alpha subunit  47.85 
 
 		 1071 aa  901    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.427966 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2200  DNA polymerase III, alpha subunit  50.12 
 
 		 1197 aa  668    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.846036  normal  0.413997 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2987  error-prone DNA polymerase  45.82 
 
 		 1196 aa  717    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2599  DNA polymerase III, alpha subunit  57.33 
 
 		 1040 aa  1178    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2903  DNA polymerase III, alpha subunit  55.29 
 
 		 1109 aa  1092    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.279122 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0445  error-prone DNA polymerase  55.9 
 
 		 1084 aa  1056    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.553328  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0079  error-prone DNA polymerase  44.52 
 
 		 1077 aa  849    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1612  DNA polymerase III, alpha subunit  48.88 
 
 		 1132 aa  681    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.929723  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4841  error-prone DNA polymerase  53.89 
 
 		 1024 aa  1043    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3563  error-prone DNA polymerase  42.25 
 
 		 1165 aa  813    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.863163  normal  0.552046 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1538  DNA polymerase III, alpha subunit  43.39 
 
 		 1078 aa  825    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1558  DNA polymerase III, alpha subunit  43.05 
 
 		 1097 aa  834    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.156224 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1227  DNA polymerase III, alpha subunit  100 
 
 		 1084 aa  2199    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1028  pantoate-beta-alanine ligase  49.62 
 
 		 1029 aa  1017    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1733  error-prone DNA polymerase  44.3 
 
 		 1112 aa  818    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.647587  hitchhiker  0.00382273 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2014  DNA polymerase III, alpha subunit  45.57 
 
 		 1096 aa  850    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.202336  normal  0.139953 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2388  DNA polymerase III, alpha subunit  63.62 
 
 		 1068 aa  1297    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.743991  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3164  DNA polymerase III, alpha subunit  50.88 
 
 		 1195 aa  1065    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.789638 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0477  error-prone DNA polymerase  55.88 
 
 		 1071 aa  1057    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.278622  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2100  DNA polymerase III, alpha subunit  47.95 
 
 		 1078 aa  928    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1903  error-prone DNA polymerase  44.3 
 
 		 1110 aa  821    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.989909  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1119  DNA polymerase III, alpha subunit  44.32 
 
 		 1196 aa  744    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0282531  normal  0.883779 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2666  error-prone DNA polymerase  42.46 
 
 		 1164 aa  826    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.466935  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3765  DNA polymerase III, alpha subunit  46.47 
 
 		 1087 aa  913    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4130  error-prone DNA polymerase  55.84 
 
 		 1153 aa  1001    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.975833 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3292  DNA polymerase III, alpha subunit  48.48 
 
 		 1082 aa  936    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0677218  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4461  DNA polymerase III, alpha subunit  43.72 
 
 		 1117 aa  847    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.681559  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4047  DNA polymerase III, alpha subunit  39.24 
 
 		 1070 aa  686    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0175  DNA polymerase III, alpha subunit  44.73 
 
 		 1126 aa  852    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2780  DNA polymerase III, alpha subunit  43.17 
 
 		 1092 aa  828    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.551574 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3998  DNA polymerase III, alpha subunit  46.61 
 
 		 1116 aa  882    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2213  error-prone DNA polymerase  55.38 
 
 		 1071 aa  1068    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0271039  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1183  error-prone DNA polymerase  39.47 
 
 		 1099 aa  646    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0619  DNA polymerase III, alpha subunit  62.14 
 
 		 1033 aa  1286    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.130808 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3428  DNA-directed DNA polymerase  58.18 
 
 		 641 aa  730    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1474  error-prone DNA polymerase  55.75 
 
 		 1063 aa  1075    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3263  DNA polymerase III, alpha subunit  44.76 
 
 		 1126 aa  875    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.230885  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3809  DNA polymerase III, alpha subunit  48.1 
 
 		 1096 aa  903    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.595243  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2744  error-prone DNA polymerase  55.75 
 
 		 1071 aa  1076    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1934  error-prone DNA polymerase  52.95 
 
 		 1026 aa  1044    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0139985  normal  0.548087 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1175  DNA polymerase III, alpha subunit  54.23 
 
 		 1025 aa  1034    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.286001  normal  0.0989959 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3468  DNA polymerase III, alpha subunit  44.19 
 
 		 1116 aa  818    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.822294 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0463  DNA polymerase III, alpha subunit  53.73 
 
 		 1044 aa  1015    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2428  error-prone DNA polymerase  53.4 
 
 		 1026 aa  1023    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.370616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1831  DNA polymerase III, alpha subunit  48.74 
 
 		 1093 aa  898    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.715135  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4261  DNA polymerase III, alpha subunit  57.28 
 
 		 1128 aa  1131    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.172796 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2886  error-prone DNA polymerase  55.75 
 
 		 1071 aa  1075    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.811803  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55610  error-prone DNA polymerase  53.51 
 
 		 1031 aa  1048    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0362545 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4893  error-prone DNA polymerase  39.33 
 
 		 1087 aa  642    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0740584 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0102  DNA polymerase III, alpha subunit  47.47 
 
 		 994 aa  816    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2826  error-prone DNA polymerase  55.38 
 
 		 1071 aa  1068    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.27708  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0527  error-prone DNA polymerase  56.02 
 
 		 1072 aa  1083    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6832  DNA polymerase III, alpha subunit  55.06 
 
 		 961 aa  1023    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.905572  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6871  DNA polymerase III, alpha subunit  56.16 
 
 		 1049 aa  1122    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0451671  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5201  DNA polymerase III, alpha subunit  48.43 
 
 		 1053 aa  918    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0149235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4496  DNA polymerase III, alpha subunit  46.95 
 
 		 1075 aa  875    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0964877  normal  0.0589388 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0995  error-prone DNA polymerase  41.5 
 
 		 1090 aa  686    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2837  error-prone DNA polymerase  55.29 
 
 		 1071 aa  1066    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4291  DNA polymerase III, alpha subunit  45.87 
 
 		 1077 aa  855    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.271094  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1897  error-prone DNA polymerase  39.21 
 
 		 1145 aa  637    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.211762  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2902  error-prone DNA polymerase  55.75 
 
 		 1063 aa  1075    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1863  DNA-directed DNA polymerase  48.39 
 
 		 1030 aa  921    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0330088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1200  error-prone DNA polymerase  39.47 
 
 		 1099 aa  646    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1530  error-prone DNA polymerase  39.46 
 
 		 1098 aa  648    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.94615 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0973  DNA polymerase III, alpha subunit  49.21 
 
 		 1039 aa  956    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.309607  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2531  DNA polymerase III, alpha subunit  47.04 
 
 		 1085 aa  947    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.465943 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0518  DNA-directed DNA polymerase  60.84 
 
 		 668 aa  788    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2672  DNA polymerase III, alpha subunit  61.33 
 
 		 1076 aa  1206    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.087577 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2732  DNA polymerase III, alpha subunit  61.1 
 
 		 1044 aa  1214    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.421518  normal  1 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4896  DNA polymerase III, alpha subunit  60.2 
 
 		 1041 aa  1191    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.71874  normal  0.291391 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1967  DNA polymerase III, alpha subunit  63.24 
 
 		 1064 aa  1251    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.785197  normal  0.846182 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0114  error-prone DNA polymerase  55.75 
 
 		 1063 aa  1075    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>