More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_3428 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009656  PSPA7_4841  error-prone DNA polymerase  53.97 
 
 		 1024 aa  664    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1948  DNA polymerase III, alpha subunit  57.36 
 
 		 1075 aa  682    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3119  error-prone DNA polymerase  53.58 
 
 		 1026 aa  640    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.684006  normal  0.216364 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2598  error-prone DNA polymerase  53.58 
 
 		 1026 aa  654    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.254359  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2164  DNA polymerase III, alpha subunit, putative  54.63 
 
 		 1047 aa  669    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0800  error-prone DNA polymerase  56.58 
 
 		 1075 aa  706    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.338798 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1934  error-prone DNA polymerase  54.26 
 
 		 1026 aa  671    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0139985  normal  0.548087 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2795  DNA polymerase III, alpha subunit, putative  52.94 
 
 		 1031 aa  661    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0590978  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3145  error-prone DNA polymerase  63.17 
 
 		 1063 aa  780    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1384  DNA polymerase III, alpha subunit  50.21 
 
 		 1193 aa  665    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.38254  hitchhiker  0.00082485 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2523  error-prone DNA polymerase  53.25 
 
 		 1031 aa  664    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.494212  normal  0.761235 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2428  error-prone DNA polymerase  55.14 
 
 		 1026 aa  652    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.370616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1942  DNA polymerase III, alpha subunit  58.35 
 
 		 1027 aa  705    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0322539 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4523  error-prone DNA polymerase  56.75 
 
 		 1111 aa  712    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.364889  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0828  DNA polymerase III, alpha subunit  60.59 
 
 		 1023 aa  708    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2903  DNA polymerase III, alpha subunit  54.4 
 
 		 1109 aa  677    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.279122 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1967  DNA polymerase III, alpha subunit  56.93 
 
 		 1064 aa  665    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.785197  normal  0.846182 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6269  DNA polymerase III, alpha subunit  95.48 
 
 		 1049 aa  1222    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0338143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0692  error-prone DNA polymerase  63.83 
 
 		 1072 aa  790    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.310882  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3149  error-prone DNA polymerase  54.42 
 
 		 1025 aa  672    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6156  error-prone DNA polymerase  63.91 
 
 		 1068 aa  780    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.80972  normal  0.557426 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1532  DNA polymerase III, alpha subunit  57.46 
 
 		 1099 aa  707    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0291245  normal  0.633763 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2599  DNA polymerase III, alpha subunit  58.94 
 
 		 1040 aa  767    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0445  error-prone DNA polymerase  64.29 
 
 		 1084 aa  769    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.553328  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3204  DNA polymerase III, alpha subunit  55.79 
 
 		 1118 aa  706    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.115871  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0114  error-prone DNA polymerase  63.17 
 
 		 1063 aa  780    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1227  DNA polymerase III, alpha subunit  58.18 
 
 		 1084 aa  734    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1028  pantoate-beta-alanine ligase  51.86 
 
 		 1029 aa  685    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4261  DNA polymerase III, alpha subunit  53.16 
 
 		 1128 aa  637    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.172796 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2388  DNA polymerase III, alpha subunit  54.64 
 
 		 1068 aa  685    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.743991  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1095  DNA polymerase III, alpha subunit  54.1 
 
 		 1044 aa  679    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1474  error-prone DNA polymerase  63.17 
 
 		 1063 aa  780    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1970  DNA polymerase III, alpha subunit  70.92 
 
 		 1049 aa  925    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4130  error-prone DNA polymerase  54.59 
 
 		 1153 aa  698    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.975833 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0527  error-prone DNA polymerase  63.83 
 
 		 1072 aa  791    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4621  error-prone DNA polymerase  56.61 
 
 		 1079 aa  715    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0743632  normal  0.186746 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2837  error-prone DNA polymerase  62.4 
 
 		 1071 aa  765    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2213  error-prone DNA polymerase  62.86 
 
 		 1071 aa  768    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0271039  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0202  DNA polymerase III, alpha subunit  69.36 
 
 		 1043 aa  904    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0663239 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3428  DNA-directed DNA polymerase  100 
 
 		 641 aa  1289    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1767  DNA polymerase III, alpha subunit  58.09 
 
 		 1061 aa  677    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.148891  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4536  DNA polymerase III, alpha subunit  58.26 
 
 		 1040 aa  714    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.183295  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0463  DNA polymerase III, alpha subunit  54.08 
 
 		 1044 aa  667    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1175  DNA polymerase III, alpha subunit  59.28 
 
 		 1025 aa  729    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.286001  normal  0.0989959 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0477  error-prone DNA polymerase  60.73 
 
 		 1071 aa  742    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.278622  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2886  error-prone DNA polymerase  62.56 
 
 		 1071 aa  769    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.811803  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55610  error-prone DNA polymerase  53.81 
 
 		 1031 aa  669    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0362545 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2738  error-prone DNA polymerase  53.33 
 
 		 1026 aa  651    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.201336  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0619  DNA polymerase III, alpha subunit  59.69 
 
 		 1033 aa  779    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.130808 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2826  error-prone DNA polymerase  62.86 
 
 		 1071 aa  768    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.27708  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6832  DNA polymerase III, alpha subunit  70.53 
 
 		 961 aa  769    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.905572  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6871  DNA polymerase III, alpha subunit  97.04 
 
 		 1049 aa  1209    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0451671  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0510  error-prone DNA polymerase  63.83 
 
 		 1072 aa  791    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4488  error-prone DNA polymerase  56.61 
 
 		 1079 aa  715    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.458186  normal  0.527092 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2902  error-prone DNA polymerase  63.17 
 
 		 1063 aa  780    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2744  error-prone DNA polymerase  62.1 
 
 		 1071 aa  766    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0973  DNA polymerase III, alpha subunit  53.57 
 
 		 1039 aa  685    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.309607  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6769  DNA polymerase III, alpha subunit  96.57 
 
 		 1049 aa  1205    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2672  DNA polymerase III, alpha subunit  57.81 
 
 		 1076 aa  678    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.087577 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2732  DNA polymerase III, alpha subunit  60.9 
 
 		 1044 aa  740    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.421518  normal  1 
 
 
-
 
NC_008759  Pnap_4896  DNA polymerase III, alpha subunit  57.66 
 
 		 1041 aa  698    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.71874  normal  0.291391 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1325  DNA polymerase III, alpha subunit  49.22 
 
 		 1026 aa  625  1e-178  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1863  DNA-directed DNA polymerase  52.13 
 
 		 1030 aa  627  1e-178  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0330088  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1871  DNA polymerase III, alpha subunit, putative  51.72 
 
 		 1015 aa  622  1e-177  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02868  DNA polymerase III alpha chain  49.69 
 
 		 1024 aa  623  1e-177  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003014  DNA polymerase III alpha subunit  49.92 
 
 		 1024 aa  622  1e-177  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.693678  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1546  DNA polymerase III, alpha subunit  51.72 
 
 		 1020 aa  622  1e-177  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00297592 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2100  DNA polymerase III, alpha subunit  50.3 
 
 		 1078 aa  610  1e-173  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1558  DNA polymerase III, alpha subunit  50.15 
 
 		 1097 aa  611  1e-173  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.156224 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0079  error-prone DNA polymerase  48.7 
 
 		 1077 aa  606  9.999999999999999e-173  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1071  DNA polymerase III, alpha subunit  49.77 
 
 		 1145 aa  607  9.999999999999999e-173  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.049044 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2398  DNA polymerase III, alpha subunit  47.75 
 
 		 1045 aa  608  9.999999999999999e-173  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.800911 
 
 
-
 
NC_004310  BR0069  error-prone DNA polymerase  48.55 
 
 		 1077 aa  602  1.0000000000000001e-171  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2380  error-prone DNA polymerase  49.16 
 
 		 1036 aa  604  1.0000000000000001e-171  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.106216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3998  DNA polymerase III, alpha subunit  50.31 
 
 		 1116 aa  596  1e-169  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02092  error-prone DNA polymerase  50 
 
 		 1083 aa  597  1e-169  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.529934  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3380  DNA polymerase III, alpha subunit  47.66 
 
 		 1055 aa  592  1e-168  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.176631 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2294  DNA polymerase III alpha chain  46.63 
 
 		 1097 aa  593  1e-168  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2531  DNA polymerase III, alpha subunit  48.4 
 
 		 1085 aa  593  1e-168  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.465943 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3204  DNA polymerase III, alpha subunit  47.76 
 
 		 1074 aa  592  1e-168  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0855873 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2345  DNA polymerase III, alpha subunit  46.89 
 
 		 1076 aa  593  1e-168  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.818037  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5036  DNA polymerase III, alpha subunit  48.99 
 
 		 1071 aa  589  1e-167  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.38358  normal  0.080697 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3765  DNA polymerase III, alpha subunit  47.52 
 
 		 1087 aa  592  1e-167  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1831  DNA polymerase III, alpha subunit  48.46 
 
 		 1093 aa  588  1e-167  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.715135  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2006  error-prone DNA polymerase  47.48 
 
 		 1195 aa  591  1e-167  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3292  DNA polymerase III, alpha subunit  47.44 
 
 		 1082 aa  588  1e-166  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0677218  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3147  DNA polymerase III, alpha subunit  48.19 
 
 		 1059 aa  585  1e-166  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4576  DNA polymerase III, alpha subunit  48.83 
 
 		 1071 aa  585  1e-166  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.427966 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3021  DNA polymerase III, alpha subunit  47.32 
 
 		 1116 aa  587  1e-166  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00038  putative DNA polymerase III alpha chain  46.13 
 
 		 986 aa  587  1e-166  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5393  DNA polymerase III, alpha subunit  46.11 
 
 		 1074 aa  586  1e-166  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5159  DNA polymerase III, alpha subunit  47.45 
 
 		 1087 aa  584  1.0000000000000001e-165  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.572913  normal  0.312122 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0808  DNA polymerase III, alpha subunit  47.75 
 
 		 1059 aa  585  1.0000000000000001e-165  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.881912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3563  error-prone DNA polymerase  47.62 
 
 		 1165 aa  580  1e-164  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.863163  normal  0.552046 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5201  DNA polymerase III, alpha subunit  49.22 
 
 		 1053 aa  579  1e-164  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0149235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2802  DNA polymerase III, alpha subunit  47.81 
 
 		 1090 aa  575  1.0000000000000001e-163  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.549156 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5094  DNA polymerase III, alpha subunit  48.75 
 
 		 1070 aa  573  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.695828  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0175  DNA polymerase III, alpha subunit  47.74 
 
 		 1126 aa  573  1.0000000000000001e-162  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4291  DNA polymerase III, alpha subunit  49.23 
 
 		 1077 aa  573  1.0000000000000001e-162  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.271094  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5603  DNA polymerase III, alpha subunit  46.44 
 
 		 1099 aa  572  1.0000000000000001e-162  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00446711 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>