232 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4758 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_4758  NMT1/THI5 like domain protein  100 
 
 
328 aa  674    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.622953  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2012  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  55.66 
 
 
343 aa  361  1e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.452501  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1265  ABC transporter periplasmic-binding protein  54.58 
 
 
314 aa  340  2e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.147763 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3213  ABC transporter, periplasmic binding component-related protein  51.31 
 
 
342 aa  322  4e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.357764  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2591  NMT1/THI5-like domain-containing protein  49.69 
 
 
337 aa  318  7.999999999999999e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.329095 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2040  NMT1/THI5 like domain protein  46.91 
 
 
328 aa  306  3e-82  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.841099  normal  0.44049 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1093  NMT1/THI5 like domain protein  48.68 
 
 
328 aa  305  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.000718314  normal  0.110975 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1721  NMT1/THI5-like domain-containing protein  48.67 
 
 
328 aa  301  7.000000000000001e-81  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.768998  normal  0.736062 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0706  putative secreted protein  49.5 
 
 
345 aa  300  2e-80  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1678  NMT1/THI5 like domain protein  51.83 
 
 
338 aa  292  6e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00877169  normal  0.68258 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4663  NMT1/THI5 like domain protein  50.83 
 
 
338 aa  282  6.000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.679325 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3549  ABC transporter substrate-binding protein  49.51 
 
 
339 aa  281  2e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0893  NMT1/THI5-like domain-containing protein  44.97 
 
 
346 aa  272  7e-72  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.15083  normal  0.0747701 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7482  ABC transporter periplasmic-binding protein  43.26 
 
 
329 aa  271  1e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.061073  normal  0.0687655 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1089  NMT1/THI5-like domain-containing protein  45.02 
 
 
352 aa  270  2e-71  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1384  permease protein of ABC transporter  45.86 
 
 
333 aa  265  5.999999999999999e-70  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.178302  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3687  ABC transporter substrate-binding protein  44.77 
 
 
351 aa  261  1e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0425  perplasmic binding protein of ABC transporter  45.23 
 
 
341 aa  260  2e-68  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0331  perplasmic binding protein of ABC transporter  45.48 
 
 
344 aa  258  1e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.18125  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0570  ABC transporter periplasmic-binding protein  45.03 
 
 
339 aa  256  3e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.262601  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3143  perplasmic binding protein of ABC transporter  44.88 
 
 
351 aa  256  3e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.786011  normal  0.245647 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0570  perplasmic binding protein of ABC transporter  43.23 
 
 
374 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.288854  normal  0.233067 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1162  NMT1/THI5 like domain protein  41.74 
 
 
344 aa  251  1e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.139454 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0471  NMT1/THI5 like domain protein  40.98 
 
 
380 aa  251  2e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.886983  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0799  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  41.42 
 
 
336 aa  250  3e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0260  perplasmic binding protein of ABC transporter  43 
 
 
373 aa  249  3e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.519956 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1471  permease protein of ABC transporter  43.31 
 
 
332 aa  246  4.9999999999999997e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3874  NMT1/THI5-like domain-containing protein  40.88 
 
 
336 aa  244  9.999999999999999e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.196748  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0834  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  44.76 
 
 
336 aa  244  1.9999999999999999e-63  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.576945  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5136  NMT1/THI5 like domain protein  43.67 
 
 
342 aa  243  3.9999999999999997e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1262  NMT1/THI5-like domain-containing protein  39.76 
 
 
326 aa  229  6e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.281211  normal  0.0156923 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1717  NMT1/THI5-like domain-containing protein  39.13 
 
 
322 aa  228  1e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2036  NMT1/THI5 like domain protein  38.8 
 
 
322 aa  224  2e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.415947  normal  0.756885 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1097  NMT1/THI5 like domain protein  37.79 
 
 
322 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0236053  normal  0.472572 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3563  NMT1/THI5-like domain-containing protein  39 
 
 
322 aa  183  4.0000000000000006e-45  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.087558  normal  0.97386 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2868  NMT1/THI5 like domain protein  30.27 
 
 
364 aa  131  2.0000000000000002e-29  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.51119  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2034  NMT1/THI5 like domain protein  32.23 
 
 
347 aa  128  1.0000000000000001e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.599976  normal  0.2602 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2979  NMT1/THI5-like domain-containing protein  32.11 
 
 
323 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3456  hypothetical protein  30.31 
 
 
336 aa  109  5e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1730  NMT1/THI5-like domain-containing protein  34.15 
 
 
329 aa  103  5e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.524252  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3298  NMT1/THI5 like domain protein  32.87 
 
 
323 aa  103  6e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.141874 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6030  putative ABC transporter, substrate binding protein  30.1 
 
 
329 aa  102  7e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1513  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.63 
 
 
1075 aa  101  2e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.533351  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2049  NMT1/THI5 like domain protein  33.88 
 
 
334 aa  100  3e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.574504 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1084  NMT1/THI5 like domain protein  33.47 
 
 
334 aa  100  4e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.00229881  normal  0.0195344 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3032  twin-arginine translocation pathway signal  28.4 
 
 
348 aa  99.8  6e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000338526  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0343  NMT1/THI5-like domain-containing protein  30.5 
 
 
332 aa  99.8  6e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.010021  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2373  NMT1/THI5-like domain-containing protein  31.82 
 
 
330 aa  99  9e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.626309  normal  0.163906 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3461  ABC transporter substrate binding protein (nitrate/sulfonate/taurine/bicarbonate)  30.57 
 
 
330 aa  98.2  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3043  NMT1/THI5 like domain protein  33.08 
 
 
323 aa  95.9  9e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2656  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.69 
 
 
915 aa  95.5  1e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1821  diguanylate cyclase  29.31 
 
 
821 aa  95.1  2e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0038  NMT1/THI5 like domain protein  31.27 
 
 
336 aa  94  3e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.95 
 
 
1238 aa  94  3e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.891716  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3387  histidine kinase  26.05 
 
 
593 aa  92.8  7e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1528  ABC transporter substrate-binding protein  29.22 
 
 
357 aa  92  1e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1273  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  25.42 
 
 
1004 aa  89.4  8e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1171  diguanylate cyclase  27.24 
 
 
674 aa  89.4  9e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2047  hypothetical protein  30.08 
 
 
326 aa  89.4  9e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0745441  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0248  histidine kinase  24.29 
 
 
1065 aa  87.4  3e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3667  hypothetical protein  24.83 
 
 
335 aa  87.4  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.175481  normal  0.114782 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2511  diguanylate cyclase  28.62 
 
 
686 aa  86.7  5e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.315227  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2205  ABC transporter substrate-binding protein  25.68 
 
 
324 aa  86.7  5e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2950  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.79 
 
 
1004 aa  86.3  7e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1173  NMT1/THI5 like domain protein  28.46 
 
 
335 aa  84.3  0.000000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0956705  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0179  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems, periplasmic components TauA  30.29 
 
 
326 aa  84  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.907617  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1812  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems, periplasmic components TauA  30.29 
 
 
326 aa  84  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.661868  normal  0.196706 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1309  NMT1/THI5-ike domain protein  25.82 
 
 
375 aa  83.2  0.000000000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.135752  hitchhiker  0.0000217604 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5087  NMT1/THI5-like domain-containing protein  24.07 
 
 
342 aa  83.2  0.000000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  24.11 
 
 
721 aa  83.2  0.000000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1374  NMT1/THI5 like domain protein  28.86 
 
 
329 aa  82.8  0.000000000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.353892  normal  0.853253 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0027  twin-arginine translocation pathway signal  28.18 
 
 
365 aa  82.4  0.000000000000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2932  NMT1/THI5-like domain-containing protein  24.62 
 
 
344 aa  82.4  0.00000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.01782  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1493  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  29.39 
 
 
328 aa  80.9  0.00000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.140791  normal 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5201  NMT1/THI5-like domain-containing protein  24.76 
 
 
345 aa  80.5  0.00000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0306  twin-arginine translocation pathway signal  27.08 
 
 
331 aa  79  0.0000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2024  NMT1/THI5 like domain protein  28.4 
 
 
344 aa  79  0.0000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1466  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  29.01 
 
 
326 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2795  NMT1/THI5 like domain protein  26.75 
 
 
357 aa  76.6  0.0000000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.001037 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4165  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.99 
 
 
331 aa  76.6  0.0000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0994431  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  25.37 
 
 
794 aa  76.3  0.0000000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1920  diguanylate cyclase  25.1 
 
 
893 aa  75.9  0.000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1579  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.99 
 
 
342 aa  75.5  0.000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00570901  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2758  NMT1/THI5 like domain protein  23.15 
 
 
354 aa  74.3  0.000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.512132  normal  0.127832 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1047  extracellular solute-binding protein  30.04 
 
 
322 aa  74.7  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.338181  normal  0.286195 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0402  NMT1/THI5 like domain protein  26.55 
 
 
360 aa  74.7  0.000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0925  NMT1/THI5 like domain protein  26.25 
 
 
311 aa  73.2  0.000000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0676609  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2720  extracellular solute-binding protein  29.43 
 
 
325 aa  73.2  0.000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3508  twin-arginine translocation pathway signal  26.25 
 
 
342 aa  72.8  0.000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.276709  normal  0.0987839 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5403  hypothetical protein  24.46 
 
 
329 aa  72  0.00000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.164568  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0036  histidine kinase  21.85 
 
 
856 aa  72.4  0.00000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.772406  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2859  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  28.63 
 
 
317 aa  71.6  0.00000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.23743  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1882  NMT1/THI5 like domain-containing protein  28.74 
 
 
361 aa  72  0.00000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.4783 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2969  substrate-binding region of ABC-type glycine betaine transport system  27.27 
 
 
321 aa  71.6  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.381415  normal  0.757286 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0260  hypothetical protein  24.75 
 
 
392 aa  70.9  0.00000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0622  NMT1/THI5 like domain protein  23.99 
 
 
338 aa  70.9  0.00000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5692  NMT1/THI5-like domain-containing protein  26.73 
 
 
360 aa  70.5  0.00000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1861  NMT1/THI5 like domain protein  26.42 
 
 
339 aa  70.1  0.00000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0280  NMT1/THI5-like domain-containing protein  29.06 
 
 
322 aa  69.7  0.00000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2701  NMT1/THI5-like domain-containing protein  23.4 
 
 
331 aa  69.7  0.00000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>