More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_II0011 on replicon NC_011313
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013456  VEA_002717  aTP-dependent DNA helicase RecQ family  63.98 
 
 		 641 aa  840    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0011  putative ATP-dependent DNA helicase  100 
 
 		 639 aa  1333    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4237  RecQ domain-containing protein  50.44 
 
 		 690 aa  644    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2380  RecQ domain-containing protein  51.9 
 
 		 654 aa  648    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2085  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  51.64 
 
 		 662 aa  640    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0787976  hitchhiker  0.00232303 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5409  ATP-dependent DNA helicase domain protein  56.4 
 
 		 642 aa  734    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.274257  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3396  23S rRNA (Gm2251)-methyltransferase  53.19 
 
 		 636 aa  679    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.119558  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2292  ATP-dependent DNA helicase RecQ  55.12 
 
 		 645 aa  705    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00114874  normal  0.690041 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2318  23S rRNA (Gm2251)-methyltransferase  54.94 
 
 		 648 aa  692    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0019664  hitchhiker  0.00147511 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4948  ATP-dependent DNA helicase RecQ  57.48 
 
 		 649 aa  755    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0275  ATP-dependent DNA helicase RecQ  57.75 
 
 		 642 aa  754    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0919838 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0369  ATP-dependent DNA helicase RecQ  57.44 
 
 		 642 aa  733    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2097  ATP-dependent DNA helicase RecQ  51.79 
 
 		 662 aa  642    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0407  ATP-dependent DNA helicase RecQ  56.96 
 
 		 653 aa  734    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.255198  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1322  ATP-dependent DNA helicase RecQ  54.24 
 
 		 664 aa  736    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0577384  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2260  ATP-dependent DNA helicase RecQ  51.79 
 
 		 662 aa  643    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0596276  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0617  ATP-dependent DNA helicase RecQ  50.75 
 
 		 681 aa  669    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2238  ATP-dependent DNA helicase RecQ  53.72 
 
 		 641 aa  676    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000407323  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03262  ATP-dependent DNA helicase RecQ  64.14 
 
 		 641 aa  855    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1946  ATP-dependent DNA helicase RecQ  52.12 
 
 		 658 aa  658    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.937169  normal  0.260337 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2030  ATP-dependent DNA helicase RecQ  52.28 
 
 		 665 aa  657    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.371966 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1924  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family protein  51.1 
 
 		 669 aa  637    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00903  RecQ domain protein  49.18 
 
 		 679 aa  658    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2025  ATP-dependent DNA helicase RecQ  51.87 
 
 		 659 aa  655    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.256994  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2377  ATP-dependent DNA helicase RecQ  51.79 
 
 		 662 aa  641    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0320482  normal  0.0846524 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1999  ATP-dependent DNA helicase RecQ  52.12 
 
 		 658 aa  657    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.171649 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1455  ATP-dependent DNA helicase RecQ  51.86 
 
 		 651 aa  630  1e-179  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.865636  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1782  ATP-dependent DNA helicase RecQ  49.69 
 
 		 646 aa  610  1e-173  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2051  superfamily II DNA/RNA helicase  40.16 
 
 		 637 aa  482  1e-135  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000195113  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1075  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  31.58 
 
 		 632 aa  317  6e-85  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0035291 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4157  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  45.2 
 
 		 611 aa  300  7e-80  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5263  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.2 
 
 		 611 aa  300  7e-80  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.695622 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4046  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.2 
 
 		 609 aa  300  7e-80  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4289  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.2 
 
 		 609 aa  300  7e-80  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03701  ATP-dependent DNA helicase  45.51 
 
 		 611 aa  300  8e-80  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.644555  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03650  hypothetical protein  45.51 
 
 		 609 aa  299  8e-80  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.738686  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1710  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  41.45 
 
 		 716 aa  299  9e-80  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00000163586  unclonable  9.26658e-25 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4343  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.2 
 
 		 609 aa  299  1e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6833  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  42.52 
 
 		 708 aa  298  1e-79  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4186  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.2 
 
 		 609 aa  298  2e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.802851 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4189  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.89 
 
 		 611 aa  298  3e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00948478 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1056  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  31.99 
 
 		 584 aa  298  3e-79  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2808  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.21 
 
 		 705 aa  296  5e-79  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4553  ATP-dependent DNA helicase RecQ  35.18 
 
 		 864 aa  295  2e-78  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3974  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.89 
 
 		 609 aa  294  3e-78  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.172016  normal  0.841537 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1065  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.46 
 
 		 709 aa  294  4e-78  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0927 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4166  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.89 
 
 		 615 aa  293  5e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1395  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.54 
 
 		 715 aa  293  5e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4516  ATP-dependent DNA helicase RecQ  45.54 
 
 		 715 aa  293  6e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.121492  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1036  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.46 
 
 		 709 aa  293  6e-78  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3741  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  42.81 
 
 		 705 aa  292  1e-77  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.158627  normal  0.0164028 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4238  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.89 
 
 		 615 aa  292  1e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1003  superfamily II DNA helicase  45.4 
 
 		 597 aa  292  1e-77  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000133719  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4285  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.89 
 
 		 615 aa  291  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.362747 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4187  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.89 
 
 		 615 aa  291  3e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4345  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.89 
 
 		 615 aa  291  3e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3805  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.92 
 
 		 714 aa  291  3e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.824216  hitchhiker  0.00000305051 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4022  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.92 
 
 		 715 aa  290  4e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0251984 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0011  ATP-dependent DNA helicase, RecQ family  40.39 
 
 		 793 aa  290  5.0000000000000004e-77  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00580778  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2961  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.24 
 
 		 622 aa  290  5.0000000000000004e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.303637 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0193  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.64 
 
 		 599 aa  290  6e-77  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.372053  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4154  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.24 
 
 		 608 aa  290  6e-77  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00653276  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1667  ATP-requiring DNA helicase RecQ  41.64 
 
 		 615 aa  290  7e-77  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1468  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.83 
 
 		 709 aa  290  8e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.251301 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0297  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.18 
 
 		 725 aa  288  2e-76  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3964  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.93 
 
 		 608 aa  287  2.9999999999999996e-76  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.9333  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3474  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.79 
 
 		 610 aa  287  2.9999999999999996e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0495  ATP-dependent DNA helicase RecQ  39.31 
 
 		 448 aa  288  2.9999999999999996e-76  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00264596  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4552  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.2 
 
 		 608 aa  287  2.9999999999999996e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00645821 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3830  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.57 
 
 		 607 aa  287  5e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.912589  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3602  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.27 
 
 		 737 aa  287  5e-76  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.436547 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3690  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.73 
 
 		 599 aa  287  5e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.561714  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0072  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.57 
 
 		 674 aa  286  5.999999999999999e-76  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.234386  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2993  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.52 
 
 		 633 aa  285  1.0000000000000001e-75  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.768661  normal  0.830913 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0218  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.64 
 
 		 610 aa  286  1.0000000000000001e-75  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2304  ATP-dependent DNA helicase RecQ  37.84 
 
 		 602 aa  286  1.0000000000000001e-75  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3998  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.64 
 
 		 597 aa  286  1.0000000000000001e-75  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0373347  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0555  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.64 
 
 		 610 aa  286  1.0000000000000001e-75  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1644  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.83 
 
 		 709 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.273045  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2576  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42 
 
 		 620 aa  285  2.0000000000000002e-75  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0400145  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1786  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.65 
 
 		 711 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2702  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.61 
 
 		 621 aa  285  2.0000000000000002e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1261  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.14 
 
 		 707 aa  285  2.0000000000000002e-75  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.850947  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4590  ATP-dependent DNA helicase RecQ  36.67 
 
 		 607 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.138004  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20810  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.65 
 
 		 712 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1151  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.82 
 
 		 714 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0326  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.86 
 
 		 626 aa  284  3.0000000000000004e-75  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.149933  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01900  ATP-dependent DNA helicase recQ  44.44 
 
 		 698 aa  284  3.0000000000000004e-75  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.490742  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5963  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.86 
 
 		 736 aa  284  3.0000000000000004e-75  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.765409 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0898  ATP-dependent DNA helicase RecQ  39.53 
 
 		 603 aa  284  4.0000000000000003e-75  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.109686  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06400  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.52 
 
 		 626 aa  284  4.0000000000000003e-75  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.199854  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1951  ATP-dependent DNA helicase RecQ  37.29 
 
 		 729 aa  284  4.0000000000000003e-75  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1812  ATP-dependent DNA helicase RecQ  44.1 
 
 		 710 aa  284  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.646087  normal  0.880119 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0035  ATP-dependent DNA helicase RecQ  40.11 
 
 		 707 aa  283  5.000000000000001e-75  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.142382  normal  0.0608085 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0391  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.2 
 
 		 607 aa  283  6.000000000000001e-75  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000840098 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2398  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.94 
 
 		 606 aa  283  9e-75  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0242  ATP-dependent DNA helicase RecQ  42.95 
 
 		 607 aa  282  1e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3738  ATP-dependent DNA helicase RecQ:ATP-requiring DNA helicase RecQ  43.52 
 
 		 709 aa  282  1e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.145176  normal  0.0175539 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0443  ATP-dependent DNA helicase RecQ  43.12 
 
 		 685 aa  282  1e-74  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3785  ATP-dependent DNA helicase RecQ  41.57 
 
 		 599 aa  283  1e-74  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>