121 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0013 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_0013  peptidoglycan-binding LysM-like protein  100 
 
 
403 aa  817  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.154454 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0188  peptidoglycan-binding LysM  41.71 
 
 
350 aa  294  2e-78  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000749903 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0096  Peptidoglycan-binding LysM  35.61 
 
 
349 aa  256  7e-67  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0020  peptidoglycan-binding LysM  42.49 
 
 
343 aa  248  2e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.732804  normal  0.419154 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3013  peptidoglycan-binding LysM  34.84 
 
 
345 aa  236  7e-61  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0056  peptidoglycan-binding LysM  37.87 
 
 
345 aa  231  1e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0194  peptidoglycan-binding LysM  36.15 
 
 
383 aa  228  2e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0349  peptidoglycan-binding LysM  35.57 
 
 
394 aa  223  4e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0885534 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4640  peptidoglycan-binding LysM  35.2 
 
 
408 aa  220  3e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.132875  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0282  putative signal peptide protein  36.2 
 
 
387 aa  220  3e-56  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0184346 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5114  Peptidoglycan-binding LysM  39.24 
 
 
405 aa  218  1e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0439251  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3879  peptidoglycan-binding LysM  34.38 
 
 
430 aa  217  4e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3861  peptidoglycan-binding LysM  33.66 
 
 
409 aa  213  4e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0044  peptidoglycan-binding LysM  35.45 
 
 
338 aa  213  5e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0021  hypothetical protein  36.2 
 
 
341 aa  213  6e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.156222  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3735  peptidoglycan-binding LysM  32.76 
 
 
365 aa  211  2e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.315042  hitchhiker  0.00230648 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3409  peptidoglycan-binding LysM  35.23 
 
 
388 aa  209  6e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.392654  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4687  peptidoglycan-binding LysM  34.74 
 
 
417 aa  209  7e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0069  signal peptide protein  35.42 
 
 
390 aa  207  3e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0036  peptidoglycan-binding LysM  32.02 
 
 
367 aa  207  3e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.971795  normal  0.107314 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00210  lysin domain-containing protein  35.68 
 
 
341 aa  206  8e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0120002  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0022  hypothetical protein  34.58 
 
 
352 aa  205  1e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.124597  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0834  peptidoglycan-binding LysM  32.59 
 
 
401 aa  204  3e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4050  peptidoglycan-binding LysM  31.83 
 
 
426 aa  203  5e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.021914  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3357  Peptidoglycan-binding LysM  35.49 
 
 
364 aa  202  6e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.695863  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00180  peptidoglycan-binding LysM protein  34.65 
 
 
341 aa  202  1e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0309659  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3680  Peptidoglycan-binding LysM  35.23 
 
 
395 aa  201  1e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4083  peptidoglycan-binding LysM  32.51 
 
 
420 aa  201  2e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.164352  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2629  peptidoglycan-binding LysM  41.67 
 
 
338 aa  201  2e-50  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.829323  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3566  peptidoglycan-binding LysM  35.16 
 
 
358 aa  200  3e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0025  peptidoglycan-binding LysM  30.5 
 
 
374 aa  199  6e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0176  LysM domain protein  33.86 
 
 
341 aa  198  1e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3395  Peptidoglycan-binding LysM  31.59 
 
 
419 aa  198  2e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2842  LysM domain-containing protein  31.41 
 
 
341 aa  197  3e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0039  peptidoglycan-binding LysM  32.27 
 
 
369 aa  195  1e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.357546 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0032  peptidoglycan-binding LysM  32.18 
 
 
362 aa  195  1e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0020  peptidoglycan-binding LysM  33.33 
 
 
341 aa  194  2e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0018  peptidoglycan-binding LysM  33.86 
 
 
341 aa  194  3e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  1.9767e-06  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2274  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  32.55 
 
 
389 aa  189  7e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00514615 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0044  LysM domain-containing protein  33.77 
 
 
346 aa  189  1e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.764087  normal  0.149636 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0032  Peptidoglycan-binding LysM  29.41 
 
 
376 aa  184  2e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  2.35775e-06 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0032  peptidoglycan-binding LysM  29.41 
 
 
376 aa  184  3e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00105156 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0033  peptidoglycan-binding LysM  29.41 
 
 
376 aa  184  4e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0025  peptidoglycan-binding LysM  31.15 
 
 
369 aa  183  6e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0028  peptidoglycan-binding LysM  29.17 
 
 
376 aa  181  1e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0025  peptidoglycan-binding LysM  30.47 
 
 
368 aa  181  2e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0028  peptidoglycan-binding LysM  28.5 
 
 
374 aa  180  3e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.198583 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0033  LysM domain-containing protein  28.61 
 
 
378 aa  180  5e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0030  peptidoglycan-binding LysM  28.22 
 
 
374 aa  179  8e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.772252  hitchhiker  0.00540943 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0036  peptidoglycan-binding LysM  28.75 
 
 
374 aa  179  8e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  2.43599e-05 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2087  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  32.35 
 
 
393 aa  176  8e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2519  hypothetical protein  29.7 
 
 
345 aa  164  3e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0077  peptidoglycan-binding LysM  31.94 
 
 
360 aa  164  3e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.820269 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2649  hypothetical protein  29.7 
 
 
345 aa  163  6e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0021  LysM domain-containing protein  28.97 
 
 
361 aa  152  1e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2464  peptidoglycan-binding LysM  29.27 
 
 
377 aa  147  4e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.175579 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002058  LysM domain-containing protein  29.88 
 
 
364 aa  145  2e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.778363  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2136  hypothetical protein  28.42 
 
 
377 aa  144  3e-33  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.116452 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0076  putative cell wall degradation enzyme  29.74 
 
 
353 aa  140  3e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00390  hypothetical protein  29.56 
 
 
364 aa  139  8e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0024  peptidoglycan-binding LysM  29.65 
 
 
359 aa  139  1e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2472  hypothetical protein  28.8 
 
 
391 aa  138  2e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0018  LysM domain protein  31.94 
 
 
349 aa  135  9e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0019  Peptidoglycan-binding LysM  31.94 
 
 
349 aa  135  9e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.154254 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00023  Peptidoglycan-binding LysM  28.35 
 
 
367 aa  131  2e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.574097  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04054  LysM domain protein  26.76 
 
 
366 aa  124  2e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3586  Peptidoglycan-binding LysM  27.04 
 
 
377 aa  116  7e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2794  Peptidoglycan-binding LysM  29.41 
 
 
440 aa  106  6e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0244523  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2887  Peptidoglycan-binding LysM  30.14 
 
 
440 aa  106  8e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.94359  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2701  peptidoglycan-binding LysM  29.97 
 
 
440 aa  106  8e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2695  peptidoglycan-binding LysM  29.81 
 
 
435 aa  106  9e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0516695  normal  0.123815 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0530  peptidoglycan-binding LysM  28.67 
 
 
331 aa  103  4e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1866  peptidoglycan-binding LysM  24.18 
 
 
384 aa  97.1  5e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1930  hypothetical protein  24.07 
 
 
384 aa  95.1  2e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2551  LysM domain-containing protein  31.87 
 
 
335 aa  93.6  6e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.551976  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0501  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  28.98 
 
 
429 aa  93.2  8e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3268  Peptidoglycan-binding LysM  28.73 
 
 
339 aa  92.4  1e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000361142  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0889  peptidoglycan-binding LysM  28.33 
 
 
333 aa  92  1e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  3.0411e-06  hitchhiker  3.23717e-12 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0409  LysM domain-containing protein  25.07 
 
 
333 aa  90.9  4e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.22112e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0537  peptidoglycan-binding LysM  27.7 
 
 
394 aa  85.9  1e-15  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  2.01658e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1527  Peptidoglycan-binding LysM  27.95 
 
 
338 aa  82.4  1e-14  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.27524e-30 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2713  Peptidoglycan-binding LysM  28.62 
 
 
335 aa  81.6  2e-14  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.292431  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3691  peptidoglycan-binding LysM  26.32 
 
 
340 aa  76.3  9e-13  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  2.7016e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2866  hypothetical protein  29.23 
 
 
329 aa  75.1  2e-12  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0326  LysM domain protein  44.64 
 
 
377 aa  52.8  1e-05  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.0219877  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1910  peptidoglycan-binding LysM  44 
 
 
382 aa  52  2e-05  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.937907 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5209  Peptidoglycan-binding LysM  36.07 
 
 
511 aa  52.4  2e-05  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.263437 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5282  Peptidoglycan-binding LysM  37.74 
 
 
552 aa  51.2  3e-05  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.772795 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0461  peptidoglycan-binding LysM  43.86 
 
 
439 aa  51.2  3e-05  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.520913  normal  0.0203741 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2489  peptidoglycan-binding LysM  42.42 
 
 
219 aa  51.2  3e-05  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4742  peptidoglycan-binding LysM  34.43 
 
 
511 aa  49.7  8e-05  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1636  Peptidoglycan-binding LysM  45.65 
 
 
451 aa  49.3  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1755  peptidoglycan-binding LysM  36.67 
 
 
195 aa  48.9  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.273127 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01655  hypothetical protein  54 
 
 
255 aa  48.9  0.0002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0662  putative cell wall turnover protein  41.3 
 
 
185 aa  47.4  0.0004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3954  hypothetical protein  41.3 
 
 
405 aa  46.2  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10149  normal  0.332371 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6887  transcriptional regulator, SARP family  37.33 
 
 
935 aa  45.8  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.691511  normal  0.899507 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2148  LysM domain/BON superfamily protein  36.84 
 
 
160 aa  45.8  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00099645  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0979  peptidoglycan-binding LysM  34.43 
 
 
651 aa  45.1  0.002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2281  LysM domain-containing protein  43.14 
 
 
357 aa  45.4  0.002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0169093  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>