More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2860 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 276 aa  568  1e-161  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  66.06 
 
 		 279 aa  379  1e-104  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  66.79 
 
 		 279 aa  377  1e-103  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  66.79 
 
 		 279 aa  375  1e-103  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2813  shikimate 5-dehydrogenase  62.91 
 
 		 282 aa  335  3.9999999999999995e-91  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.668736 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  56.88 
 
 		 278 aa  331  9e-90  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  55.07 
 
 		 278 aa  325  5e-88  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  49.81 
 
 		 289 aa  255  6e-67  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2069  shikimate 5-dehydrogenase  49.45 
 
 		 284 aa  253  2.0000000000000002e-66  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  49.29 
 
 		 283 aa  251  7e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0851  shikimate 5-dehydrogenase  49.08 
 
 		 292 aa  249  2e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4263  shikimate 5-dehydrogenase  49.63 
 
 		 285 aa  245  6e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43866  normal  0.585644 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  45.79 
 
 		 284 aa  242  6e-63  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  46.24 
 
 		 282 aa  238  5.999999999999999e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3937  shikimate 5-dehydrogenase  47.79 
 
 		 285 aa  236  3e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.538125  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1109  shikimate 5-dehydrogenase  49.24 
 
 		 285 aa  236  4e-61  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3211  shikimate 5-dehydrogenase  47.83 
 
 		 286 aa  236  4e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2977  shikimate/quinate 5-dehydrogenase  48.48 
 
 		 279 aa  234  2.0000000000000002e-60  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.188578  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1809  shikimate dehydrogenase  48.11 
 
 		 280 aa  233  3e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0004  shikimate 5-dehydrogenase  46.67 
 
 		 286 aa  233  3e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  46.62 
 
 		 280 aa  231  7.000000000000001e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3919  shikimate 5-dehydrogenase  48.5 
 
 		 283 aa  229  2e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1302  shikimate 5-dehydrogenase  47.73 
 
 		 280 aa  229  5e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.516899 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1767  shikimate 5-dehydrogenase  48.15 
 
 		 288 aa  228  6e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.393552  normal  0.147032 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4803  shikimate 5-dehydrogenase  47.35 
 
 		 278 aa  228  6e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.742777  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1489  shikimate 5-dehydrogenase  48.15 
 
 		 278 aa  228  7e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3480  shikimate 5-dehydrogenase  45.9 
 
 		 279 aa  227  1e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  47.19 
 
 		 292 aa  221  9.999999999999999e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2761  shikimate 5-dehydrogenase  47.76 
 
 		 276 aa  219  3e-56  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1489  shikimate 5-dehydrogenase  46.69 
 
 		 278 aa  216  4e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.06753 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4285  shikimate 5-dehydrogenase  47.79 
 
 		 282 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0105341 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4117  shikimate 5-dehydrogenase  47.06 
 
 		 277 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.363839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1254  shikimate 5-dehydrogenase  46.64 
 
 		 278 aa  213  2.9999999999999995e-54  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0006  shikimate 5-dehydrogenase  43.17 
 
 		 291 aa  211  1e-53  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000629471  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1275  shikimate 5-dehydrogenase  45.13 
 
 		 290 aa  207  1e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1035  shikimate 5-dehydrogenase  45.05 
 
 		 287 aa  207  2e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.32318  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2840  shikimate 5-dehydrogenase  41.6 
 
 		 274 aa  180  2e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  42.28 
 
 		 279 aa  178  7e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5013  shikimate 5-dehydrogenase  44.57 
 
 		 285 aa  178  9e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2848  shikimate 5-dehydrogenase  42.75 
 
 		 301 aa  172  3.9999999999999995e-42  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2976  shikimate dehydrogenase  36.33 
 
 		 280 aa  171  1e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  37.5 
 
 		 277 aa  171  2e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  33.58 
 
 		 277 aa  170  3e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  35.98 
 
 		 277 aa  169  4e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  38.75 
 
 		 298 aa  167  2e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  36.6 
 
 		 277 aa  167  2e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  38.75 
 
 		 298 aa  167  2e-40  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  34.32 
 
 		 298 aa  167  2e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  36.74 
 
 		 277 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  37.5 
 
 		 277 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  36.74 
 
 		 277 aa  166  4e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  37.12 
 
 		 277 aa  166  5e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  37.12 
 
 		 277 aa  165  5.9999999999999996e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  37.12 
 
 		 308 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  35.59 
 
 		 278 aa  165  5.9999999999999996e-40  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  36.74 
 
 		 277 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  36.74 
 
 		 277 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  35.38 
 
 		 275 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  36.88 
 
 		 288 aa  160  2e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  34.1 
 
 		 279 aa  160  2e-38  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  33.83 
 
 		 294 aa  160  2e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  36.53 
 
 		 298 aa  157  2e-37  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03620  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  36.02 
 
 		 283 aa  156  4e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0590963  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  33.94 
 
 		 289 aa  155  6e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  35.93 
 
 		 284 aa  155  6e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  33.09 
 
 		 280 aa  154  1e-36  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  36.6 
 
 		 280 aa  154  2e-36  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  38.27 
 
 		 289 aa  154  2e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  33.82 
 
 		 280 aa  154  2e-36  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  33.57 
 
 		 279 aa  153  4e-36  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  34.78 
 
 		 273 aa  153  4e-36  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1962  shikimate 5-dehydrogenase  38.99 
 
 		 315 aa  152  5.9999999999999996e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  31.54 
 
 		 268 aa  152  8e-36  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  31.54 
 
 		 268 aa  152  8e-36  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  36.06 
 
 		 290 aa  151  1e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  35.48 
 
 		 289 aa  150  2e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  34.98 
 
 		 286 aa  150  2e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  37.26 
 
 		 290 aa  150  3e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  30.63 
 
 		 286 aa  149  4e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  32.22 
 
 		 273 aa  149  7e-35  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  33.1 
 
 		 301 aa  148  8e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2724  shikimate 5-dehydrogenase  39.53 
 
 		 270 aa  148  1.0000000000000001e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  31.42 
 
 		 269 aa  147  2.0000000000000003e-34  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  32.47 
 
 		 286 aa  147  2.0000000000000003e-34  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  36.09 
 
 		 288 aa  147  3e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  32.28 
 
 		 289 aa  146  4.0000000000000006e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  35.19 
 
 		 283 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  35.56 
 
 		 297 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  31.37 
 
 		 311 aa  145  5e-34  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  33.98 
 
 		 288 aa  145  8.000000000000001e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  31.73 
 
 		 311 aa  144  1e-33  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0088  shikimate 5-dehydrogenase  36.57 
 
 		 271 aa  144  1e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6806  shikimate 5-dehydrogenase  37.93 
 
 		 282 aa  143  2e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0429993  normal  0.348952 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  34.2 
 
 		 288 aa  144  2e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  31.14 
 
 		 300 aa  143  2e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  34.2 
 
 		 288 aa  144  2e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  31.37 
 
 		 286 aa  144  2e-33  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6119  shikimate 5-dehydrogenase  35.45 
 
 		 293 aa  143  3e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.288801 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  34.73 
 
 		 276 aa  143  3e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2359  shikimate 5-dehydrogenase  37.36 
 
 		 277 aa  143  3e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>