More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3848 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_2131  RNAse E  55.85 
 
 		 936 aa  658    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.162164  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3848  RNAse E  100 
 
 		 880 aa  1741    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0716  ribonuclease  56.98 
 
 		 869 aa  665    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.198515  normal  0.695847 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2149  RNAse E  58.9 
 
 		 889 aa  644    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2318  ribonuclease E  71.29 
 
 		 935 aa  861    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3172  ribonuclease  81.64 
 
 		 881 aa  714    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0592866  normal  0.271417 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1711  ribonuclease E  58.24 
 
 		 868 aa  674    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0296054  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1296  ribonuclease E  59.56 
 
 		 890 aa  682    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.17459  normal  0.956429 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0806  ribonuclease  55.85 
 
 		 890 aa  658    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0942815  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0589  ribonuclease, Rne/Rng family  57.5 
 
 		 1009 aa  654    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000676969 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4668  ribonuclease  65.46 
 
 		 1080 aa  563  1.0000000000000001e-159  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.156996  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0729  ribonuclease, Rne/Rng family  59.34 
 
 		 1080 aa  555  1e-156  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.410807 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0931  ribonuclease  63.64 
 
 		 1005 aa  550  1e-155  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.589799 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3659  ribonuclease  61.15 
 
 		 1049 aa  546  1e-154  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0393  ribonuclease  61.96 
 
 		 1092 aa  547  1e-154  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3946  ribonuclease, Rne/Rng family  57.56 
 
 		 1065 aa  548  1e-154  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.213913 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3952  ribonuclease, Rne/Rng family  61.15 
 
 		 1046 aa  546  1e-154  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0825957  normal  0.60191 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4649  ribonuclease  63.26 
 
 		 1043 aa  543  1e-153  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.332201 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6047  ribonuclease, Rne/Rng family  61.5 
 
 		 1045 aa  545  1e-153  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2728  ribonuclease, Rne/Rng family  54.66 
 
 		 1053 aa  545  1e-153  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.236076  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0912  ribonuclease Rne/Rng domain-containing protein  60.54 
 
 		 922 aa  540  9.999999999999999e-153  Brucella suis 1330  Bacteria  unclonable  0.00607829  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0908  ribonuclease Rne/Rng domain-containing protein  60.54 
 
 		 891 aa  538  1e-151  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.0000577362  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1794  ribonuclease E  61.07 
 
 		 1035 aa  536  1e-151  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.713418  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2854  ribonuclease  44.42 
 
 		 1029 aa  535  1e-150  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.541303  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2965  ribonuclease  49.09 
 
 		 869 aa  535  1e-150  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0116298  normal  0.140468 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0388  ribonuclease  54.86 
 
 		 906 aa  533  1e-150  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3009  ribonuclease  50.26 
 
 		 1060 aa  530  1e-149  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00611074  normal  0.333184 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2539  ribonuclease E  63.66 
 
 		 890 aa  532  1e-149  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.915754  normal  0.197349 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2442  ribonuclease  59.81 
 
 		 1043 aa  529  1e-149  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.26344  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1720  ribonuclease E and G  57.08 
 
 		 1059 aa  527  1e-148  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.325079  normal  0.0192553 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4204  ribonuclease E  57.24 
 
 		 1070 aa  528  1e-148  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1822  ribonuclease  54.87 
 
 		 1039 aa  526  1e-148  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2572  ribonuclease  59.67 
 
 		 905 aa  522  1e-146  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.27752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2340  ribonuclease  63.13 
 
 		 1026 aa  516  1.0000000000000001e-145  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.114926  normal  0.216071 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1459  RNAse E  55.56 
 
 		 976 aa  518  1.0000000000000001e-145  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  unclonable  0.00000280055  normal  0.379566 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1776  ribonuclease E  45.65 
 
 		 984 aa  518  1.0000000000000001e-145  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.0000943072  decreased coverage  0.00020345 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0555  ribonuclease E  38.64 
 
 		 608 aa  455  1.0000000000000001e-126  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0470  ribonuclease  38.87 
 
 		 606 aa  449  1e-125  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0929  ribonuclease, Rne/Rng family protein  40.25 
 
 		 587 aa  431  1e-119  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.251071  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1619  RNAse E  51.75 
 
 		 1012 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0118741  normal  0.382079 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3841  ribonuclease, Rne/Rng family protein  51.5 
 
 		 1128 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.87898  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2039  ribonuclease E  49.74 
 
 		 926 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000375144  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1592  ribonuclease E  51 
 
 		 1175 aa  408  1.0000000000000001e-112  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.690225  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1516  ribonuclease  51.75 
 
 		 1072 aa  406  1e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00855049  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1638  ribonuclease E and G  51.25 
 
 		 1120 aa  406  1e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.664118 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4166  RNAse E  51.25 
 
 		 1082 aa  405  1e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000306864  normal  0.124166 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14810  Ribonuclease E  51.25 
 
 		 1139 aa  405  1e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1481  ribonuclease  51.25 
 
 		 1086 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00984617  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1242  ribonuclease  50.12 
 
 		 928 aa  403  9.999999999999999e-111  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1905  ribonuclease, Rne/Rng family  51.25 
 
 		 1091 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.879394  unclonable  0.000000947805 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1064  ribonuclease  50.38 
 
 		 977 aa  401  9.999999999999999e-111  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.973146  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25560  ribonuclease E  51.75 
 
 		 1057 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0583784  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0818  ribonuclease  49.88 
 
 		 1092 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00158382  normal  0.513461 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0991  ribonuclease  49.63 
 
 		 1059 aa  397  1e-109  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.19075  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1190  ribonuclease, Rne/Rng family  50.78 
 
 		 938 aa  399  1e-109  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.048961  normal  0.116022 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2185  ribonuclease E  51.75 
 
 		 1073 aa  398  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0610467  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0970  ribonuclease, Rne/Rng family  49.13 
 
 		 1008 aa  397  1e-109  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.100697 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2304  ribonuclease  49.63 
 
 		 1071 aa  398  1e-109  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1256  ribonuclease  50.62 
 
 		 792 aa  397  1e-109  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000740438  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4223  ribonuclease E  49.63 
 
 		 1053 aa  397  1e-109  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0187486  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1321  ribonuclease E  48.5 
 
 		 904 aa  397  1e-109  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0034947  normal  0.881501 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1062  ribonuclease E  49.88 
 
 		 1096 aa  399  1e-109  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  unclonable  0.00000580995  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1876  ribonuclease  50.92 
 
 		 1056 aa  399  1e-109  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.166122  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2922  ribonuclease, Rne/Rng family  49.88 
 
 		 1097 aa  399  1e-109  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000705961  normal  0.54344 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3809  ribonuclease  51.25 
 
 		 1090 aa  399  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000518974  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0921  ribonuclease, Rne/Rng family protein  50.13 
 
 		 808 aa  395  1e-108  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00650126  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0389  ribonuclease  49.63 
 
 		 879 aa  394  1e-108  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.57215  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1040  ribonuclease E protein  48.63 
 
 		 1014 aa  395  1e-108  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.120307  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0905  ribonuclease, Rne/Rng family  48.99 
 
 		 1011 aa  394  1e-108  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0755598  normal  0.0613595 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2193  ribonuclease  49.63 
 
 		 1111 aa  394  1e-108  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.695078  normal  0.0536966 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2275  RNAse E  49.38 
 
 		 1042 aa  394  1e-108  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.896581  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1069  ribonuclease  49.63 
 
 		 1056 aa  395  1e-108  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.17751  decreased coverage  0.00648425 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1378  ribonuclease, Rne/Rng family  48.13 
 
 		 1074 aa  394  1e-108  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.282937  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2791  ribonuclease E  49.13 
 
 		 1087 aa  394  1e-108  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.000882056  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1707  ribonuclease E  49.38 
 
 		 1068 aa  395  1e-108  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.000337375  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1814  ribonuclease E  49.13 
 
 		 1087 aa  394  1e-108  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0112079  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2440  RNAse E  49.63 
 
 		 1037 aa  394  1e-108  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.19566  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0631  ribonuclease  49.63 
 
 		 1059 aa  395  1e-108  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0577121  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2802  ribonuclease E  49.13 
 
 		 1088 aa  393  1e-108  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.0000361809  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1430  ribonuclease E  48.5 
 
 		 1073 aa  394  1e-108  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.260181 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0986  ribonuclease  49.63 
 
 		 1068 aa  394  1e-108  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.41392  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1110  ribonuclease  49.63 
 
 		 1059 aa  395  1e-108  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.000270139  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0520  ribonuclease E  49.13 
 
 		 1090 aa  392  1e-107  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000787566  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2918  ribonuclease E  49.13 
 
 		 1085 aa  393  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000100731  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2491  ribonuclease E  49.13 
 
 		 1090 aa  392  1e-107  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000172006  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1720  ribonuclease  48.99 
 
 		 1007 aa  390  1e-107  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1619  RNAse E  49.5 
 
 		 968 aa  391  1e-107  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000868095  normal  0.696665 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2678  ribonuclease, Rne/Rng family  48.48 
 
 		 1091 aa  390  1e-107  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.438529  normal  0.174133 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0396  ribonuclease, Rne/Rng family  49.13 
 
 		 865 aa  390  1e-107  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2863  ribonuclease E  49.13 
 
 		 1088 aa  392  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.829315  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2176  ribonuclease E  46.84 
 
 		 1132 aa  387  1e-106  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1173  ribonuclease E  49.25 
 
 		 1040 aa  388  1e-106  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3660  ribonuclease E  47.9 
 
 		 1041 aa  387  1e-106  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3086  ribonuclease  49.25 
 
 		 1076 aa  389  1e-106  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2643  ribonuclease, Rne/Rng family  48.74 
 
 		 1029 aa  386  1e-106  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3290  ribonuclease E  48.74 
 
 		 1025 aa  385  1e-105  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2843  ribonuclease E and G  49.5 
 
 		 764 aa  384  1e-105  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.298666  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2546  ribonuclease E  50 
 
 		 806 aa  385  1e-105  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000147077  hitchhiker  1.1855699999999999e-20 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2088  ribonuclease  46.84 
 
 		 1132 aa  386  1e-105  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01517  ribonuclease E  48.62 
 
 		 1238 aa  384  1e-105  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>