More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrad2831_4649 on replicon NC_010505
Organism: Methylobacterium radiotolerans JCM 2831



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_4649  ribonuclease  100 
 
 
1043 aa  2048    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.332201 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0957  ribonuclease  70.68 
 
 
944 aa  642    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.545354  normal  0.0139882 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3946  ribonuclease, Rne/Rng family  77.2 
 
 
1065 aa  850    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.213913 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4668  ribonuclease  77.93 
 
 
1080 aa  697    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.156996  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0931  ribonuclease  71.84 
 
 
1005 aa  672    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.589799 
 
 
-
 
NC_004310  BR0912  ribonuclease Rne/Rng domain-containing protein  70.47 
 
 
922 aa  644    Brucella suis 1330  Bacteria  unclonable  0.00607829  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1393  ribonuclease, Rne/Rng family  67.87 
 
 
953 aa  641    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  unclonable  0.000000823933  normal  0.119255 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3659  ribonuclease  89.98 
 
 
1049 aa  855    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1720  ribonuclease E and G  67.68 
 
 
1059 aa  671    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.325079  normal  0.0192553 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3009  ribonuclease  58.28 
 
 
1060 aa  810    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  decreased coverage  0.00611074  normal  0.333184 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4204  ribonuclease E  72.63 
 
 
1070 aa  676    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2442  ribonuclease  69.57 
 
 
1043 aa  672    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.26344  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1822  ribonuclease  55.81 
 
 
1039 aa  679    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2268  ribonuclease  69.84 
 
 
926 aa  637    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.78941  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1459  RNAse E  51.44 
 
 
976 aa  685    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  unclonable  0.00000280055  normal  0.379566 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0393  ribonuclease  86.89 
 
 
1092 aa  811    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1711  ribonuclease E  70.86 
 
 
868 aa  652    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0296054  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6047  ribonuclease, Rne/Rng family  87.78 
 
 
1045 aa  816    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0908  ribonuclease Rne/Rng domain-containing protein  70.47 
 
 
891 aa  641    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.0000577362  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3952  ribonuclease, Rne/Rng family  67.47 
 
 
1046 aa  856    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0825957  normal  0.60191 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3278  ribonuclease  63.19 
 
 
863 aa  592  1e-167  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.027998  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0716  ribonuclease  60.13 
 
 
869 aa  550  1e-155  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.198515  normal  0.695847 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2965  ribonuclease  65.34 
 
 
869 aa  550  1e-155  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0116298  normal  0.140468 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0806  ribonuclease  57.92 
 
 
890 aa  545  1e-153  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0942815  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2131  RNAse E  57.92 
 
 
936 aa  545  1e-153  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.162164  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0388  ribonuclease  59.41 
 
 
906 aa  545  1e-153  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1296  ribonuclease E  63.59 
 
 
890 aa  538  1e-151  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.17459  normal  0.956429 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3848  RNAse E  64.71 
 
 
880 aa  527  1e-148  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2340  ribonuclease  61.12 
 
 
1026 aa  524  1e-147  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.114926  normal  0.216071 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2572  ribonuclease  63.91 
 
 
905 aa  523  1e-147  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.27752  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2318  ribonuclease E  63.92 
 
 
935 aa  525  1e-147  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0589  ribonuclease, Rne/Rng family  60.09 
 
 
1009 aa  520  1e-146  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000676969 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2539  ribonuclease E  59.21 
 
 
890 aa  518  1.0000000000000001e-145  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.915754  normal  0.197349 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3172  ribonuclease  62.4 
 
 
881 aa  516  1.0000000000000001e-145  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0592866  normal  0.271417 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2149  RNAse E  61.88 
 
 
889 aa  514  1e-144  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1776  ribonuclease E  49.89 
 
 
984 aa  426  1e-118  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.0000943072  decreased coverage  0.00020345 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3086  ribonuclease  50.5 
 
 
1076 aa  414  1e-114  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1064  ribonuclease  47.9 
 
 
977 aa  413  1e-114  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.973146  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1321  ribonuclease E  51.68 
 
 
904 aa  416  1e-114  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0034947  normal  0.881501 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1378  ribonuclease, Rne/Rng family  50.75 
 
 
1074 aa  414  1e-114  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.282937  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25560  ribonuclease E  48.74 
 
 
1057 aa  414  1e-114  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0583784  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1481  ribonuclease  49.2 
 
 
1086 aa  412  1e-113  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00984617  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1905  ribonuclease, Rne/Rng family  49.2 
 
 
1091 aa  412  1e-113  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.879394  unclonable  0.000000947805 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3809  ribonuclease  49.2 
 
 
1090 aa  411  1e-113  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000518974  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1516  ribonuclease  48.74 
 
 
1072 aa  410  1e-113  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00855049  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4166  RNAse E  48.28 
 
 
1082 aa  410  1e-113  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000306864  normal  0.124166 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1720  ribonuclease  50.5 
 
 
1007 aa  411  1e-113  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3660  ribonuclease E  50.5 
 
 
1041 aa  412  1e-113  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4788  ribonuclease  51.24 
 
 
1038 aa  411  1e-113  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.870424  normal  0.38307 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1242  ribonuclease  51.17 
 
 
928 aa  410  1e-113  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1040  ribonuclease E protein  49.38 
 
 
1014 aa  409  1.0000000000000001e-112  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.120307  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3841  ribonuclease, Rne/Rng family protein  48.28 
 
 
1128 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.87898  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1619  RNAse E  50.87 
 
 
1012 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0118741  normal  0.382079 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5282  ribonuclease  50 
 
 
1044 aa  408  1.0000000000000001e-112  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0972122  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2185  ribonuclease E  48.74 
 
 
1073 aa  409  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0610467  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1190  ribonuclease, Rne/Rng family  50.63 
 
 
938 aa  407  1.0000000000000001e-112  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.048961  normal  0.116022 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0970  ribonuclease, Rne/Rng family  49.38 
 
 
1008 aa  405  1e-111  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.100697 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1638  ribonuclease E and G  48.05 
 
 
1120 aa  405  1e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.664118 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2436  ribonuclease, Rne/Rng family  46.84 
 
 
1061 aa  404  1e-111  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2088  ribonuclease  50.13 
 
 
1132 aa  405  1e-111  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14810  Ribonuclease E  47.83 
 
 
1139 aa  405  1e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0905  ribonuclease, Rne/Rng family  49.38 
 
 
1011 aa  404  1e-111  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0755598  normal  0.0613595 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2176  ribonuclease E  50.13 
 
 
1132 aa  406  1e-111  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1430  ribonuclease E  47.17 
 
 
1073 aa  404  1e-111  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.260181 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2678  ribonuclease, Rne/Rng family  48.6 
 
 
1091 aa  406  1e-111  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.438529  normal  0.174133 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2005  ribonuclease E  49.74 
 
 
870 aa  400  9.999999999999999e-111  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2275  RNAse E  48.88 
 
 
1042 aa  403  9.999999999999999e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.896581  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1062  ribonuclease E  45.91 
 
 
1096 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  unclonable  0.00000580995  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1592  ribonuclease E  50.26 
 
 
1175 aa  403  9.999999999999999e-111  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.690225  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2440  RNAse E  48.88 
 
 
1037 aa  401  9.999999999999999e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.19566  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0818  ribonuclease  46.14 
 
 
1092 aa  402  9.999999999999999e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00158382  normal  0.513461 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01517  ribonuclease E  50.64 
 
 
1238 aa  399  1e-109  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0389  ribonuclease  49.13 
 
 
879 aa  399  1e-109  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.57215  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2643  ribonuclease, Rne/Rng family  49 
 
 
1029 aa  398  1e-109  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3290  ribonuclease E  49 
 
 
1025 aa  397  1e-109  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0656  ribonuclease E  49.38 
 
 
998 aa  399  1e-109  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.59395 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2922  ribonuclease, Rne/Rng family  45.91 
 
 
1097 aa  399  1e-109  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000705961  normal  0.54344 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2843  ribonuclease E and G  49.25 
 
 
764 aa  394  1e-108  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.298666  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4223  ribonuclease E  47.9 
 
 
1053 aa  394  1e-108  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0187486  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1707  ribonuclease E  45.23 
 
 
1068 aa  394  1e-108  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.000337375  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2304  ribonuclease  49.37 
 
 
1071 aa  394  1e-108  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0396  ribonuclease, Rne/Rng family  48.39 
 
 
865 aa  394  1e-108  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0991  ribonuclease  45.45 
 
 
1059 aa  395  1e-108  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.19075  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2802  ribonuclease E  45 
 
 
1088 aa  391  1e-107  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.0000361809  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2491  ribonuclease E  45 
 
 
1090 aa  390  1e-107  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000172006  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2193  ribonuclease  45.45 
 
 
1111 aa  392  1e-107  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.695078  normal  0.0536966 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1564  RNAse E  48.97 
 
 
873 aa  392  1e-107  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.270508  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2918  ribonuclease E  45 
 
 
1085 aa  392  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000100731  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2039  ribonuclease E  48.96 
 
 
926 aa  392  1e-107  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000375144  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1173  ribonuclease E  48.51 
 
 
1040 aa  392  1e-107  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1069  ribonuclease  45.45 
 
 
1056 aa  393  1e-107  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.17751  decreased coverage  0.00648425 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2220  ribonuclease, Rne/Rng family  45.08 
 
 
782 aa  392  1e-107  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0592  ribonuclease  48.14 
 
 
1058 aa  390  1e-107  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0452769 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2863  ribonuclease E  45 
 
 
1088 aa  391  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.829315  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1874  ribonuclease, Rne/Rng family  45.08 
 
 
782 aa  392  1e-107  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.0000717737  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0631  ribonuclease  45.45 
 
 
1059 aa  392  1e-107  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0577121  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1814  ribonuclease E  45 
 
 
1087 aa  392  1e-107  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0112079  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0986  ribonuclease  45.45 
 
 
1068 aa  393  1e-107  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.41392  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1110  ribonuclease  45.45 
 
 
1059 aa  392  1e-107  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.000270139  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1876  ribonuclease  49.08 
 
 
1056 aa  390  1e-107  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.166122  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>