More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_1154 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_1154  RND efflux system outer membrane lipoprotein  100 
 
 
473 aa  903    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.182996  normal  0.122717 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0870  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  51.31 
 
 
493 aa  340  2.9999999999999998e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4081  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  48.82 
 
 
517 aa  328  9e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4790  NodT family outer membrane lipoprotein  43.81 
 
 
496 aa  322  9.999999999999999e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.031941  normal  0.791068 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5459  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.6 
 
 
493 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.628466  normal  0.0370061 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4288  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.28 
 
 
467 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.22095  normal  0.428638 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3191  RND efflux system outer membrane lipoprotein  47.59 
 
 
497 aa  309  9e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  47.59 
 
 
497 aa  309  9e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4319  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  45.99 
 
 
483 aa  306  5.0000000000000004e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.239033  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5768  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.38 
 
 
499 aa  306  8.000000000000001e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.20317  normal  0.984778 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7725  RND efflux system outer membrane lipoprotein  41.19 
 
 
499 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6012  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.96 
 
 
499 aa  302  7.000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6626  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  40.78 
 
 
508 aa  298  1e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2615  aromatic acid efflux system NodT family outer membrane lipoprotein  40.78 
 
 
510 aa  293  6e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6151  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.17 
 
 
502 aa  286  4e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.808287  normal  0.205282 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3621  outer membrane efflux protein  39.67 
 
 
477 aa  286  7e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.21353  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_4010  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  43.71 
 
 
486 aa  282  1e-74  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.940434  normal  0.118266 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2069  multidrug efflux MFS outer membrane protein, putative  39.55 
 
 
473 aa  278  2e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.582601 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3381  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  39.43 
 
 
477 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.261059  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3167  RND efflux system outer membrane lipoprotein  46.15 
 
 
480 aa  273  5.000000000000001e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.487226 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1101  outer membrane protein  39.87 
 
 
470 aa  272  9e-72  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3674  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.26 
 
 
472 aa  271  2e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6180  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.35 
 
 
498 aa  270  5e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0879819  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6660  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.35 
 
 
498 aa  270  5.9999999999999995e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.958876 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2929  RND efflux system outer membrane lipoprotein  48.12 
 
 
484 aa  269  8e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1086  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.53 
 
 
482 aa  266  5.999999999999999e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.981132  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0174  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  40.76 
 
 
480 aa  266  7e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2115  RND efflux system outer membrane lipoprotein  40.51 
 
 
497 aa  264  2e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0108  outer membrane efflux protein  44.4 
 
 
477 aa  252  1e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.998776  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3101  outer membrane efflux protein  37.19 
 
 
465 aa  246  6e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00986507  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5048  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.48 
 
 
472 aa  246  6e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.11831  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3274  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.95 
 
 
495 aa  244  3e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3581  outer membrane protein OprN precursor  40.55 
 
 
499 aa  244  3e-63  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0200  RND efflux system outer membrane lipoprotein  39.04 
 
 
472 aa  242  1e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.844152  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0179  RND efflux transporter  38.7 
 
 
472 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2256  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  42.19 
 
 
478 aa  240  4e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2969  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  36.92 
 
 
465 aa  239  6.999999999999999e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.678758  normal  0.17281 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3793  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.95 
 
 
495 aa  239  6.999999999999999e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.351966 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0204  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.16 
 
 
472 aa  237  3e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3498  RND efflux system outer membrane lipoprotein  43.16 
 
 
466 aa  236  7e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.916304  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3093  outer membrane protein  35.96 
 
 
503 aa  236  1.0000000000000001e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  7.56103e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2193  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.38 
 
 
495 aa  234  3e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0126086  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0783  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.63 
 
 
493 aa  233  8.000000000000001e-60  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.436637  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2509  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.98 
 
 
471 aa  233  8.000000000000001e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.293505  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2335  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.84 
 
 
471 aa  232  1e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0165  RND efflux system outer membrane lipoprotein  42.32 
 
 
477 aa  230  3e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3427  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.62 
 
 
471 aa  229  7e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0491334  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1570  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  37.76 
 
 
473 aa  229  1e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2446  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.28 
 
 
471 aa  227  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.177234  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2657  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.14 
 
 
473 aa  225  1e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0121184  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2809  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.98 
 
 
497 aa  225  1e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2340  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.23 
 
 
502 aa  225  1e-57  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48240  putative outer membrane component of multidrug efflux pump  42.01 
 
 
482 aa  224  3e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0030067  normal  0.0214896 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2179  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.9 
 
 
462 aa  223  6e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.159854  normal  0.0708517 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1085  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.55 
 
 
486 aa  222  9e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.377293  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3899  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.45 
 
 
495 aa  218  2e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.624231 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0400  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.17 
 
 
494 aa  218  2e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3628  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.45 
 
 
495 aa  218  2e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.399788  normal  0.615306 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4467  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.45 
 
 
495 aa  218  2e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.419427  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0699  hypothetical protein  28.63 
 
 
489 aa  217  2.9999999999999998e-55  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0719  hypothetical protein  28.42 
 
 
479 aa  214  1.9999999999999998e-54  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3360  RND efflux system outer membrane lipoprotein  35.88 
 
 
494 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.414328  hitchhiker  0.00000000121747 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3597  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  34.91 
 
 
501 aa  210  4e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.482695 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4744  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.86 
 
 
503 aa  209  6e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.918566  hitchhiker  0.00837312 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3623  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  37.86 
 
 
503 aa  209  6e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.392647  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5539  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.86 
 
 
503 aa  209  1e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.541532  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4126  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.26 
 
 
460 aa  208  2e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.201465  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1872  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.62 
 
 
509 aa  208  2e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2616  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  33.74 
 
 
501 aa  207  3e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1231  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.13 
 
 
486 aa  207  3e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0812696  normal  0.324306 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2743  outer membrane protein OprN precursor  36.84 
 
 
472 aa  206  5e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0009  drug efflux lipoprotein  33.4 
 
 
514 aa  206  9e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.347699  normal  0.0645676 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32380  multidrug efflux outer membrane protein OprN precursor  37.28 
 
 
472 aa  206  1e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0450823  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1006  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.71 
 
 
507 aa  205  1e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0211246  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18790  putative outer membrane efflux protein  36.82 
 
 
491 aa  205  1e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0851472 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2159  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  36.4 
 
 
529 aa  204  2e-51  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4684  RND efflux system outer membrane lipoprotein  36.72 
 
 
494 aa  203  5e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1362  outer membrane efflux family protein  30.13 
 
 
558 aa  202  9.999999999999999e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2305  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.33 
 
 
517 aa  201  1.9999999999999998e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0155955 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1407  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.79 
 
 
488 aa  201  3e-50  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.380774 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4513  RND efflux system outer membrane lipoprotein  37.29 
 
 
480 aa  201  3e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.224973  normal  0.972576 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1919  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  34.75 
 
 
482 aa  200  3.9999999999999996e-50  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.328582  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46400  Outer membrane protein  35.36 
 
 
479 aa  200  5e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2052  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  32.71 
 
 
499 aa  200  6e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3932  RND efflux system outer membrane lipoprotein  38.31 
 
 
491 aa  200  6e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1595  multidrug efflux system outer membrane subunit  33.94 
 
 
520 aa  199  7.999999999999999e-50  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4009  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.47 
 
 
486 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0874069  normal  0.0174443 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1626  putative outer membrane efflux protein  38.89 
 
 
495 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27410  putative outer membrane protein precursor  34.75 
 
 
479 aa  197  3e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.721932  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0814  outer membrane protein  35.96 
 
 
479 aa  197  4.0000000000000005e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.14 
 
 
484 aa  197  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.484622  normal  0.130102 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3747  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.56 
 
 
514 aa  197  5.000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.846743  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0144  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  33.75 
 
 
483 aa  197  5.000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.16245  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3378  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  35.97 
 
 
470 aa  196  5.000000000000001e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.469197 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4429  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.14 
 
 
484 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.305214  normal  0.0579633 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1591  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  35.79 
 
 
481 aa  196  6e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  unclonable  0.000000292967 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2893  RND efflux system outer membrane lipoprotein  34.43 
 
 
516 aa  196  6e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1384  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  32.14 
 
 
484 aa  196  8.000000000000001e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.285433 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6200  multidrug efflux system outer membrane subunit  33.77 
 
 
504 aa  196  8.000000000000001e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.584656  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4339  RND efflux system outer membrane lipoprotein  32.14 
 
 
484 aa  196  8.000000000000001e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0952934  normal  0.254961 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>