192 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_2103 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_2103  hypothetical protein  100 
 
 		 243 aa  470  1.0000000000000001e-131  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  decreased coverage  0.000719716  normal  0.302438 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2246  hypothetical protein  88.7 
 
 		 240 aa  414  9.999999999999999e-116  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.155088  normal  0.156395 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1031  putative periplasmic substrate-binding protein  65.96 
 
 		 253 aa  283  2.0000000000000002e-75  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.377319  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2040  hypothetical protein  61.6 
 
 		 241 aa  278  5e-74  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.05668  normal  0.0365755 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3557  putative periplasmic substrate-binding protein  64.81 
 
 		 255 aa  278  5e-74  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00679911  normal  0.410272 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4823  periplasmic binding protein  57.94 
 
 		 252 aa  256  2e-67  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0893  putative periplasmic substrate-binding protein  66.38 
 
 		 251 aa  256  2e-67  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0010  putative periplasmic substrate-binding protein  59.67 
 
 		 280 aa  255  3e-67  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07340  ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  60.41 
 
 		 263 aa  249  4e-65  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3150  hypothetical protein  58.55 
 
 		 290 aa  240  2e-62  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2810  hypothetical protein  57.76 
 
 		 250 aa  233  2.0000000000000002e-60  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1761  hypothetical protein  61.28 
 
 		 243 aa  233  3e-60  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.396883  hitchhiker  0.00317212 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2226  periplasmic binding protein  57.66 
 
 		 251 aa  231  9e-60  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.578911  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2532  periplasmic binding protein  44.31 
 
 		 250 aa  150  2e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.870757  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3091  periplasmic binding protein  39.91 
 
 		 278 aa  145  4.0000000000000006e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.288835 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3896  periplasmic binding protein  38.43 
 
 		 263 aa  141  7e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00316656  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0112  periplasmic binding protein  40.95 
 
 		 260 aa  133  3e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.16006  normal  0.195536 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2937  periplasmic binding protein  37.45 
 
 		 270 aa  129  4.0000000000000003e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.0000364974  hitchhiker  0.00655173 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06845  predicted ABC-type Fe3+-hydroxamate transport system, periplasmic component  32.5 
 
 		 266 aa  125  7e-28  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0226932  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0828  periplasmic binding protein  40.89 
 
 		 268 aa  125  8.000000000000001e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1134  periplasmic binding protein  35.93 
 
 		 246 aa  122  6e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0216627  normal  0.720835 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4706  periplasmic binding protein  35.38 
 
 		 296 aa  119  4.9999999999999996e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2323  periplasmic binding protein  27.8 
 
 		 266 aa  110  2.0000000000000002e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0726  periplasmic binding protein  38.63 
 
 		 279 aa  109  4.0000000000000004e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3084  periplasmic binding protein  33.73 
 
 		 276 aa  108  8.000000000000001e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00543299 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0131  hypothetical protein  34.88 
 
 		 275 aa  103  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.881561  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0184  periplasmic binding protein  34.02 
 
 		 270 aa  101  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0283  hypothetical protein  32.67 
 
 		 281 aa  99.4  5e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.915903  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3666  periplasmic binding protein  31.67 
 
 		 271 aa  99  6e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.4902  normal  0.035512 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0469  periplasmic binding protein  32.55 
 
 		 272 aa  98.6  7e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.69845 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0100  hypothetical protein  33.46 
 
 		 280 aa  95.5  7e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4249  iron ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.35 
 
 		 272 aa  90.9  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.231782 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0133  hypothetical protein  30.95 
 
 		 281 aa  89  7e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.76466  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0141  hypothetical protein  29.48 
 
 		 281 aa  86.7  3e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.40714  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3557  periplasmic binding protein  32.62 
 
 		 276 aa  84.3  0.000000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000210628  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2060  periplasmic binding protein  34.2 
 
 		 309 aa  81.3  0.00000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.182535  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1056  periplasmic binding protein  29.15 
 
 		 341 aa  79.3  0.00000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2214  periplasmic binding protein  32.1 
 
 		 264 aa  77  0.0000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2782  periplasmic binding protein  28.8 
 
 		 300 aa  73.6  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.21111  normal  0.398408 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1584  periplasmic binding protein  29.34 
 
 		 264 aa  73.9  0.000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.409039  normal  0.308354 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0693  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  32.14 
 
 		 310 aa  72.4  0.000000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.387352  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2320  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  32.14 
 
 		 310 aa  72.4  0.000000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.169217  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2967  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  32.14 
 
 		 310 aa  72.4  0.000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.956046  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1632  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  32.14 
 
 		 310 aa  72.4  0.000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.41754  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1196  putaive vitamin B12 transport protein  32.14 
 
 		 332 aa  72  0.000000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1041  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  32.14 
 
 		 310 aa  72  0.000000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.111406  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1035  cobalamin ABC transporter, periplasmic cobalamin-binding protein  32.14 
 
 		 310 aa  72  0.000000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.439367  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0250  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein, putative  30.69 
 
 		 356 aa  71.6  0.00000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0491648  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0650  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport systems, periplasmic binding protein, putative  28.43 
 
 		 338 aa  71.6  0.00000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.000661971  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0684  ABC-type cobalamin/Fe3+-siderophores transport system, periplasmic binding protein, putative  28.43 
 
 		 338 aa  71.6  0.00000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0151926  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0661  periplasmic binding protein  30.29 
 
 		 300 aa  71.2  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0620  periplasmic binding protein  29.08 
 
 		 337 aa  70.5  0.00000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.0000000216594  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_68  cobalamin-binding protein  30.2 
 
 		 517 aa  69.7  0.00000000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2394  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  32.95 
 
 		 313 aa  69.3  0.00000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0672231 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_588  ABC-type cobalamin/Fe3+ siderophore transport system, periplasmic component  29.59 
 
 		 338 aa  68.9  0.00000000007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000378985  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1317  periplasmic binding protein  32.56 
 
 		 307 aa  68.2  0.0000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4079  periplasmic binding protein  26.67 
 
 		 276 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000203821  normal  0.165112 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2455  periplasmic binding protein  32.94 
 
 		 305 aa  67.4  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06810  Periplasmic binding protein  31.75 
 
 		 282 aa  67.4  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.251258  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1839  periplasmic binding protein  32.94 
 
 		 305 aa  67  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.052226  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2450  periplasmic binding protein  32.94 
 
 		 305 aa  67  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.962038  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1720  periplasmic binding protein  32.34 
 
 		 257 aa  67  0.0000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.740964  normal  0.935147 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1430  periplasmic binding protein  22.45 
 
 		 300 aa  67  0.0000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01625  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  26.63 
 
 		 308 aa  67.4  0.0000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3374  periplasmic binding protein  26.07 
 
 		 278 aa  66.6  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.610729  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5781  ABC Fe3+siderophore/cobalamin transporter, periplasmic ligand binding protein  33.14 
 
 		 304 aa  66.2  0.0000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.403027 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18990  periplasmic binding protein  26.15 
 
 		 318 aa  66.2  0.0000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3733  periplasmic binding protein  29.85 
 
 		 321 aa  66.6  0.0000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1056  hypothetical protein  30.73 
 
 		 265 aa  66.2  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0029  periplasmic binding protein  28.97 
 
 		 287 aa  65.5  0.0000000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2207  periplasmic binding protein  28.57 
 
 		 303 aa  65.5  0.0000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00190614  normal  0.612299 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0844  periplasmic binding protein  32.57 
 
 		 305 aa  64.7  0.000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0840  vitamin B12 transport protein BtuF, putative  30.18 
 
 		 339 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.154461  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2741  periplasmic binding protein  29.02 
 
 		 296 aa  64.7  0.000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2364  periplasmic binding protein  32.24 
 
 		 288 aa  65.1  0.000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.38234  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1099  periplasmic binding protein  33.19 
 
 		 296 aa  64.7  0.000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.576505  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1001  periplasmic binding protein  30.18 
 
 		 300 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0260  periplasmic binding protein  25.77 
 
 		 321 aa  64.3  0.000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.495398  normal  0.417174 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2307  Iron(III) dicitrate-binding protein  35.03 
 
 		 300 aa  63.9  0.000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0557705  normal  0.931308 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2367  periplasmic binding protein  28.57 
 
 		 322 aa  64.3  0.000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0786  vitamin B12-transporter protein BtuF  26.53 
 
 		 268 aa  63.9  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.172682 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2664  periplasmic binding protein  35.71 
 
 		 303 aa  63.2  0.000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2202  periplasmic binding protein  26.25 
 
 		 318 aa  63.5  0.000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.134078  normal  0.0623252 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1540  periplasmic binding protein  34.78 
 
 		 323 aa  63.5  0.000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000147526  normal  0.3063 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0848  periplasmic binding protein  21.27 
 
 		 274 aa  62.8  0.000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1578  putative vitamin B12 transport protein  29.38 
 
 		 317 aa  62.4  0.000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0138  periplasmic binding protein  28.25 
 
 		 300 aa  62.4  0.000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5009  periplasmic binding protein  28.81 
 
 		 266 aa  62  0.000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.756494 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2808  periplasmic binding protein  27.78 
 
 		 265 aa  62  0.000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11530  hypothetical protein  29.17 
 
 		 265 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3272  periplasmic binding protein  22.97 
 
 		 274 aa  61.2  0.00000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2869  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  22.12 
 
 		 275 aa  61.2  0.00000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1017  periplasmic binding protein  24.35 
 
 		 275 aa  61.6  0.00000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1934  periplasmic binding protein  24.48 
 
 		 315 aa  61.6  0.00000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2550  periplasmic binding protein  33.33 
 
 		 289 aa  60.5  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.158542  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1005  periplasmic binding protein  23.38 
 
 		 275 aa  60.5  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3174  periplasmic binding protein  20.81 
 
 		 274 aa  60.8  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1015  periplasmic binding protein  32.64 
 
 		 296 aa  60.8  0.00000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0296  periplasmic binding protein  25.52 
 
 		 315 aa  61.2  0.00000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.143105  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0601  periplasmic binding protein  30.99 
 
 		 354 aa  61.2  0.00000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.56983  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>